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治疗诊断学 致癌非V600突变逃避...
Ser/Thr 激酶 RAF，特别是 BRAF 亚型是致癌突变的主要靶点，在各种癌症中都发现了许多突变。然而，除 V600E 之外的这些突变如何逃避 RAF 蛋白的调节机制并因此引发其致癌性仍不清楚。方法：在本研究中，我们使用诱变、肽亲和力测定、免疫沉淀、免疫印迹和互补分裂荧光素酶测定以及小鼠异种移植肿瘤模型来研究 RAF 的功能如何由 Cdc37/Hsp90 分子伴侣和 14-3-3 支架协同调节，以及这种调节机制如何被普遍的非 V600 突变逃避。结果：我们发现 Cdc37/Hsp90 分子伴侣与成熟的 BRAF 蛋白结合，与 14-3-3 支架一起促进 BRAF 蛋白从活性开放二聚体转变为非活性封闭单体。大多数非 V600 突变富集在 BRAF 的 Cdc37/Hsp90 结合片段上或周围，这会削弱 CDc37/Hsp90 分子伴侣与 BRAF 的结合，从而使 BRAF 处于有利于二聚化的活性开放构象中。这些具有高二聚体倾向的 BRAF 突变体维持了长时间的 ERK 信号传导，并且在体外和体内被 RAF 二聚体破坏剂 plx8394 有效靶向。相反，CRAF 和 ARAF 以未成熟单体的形式存在，与 Cdc37/Hsp90 分子伴侣高度包装，在 RAS-GTP 与其 N 端结合以及 14-3-3 支架与其 C 端结合的驱动下，二聚化后释放。成熟的 CRAF 和 ARAF 二聚体也像非 V600 BRAF 突变体一样维持了长时间的 ERK 信号传导，这是由于缺乏 C 端 Cdc37/Hsp90 结合片段。结论：Cdc37/Hsp90 分子伴侣和 14-3-3 支架协同促进 RAF 蛋白从开放活性二聚体转变为封闭无活性单体。非 V600 突变会破坏这种调节机制，并将 RAF 困在二聚体中，而二聚体可能成为 RAF 二聚体破坏剂的目标。
theranostics USP14调节类似茎状的特性，...
原理：胶质母细胞瘤（GBM）是最具侵略性的原发性脑癌类型，并包含有助于肿瘤生长和治疗性抗性的自我更新GBM干细胞（GSC）。然而，对GSC治疗耐药性的分子决定因素知之甚少。方法：我们对患者衍生的GSC中的去泛素化酶（DUB）进行了全基因组分析，并使用基因特异性shRNA来识别有助于GSC存活和放射线抗性的重要DUB基因。随后，我们采用质谱和免疫沉淀来显示USP14和AlkBH5之间的相互作用，并确定了上游激酶MST4，这对于碱性化和稳定碱的稳定至关重要。此外，我们进行了集成的转录组和M 6 A-SEQ分析，以发现影响GSC辐射势的ALKBH5的关键下游途径。结果：我们的研究证明了去泛素酶USP14在维持GSC的干性，致癌潜力和放射线的重要作用。USP14通过防止其K48连接的泛素化和通过HECW2降解M 6 A脱甲基碱ALKBH5。通过MST4在丝氨酸64和69处的AlkBH5磷酸化增加了其与USP14的相互作用，从而促进了AlkBH5的去泛素化。此外，ALKBH5以取决于YTHDF2的方式直接与USP14转录本相互作用，建立了一个正反馈环，该反馈环维持GSC中两种蛋白质的过表达。暴露于电离辐射（IR）后，在GSC中进一步刺激了此信号级联。MST4-USP14-AlkBH5信号通路对于增强干细胞样性状，促进DNA双链断裂的同源重组修复以及促进GSC中的放射性和肿瘤性。用小分子IU1抑制USP14会破坏ALKBH5去偶联性，并提高IR疗法对GSC衍生的脑肿瘤异种移植物的有效性。结论：我们的结果将MST4-USP14-AlkBH5信号通路确定为治疗GBM的有前途的治疗靶标。
oma1竞争性地结合HSPA9，以促进线粒体并激活CGAS-扭曲途径以介导GBM免疫逃逸
带有检查点抑制剂的抽象背景免疫疗法，尤其是那些针对编程的死亡受体1（PD-1）/PD-1配体（PD-L1）的免疫疗法，越来越多地被认为是恶性肿瘤的高度有希望的治疗方式。然而，限制了免疫检查点阻滞治疗在治疗胶质母细胞瘤（GBM）中的效率。因此，必须扩大我们对GBM免疫逃逸（IE）背后的分子机制的理解。进行蛋白质芯片分析以在PD-1抑制剂敏感或抗性GBM中异常表达的OMA1蛋白筛选。在此，采用了公共数据库和生物信息学分析来研究OMA1和PD-L1关系。然后，通过不同的实验方法在初级GBM细胞系中验证了这种预测的关系。在免疫抑制中研究OMA1背后的分子机制，采用了一系列实验方法，包括蛋白质印迹，共免疫沉淀（CO-IP），质谱法（MS），免疫荧光，免疫荧光，免疫组织，免疫组织化学和QRT-PCR。结果我们的发现表明，OMA1竞争性结合HSPA9以诱导线粒体并介导GBM的IE。来自TCGA的数据表明OMA1与免疫抑制之间存在显着相关性。OMA1促进了GBM患者的原代细胞中的PD-L1水平。接下来，在GBM原代细胞上进行的Co-IP和MS的结果表明OMA1与HSPA9相互作用并诱导线粒体。OMA1不仅通过增加线粒体DNA释放，还通过激活CGAS插入来促进CGAS插入活性。最终，已经发现OMA1通过调节PD-1结合和PD-L1介导的T细胞毒性来诱导GBM中的免疫逃避。结论OMA1/HSPA9/CGAS/PD-L1轴在我们的研究中被阐明为GBM中新鉴定的免疫治疗靶标。
2025 年 Hanna H. Gray 研究员计划竞赛 成功科学研究提案示例
摘要 mTORC1 蛋白激酶响应各种输入（包括氨基酸）调节细胞生长，这些输入向 Rag GTPases 发出信号，促进 mTORC1 易位到溶酶体表面（其激活位点）。这种途径在许多疾病中失调，包括糖尿病和癌症；然而，我们对氨基酸激活 mTORC1 的机制的理解并不完整。长期以来，一个谜团是氨基酸缺乏时抑制 mTORC1 的成分的身份。作为一名研究生，我推断负调节剂可能会影响 Rags，因为它们在营养感知中起着核心作用。我们对 Rags 进行了免疫沉淀，然后进行质谱分析 (IP/MS)，结果发现了两个相互作用的蛋白质复合物，我们称之为 GATOR1 和 GATOR2。GATOR2 正向调节 mTORC1 并在 GATOR1 上游或与 GATOR1 并行发挥作用，GATOR1 是一种 Rag GTPase 激活蛋白，也是 mTORC1 的关键抑制剂。 GATOR1 成分在癌症中发生突变，可能有助于识别对 mTORC1 抑制有反应的癌症。第二个未解之谜是 mTORC1 上游氨基酸传感器的身份。为了识别假定的传感器，我们对已知的 mTORC1 调节剂进行了广泛的 IP/MS。我们发现 Sestrin2 和 CASTOR1 是与 GATOR2 相互作用的蛋白质，分别起到亮氨酸和精氨酸传感器的作用。Sestrin2 和 CASTOR1 与 GATOR2 结合以抑制 mTORC1，并且在存在氨基酸的情况下这种抑制会得到缓解。重要的是，这些传感器的氨基酸结合能力是 mTORC1 感知氨基酸存在所必需的。总之，这些成分的发现澄清了我们对氨基酸如何向 mTORC1 发出信号的理解，并提供了在疾病状态下调节 mTORC1 活性的目标。
锌指抗病毒蛋白 ZAP 限制人类巨细胞病毒并选择性结合和破坏病毒 UL4/UL5 转录本
摘要 干扰素刺激基因产物 (ISG) 在早期感染控制中起着至关重要的作用。ISG 锌指 CCCH 型抗病毒蛋白 1 (ZAP/ZC3HAV1) 通过与富含 CG 的 RNA 序列结合来对抗多种 RNA 病毒，而其对 DNA 病毒的影响尚不明确。在这里，我们揭示了 ZAP 在人类巨细胞病毒 (HCMV) 感染中的作用，该病毒是一种疱疹病毒，与免疫抑制个体和新生儿的高发病率有关。我们表明，在 HCMV 感染期间会诱导 ZAP 的两种主要亚型 ZAP-S 和 ZAP-L 的表达，并且这两种亚型都会对 HCMV 复制产生负面影响。转录组和蛋白质组分析表明，ZAP 的表达会导致病毒 mRNA 和蛋白质水平降低，并减缓 HCMV 感染的进展。代谢 RNA 标记与高通量测序 (SLAM-seq) 相结合表明，感染后期的大多数基因表达变化是由 HCMV 的普遍减弱引起的。此外，在感染的早期阶段，ZAP 通过破坏一组独特的病毒 mRNA（尤其是来自之前未表征的 UL4-UL6 HCMV 基因位点的 mRNA）来限制 HCMV。通过增强交联免疫沉淀和测序分析 (eCLIP-seq)，我们将从该 HCMV 位点表达的转录本确定为 ZAP 的直接靶标。此外，我们的数据显示 ZAP 不仅优先识别 CG，还优先识别其他富含胞嘧啶的序列，从而扩大了其靶标特异性。总之，本报告首次揭示了 HCMV 感染过程中 ZAP 的直接靶点，这强烈表明来自 UL4-UL6 基因座的转录本可能在 HCMV 复制中发挥重要作用。
循环经济和循环商业模型
进步背景计划：需要宽B细胞抗原受体（BCR）曲目才能建立对任何类型的入侵病原体的体液免疫力，例如病毒以及疫苗接种。最近的一个例子是COVID大流行，其中免疫力基于B细胞在其表面表达BCR的B细胞，以识别病毒。遇到病毒/疫苗接种后，共vid特异性B细胞将分化为分泌大量可溶性BCR的浆细胞，实际上，可以结合并消除病毒的抗体。几十年前，在小鼠中与BCR和BCR组装有关的一种称为VPREB3的多肽。但是，由于尚未发表其他研究，因此VPREB3的作用尚不清楚。我们假设组装相应受体需要VPREB3，这最终会影响BCR曲目。目的：该计划的目的是通过探索VPREB3在受体大会中的作用及其对BCR曲目的影响，为成功的候选人提供机会促进其职业生涯。方法：基于计算机的BCR/BCR的建模，具有/不带VPREB3，蛋白质印迹，免疫沉淀，共聚焦显微镜，对VPREB3 KO小鼠中BCR库的分析。时间计划：第一年，我们将努力开发所需的所有方法和知识，第二年我们将完成实验。结果：对BCR和BCR组装的了解增加，以及VPREB3在这些过程中的潜在作用。在缺乏VPREB3的条件下，确定对BCR曲目的潜在后果。此外，如果成功的话，候选人应该为他/她在学术界的未来职业发展做好准备。（请注意，奖学金是由于工作或研究以外的其他原因而建立的）
康斯坦斯改变了拟南芥的昼夜节律
植物是无柄生物，已经获得了高度塑料发育策略以适应环境。在这些过程中，口腔过渡对于确保生殖成功至关重要，并且受到多个内部和外部遗传网络的最终调节。控制植物对白天长度的响应的光周期途径是控制流动的最重要的途径之一。在ara-bidopsis光周期旋转中，constans（CO）是中心基因，它在漫长的一天结束时在叶片中激活了叶片开花基因座t（ft）的表达。昼夜节律强烈地表达了CO的表达。迄今为止，尚无关于从光周期途径回到昼夜节律的反馈回路的证据。使用转录网络，我们确定了相关的网络图案，可以调节昼夜节律之间的相互作用。基因表达，染色质免疫沉淀实验和表型分析使我们能够阐明CO在昼夜节律中的作用。植物具有改变的CO表达的植物显示出不同的内部时钟周期，通过每日叶子节奏运动来衡量。我们表明，通过与启动子上的特定位点结合，CO上调了与昼夜节律时钟相关的关键基因的表达，例如CCA1，LHY，PRR5和GI。CO上的大量PRR5抑制靶基因上调，这可以解释COCo-Prr5复合物与BZIP转录因子HY5相互作用，并有助于将复合物定位在时钟基因的启动子中。总而言之，我们的结果表明，可能有一个反馈循环，可以在其中将循环回到昼夜节律时钟，从而为昼夜节律提供了季节性信息。
BRD4 抑制会损害 DNA 错配修复，诱导错配修复突变特征，并导致 MMR 功能正常的肿瘤对免疫检查点阻断的治疗脆弱性
摘要 背景 错配修复缺陷 (dMMR) 是免疫检查点阻断 (ICB) 反应的一个公认的生物标志物。将 MMR 熟练 (pMMR) 转化为 dMMR 表型以使肿瘤对 ICB 敏感的策略受到高度追捧。含溴结构域 4 (BRD4) 抑制和 ICB 的结合提供了有希望的抗肿瘤作用。然而，其潜在机制仍然未知。在这里，我们发现 BRD4 抑制会在癌症中诱导持续的 dMMR 表型。方法我们通过对癌症基因组图谱和临床蛋白质组肿瘤分析联盟数据进行生物信息学分析以及对卵巢癌标本的免疫组织化学 (IHC) 评分进行统计分析，证实了 BRD4 与错配修复 (MMR) 之间的相关性。通过定量逆转录 PCR、蛋白质印迹和 IHC 测量 MMR 基因 (MLH1、MSH2、MSH6、PMS2)。通过全外显子组测序、RNA 测序、MMR 检测和次黄嘌呤-鸟嘌呤磷酸核糖转移酶基因突变检测确认 MMR 状态。在体内和体外诱导 BRD4i AZD5153 耐药模型。通过细胞系之间的染色质免疫沉淀和来自 Cistrome 数据浏览器的数据研究了 BRD4 对 MMR 基因转录的影响。在体内证明了对 ICB 的治疗反应。通过流式细胞术测量了肿瘤免疫微环境标志物，例如 CD4、CD8、TIM-3、FOXP3。结果我们在转录和翻译方面确定了 BRD4 和 MMR 基因之间的正相关性。此外，BRD4 转录抑制会降低 MMR 基因表达，导致 dMMR 状态和突变负荷升高。此外，长期暴露于 AZD5153 可在体内和体外促进持久的 dMMR 特征，增强肿瘤的免疫原性，并且尽管获得了耐药性，但仍增加了对 α - 程序性死亡配体-1 疗法的敏感性。
跨学科研究与创新中心（CIRI）
哲学和道德，关于科学和研究的道德，智力诚实和研究完整性，科学不当行为：伪造，制造和窃（FFP）（FFP），多余的出版物：重复和重叠的出版物，萨拉米语，选择性的报告，选择性报告和陈述数据。出版道德：定义，引言和重要性，利益冲突，出版物不当行为：定义，概念，导致不道德行为的问题，违反出版伦理学，作者身份，出版物不当行为，投诉和上诉，掠夺性出版商和期刊。II II：生物信息学和生物统计学下一个基因组测序和分析方法。 染色体构象捕获和染色质免疫沉淀与测序（CHIP-SEQ）耦合。 序列对齐clustalw和Omega。 统计，数据类型，平均值，模式，中值，样本方差和样本标准偏差的简介。 数据解释和分析，精度和准确性，误差分析，最小二乘拟合，线性和非线性回归和相关分析，假设检验（T和F假设检验），显着性测试，拟合测试的方形优势。 拟合优度的重要性。 单元III：Techniques-1电泳：类型，原理和应用。 印迹技术：类型，原理和应用。 通过ELISA测定抗原抗体浓度。 确定解离常数和基本的生化计算。 质谱法：原理，电离方法和质谱的应用。II II：生物信息学和生物统计学下一个基因组测序和分析方法。染色体构象捕获和染色质免疫沉淀与测序（CHIP-SEQ）耦合。序列对齐clustalw和Omega。统计，数据类型，平均值，模式，中值，样本方差和样本标准偏差的简介。数据解释和分析，精度和准确性，误差分析，最小二乘拟合，线性和非线性回归和相关分析，假设检验（T和F假设检验），显着性测试，拟合测试的方形优势。拟合优度的重要性。单元III：Techniques-1电泳：类型，原理和应用。印迹技术：类型，原理和应用。通过ELISA测定抗原抗体浓度。确定解离常数和基本的生化计算。质谱法：原理，电离方法和质谱的应用。明亮场和共聚焦显微镜的原理和应用。单元IV：Techniques-2色谱原理及其类型。 紫外可见吸收光谱的原理和应用。 原理和荧光光谱的应用。 圆形二科运动（Far-UV，近紫外）。 红外光谱。 拉曼光谱和动态光散射。 X射线衍射的基本，Bragg定律，X射线晶体学，低温电子显微镜，透射电子显微镜，扫描电子显微镜，NMR光谱的基础知识及其应用。单元IV：Techniques-2色谱原理及其类型。紫外可见吸收光谱的原理和应用。原理和荧光光谱的应用。圆形二科运动（Far-UV，近紫外）。红外光谱。拉曼光谱和动态光散射。X射线衍射的基本，Bragg定律，X射线晶体学，低温电子显微镜，透射电子显微镜，扫描电子显微镜，NMR光谱的基础知识及其应用。
染色质构象的原发性骨关节炎软骨细胞图揭示了新型候选效应基因
自身免疫性疾病的复杂全景中的抽象目标，参与疾病进展的促进自身抗体的关键表征仍然具有挑战性。这项研究旨在采用全球抗体分析策略来识别新型抗体并研究其与系统性硬化症（SSC）的关联。方法，我们使用源自细胞裂解液的抗原池在与SSC或健康供体患者的珠子消化后进行免疫沉淀（IP）进行了免疫沉淀（IP）。使用质谱（MS）的定量蛋白质组学（MS）进行了富集的抗原抗体复合物，并通过生物信息学分析过度代表。然后，在两个独立的SSC患者组中对候选抗体进行正交验证。用靶抗原对小鼠进行免疫，随后通过组织学检查和RNA测序评估。结果IP-MS分析，然后在SSC患者中进行验证，显示SSC患者的抗PRMT5抗体显着升高。这些抗体在区分SSC和健康对照和其他自身免疫性疾病（包括全身性红斑狼疮和Sjögren综合征）方面表现出强大的诊断精度，曲线下的区域范围为0.900至0.988。使用其他方法，微阵列在随后的独立组中验证了抗PRMT5抗体的升高。值得注意的是，SSC患者中有31.11％的抗PRMT5抗体表现出血清阳性。此外，抗PRMT5抗体的滴度与SSC中的进程或回归轨迹有着相关性。PRMT5免疫在小鼠的皮肤和肺中均显示出明显的炎症和纤维化。这与多种促炎和纤维化途径的上调同时，从而强调了抗PRMT5抗体在SSC中的潜在关键作用。结论本研究将抗PRMT5抗体确定为SSC的新生物标志物。