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单细胞RNA-SEQ分析揭示了BHLHE40驱动Pro
抽象的客观先天免疫在胰腺导管腺癌（PDAC）中起着重要作用，作为非T细胞富集的肿瘤。中性粒细胞是先天免疫系统的主要参与者。在这里，我们旨在探索PDAC中嗜中性粒细胞的异质性和促肿瘤机制。Design We analysed single-cell transcriptomes of peripheral blood polymorphonuclear leucocytes (PMNs) and tumour-infiltrating immune cells from five patients with PDAC, and performed immunofluorescence/ immunohistochemistry staining, multi-omics analysis and in vitro experiments to validate the discoveries of bioinformatics analysis.结果探索了肿瘤相关嗜中性粒细胞（TAN）的异质性的结果表明，与预后不良，炎症亚群（TAN-2）相关的终末分化了肿瘤的亚群（TAN-1），炎症亚群（TAN-2），这是一种过渡性的过渡阶段，这些阶段刚刚迁移到肿瘤的微观群（TAN-STERIMED STERMATIENT）竞争（TAN-3）和sumportuntim profestratient profestration profestration propperting（TAN-3） （tan-4）。糖酵解特征沿中性粒细胞过渡轨迹上调，而TAN-1则具有过度激活的糖酵解活性。TAN的糖酵解开关通过转录组学，蛋白质组学和代谢组学分析的综合多词方法验证。通过LDHA过表达通过中性粒细胞样分化的HL-60（DHL-60）细胞激活糖酵解活性。促肿瘤和免疫抑制功能。的机理研究表明，BHLHE40在低氧下游和内质网应激下游是中性粒细胞对TAN-1表型的极化的关键调节剂，并且通过染色体素免疫原蛋白免疫原化鉴定证明了tan-1标记基因上BHLHE40的直接转录调节。重要的是，PDAC组织的免疫组织化学分析揭示了BHLHE40 +中性粒细胞的不利预后值。结论本研究揭示的晒黑棕褐色的动态特性将有助于推进针对先天免疫力的PDAC治疗。
生物系课程大纲 - 约克大学
课程内容 讲座主题： 农业生物技术（转基因食品、转基因植物、限制转基因传播） 工业和环境生物技术（生物催化、新型化合物、生物修复） 医学生物技术（克隆、干细胞、基因编辑、基因治疗） 学期报告评分（20%） 您需要就与本生物技术课程相关的主题进行非常简明且组织良好的口头报告。根据您最近发表的一篇论文的选择（选择必须由课程主任从提供的列表中批准），就该论文进行 10 分钟的报告，然后有 5 分钟的提问时间。您对课堂问题的回答将用于评估您的背景知识和对该工作的理解（使用的方法、潜在应用、道德问题）。 参与度（10%） 这个成绩将基于您在实验练习和报告中的参与情况。这意味着您必须在两种环境中提问！课程主任将评估您在口头报告中的参与度；即您的出勤率和讨论期间提出的问题。实验室表现成绩取决于您的实验室技术、您对实验室的准备程度、实验室清洁、您在实验室的态度以及您的实验室笔记本（助教会定期审查）。实验室表现成绩由参与管理实验室的所有人决定：课程主任、助教和实验室技术员。实验报告 (40%) 实验室 1，基于植物 - 瞬时转化和 RT-PCR 12% 实验室 3，基于哺乳动物细胞 - 活化 MAP 激酶的免疫沉淀 12% 实验室 4，基于微生物和体外 - 蛋白质表达和纯化，体外转录和翻译 16% 实验室测验 (10%) 实验室 2，基于酵母 - 使用 CRISPR-Cas9 进行基因组编辑 10% 期末考试 (20%) 本次考试将基于讲座材料和同学演示，并将在正常考试期间亲自举行。
放线菌研究进展：2019 年 ActinoBase 综述
收到日期：2020 年 2 月 21 日；接受日期：2020 年 5 月 28 日；发布日期：2020 年 6 月 19 日 作者隶属关系：1 英国东英吉利大学生物科学学院，诺里奇研究园区，诺里奇，诺福克 NR4 7TJ，英国；2 英国斯特拉斯克莱德大学斯特拉斯克莱德药学和生物医学科学研究所，格拉斯哥大教堂街 161 号，G4 0RE，英国；3 英国兰开夏郡 Edge Hill 大学生物系，L39 4QP；4 英国诺里奇约翰英纳斯中心分子微生物学系，NR4 7UH。 *通讯作者：Thomas C. McLean，T.mclean@uea.ac.uk 关键词：ActinoBase；放线菌；抗生素；发展；方法学；微生物生态学；调节；特殊代谢物；链霉菌；共生。缩写：antiSMASH，抗生素和次级代谢物分析壳；ARTS，抗生素耐药性靶向搜索者；BCI，巴罗科罗拉多岛；BGC，生物合成基因簇；c-di-GMP，3'，5'-环二鸟苷酸；ChIP-seq，染色质免疫沉淀测序；DSB，双链断裂；EHEC，肠出血性大肠杆菌；EPEC，肠致病性大肠杆菌；GMC，共同进化的地理马赛克理论；GNPS，全球天然产物社会分子网络；GPA，糖肽抗生素；GPA，糖肽抗生素；HMM，隐马尔可夫模型；ISBA，放线菌生物学国际研讨会；LEE，肠细胞消除位点；MAG，宏基因组组装基因组；NRPS，非核糖体肽合成酶； PKS，聚酮合酶；RiPP，核糖体合成和翻译后修饰肽；SNP，单核苷酸多态性；TCS，双组分系统；T3SS，III 型分泌系统；WGS，全基因组测序。† 这些作者对本作品的贡献相同 000944 © 2020 作者
分析城市能源以实现净零能源社区
在转基因作物中表达的外源蛋白的细胞定位不仅决定了其稳定性，而且还决定了它们对作物生长和发育的影响，包括在压力条件下；然而，潜在的分子机制仍然未知。在这里，我们通过亚细胞定位，免疫组织化学，免疫流畅和蛋白质印迹分析确定了抗昆虫的转基因水稻huahui-1（HH1）细胞中外源表达的Cry1Ab/c蛋白的细胞分布。通过酵母两杂交，双分子分子荧光互补（BIFC）和辅助药物分析研究了CRY1AB/C蛋白与初筛选的内源性质膜Ca 2+ ATPase之间的相互作用。通过比较CRY1AB/C和Ca 2+ ATPase之间的细胞定位和相互作用位点分析了潜在的相互作用机制。表型指数和Ca 2+ -ATPase活性在转基因HH1和父母线Minghui-63在无压力和盐压力的条件下确定，可以由CRY1AB/C-Ca 2+ -ATPase相互作用调节。结果表明，Cry1ab/C不仅分布在细胞质和核中，而且还分布在质膜上，在质膜上与质膜Ca 2+ -ATPase相互作用。通过BIFC实验，这种相互作用部分保留了细胞核中的质膜蛋白Ca 2+ ATPase，因此可能会通过改变蛋白质的细胞位置来影响膜上Ca 2+ -ATPase活性。一致地，我们的结果证实了转基因HH1中Cry1ab/c的存在导致Ca 2+ -ATPase活性的降低，并对植物表型造成不利影响，包括显着降低的植物高度和生物量，与亲属MH63相比；并且这些有害作用在盐应力条件下更明显，从而影响转基因
乙酰转移酶Nat10抑制T-细胞免疫和...
抽象背景免疫抑制显着有助于鼻咽癌（NPC）的治疗失败。Messenger RNA（mRNA）修饰（例如甲基化和乙酰化）在免疫抑制中起着至关重要的作用。然而，N4-乙酰环甲胺（AC4C），唯一在NPC中很少研究乙酰化修饰事件。方法首先，使用临床组织样品和裸小鼠模型来探索NPC中N-乙酰基转移酶10（NAT10）的表达及其对其的影响。第二，使用癌症基因组免疫数据库和转基因小鼠外周血液免疫细胞板来验证主要受NAT10影响的免疫细胞。然后，通过乙酰化的RNA免疫沉淀序列与RNA测序结合，探索了NAT10 AC4C乙酰化的修饰和显着上调转录因子的表达。然后，通过荧光素酶报告和染色质蛋白元素免疫致敬，分析了CCAAT增强子结合蛋白γ（CEBPG），死盒解旋酶5（DDX5）和类似于解析酶样转录因子（HLTF）的下游调节基因。最后，通过动物模型验证了NAT10对抗编程细胞死亡蛋白1（PD-1）治疗敏感性的影响。在这项研究中，我们旨在探索NAT10（负责AC4C修饰的酶，在NPC进展和患者预后中）的作用。NAT10升高促进了NPC的进展，并与NPC患者的预后不良相关。NAT10的抑制增加了对PD-1治疗的敏感性。NAT10的抑制增加了对PD-1治疗的敏感性。NAT10介导的CEBPG，DDX5和HLTF mRNA的AC4C修饰提高了其稳定性和翻译效率，NAT10/ AC4C/ DDX5轴上调了高移动性组Box 1（HMGB1）（HMGB1），并抑制CD4+和CD4+和CD8+ T细胞。此外，发现HLTF在转录调节Nat10上，表明形成了HLTF-NAT10阳性反馈回路。结论我们的研究阐明了NAT10/DDX5/HMGB1轴通过促进T细胞功能障碍来促进NPC的免疫抑制的机制。此外，NAT10敲低可以增强抗PD-1治疗敏感性作为NPC的组合疗法。
醛脱氢酶2介导的醛代谢通过调节点头/Vista轴促进肿瘤免疫逃避
抽象背景醛脱氢酶2（ALDH2）是参与内源性醛解毒毒素的关键酶，并且与肿瘤进展有关。然而，其在肿瘤免疫逃避中的作用尚不清楚。方法，我们分析了多种癌症中ALDH2表达与抗肿瘤免疫特征之间的关系。ALDH2敲除肿瘤细胞。在免疫能力的乳腺癌EMT6和黑色素瘤B16-F10小鼠模型中，我们研究了ALDH2阻断对流式细胞仪，质量细胞仪，Luminex液体悬浮液检测以及免疫组织组织的细胞量表仪，质量细胞仪，Luminex液体悬浮液的影响。还采用了RNA测序，流式细胞仪，蛋白质印迹，染色质免疫沉淀测定法和荧光素酶报告基因测定法，以探索参与肿瘤免疫逃避的ALDH2的详细机制。最后，在小鼠模型中研究了通过遗传耗竭或其抑制剂二硫次与免疫检查点封闭（ICB）结合使用的阻断ALDH2的协同治疗功效。在我们的研究中，我们发现了多种癌症中AldH2和T细胞功能障碍的表达水平之间的正相关。此外，通过增强CD8 + T细胞的细胞毒性活性并重塑体内肿瘤的免疫景观和细胞因子环境，可以显着抑制ALDH2。结果，CD8 + T细胞的细胞毒性功能得到了振兴。重要的是，ALDH2阻滞显着增强了ICB治疗的功效。从机理上讲，醛的ALDH2介导的代谢抑制了T细胞激活（VISTA）的V域Ig抑制剂的表达，通过灭活核苷酸寡聚结构域（NOD）/核因子Kappa-kappa-k（NF-κB）信号通路。结论我们的数据描述了ALDH2介导的醛代谢通过激活NOD/NF-κB/Vista轴通过激活肿瘤免疫逃避。靶向ALDH2为免疫疗法提供了有效的组合治疗策略。
'SGLT2抑制剂减轻了狼疮中的足细胞损伤...
抽象目标骨关节炎是一种复杂的疾病，具有巨大的公共卫生负担。全基因组关联研究（GWAS）已经鉴定出数百个与骨关节炎相关的序列变体，但是支撑这些信号的效应基因在很大程度上仍然难以捉摸。了解三维（3D）空间中的染色体组织对于以组织特异性方式（例如，基因和调节元件之间的远处基因组特征（例如，基因和调节元件之间）之间的长距离接触至关重要。在这里，我们生成了原发性骨关节炎软骨细胞的第一个整个基因组染色体构象分析（HI-C）图，并确定了该疾病的新型候选效应基因。方法从8例膝关节骨关节炎患者收集的原发软骨细胞进行了HI-C分析，以将染色体结构与基因组序列联系起来。然后将鉴定的环与骨关节炎GWAS结果和来自原发性膝关节关节炎软骨细胞的表观基因组数据结合在一起，以通过增强子促进剂相互作用来鉴定参与基因调节的变体。结果，我们确定了与77个骨关节炎GWAS信号相关的染色质环锚固中的345种遗传变异。例如，PAPPA与胰岛素样生长因子1（IGF-1）蛋白的周转直接相关，而IGF-1是修复受损软骨细胞的重要因素。结论我们已经构建了第一张原代人软骨细胞的HI-C地图，并将其作为科学界的资源提供。这些变体中的十个直接存在于10个新描述的新描述的活跃增强子促进圈的增强区域中，并通过对公共可用的染色质免疫沉淀测序（CHIP-SEQ）进行多组学分析（CHIP-SEQ）和分析酶 - 可访问型染色体的分析（CHIP-SEQ），并使用测序对基因seeq for Generq for Negeq for Necter（ATAC-SEEQ）数据序列（ATAC-SEEQ）chornee chondeq forter（ATAC-SEEQ）序列（ch） SPRY4和PAPPA（与妊娠相关的血浆蛋白A）以及对已知参与骨关节炎的基因SLC44A2的进一步支持。通过将3D基因组学与大规模的遗传关联和表观遗传学数据整合在一起，我们确定了骨关节炎的新型候选效应基因，从而增强了我们对疾病的理解，并可以作为假定的高价值新型药物靶标。
本作品已获得 Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License 许可。摘要 猪瘟是由一种
本作品根据知识共享署名-非商业性使用 4.0 国际许可证进行授权。摘要猪瘟是由黄病毒科猪瘟病毒属的包膜 RNA 病毒引起的，而非洲猪瘟 (ASF) 是由非洲猪瘟病毒科非洲猪瘟病毒属的双链 DNA 病毒引起的。这两种疾病都是毁灭性的，并因死亡、生长迟缓和繁殖性能低下而给养猪业造成巨大损失。非洲猪瘟和猪瘟的临床症状非常相似；因此，必须进行实验室检测来区分这两种疾病。已经开发出用于诊断 CSF 的病毒分离、荧光抗体测试 (FAT)、抗原捕获抗体酶联免疫吸附试验 (ELISA)、逆转录聚合酶链反应 (RT-PCR)、病毒中和试验 (VNT) 和抗体 ELISA。为了检测 ASF，已经开发了 ELISA、化学发光免疫分析 (CLIA)、PCR、荧光素酶免疫沉淀分析 (MB-LIPS)、环介导等温扩增 (LAMP) 和重组酶聚合酶扩增 (RPA)。为了发展养猪业，需要快速诊断和有效的预防措施来帮助管理和消灭这两种疾病。猪已经通过疫苗接种得到了针对这些疾病的保护。必须通过严格的检疫措施防止 CSF 和 ASF 病毒的进入。早期发现和了解疾病的流行病学对于防止疾病传播和制定有效的管理策略都至关重要。本综述提供了对这两种疾病的病原体、流行病学、传播方式、临床症状、发病机制、诊断和控制策略的见解。关键词：控制、生长、死亡率、猪、病毒正确引用：Rai，S。（2024 年）。关于养猪业中古典猪瘟和非洲猪瘟的流行病学、诊断和控制的最新见解。农业与自然资源杂志，7(1)，127-144。DOI：https://doi.org/10.3126/janr.v7i1.73220 引言 在许多国家，养猪是家庭收入的主要来源。猪瘟对养猪业影响很大。该病是由黄病毒科疫病毒属的一种有包膜 RNA 病毒引起的。猪瘟是一种严重且造成经济损失的猪病，可以通过地方性和流行性方式感染家猪和野猪种群（Edwards 等人，2000 年）。由于肉类出口贸易限制以及该疾病造成的大面积动物死亡，猪瘟病毒（CSPV）在猪群中的存在会对肉类生产业产生严重的负面经济影响。非洲猪瘟病毒 (ASFV) 是非洲猪瘟病毒科中非洲猪瘟病毒属的成员（Gaudreault 等人，2020 年）。
鉴定新的AP -2Alpha调节基因：一种生物学和生物信息学方法ID -186 Orso Francesca 1，Cora'Davide 2，Penna Elisa 1，
2都灵大学，系理论物理学和INFN，通过朱里亚1、10125的意大利动机AP-2转录因子是发育调节的DNA结合蛋白的家族。它们由五个不同的基因（Alpha，beta，Gamma，delta和Epsilon）编码，但它们在DNA结合域中具有非常常见的结构。他们可以充当同二聚体或异二聚体。它们与富含GC的DNA序列结合，显然对不同的同工型没有任何特异性。AP-2通过调节特定基因在生长，分化，粘附和迁移中起相关的作用。方法为了鉴定新的AP-2Alpha调节基因，我们通过RNAi在上皮肿瘤细胞中下调了AP-2α的表达，我们通过微阵列分析（整个人类基因组44K，Agilent）研究了基因表达。结果我们发现，与对照细胞相比，在AP-2Alpha siRNA的细胞中719个差异表达的基因（FC> 1.5 PV <0.01）：308上调-411下调。我们通过定量实时PCR验证了其中14个基因。然后，我们分析了寻找AP-2α结合位点的所有调制基因的调节区域。为此，我们确定了人和小鼠中每个蛋白质编码基因上游的15KB区域，并使用wublast局部比对程序进行了分析，以便用假定的调节作用定义人和小鼠之间的保守非编码块（CNB）。然后，我们对旨在鉴定调节元件的候选结合位点的这些区域中的寡核苷酸频率进行了统计分析。电子邮件：francesca.orso@ircc.it特别是，对于每一个可能的5至9个核苷酸长的DNA基序，我们都确定了一组人类基因，该基因在保守的上游区域中包含一个或多个代表过多的基序。然后，我们过滤了这些基因集，以独立于其基因本体论注释，寻找过度代表性的差异表达基因。通过这种方式，我们能够为AP-2定义许多推定的结合位点，并列出其他转录因子，这些因素可以与AP-2合作。非常重要的是，在我们的微阵列实验中调节的基因表现出高度不同的转录调节词汇。作为我们结果的测试，我们能够确认AP-2alpha与基因的调节区域的结合，例如内皮和平滑肌细胞衍生的神经蛋白类（ESDN），快速激酶（FastK）和ERERGULIN（EREG）和染色质免疫蛋白免疫蛋白（Chromatin Immununopitation）（Chip）。我们目前正在对表达AP-2GAMMA siRNA的细胞进行微阵列分析，以揭示该同工型的基因表达谱。我们的未来目标是确定可能的同工型特定AP-2结合基序。
flap核酸内切酶1通过ADP-核糖基化Yilun Sun 1*，Lisa M. Jenkins 2，Lara H. El Touny 3，Ukhyun Jo 1，Xi Yan
抽象的DNA-蛋白交联（DPC）是最普遍和有害的DNA病变之一，是由于暴露于代谢应激，药物或交联药物（如甲醛（FA））而引起的。fa是甲醇代谢，组蛋白脱甲基化，脂质过氧化和环境污染物的细胞副产品。无法修复FA诱导的DPC几乎所有基于染色质的过程，包括复制和转录，导致免疫缺陷，神经变性和癌症。然而，它在很大程度上仍然未知细胞如何维修DPC。由于缺乏鉴定DPC的技术，我们不理解FA的蛋白质类型会阻碍DPC修复的研究。在这里，我们通过将氯化葡萄球菌差异超速离心与HPLC-MAS-MAS光谱法（MS）耦合，从而设计了一种新型的生物测定法，以介绍FA诱导的DPC。使用该方法，我们揭示了FA诱导的人类细胞中FA诱导的DPC的蛋白质组，发现形成DPC的最丰富的蛋白质是PARP1，拓扑异构酶I和II和II和II，甲基转移酶，DNA和RNA聚合酶，组蛋白，组蛋白，以及核糖体蛋白。为了鉴定修复DPC的酶，我们进行了RNA干扰筛选，发现皮瓣核酸内切酶1（FEN1）的下调使细胞对FA过敏。由于Fen1具有5'-FLAP内切酶活性，因此我们假设FA诱导了DPC偶联的5'-FLAP DNA片段，可以通过Fen1处理。的确，我们证明了FA会损坏通过碱基切除途径（BER）转化为5'-FLAP的DNA碱基。我们还观察到受损的DNA碱基与DPC和FEN1共定位。从机械上讲，我们显示了FEN1在体内修复FA诱导的DPC和裂解5'-FLAP DNA底物，这些DNA具有模拟于体外的DPC。我们还发现，FEN1修复酶拓扑异构酶II（TOP2）-DPC，由其抑制剂依托泊苷和阿霉素诱导的诱导的酶促蛋白酶和阿霉素独立于BER途径，而FEN1和FEN1和DPC靶向的蛋白酶sprtn是对两种FA诱导的非Zym Zym Zym Zymations sprapterations spr的可行途径top2-dpcs。值得注意的是，我们发现FA诱导的非酶DPC和酶ToP2-DPC迅速通过聚辅助核糖基化（ParyLation）迅速修饰，这是一种由PARP1催化的翻译后修饰，由PARP1催化的，这是一种由Paryling DNA损伤损害蛋白和DNA Reparion Reparte resation and DNA损伤蛋白的关键DNA损伤效应器和DNA Reparte resation and dna Reparte stotes和DNA Reparte stotes。，我们用HPLC-MS的抗PAR抗体进行了免疫沉淀（IP）测定，并将Fen1鉴定为parylation底物。接下来，我们表明DPC底物的填充信号发出了Fen1，而Fen1的抚养也将Fen1驱动到DPC位点。最后，使用末端ADP-ribose-MS方法的酶促标记，我们将FEN1的E285残基确定为主要的荷置位点，这似乎是FEN1迁移到DPCS所需的。综上所述，我们的工作不仅揭示了FA诱导的DPC的身份，而且还发现了前所未有的PARP1-FEN1核酸酶途径，是一种通用和势在必行的机制，可以修复其他DPC并防止DPC诱导的基因组不稳定。