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牲畜基因组的结构变异及其与表型特征的关联：综述
基因组结构变异（SV）是指基因组尺度上个体间基因序列的差异，其在基因组中分布广泛，主要表现为插入、缺失、重复、倒位和易位等。SV具有片段长、覆盖范围大的特点，对家畜遗传特性和生产性能有显著影响，在研究品种多样性、生物进化、疾病相关性等过程中发挥着重要作用。对SV的研究有助于加深对染色体功能和遗传特性的认识，对理解遗传性疾病的发生机制具有重要意义。本文对牛、水牛、马、绵羊和山羊基因组中SV的概念、分类、主要形成机制、检测方法及研究进展进行综述，旨在通过基因组研究揭示表型性状差异的遗传基础和适应性遗传机制，为更好地认识和利用草食家畜遗传资源提供理论基础。
成熟的更改授权和通知...
第二个特殊通知规则涉及相同路由的其他路由对象的创建和删除，但使用不同的启动器：每当创建或删除路由对象时，都会搜索注册表，以搜索涵盖完全相同地址空间的其他路由对象以及最小的较小路由。所有此类路线对象的监护人将注意到变化以及有关所有路线对象的存在。这还包括刚刚创建的路线对象的监护人的通知。本规则试图确保将同一路线的多个插入到路由网格以及代理聚合中至少在Factum后进行协调。由于涉及的技术工作，该规则的实施可能比其余的授权软件包要晚。该通知是否还应包括更多的特定和其他较少特定路由的经验来确定。
使用集成到基因组中的CAS9中的秀丽隐杆线虫中的高效CRISPR基因编辑
基因编辑c。使用基于质粒的CRISPR试剂的秀丽隐杆线虫需要对许多动物进行显微注射才能产生单一编辑。质粒传播CAS9的种系沉默是效率低下的主要原因。在这里，我们提供一组c。秀丽隐杆线虫菌株从综合转基因中构成了种系中表达cas9的菌株。这些菌株显着提高了基于质粒的CRISPR编辑的成功率。对于简单的，短的同源臂GFP插入，注射动物的50-100％通常会产生编辑的后代，具体取决于目标基因座。模板引导的来自外染色体阵列的编辑在几代人中维持。我们在多个杂种上使用CAS9转基因建立了菌株。此外，每个CAS9基因座还包含一个由热轴驱动的CRE重组酶，可选择可选标记物和明亮的荧光标记物，以便于易于脱落。这些集成的CAS9菌株大大减少了产生单个基因组编辑的工作量。
PEAR 是一种灵活的荧光报告基因，用于识别和富集已成功进行先导编辑的细胞
摘要 Prime editing 是一种最近开发的基于 CRISPR/Cas9 的基因工程工具，可用于在基因组中引入短插入、删除和替换。然而，Prime edit 的编辑率通常约为 10%–30%，效率却与其多功能性不符。本文，我们介绍了 Prime editor 活性报告基因 (PEAR)，这是一种灵敏的荧光工具，可用于识别具有 Prime edit 活性的单个细胞。PEAR 没有背景荧光，可特异性指示 Prime edit 事件。它的设计为整个间隔序列的序列变异提供了无限的灵活性，使其特别适合于系统地研究影响 Prime edit 活性的序列特征。使用 PEAR 作为 Prime edit 的富集标记可使编辑群体增加高达 84%，从而显著提高 Prime edit 在基础研究和生物技术应用中的适用性。
安全性和有效性数据摘要（SSED）
最初的PMA（P160045）ONCOMINE™DX靶标（ODXT）测试于2017年6月22日批准，用于检测可能从FDA批准的三种非小细胞肺癌（NSCLC）中受益的患者的遗传改变。随后，批准了其他PMA补充剂，用于扩展使用ODXT测试的指示，以检测NSCLC患者的肿瘤中的RET融合，以证明第四次治疗指示和鉴定IDH1单核苷酸变体（SNVS）以来的胆管癌（CC）患者是其原始批准的患者。支持先前批准的指示的SSED可以在CDRH网站上找到。当前的面板轨补充剂被提交以扩展使用ODXT测试的适应症，以包括鉴定表皮生长因子受体（EGFR）Exon 20插入的NSCLC患者的伴随诊断指示，这些NSCLC患者可能会受益于目标药物治疗，EXKITION™（Mobocertinib）。II。 使用的指示II。使用的指示
南方 & 北方印迹
南方印迹和北方印迹都是将核酸转移到膜上的分子生物学技术，随后通过杂交程序检测特定的核酸序列。南方印迹用于识别特定的 DNA 序列，例如找出生物体中存在多少个特定基因的拷贝，而北方印迹用于比较不同生物体之间的 mRNA 池。由于 RNAseq、微阵列和 RT-PCR 现在是分析物种间 mRNA 池的常用方法，有时也更灵敏，因此北方印迹现在不太常用。另一方面，南方印迹仍然是一种非常流行的方法，因为与 PCR 相比，它还可用于识别直系同源或旁系同源基因、外来基因的部分插入或基因组内特定基因的拷贝数，因为只需要知道基因的基本序列，而不需要知道特定的引物结合位点。由于如今很少进行北方印迹实验，因此本信息手册将主要关注南方印迹实验。
p120 HDR 质粒 (h): sc-400943-HDR
含有由 CRISPR/Cas9 系统产生的双链断裂 (DSB) 的 DNA 可以通过非同源末端连接 (NHEJ) 或同源定向修复 (HDR) 途径进行修复 (1,2,3)。NHEJ 修复途径在切割位点引入非特异性插入或缺失，而 HDR 途径允许在 DSB 位点进行精确的基因编辑 (1,2,3)。靶向特异性 HDR 质粒为 DSB 提供 DNA 修复模板，当与 CRISPR/Cas9 KO 质粒共转染时，能够在发生 Cas9 诱导的 DNA 切割的位置插入特定的选择标记 (1,2)。HDR 质粒可以整合红色荧光蛋白 (RFP) 基因以直观地确认转染，并整合抗生素抗性基因 (嘌呤霉素) 以选择含有成功 CRISPR/Cas9 双链断裂的细胞。嘌呤霉素抗性和 RFP 编码基因两侧是两个 LoxP 位点，这些位点可被 Cre 载体识别，之后可利用该位点从基因组 DNA 中去除这些选择标记 (4,5)。
genepi：用于整个基因组测序分析的GPU增强的下一代生物信息学管道
驱动了对高级计算基础架构进行分析这些大数据集的需求。这项工作的目的是引入一条创新的生物信息学管道，名为Genepi，以进行WGS简短配对读数的有效和精确分析。构建在具有模块化结构的NextFlow框架上，Genepi结合了GPU加速算法并支持多种工作流程配置。管道可自动从生物学WGS数据中提取生物学相关的见解，包括：与疾病相关的变体，例如单核苷酸变体（SNV），小插入或缺失（Indels），拷贝数变体（CNV）和结构变体（SVS）。针对高性能计算（HPC）环境进行了优化，它利用了工作 - 安排的提交，并行处理以及为每个分析步骤量身定制的资源分配。对合成数据集进行了测试，Genepi准确地识别了基因组变量，并且具有与最新工具相当的性能。这些功能使Genepi成为研究和临床环境中大规模分析的宝贵工具，这是朝着建立国家计算和技术医学中心的关键一步。
在没有错配修复的情况下，主要编辑的效率和保真度会得到增强
Prime 编辑 (PE) 是一种强大的基因组工程方法，能够将碱基替换、插入和删除引入任何给定的基因组位点。然而，PE 的效率差异很大，不仅取决于目标基因组区域，还取决于编辑细胞的遗传背景。在这里，为了确定哪些细胞因素会影响 PE 效率，我们针对 32 个 DNA 修复因子进行了有针对性的遗传筛选，涵盖了所有已报道的修复途径。我们表明，根据细胞系和编辑类型，错配修复 (MMR) 的消融可使 PE 效率提高 2-17 倍，涵盖多种人类细胞系、编辑类型和基因组位点。关键 MMR 因子 MLH1 和 MSH2 在 PE 位点的积累表明 MMR 直接参与 PE 控制。我们的研究结果为 PE 机制提供了新的见解，并提出了如何优化其效率。
使用CRISPR-CAS9，单链DNA寡核苷酸和原生质体再生
基因组编辑需要将DNA序列插入特定位置。涉及定期间隔短的短文重复序列（CRISPRS）和CRISPR相关（CAS）蛋白质的方案依赖于同源性维修，需要费力的矢量构造，并且效率低。DNA寡核苷酸可以通过非同源末端连接用作靶向插入的供体。我们的简单协议通过使用聚乙烯乙二醇将非修饰的单链DNA DNA寡核苷酸和CRISPR-CAS9核糖核蛋白输送到原生质体中，从而消除了对昂贵的设备和矢量结构的需求。，我们在烟草本尼亚娜纳（Nicotiana Benthamiana）中实现了高达50.0％的靶向插入频率，而无需抗生素选择即可快速循环胸腺橄榄石。使用每个同源臂中包含27 nt的60 nt供体，22个再生植物中有6个显示出靶向插入，其中1个包含6 bp Eco RI位点的精确插入。全基因组测序表明，DNA仅插入靶向位置，遗传分析表明，插入到下一代的插入序列。