XiaoMi-AI文件搜索系统
World File Search SystemIdentifies
染色质分析确定了对骨骼发育很重要的软骨细胞特异性 Sox9 增强子
转录因子 SRY 相关 HMG 盒 9 (Sox9) 对软骨形成至关重要。SOX9 内部和周围的突变会导致以骨骼畸形为特征的软骨发育不良 (CD)。尽管 Sox9 在此背景下的功能已被充分研究，但调节软骨细胞中 Sox9 表达的机制仍有待阐明。在这里，我们使用全基因组分析来识别位于负责 CD 的近端断点簇中的 2 个 Sox9 增强子。E308（位于 5′ 上游 308 kb）和 E160（位于 5′ 上游 160 kb）的增强子活性与 Sox9 表达水平相关，并且两种增强子在体外均表现出协同作用。虽然小鼠中的单个缺失没有明显影响，但同时缺失 E308 和 E160 会导致侏儒表型，同时软骨细胞中 Sox9 表达减少。此外，在 E308/E160 缺失小鼠中，肢体芽间充质细胞的骨形态发生蛋白 2 依赖性软骨细胞分化严重减弱。最后，我们发现在 E308/E160 缺失小鼠中，Sox9 基因上游的开放染色质区域被重组，以部分补偿 E308 和 E160 的缺失。总之，我们的研究结果揭示了软骨细胞中 Sox9 基因调控的机制，这可能有助于我们理解骨骼疾病的病理生理学。
RBM20缺陷DCM的IPSC建模将RBM20的上调视为一种治疗策略 治疗引起的衰老：改善抗癌治疗的机会 心血管磁共振中的深度学习模型的多级比较：关于建筑变化的冗余 线粒体DNA中氧化链的命运 Granie和Granpa：推理和评估增强子介导的基因调节网络 胆管癌中循环肿瘤DNA的基因分型揭示 通过SARS-COV-2感染反应的合成遗传追踪发现的上皮免疫的药理调节剂 相似的神经通路联系了心理压力和大脑... 阿霉素会改变活性启动子周围基因组的空间组织 剖析成年神经干细胞的时空多样性 突触囊泡的分子结构-MDC存储库
Francesca Briganti，1,2,3,4,15 Han Sun，3,15 Wu Wei，5 Jingyan Wu，3 Chenchen Zhu，3 Martin Liss，6 Martin Liss，6 Ioannis Karakikes，7 Shannon Rego，3 Shannon Rego，3 Andrea Cipriano，8 Andrea Cipriano，8 Michael Snyder，3 Benjamin Meder，5 Genjamin Meder，5 gules Meder，5,9 xu xu xu xu xu xu，xu n. xu n. xu xu，x.9。 Gotthardt，6,12,13 Mark Mercola，4 *和Lars M. Steinmetz 1,3,4,5,14,16， * 1欧洲分子生物学实验室（EMBL），基因组生物学单位，海德堡，德国海德堡2美国加利福尼亚州斯坦福大学的斯坦福大学4心血管研究所和医学系，斯坦福大学，美国加利福尼亚州斯坦福大学，美国5斯坦福大学基因组技术中心，斯坦福大学，斯坦福大学，加利福尼亚州帕洛阿尔托，美国6 Neuromuscular and Cardiovascular and Cardiovascular Cell Bimogology，Max delbr€uck ucker for Cardior for Cardiquar for Cardiquar and Cardior for Cardior of Cardiquar and Cardior of Cardiquar and Cardior of Cardior of Cardior of Cardior of Cardiorcult Stanford University, Stanford, CA, USA 8 Department of Obstetrics and Gynecology, Stanford University, Stanford, CA, USA 9 Institute for Cardiomyopathies Heidelberg and Department of Internal Medicine III, University of Heidelberg, Heidelberg, Germany 10 SOPHiA Genetics, St. Sulpice, Switzerland 11 Laboratoire de Cardioge´ ne´ tique Mole´ culaire, Centre de Biologie Et Pathologie EST，Lostices Civil De Lyon，Lyon，法国12个心脏病学系，Charite´ -Universita tsmedizin柏林，柏林，德国，柏林，柏林，13 DZHK：德国心血管研究中心，柏林，柏林，德国柏林，德国，14 DZHK，DZHK：德国副作用，副作用Embl Hebberg，Heidelberg，Heidelberg，Heidelberg，Heidelberg，Heidelberg，Heidelberg，Heidelberg联系 *信件：mmercola@stanford.edu（M.M.），larsms@stanford.edu（l.m.s.）
g4access识别G Quadruplexes及其与开放的染色质和印迹控制区域的关联
后唑启动子富集于次级DNA结构形成基序中，例如G-四链体（G4S）。在这里，我们描述了“ G4Access”，这是一种通过核酸酶消化与开放染色质相关的分离和序列G4的方法。g4Access是抗体和交联的非依赖性和富集的计算预测G4S（PG4S），其中大多数在体外得到了证实。使用人和小鼠细胞中的G4ACCESS，我们鉴定出与核小体排除和启动子转录相关的细胞类型的G4富集。G4ACCESS允许测量G4配体处理后G4曲目使用的变化，HDAC和G4解旋酶抑制剂。将G4ACCESS应用于来自相互杂交小鼠交叉的细胞表明G4在控制活动印迹区域中的作用。一致地，我们还观察到G4ACCESS峰是未甲基化的，而PG4S的甲基化与DNA上的核小体重新定位相关。总体而言，我们的研究为研究细胞动力学的G4提供了一种新工具，并突出了它们与开放染色质，转录及其对DNA甲基化的拮抗作用的关联。
全基因组 CRISPR/Cas9 筛选鉴定出钙网蛋白是 ATF6α 的选择性抑制因子
。CC-BY-NC-ND 4.0 国际许可，根据 提供（未经同行评审认证）是作者/资助者，他已授予 bioRxiv 永久展示预印本的许可。它是此预印本的版权持有者此版本于 2024 年 5 月 31 日发布。；https://doi.org/10.1101/2024.02.10.579381 doi：bioRxiv 预印本
模块化 CRISPR 筛选可识别导致 HIV-1 潜伏期的单个和组合途径
潜伏 HIV-1 原病毒的转录沉默需要复杂且重叠的机制，这对体内消除 HIV-1 构成了重大障碍。我们开发了一种新的潜伏 CRISPR 筛选策略，称为潜伏 HIV-CRISPR，该策略使用将编码 guideRNA 的慢病毒载体基因组包装到出芽病毒体的上清液中，作为维持 HIV-1 潜伏期的因素的直接读数。我们开发了一个针对表观遗传调控基因的定制 guideRNA 库，并将筛选与潜伏期逆转剂（非典型 NF κ B 通路的激活剂 AZD5582）配对，以检查控制 HIV-1 潜伏期的机制组合。 ING3 是核小体乙酰转移酶 H4 组蛋白乙酰化 (NuA4 HAT) 复合物的组成部分，它与 AZD5582 协同作用，激活 J-Lat 细胞系和 HIV-1 潜伏期原代 CD4+ T 细胞模型中的原病毒。我们发现，ING3 的敲除会降低 H4 组蛋白尾部的乙酰化和 HIV-1 LTR 上的 BRD4 占有率。然而，ING3 的敲除与通过 AZD5582 激活非典型 NF κ B 通路相结合，导致 HIV-1 原病毒上 RNA 聚合酶 II 的启动和延长显著增加，这种方式在所有细胞启动子中几乎是独一无二的。
病毒蛋白测序识别9个城市的废水中的H5N1禽流感
*相应的作者摘要：鸟类流感（血清型H5N1）是一种高度致病的病毒，1996年出现在家庭水禽中。在过去的十年中，已经报道了包括人类在内的哺乳动物传播。尽管人类传播到人类传播很少见，但在过去爆发中染上病毒的患者中，感染是致命的。驯养动物中病毒的越来越多引起了人们对病毒适应免疫学上天真的人类的实质性关注，可能会导致下一个流感大流行。基于废水的流行病学（WBE）用于跟踪病毒历史上用于跟踪脊髓灰质炎，最近在COVID-19大流行期间已针对SARS-COV2监测实施。在这里，使用不可知论的混合捕获测序方法，我们报告了在九个德克萨斯州的九个城市的废水中检测到H5N1的检测，在2024年3月4日至4月25日的两个月内，数百万个集水区的总人口在数百万美元中。测序读取与H5N1的独特对齐覆盖了所有八个基因组段，最适合2.3.4.4b的进化枝。值得注意的是，23个受监视的站点中的19个
全脑建模识别出麻醉和意识障碍中导致意识丧失的不同但趋同的路径
人类大脑具有丰富的时空动态，当因麻醉或意识障碍 (DOC) 而失去意识时，这些动态会发生巨大重构。在此，我们试图确定神经生物学机制来解释短暂的药物干预和慢性神经解剖损伤如何导致神经活动的常见重构。我们开发并系统地扰动了一个神经生物学上真实的全脑血流动力学信号模型。通过结合有关 GABA 受体皮质分布的 PET 数据，我们的计算模型揭示了空间特异性局部抑制在重现使用 GABA 能药物丙泊酚麻醉期间观察到的功能性 MRI 活动方面发挥的关键作用。此外，结合从 DOC 患者获得的扩散 MRI 数据揭示了表征意识丧失的动态也可以从随机的神经解剖连接中出现。我们的结果在麻醉和 DOC 数据集之间具有概括性，展示了增加的抑制和连接组扰动如何代表通向无意识大脑特征活动的不同神经生物学路径。
中国仓鼠卵巢细胞中的代谢CRISPR-CAS9筛选鉴定谷氨酰胺敏感基因
通信：Nathan E Lewis，nlewisres@ucsd.edu。作者声明Karen Julie La Cour Karottki：正式分析，调查，可视化，写作 - 原始草稿，写作 - 评论和编辑； Hooman Hefzi：正式分析，调查，可视化，写作 - 原始草稿，写作 - 评论和编辑； Songyuan Li：调查，写作 - 评论和编辑； Lasse Ebdrup Pedersen：正式分析，监督，写作 - 原始草稿，写作 - 评论和编辑； Philipp N. Spahn：资源，软件； Chintan Joshi：正式分析，写作 - 原始草稿； David Ruckerbauer：资源，写作 - 评论和编辑； Juan A. Hernandez Bort：资源，写作 - 评论和编辑；亚历克斯·托马斯（Alex Thomas）：数据策划； Jae Seong Lee：调查，监督，写作 - 原始草稿，写作 - 评论和编辑；妮可·博斯（Nicole Borth）：资源，写作 - 评论和编辑； Gyun Min Lee：监督，写作 - 评论和编辑； Helene Faustrup Kildegaard：概念化，项目管理，资金获取，监督，写作 - 评论和编辑；内森·刘易斯（Nathan E.
EEG P-ADIC量子潜力准确地识别抑郁症，精神分裂症和认知能力下降 非暴力抵抗策略的动态模型
对于大多数神经精神疾病，尚无可用来帮助早期诊断和及时治疗干预的诊断或预测工具。开发了基于常规的脑电图记录，量子潜在的平均值和可变性评分（QPMV）以高精度识别具有高精度的神经精神和神经认知失误。假定大脑中的信息过程涉及大脑各个区域中神经元活性的整合。因此，假定的量子样结构允许量化连通性作为空间和时间（局部性）的函数以及信息空间（非局部性）中类似量子的效应的函数。eeg信号反映了大脑的整体（不可分割）功能，包括大脑的高度层次结构，该功能由量子电位根据Bohmian力学表达，并结合了数据和PADIC数字的树状图表示。参与者由230名参与者组成，其中包括28名患有严重抑郁症的参与者，42名精神分裂症，65名认知障碍和95个对照。常规的脑电图记录用于基于超级分析的QPMV，与P -ADIC数字和量子理论紧密结合。新型的EEG分析算法（QPMV）似乎是诊断神经精神疾病和神经认知疾病的有用且足够准确的工具，并且可能能够预测疾病的病程和治疗的反应。基于曲线下的面积，在将健康对照与诊断为精神分裂症（p <0.0001）（p <0.0001），阿尔茨海默氏病，阿尔茨海默氏病（AD; p <0.0001）和轻度认知障碍（MCI; p <0.0001）以及与Schizeprenrren的参与者（p <0.0001）以及p <0.000 <0.000 <0.000 <0.000 <0.000 <0.0001）中获得了高准确性。 0.0001）或MCI（p <0.0001）以及与AD（P <0.0001）或MCI（P <0.0001）的抑郁症患者区分开来。
精神分裂症相关基因AS3MT的功能表征鉴定出在神经元发育中的作用。
图4在分化的AS3MT敲除和野生型细胞系之间未观察到形态差异：使用10μM视黄酸的细胞系在7天内使用10μM视黄酸和1％FBS在酸蚀刻，层粘连蛋白和多赖氨酸和多赖氨酸覆盖的覆盖物上覆盖，以获取MAP2，以获取MAP2，以获取cytoskeposkemeleckkeletalsmembeletalmarkeral。（a）敲除（KO）或野生型（wt）AS3MT线之间的MAP2 +单元总数没有差异（t检验，T [0.875] = 1.19，p = 0.523）b）kO和WT AS3MT线之间的细胞面积没有差异（T AS3MT test test，t test，T [1.98] [1.98] = 1.198]，P。c）KO和WT AS3MT线之间的最长神经突长度没有差异（t检验，t [1.99] = 1.10，p = 0.386）。d）KO和WT AS3MT线之间的总神经突长度没有差异（t检验，t [1.11] = 0.937，p = 0.508）。在两个独立的KO/WT细胞系上进行了三个技术重复，进行了每个实验。条代表每个基因型的两个细胞系的平均值。错误是平均值±SEM