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利用DSB维修以促进有效的同源性...
Prime编辑最近作为用于精确基因组编辑的下一代方法。在这里，我们利用DNA双链断裂（DSB）修复来开发两种新型策略，这些策略使用基于SP Cas9核酸酶的Prime Editor（PEN）安装精确的基因组插入。我们首先证明，与常规的Prime编辑指南RNA（PEGRNA）相连，可以有效地通过依赖同源性的DSB修复机制促进短基因组插入。虽然笔编辑导致副产品的水平增加，但它挽救了与基于Nickase的Prime编辑器表现不佳的Pegrnas。我们还提出了一种小分子方法，该方法产生了笔编辑的产物纯度。接下来，我们通过设计一个单个启动插入GRNA（springRNA）来开发同源性独立笔编辑策略，该插入式插入式插入（SpringRNA）通过非同源端连接途径（NHEJ）安装DSB的基因组插入。最后，我们表明，在DSB上进行的笔介导的插入阻止了Cas9诱导的大染色体缺失，并提供了证据表明连续CAS9介导的切割是Cas9诱导的大缺失的一种机制之一。总的来说，这项工作通过利用包括NHEJ在内的不同的DNA修复机制来扩展当前的Prime编辑工具箱，NHEJ代表了哺乳动物细胞中DSB修复的主要途径。
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拥抱诊所 - 法医护理服务604.807.5406 embraceclinic@fraserhealth.ca 9634 Surrey乔治·乔治·布尔维德（King George Blvd），萨里（Surrey）提供专门的非紧急，受创伤的，受伤的医疗医疗保健，医疗医疗和改良的法医评估，以实现任何经验丰富的罪名和遭受暴力侵害的法官和成人（口译员可用。致电，短信或直接给诊所发送电子邮件以进行预约。为有需要的任何人提供一些性健康服务，例如STI/HIV筛查和治疗，无偏选择，宫内节育器插入，避孕植入物插入以及每月的PAP诊所进行妊娠测试。开放周一至周五，上午9点至下午4点。
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鉴于这些结果以及 EFSA 的结论，即定向诱变和同源基因（不包括内源基因）本身不会产生不同于传统育种方法的特定危害，定向替换、插入和缺失（NGT 提案附件一中的标准 1 和 2）、定向插入和替换同源基因（标准 3）以及定向倒位（标准 4）被纳入等同性标准。标准 5 被纳入考虑可能的结果（DNA 序列），这些结果可能发生在育种者基因库 6 中的物种中，但可能未被先前的标准涵盖。该标准仅对标准 3 和基因改造不干扰内源基因的条件进行了豁免。
与反转的DNA序列对齐的局部算法
描述了一种动态编程算法，以找到DNA子序列的所有最佳比对。对齐不仅使用核苷酸的替代，插入和缺失，还使用序列的子字符串的反转（反向补充）。反转比对本身包含核苷酸的取代，插入和缺失。我们研究与非相反反转的对齐问题。为了提供一种计算有效的算法，我们将候选反转限制为k得分最高的反转。还描述了一种算法，以找到与反演的最佳非交流对齐的算法。新算法应用于果蝇Yakuba线粒体DNA的区域，并为URF6和细胞色素B进行编码的小鼠编码，并发现了URF6基因的反转。讨论了相交反转的开放问题。
CT2N0M0胃癌的新辅助化疗...对耳蜗电极插入的新型机器人辅助系统的定量体内评估
抽象目的是越来越多的人工耳蜗候选者表现出残留的内耳功能，植入物插入过程中的听力保存策略变得越来越重要。手动植入已知会诱导创伤和压力峰。在这项研究中，我们使用经过验证的维特罗模型来全面评估一种新型的手术工具，该工具通过镊子的机动运动来解决这些挑战。使用侧壁电极的方法，我们检查了两个插入的亚组：经验丰富的外科医生手动执行了30次插入，并在同一外科医生的监督下使用机器人辅助系统进行了另外30个插入。我们利用了颞骨的现实，经过验证的模型。该模型准确地再现了摩擦后的摩擦条件，并允许对力学结构，当2型式后压力以及Scala Tympani内电极阵列的位置和变形进行力同步记录。结果，我们与常规程序相比，在机器人辅助插入过程中的力变化显着降低，平均值分别为12 mn/s和32 mn/s。机器人辅助也与强压峰的显着降低和2B降低有关。此外，我们的研究强调，插入工具的释放代表了需要手术训练的关键阶段。与手动技术相比，结论机器人援助表现出更一致的插入速度。它的使用可以显着减少与2肢内创伤相关的因素，从而突出其改善听力保存的潜力。最后，该系统不会减轻随后的手术步骤（例如电极电缆路由和人工耳蜗访问密封）的影响，指向需要进一步研究的领域。
转座子是水稻种群中选择下基因表达变异性的重要因素
抽象转座元素（TES）是基因组变异性的重要来源。在这里，我们通过使用来自Oryza Sativa SSP的208个品种的表达数据来分析了它们对水稻基因表达变异性的贡献。indica和O. sativa ssp。Japonica亚种。我们的数据表明，插入与许多已知是水稻驯化和育种靶标的表达的变化有关。这些插入的重要部分已经存在于大米野生群中，并且在Indica和Japonica水稻种群中被差异化。总的来说，我们的结果表明，由TE诱导的信号转导基因中的表达变化很小，伴随着水稻种群的驯化和适应。
GREPore-seq：通过长距离 PCR 和纳米孔测序检测基因编辑后变化的强大工作流程
为了充分发挥基因编辑技术在临床治疗中的巨大潜力，需要彻底评估靶向编辑和非预期编辑的后果。然而，目前缺乏一种全面、流水线化、大规模且经济的工作流程来检测基因组编辑结果，特别是插入或删除大片段。在这里，我们描述了一种通过对条形码长距离 PCR 产物进行纳米孔池测序来有效准确地检测 CRISPR-Cas9 编辑后的多个基因变化的方法。为了克服纳米孔测序的高错误率和插入缺失，我们开发了一种流程，通过对纳米孔扩增子测序 (GREPore-seq) 的读取进行 grepping 来捕获条形码序列。GREPore-seq 可以检测 NHEJ 介导的双链寡脱氧核苷酸 (dsODN) 插入，其准确度与 Illumina 下一代测序 (NGS) 相当。GREPore-seq 还可以识别 HDR 介导的大基因敲入，这与 FACS 分析数据高度相关。还检测到了 HDR 编辑后的低水平质粒骨架插入。我们建立了一个实用的工作流程来识别遗传变化，包括量化 dsODN 插入、敲入、质粒骨架插入和 CRISPR 编辑后的大片段缺失。该工具包用于对汇集的长扩增子进行纳米孔测序，在评估靶向 HDR 编辑和超过 1 kb 的意外大插入缺失方面应具有广泛的应用。GREPore-seq 可在 GitHub 上免费获取（https://github.com/lisiang/GREPore-seq）。
ErCas12a CRISPR-MAD7 用于人类细胞、小鼠和大鼠的模型生成
摘要 MAD7 是从直肠真杆菌中分离出来的一种工程化的 2 类 VA 型 CRISPR-Cas (Cas12a/Cpf1) 系统。与 Cas9 类似，它是一种 RNA 引导的核酸酶，在大肠杆菌和酵母细胞中具有基因编辑活性。本文报告称，MAD7 能够分别在人类 HCT116 和 U2OS 癌细胞系中产生内源基因的插入/缺失和荧光基因标记。此外，MAD7 非常擅长在小鼠和大鼠胚胎中产生插入/缺失、小 DNA 插入（23 个碱基）和 1 至 14 kb 大小的较大整合，从而产生活产转基因动物。由于不同的原间隔区相邻基序要求、小引导 RNA 和高效的靶向基因破坏和插入，MAD7 可以扩展 CRISPR 工具箱，用于跨不同系统和模型生物进行基因组工程。