M.Sc. 在生物化学 /生物信息学 /生物技术 /生命科学 /微生物学或任何其他生物科学学科中,公认的大学和对生物信息学工具和技术的了解至少为60%。 理想的:在HPLC,SDS-PAGE,IEF,WESTER WESTER,免疫沉淀,MALDI TOF,X射线晶体学,NMR光谱,冷冻EM,毛细管电泳以及蛋白质结构鉴定研究经验的一年至两年的研究经验。M.Sc.在生物化学 /生物信息学 /生物技术 /生命科学 /微生物学或任何其他生物科学学科中,公认的大学和对生物信息学工具和技术的了解至少为60%。理想的:在HPLC,SDS-PAGE,IEF,WESTER WESTER,免疫沉淀,MALDI TOF,X射线晶体学,NMR光谱,冷冻EM,毛细管电泳以及蛋白质结构鉴定研究经验的一年至两年的研究经验。
缩写:Ψ,假基因;ceRNA,竞争内源性RNA;MRE,微小RNA反应元件;miRNA,微小RNA;TSG,肿瘤抑制基因;mRNA,信使RNA;PP,加工假基因;UP,未加工假基因;UPG,单一假基因,RT,逆转录转座;LINE,长散在核元件;siRNA,短干扰RNA;circRNA,环状RNA;AD,阿尔茨海默病;FTH1,铁蛋白重链;;PTENP1,PTENP1假基因;HMGEC,人乳腺上皮细胞;CRDP,环状RNA衍生的假基因;;HMGA1P,高迁移率族AT-Hook 1假基因;RBP,RNA结合蛋白;;lncRNA,长非编码RNA;CRC,染色质重塑复合物;ERK,细胞外信号调节激酶; BRAF,B-Raf原癌基因;PI3K,磷酸肌醇3-激酶;AKT,丝氨酸/苏氨酸激酶;MAPK,丝裂原活化蛋白激酶;qRT-PCR,定量逆转录聚合酶链反应;FISH,荧光原位杂交;ceRNA假说,竞争性内源性RNA假说;PTPN11,蛋白酪氨酸磷酸酶,非受体型11;NDs,神经退行性疾病;EGFR,上皮生长因子受体;TNF,肿瘤坏死因子;早期生长反应蛋白1(EGR1),HMGA,高迁移率族at-hook 1基因;PMOM,精准医疗肿瘤学市场;scRNA-seq,单细胞RNA测序;ISH,原位杂交;RNAi,RNA干扰;LNP,脂质纳米颗粒; BCL,B 细胞淋巴瘤;AI,人工智能;IP,免疫沉淀;RIP,RNA 免疫沉淀;HRISH,高分辨率原位杂交
实验室研究,包括但不限于:o蛋白分析,例如。免疫印迹,免疫沉淀O组织学,例如。组织加工,切片(石蜡,冷冻),染色,免疫组织化学o体外细胞培养,例如细胞系,小鼠或人类原代细胞o动物的工作,例如。颅内植入,福利监测,组织收获,通过多种途径(IP,IV,SC,口服粘液)对动物的物质给药,动物成像O分子分析,例如。DNA/RNA提取和QC(定量,可视化),基因分型,序列分析,测定设计,Q-PCR
蛋白和 STAG 蛋白的全基因组分布尚未直接探索。因此,在 WT mESC 中检查了 PDS5A、PDS5B、STAG1 和 STAG2 的全基因组分布,并揭示了所有四个亚基的 ChIP-seq 信号在联合列表中存在显著重叠,包括在任何单个数据集中识别的所有峰 (54,213) (图 4A)。值得注意的是,最强的 PDS5 峰也是最强的 STAG 峰,表明所有四个亚基的染色质结合水平呈正相关。在低和高严格、未交联条件下进行 PDS5A、PDS5B 和 RAD21 的共免疫沉淀,以研究黏连蛋白复合物亚基组成的潜在特异性;对 STAG1 和 STAG2 亚基的蛋白质印迹表明 STAG1 和 STAG2 都
背景:阿尔茨海默氏病(AD)是一种疾病,经常发生在老年人群中。仍然缺乏针对这种疾病的诊断和治疗方法,需要进行更多的研究。此外,对AD中的圆形RNA(CIRCRNA)的功能知之甚少。方法:在这项研究中,下载了基因表达综合(GEO)数据库的AD的RNA表达数据。通过逆转录质量PCR(RT-QPCR)测量健康参与者和AD患者脑脊液样品中CIRCRNA的表达水平。用接收器操作特征曲线(ROC)分析了差异表达的CIRCRNA的诊断值。途径。使用染色质免疫沉淀(CHIP)和RNA结合蛋白免疫沉淀(RIP)分析,验证了Circ_0001535和E2F转录因子1(E2F1)或E2F1和二氢叶酸还原酶(DHFR)之间的直接相互作用。细胞计数KIT-8(CCK8)和流式细胞仪用于识别CIRC_0001535/E2F1/DHFR轴对AD细胞增殖和凋亡的功能。结果:总共有12个CIRCRNA与AD诊断有关。AD患者和对照组之间7个CIRCRNA的表达水平有所不同。CRIC_0001535在这些CIRCRNA中具有最大的诊断价值。因此,在本研究中,Circ_0001535被视为关键的Circrna。E2F1/DHFR轴预计由Circ_0001535调节。E2F1/DHFR轴预计由Circ_0001535调节。此外,IP分析实验结果表明,E2F1可以与DHFR的启动子区域结合,并受CIRC_0001535的调节。体外结果表明,Circ_0001535过表达可以促进DHFR的表达,而E2F1敲低可以抑制SH-SY5Y细胞中的DHFR表达。最后,救援实验表明,Circ_0001535可以减少β25-35诱导的SH-SY5Y细胞增殖,并通过E2F1/DHFR轴促进凋亡。结论:我们在广告中的研究可以提供有关特定ciRCRNA在AD环境中的作用的重要信息,并指出AD中治疗干预的特定未来领域。
trim71是在人类中大量表达的基因,在早期的胚胎发生和神经分化中起着至关重要的作用,通过与靶MRNA结合,触发翻译抑制或mRNA降解。3 Qiuying Liu等人,研究人员使用交联的免疫沉淀和测序(CLIP-SEQ)技术探索了小鼠中CH相关的突变。这项研究很重要,因为蛋白质对人类表现出相似的反应。4研究表明,突变的TRIM71蛋白与不同的靶标mRNA结合,表明“功能的获取”。具体而言,小鼠中的R595H-TRIM71与CTNNB1基因中的mRNA结合,该基因编码了β-catenin蛋白,这对于干细胞分化至关重要。5抑制其翻译可阻止神经发育必需蛋白质的产生。相反,R783H-TRIM71与LSD1 mRNA结合,抑制其翻译并导致干细胞分化的缺陷。5
摘要 Wnt 信号在发育、体内平衡和肿瘤发生中起着重要作用。在结直肠癌和肝细胞癌中发现了激活 Wnt 信号的 β -catenin 突变。然而,β -catenin 野生型和突变型的动态尚未完全了解。在这里,我们在结直肠癌细胞系中对内源性 β -catenin 的荧光标记等位基因进行了基因组工程改造。野生型和致癌突变等位基因用不同的荧光蛋白标记,从而能够在同一细胞中分析这两种变体。我们使用免疫沉淀、免疫荧光和荧光相关光谱法分析了两种 β -catenin 等位基因的特性,揭示了截然不同的生物物理特性。此外,通过用 GSK3 β 抑制剂或截短 APC 突变治疗激活 Wnt 信号,可以调节野生型等位基因,使其模仿突变 β -catenin 等位基因的特性。一步标记策略展示了如何利用基因组工程对不同的遗传变异进行并行功能分析。
缩写:3C,染色体构象捕获;4C,环状染色体构象捕获;ATAC-seq,使用测序检测转座酶可及染色质;Cas9,来自化脓性链球菌的内切酶;CHIP-seq,染色质免疫沉淀和 DNA 测序;CRISPR,成簇的规律间隔的短回文重复序列;CTCF,CCCTC 结合因子;EXT1,外骨化素糖基转移酶 1;GSIS,葡萄糖刺激的胰岛素分泌;GWAS,全基因组关联研究;MED30,RNA 聚合酶 II 转录亚基 30 的介质;pcHi-C,启动子捕获 Hi-C;R,调控区;RAD21,双链断裂修复蛋白 rad21 同源物;SLC30A8,溶质载体家族 30 成员 8;SNP,单核苷酸多态性; T2D,2 型糖尿病;TAD,拓扑关联结构域;UTP23,UTP23 小亚基加工体成分。
