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World File Search SystemImmunoprecipitation
定量顺序染色质免疫沉淀，一种分析体内基因组区域蛋白共占蛋白的共占者的方法
顺序染色质免疫沉淀（SEQCHIP）是一种程序，其中甲醛交联，来自活细胞的蛋白质– DNA复合物受到了两个具有不同特异性抗体的顺序免疫侵蚀。seqchip已被定性地解决，是否可以同时在体内同时同时同时同时占领DNA。在这里，我们扩展了早期的工作，并描述了以定量方式执行和解释Seqchip实验的理论和实际考虑因素。我们提供了一个详细的实验程序，用于设计和执行SEQCHIP实验以及这三个可能结果的实验示例：完全共同占领，没有共占领和部分共同占领。在某些部分共同占领的情况下，Seqchip中免疫沉淀的顺序会强烈影响结果。我们在实验上确认了一个定量参数，该参数提供了在给定DNA区域上两种蛋白的同居量的度量，并提供了有关如何解释Seqchip实验结果的信息。我们对Seqchip数据的定量处理大大扩展了该技术在体内阐明分子机械的实用性。
布氏锥虫中 RNA–DNA 混合相互作用蛋白的免疫沉淀揭示了保守和新的活性，包括控制抗原变异逃避免疫所需的表面抗原表达
摘要 RNA-DNA 杂交是基因组的表观遗传特征，可提供多种且不断增长的活动范围。通过表征与杂交相互作用的蛋白质，可以了解这些功能，但迄今为止，所有这些分析都集中在哺乳动物身上，这意味着尚不清楚在其他真核生物中是否也发现了类似的 RNA-DNA 杂交相互作用物。非洲锥虫是 Discoba 类群的单细胞真核寄生虫，在核心生物学的几个方面与其哺乳动物宿主存在显著差异。在这里，我们表明 DNA-RNA 杂交免疫沉淀结合质谱法在 T. brucei 哺乳动物和昆虫感染细胞中恢复了 602 个推定的相互作用物，其中一些提供在哺乳动物中也发现的活动，一些提供谱系特异性的活动。我们证明，三种因子（两种假定的解旋酶和一种 RAD51 旁系同源物）的缺失会改变布氏锥虫的核 RNA-DNA 杂交和 DNA 损伤水平。此外，每种因子的缺失都会影响寄生虫抗原变异免疫存活机制的运作。因此，我们的工作揭示了 RNA-DNA 杂交对布氏锥虫生物学的广泛贡献，包括宿主免疫逃避中的新功能以及可能对真核基因组功能至关重要的活动。
β-核蛋白阻塞肽
Application key: E- ELISA, WB- Western blot, IH- Immunohistochemistry, IF- Immunofluorescence, FC- Flow cytometry, IC- Immunocytochemistry, IP- Immunoprecipitation, ChIP- Chromatin Immunoprecipitation, EMSA- Electrophoretic Mobility Shift Assay, BL- Blocking, SE- Sandwich ELISA, CBE- Cell-based ELISA，RNAi-RNA干扰物种反应性关键：H-人，M-小鼠，r-大鼠，B-牛，C-鸡，d-Dog，G-Goat，G-Goat，Mk-Monkey，P-Pig，P- Pig，rb-Rabbit，S羊，Z- Zebrafish，Zebrafish
有丝分裂检查点激酶BUB1是腺样囊性癌中MYB的直接且可起作的靶标
缩写ACC，腺样囊性癌；芯片，染色质免疫沉淀； CHIP-SEQ，染色质免疫沉淀测序； dab，二氨基苯甲胺； dox，多西环素； EV，空矢量； FDR，错误发现率； GFP，绿色荧光蛋白；去，基因本体论； GSEA，基因集富集分析； HEGF，人类表皮生长因子； Mac，基于模型的芯片序列分析； MBS，MYB绑定站点； NES，归一化富集评分； NSG，正常的唾液腺； p adj，p值调整； PDX，患者衍生的异种移植物； penstrep，青霉素 - 链霉素； RLU，相对光单元； RMA，强大的多阵列平均值； RNA-seq，RNA测序； RT-QPCR，实时定量PCR； siRNA，小干扰RNA； TMA，组织微阵列； TSS，转录开始站点；谁，世界卫生组织； XPDX，Xenostart患者衍生的异种移植物。
神经科学研究技术指南
信号转导和细胞内信号转导简介 298 研究蛋白质的基本工具 300 抗体的制备和使用 300 纯化蛋白质 302 免疫沉淀 (IP) 304 研究蛋白质表达 30 蛋白质印迹 (WB) 306 酶联免疫吸附试验 (ELISA) 308 放射免疫测定 (RIA) 310 免疫组织化学 (IHC) 312 免疫电子显微镜 (IEM) 312 报告蛋白 312 研究蛋白质 - 蛋白质相互作用 313 免疫共沉淀 (Co-IP) 313 蛋白质亲和层析 313 酵母双杂交试验 314 研究翻译后修饰 317 PTM 特异性试验 317 PTM 特异性抗体 320 研究蛋白质-DNA 相互作用 321 电泳迁移率分析 (EMSA) 323 染色质免疫沉淀 (ChIP) 325 荧光素酶分析 327 结论 328 推荐阅读和参考文献 328
Modulhandbuch科学硕士免疫生物学
学习目标学生应从生命科学领域学习常见技术和方法论方法的理论背景。此外，学生将了解假设检验并正确解释不同类型的测试统计数据。他们将提高他们在统计计算和实验适当计划方面的技能。Skills Profound knowledge on methodology in life sciences Being able to perform statistical analysis of obtained results Content Dealing with DNA, RNA, proteins and lipids, electrophoresis, western blotting, RT-PCR, protein purification, cloning technologies, analysis of lipids, immunoprecipitation, histology, ELISA, Flow cytometry, FRET, microscopy Statistics: Basic test theory, Chi²-tests for应急表，t检验，非参数测试，功率计算，计算概率的计算规则，相关性，回归，软件实现，图形和可视化要求无课程类型主题组
PRC1 凝聚物的扩散破坏了多梳染色质结构域和环
多梳抑制复合物 1 (PRC1) 强烈影响 3D 基因组组织，介导目标基因座的局部染色质压缩和聚集。几种 PRC1 亚基能够在体外通过液-液相分离形成生物分子凝聚物，并且在细胞中标记和过表达时也是如此。在这里，我们使用可以破坏液体状凝聚物的 1,6-己二醇来检查内源性 PRC1 生物分子凝聚物对 PRC1 结合基因座的局部和染色体范围聚集的作用。使用成像和染色质免疫沉淀，我们表明，PRC1 介导的目标基因组基因座（在不同长度范围内）的染色质压缩和聚集可以通过向小鼠胚胎干细胞中添加并随后去除 1,6-己二醇来可逆地破坏。多梳结构域和簇的解压缩和分散不能完全归因于 1,6-己二醇处理后染色质免疫沉淀检测到的 PRC1 占有率降低，因为添加 2,5-己二醇对结合有类似的影响，尽管这种酒精不会干扰 PRC1 介导的 3D 聚类，至少在亚兆碱基和兆碱基尺度上不会。这些结果表明 PRC1 分子之间的弱疏水相互作用可能在多梳介导的基因组组织中发挥作用。