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用BATH对蛋白质编码DNA的敏感且耐误差的注释
我们提出了Bath，这是一种基于该DNA与蛋白质序列数据库的直接比对或对蛋白质序列的数据库的直接比对或蛋白质序列或profe file file file隐藏的马尔可夫模型（PHMMS）的高度敏感注释的工具。BATH建立在HMMER3代码库的顶部，并通过提供直接的输入接口和易于解释的输出来简化基于PHMM的注释的注释工作。BATH还引入了新型的Frameshift感知算法，以检测诱导核苷酸插入和缺失（Indels）。BATH匹配HM-MER3对于包含误差的序列注释的准确性，并产生与所有经过测试的工具相比，用于含有核苷酸indels的序列的所有测试工具。这些结果表明，当需要高注释灵敏度时，应使用浴缸，尤其是当预期的移码误差被期望中断蛋白质编码区域时，与长期读取的数据和假基因的背景下一样。
使用集成有机电化学晶体管的选择性离子检测
将靶向修饰引入植物基因组的过程涉及三个常见步骤：识别目标DNA序列，诱导断裂和修复。首先，工程核酸酶的序列识别模块重新识别目标DNA序列。接下来，核酸酶与靶DNA序列结合，并创建双链断裂（DSB）或单链断裂。最后，通过内源性DNA修复途径或通过工程机制来修复DNA断裂。主要的DNA修复路径包括非同源末端连接（NHEJ）和同源指导修复（HDR）（Symington and Gautier 2011）。这些途径之间的一个显着差异是，尽管NHEJ是一个容易出错的修复过程，并且通常导致突变引入突变，例如小插入和缺失（Indels），但HDR会导致精确的维修。这些基本原则是当前正在使用的所有基因组编辑技术的基础，工具之间的关键差异
在...
dianpalupi@pnm.ac.id 4，athifauzani@pnm.ac.id 5摘要。发音是英语中的确定性方面之一，因为它可以改变单词和句子的含义。这项研究讨论了用英语用文字和句子用文字和句子发音的错误分析。这项研究的目的是了解在Madiun State Polytechnic的英语研究课程中，第二学期的学生在A级工作场所沟通讲座的A级中，在英语中的单词和句子的发音中常常出现的三倍类型。在研究过程中从分配中收集了几个单词和句子后，使用了定量性。研究结果以百分比描述。学生经常遇到的双重错误是//aʊə /= 34.6％， /aɪə /= 31.8％， /ɔɪə /= 20％， /əʊə /= 9％和 /eɪə /= 4.6％。替代分类中发生的错误= 43.64％，插入= 32.73％，遗漏= 23.63％。由于学生间语言和语言因素的影响而发生的错误。关键字错误分析，英语三重奏，发音。
利用基于 RNA 的 DNA 修复途径进行靶向基因编辑
最近的研究揭示了 RNA 在修复 DNA 双链断裂中的作用。在这里，我们展示了小型 TevSaCas9 双核酸酶产生的不对称 DNA 悬垂为人类细胞中一种简单而强大的编辑策略提供了信息，即招募 Pol θ 和 Rad52 来修复双链断裂。TevSaCas9 的 I-TevI 核酸酶域产生的 2-nt、3' DNA 悬垂与共定位修复模板的 3' 端杂交，引导 RNA 特异性地许可修复。破坏修复双链稳定性的替换会降低编辑效率。靶向 RNA 模板修复（重复编辑）利用基于细胞 RNA 的 DNA 修复途径在人类细胞中引入精确的核苷酸编辑、删除和插入，具有高效率和保真度，与共同传递的修复功能无关。 TevSaCas9 和 RNA 修复模板的尺寸较小，与尺寸受限或多组分编辑系统相比具有传递优势。
标题：肠道菌群脑瘤诱导的肠道菌群失调调节1
体细胞变体检测是癌症基因组学分析的组成部分。尽管大多数方法都集中在短阅读测序上，但长阅读技术现在在重复映射和变体相位方面具有潜在的优势。我们提出了一种深度学习方法，一种深度学习方法，用于从短读和长阅读数据中检测体细胞SNV，插入和缺失（indels），具有用于全基因组和外显子组测序的模式，并且能够以肿瘤正常，唯一的肿瘤正常，ffpe pppe的样本进行运行。为了帮助解决公共可用培训的缺乏和基准测试数据以进行体细胞变体检测，我们生成并公开提供了一个与Illumina，Pacbio Hifi和Oxford Nanopore Technologies的五个匹配的肿瘤正常细胞线对的数据集，以及基准的变体。在样本和技术（短读和长阅读）中，深度态度始终优于现有呼叫者，特别是对于Indels而言。
使用未修饰的 PCR 产物进行片段分析，采用高通量方法鉴定 CRISPR 产生的斑马鱼突变体
多年来，通过 CRISPR 技术，斑马鱼、果蝇和秀丽隐杆线虫的定向诱变技术得到了显著改进。通过在体内诱导小的靶向突变，CRISPR 使研究人员能够有效地检查细胞通路。虽然这些突变通常是随机插入或缺失 (indel)，但如果 CRISPR 组件设计得当，它们通常会导致靶基因的功能性破坏。但是，当前用于识别 CRISPR 生成的插入/缺失的协议通常需要大量劳动力、耗时或成本高昂。在这里，我们描述了一种直接、高通量的方法，用于通过使用片段分析仪平台来识别突变的存在，该平台允许通过高分辨率毛细管凝胶电泳进行 DNA 片段大小测定。按照该协议，可以快速可靠地识别小的插入/缺失（少至 2 个碱基对），从而可以对新生成的或稳定的突变系进行大规模基因分型。
在我们的形象中：CRISPR基因组编辑的伦理
与锌指内核酸酶和Talens一样，CRISPR/CAS在目标部位产生双链DNA断裂。对于基因组编辑，CRISPR指南RNA经过设计，可与染色体中的目标位点进行碱基对。CAS核酸酶，结合到引导RNA，然后在由导向RNA靶向的位点上裂解两个DNA的链（图1）。该单元的默认响应是通过非同源末端连接来修复断裂，这是一种经常引入核苷酸的缺失或插入核苷酸在断裂位点上的机制，从而产生突变（图2）。但是，如果可用的同源DNA分子可用，双链断裂位点可以成为同源重组的底物，从而在修复位点引入了不同的，相关的DNA序列（图2）。这个多功能系统已从天然组件设计为更简单的系统，该系统在真菌，动物和人类细胞中发现了广泛的应用。出于大多数目的，CAS成分是一种来自链球菌链球菌的蛋白质，称为CAS9。
监管行动的摘要基础
克利亚交换是对细菌菌株遗传操纵的最通用手段。通过这种方法，可以用选择性修饰的DNA序列代替细菌染色体或偶发组中的DNA段。因此，基因缺失，插入，基因融合，单基对更改等。可以在完全本地的情况下引入细菌基因组。为了简化这种经常使用的方法，FDA研究人员开发了一种改进，更快的技术，以将定义的遗传改变引入Bordetella物种的基因组，例如Bordetella tuspussis，Bordetella Parapertussis和Bordetella bronchiseptica。此方法使用综合载体的单个位点染色体DNA裂解来催化载体消除，从而导致等位基因替代。它可以用作研究特定基因在毒力中的重要性并创建具有理想特性（例如突变细菌毒素）的菌株的重要性（例如，百日咳毒素）不再具有毒性活性，而是完全免疫原性，或增加了疫苗成分的合成。
编辑 γ 珠蛋白阻遏物结合位点可恢复胎儿血红蛋白合成并纠正镰状细胞病表型
镰状细胞病 (SCD) 是由成人血红蛋白 (Hb) 链中的单个氨基酸变化引起的，这种变化会导致 Hb 聚合和红细胞 (RBC) 镰状化。导致胎儿 珠蛋白在成年期产生的突变共同遗传，胎儿 Hb 的遗传性持续性 (HPFH) 降低了 SCD 的临床严重程度。HBG 珠蛋白启动子中的 HPFH 突变会破坏阻遏物 BCL11A 和 LRF 的结合位点。我们使用 CRISPR-Cas9 通过产生插入和缺失来模拟 HBG 启动子中的 HPFH 突变，从而导致已知和推定的阻遏物结合位点的破坏。编辑患者来源的造血干/祖细胞 (HSPC) 中的 LRF 结合位点可导致 珠蛋白去阻遏和镰状表型的纠正。用靶向 LRF 结合位点的 gRNA 处理的 HSPC 异种移植在重新植入 HSPC 方面表现出较高的编辑效率。这项研究确定了 LRF 结合位点是基因组编辑治疗 SCD 的有力靶点。