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使用有针对性的下一代测序来检测药物 -
背景在2021年，有超过1000万人因结核病（TB）而患病，其中包括近50万人使用多药或耐利Fampicin的TB（MDR/RR-TB）（1）。已知只有三分之一的MDR/RR-TB患者已被诊断并接受治疗。易受利福平但对异尼氏二氮的抗性结核病患者的数量估计比RR-TB高两倍以上，并且在很大程度上未被发现和未经治疗（2）。在全球范围内，MDR/RR-TB中氟喹诺酮耐药性的患病率约为20％。最近，世界卫生组织（WHO）认可使用一种由Bedaquiline，Fipomanid，Linezolid和Moxifloxacin（BPALM）组成的全年全年6个月的新型治疗方法，包括患有MDR/RR-TB的患者，包括对氟尿固醇（前XDR-XDR-TB）的耐药性。新推荐的BPALM方案提供了更好的结果，明显缩短了治疗的持续时间，从而显着改善了MDR/RR-TB患者的生活质量（3）。一个新出现的关注点是Bedaquiline和lineZolid耐药性，因为这两种药物是较短的MDR/RR-TB方案的骨干，预计这些药物对于未来方案中耐药TB的治疗仍然至关重要。为了结束全球结核病的流行，我们必须大大扩展对药物抗药性测试的机会，包括构成推荐用于药物敏感和耐药性TB的最佳可用方案的药物。当前WRD仅检测对有限数量药物的耐药性，并且仅覆盖单个或几个抗性相关的基因区域。目前，没有谁推荐的快速诊断（WRD）可以在单个测试中检测到这两种治疗方案中对所有药物的耐药性来为治疗决策提供信息，也没有任何WRD检测到对新的和重复的药物的耐药性，例如bedaquiline，lineZolid，lineZolidzolid，delamanid和phitamanid和Pitermanid（4）。有针对性的下一代测序（NGS）技术伴侣使用下一代测序技术扩增所选基因，以通过一次测试来检测许多药物的抗性。此外，由于目标NG可以询问整个基因以识别与抗药性相关的特定突变，因此与现有WRD相比，有针对性的NG可以提供提高的精度。此外，新的基于NGS的新测试可以检测到当前未包含在任何其他分子测定中的新的和重新利用的药物的耐药性。基于NGS的靶向测试提供了巨大的潜力，可以提供与现代治疗方案相匹配的全面阻力检测。在2022年，他们委托了一系列有关已发表和未发表的针对性NGS产品的数据的系统评价，这些数据是商业开发用于结核病药物耐药性检测的。WHO TB诊断的评估过程已演变为一种侧重于评估结核病诊断产品而不是特定产品的机制。三种产品符合评估的纳入标准。系统评价包括有关诊断准确性，经济信息以及有关可行性，可接受性，公平性和最终用户价值观和偏好的定性证据的数据。For this guideline process, the class of targeted NGS products was defined as one that uses massively parallel sequencing to detect resistance to TB drugs, starting from a processed clinical sample and ending with an end-user report that relates detected Mycobacterium tuberculosis mutations to the presence (or absence) of drug resistance, based on the interpretation of a standard catalogue of mutations.根据可用数据，回顾了对以下药物的耐药性检测：利福平，异念珠菌，左氧氟沙星，莫西法沙星，乙拉托醇，乙酰胺，吡嗪酰胺，Bedaquiline，linezelquiline，linezolid，clofazimine，clofazimine，amikikacin和sttreptheptycin。谁于2023年5月2日至5日召集了一个指南开发小组（GDG），讨论了系统评价的发现并就此技术提出建议。
脑脊液靶向测序快速鉴定耐药结核性脑膜炎
摘要 结核性脑膜炎 (TBM) 的死亡率仍然保持在 30% 左右，大多数死亡发生在开始治疗后的 2 个月内。耐药菌株的死亡率更高，因此及早发现耐药性 (DR) 至关重要。靶向下一代测序 (tNGS) 产生高读取深度，可以检测低频率的 DR 相关等位基因。我们将 Deeplex Myc-TB（一种 tNGS 检测）应用于 72 名经微生物学确诊的 TBM 成人的脑脊液 (CSF) 样本，并将其基因组药物敏感性预测与表型敏感性测试 (pDST) 和全基因组测序的综合参考标准以及临床结果进行了比较。Deeplex 在 24/72 (33.3%) 个 CSF 样本中检测到结核分枝杆菌复合体 DNA，并为 22/24 (91.7%) 生成了完整的 DR 报告。 Deeplex 生成的读取深度与 MTB/RIF Xpert 的半定量结果相关。在与一线 DR 相关的典型基因座上可以看到频率 <20% 的等位基因。忽略这些低频等位基因，Deeplex 与除吡嗪酰胺和链霉素以外所有药物的综合参考标准 100% 一致。三名患者在治疗 30 天后脑脊液培养呈阳性；参考测试和 Deeplex 在其中两名患者中鉴定出异烟肼耐药性，而 Deeplex 单独在一名患者中鉴定出低频利福平耐药等位基因。五名患者死亡，其中一名患者通过 pDST 鉴定出吡嗪酰胺耐药性。脑脊液 tNGS 可以快速准确地检测出耐药 TBM，但其应用仅限于细菌负荷较高的患者。对于细菌负荷较低的患者，需要开发诊断和耐药性检测的替代方法。
靶向 Clp 蛋白酶的 BacPROTAC：一种有前途的抗分枝杆菌药物研发策略
两千年来，结核病 (TB) 夺走的生命比世界上任何其他传染病都要多。2021 年，世界卫生组织 (WHO) 估计有 1060 万人被诊断出患有结核病，导致 140 万 HIV 阴性患者死亡。耐多药结核病 (MDR-TB)（定义为至少对利福平 (RIF) 和异烟肼 (INH) 具有耐药性）和广泛耐药结核病 (XDR-TB) 的出现是未来几年要克服的主要挑战。我们最近对该领域的投资和研究工作进行了广泛的分析，总体目标是到 2030 年实现消除结核病的既定里程碑。在过去几年中，在将多种有前景的化合物推进到临床开发阶段方面取得了显着进展，每种化合物都具有不同的作用机制。但值得注意的是，已经出现了对目前某些抗结核药物产生耐药性的分枝杆菌菌株。创新的蛋白水解靶标嵌合体 (PROTACs) 蛋白质降解方法的探索已成为发现新型抗菌药物的可行途径。虽然泛素系统是真核细胞独有的，但某些细菌使用类似的降解系统，该系统依赖于 ClpC:ClpP (ClpCP) 蛋白酶对磷酸化精氨酸残基 (pArg) 的识别，从而导致蛋白质降解。在这篇评论文章中，我们描述和分析了利用细菌蛋白水解机制 (BacPROTACs) 的 PROTACs 设计新型抗结核药物的进展。范围声明。由于耐药菌株的出现，开发用于治疗结核病的新型药物被认为迫切需要。在此背景下，引进能够减轻疾病并实现世界卫生组织所概述的目标的新技术势在必行。在创新策略中，降解对杆菌生存至关重要的蛋白质有望产生新药物，特别是那些对治疗潜伏（非复制性）结核分枝杆菌有效的药物。从这个角度来看，我们介绍了结核分枝杆菌治疗领域取得的进展和遇到的障碍
在秘鲁耐多药结核病高发区常规条件下对结核分枝杆菌进行全基因组测序
全基因组测序 (WGS) 是全球抗击结核病 (TB) 的一个有前途的工具。本研究的目的是评估在秘鲁耐多药结核病热点地区常规使用 WGS 检测耐药标志物和传播簇的情况。为此，前瞻性地选择了来自利马和卡亚俄的 140 种耐药结核分枝杆菌菌株，并同时通过常规（GenoType MTBDR sl 和 BACTEC MGIT）和 WGS 工作流程进行处理。根据世界卫生组织突变目录确定耐药性。计算了利福平、异烟肼、吡嗪酰胺、莫西沙星、左氧氟沙星、阿米卡星和卷曲霉素的 WGS 和 BACTEC 结果之间的一致性。使用不同的单核苷酸多态性差异截止值确定传播簇。 100% (140/140) 的菌株对 13 种抗结核药物具有有效的 WGS 结果。然而，最终确定的表型 BACTEC MGIT 结果的可用性因药物而异，七种比较药物的无效结果为 10-17%。获得全套药物 WGS 结果的中位时间为 11.5 天，而常规工作流程为 28.6-52.6 天。比较药物的 WGS 和 BACTEC MGIT 的总体分类一致性为 96.5%。除莫西沙星外，Kappa 指数良好 (0.65 k 1.00)，但所有病例的敏感性和特异性值都很高。 97.9% (137/140) 的菌株仅具有一个亚谱系（134 株属于“谱系 4”，3 株属于“谱系 2”），2.1% (3/ 140) 为混合菌株，呈现两个不同的亚谱系。5、10 和 12 个 SNP 截止值的聚类率分别为 3.6% (5/ 140)、17.9% (25/140) 和 22.1% (31/140)。综上所述，常规 WGS 对检测对当前主要抗结核药物的耐药性具有很高的诊断准确性，可通过一次分析获得结果，并有助于迅速切断秘鲁耐药结核病的传播链。
14。疾病保证空降预防措施
潜在（无症状）结核病代表90％的感染，并反映肉芽肿内包含的小芽孢杆菌负担。活跃的疾病降低了10％，但在HIV或TNF-Alpha抑制剂治疗的患者中更频繁，通常代表先前感染的重新激活。典型的肺结核涉及与慢性咳嗽，屈曲，发烧，无意减肥和/或夜汗有关的上叶空化。非典型肺部参与表现出较低的叶片（有或没有气腔），胸膜效果和高淋巴结瘤，并且在免疫抑制中更常见。应始终评估患有肺部疾病的肺内结核病患者（例如，椎骨受累）。结核病的诊断仍然是一个重要的挑战。PPD皮肤测试和干扰素 - γ释放分析（IGRA）评估细胞介导的对TB抗原的反应，并用于诊断具有相似敏感性的潜在TB，但假阴性结果为20％。培养是诊断金标准，但需要3-8周。核酸扩增阳离子测试（NAATS）可以允许快速鉴定（即小时）结核病和电阻突变，这些突变预测具有灵敏度的多耐药性（MDR）TB，并且具有类似于培养的特异性城市。痰涂片允许快速量化杆菌，其负担与传染性相关。涂片阳性需要大约10,000个细菌/毫升。与培养物相比，单个痰液AFB涂片敏感60％。另外两个涂片增加了灵敏度增长了12％。巴奇·塞莱特 - 瓜素涂片阴性，培养阳性患者占肺结核病例的30-60％，不感染力较低，但仍造成10-20％的传播事件。标准治疗需要至少6个月的多药治疗。MDR TB被视为对异尼氏酶和利福平的抗性，每年造成> 450,000个感染；治疗依赖于可能不太可靠的二线代理。广泛的耐药性（XDR）结核病还具有对FL uoroquinolone的抗性和第二线可注射药物的耐药性，并具有高死亡率。鉴于治疗方案有限，死亡率高和公共卫生的影响，一些专家主张在生物培养单元中管理住院的XDR-TB的患者（请参阅第13章）。
糖尿病合并肺结核患者耐多药危险因素分析
结核病（TB）是继新冠肺炎之后全球第二大单一感染源死亡原因，给全球公共卫生带来沉重负担（1）。2023年全球结核病报告预计2022年结核病病例将达1060万，死亡人数达130万，发病率为133/10万（2）。全球正在努力加速结核病发病率的下降，旨在实现世界卫生组织确定的到2035年消除结核病流行的战略目标（3）。然而，耐药结核病（DR-TB）特别是耐多药结核病（MDR-TB）的高发病率对这一目标的实现构成了重大障碍，这是一个令人担忧的问题。现有数据显示，2022 年全球约有 410,000 人感染耐药结核病，治疗成功率仅为 63% ( 2 )。糖尿病 (DM) 患病率不断上升，对全球健康构成重大威胁 ( 4 )。根据国际糖尿病联合会的最新报告，估计到 2023 年全球将有 4.25 亿人患有糖尿病，预计到 2045 年这一数字将上升到 7.83 亿 ( 5 )。糖尿病加剧了结核病的负担，先前的研究表明，糖尿病患者患活动性结核病的可能性是其他人的三倍 ( 6 )。全球研究将大约 15% 的结核病病例归因于糖尿病 ( 7 )，而中国的一项研究发现，大约 17% 的结核病病例与糖尿病有关 ( 8 )。Kong 等人的研究西南地区一项研究(9)发现，与肺结核患者相比，合并糖尿病的肺结核患者在延迟治疗方面无差异，但治疗成功率明显低于肺结核患者。此外，糖尿病对耐多药结核病的发生有一定影响，多项研究表明糖尿病与耐多药结核病的发病率呈正相关(10,11)。耐多药结核病是一种至少对利福平和异烟肼耐药的结核病，与普通结核病相比，其治疗更困难、耗时更长、费用更高、不良反应发生率更高、治愈率更低(12)。中国是一个糖尿病和耐多药结核病双重国家，结核病控制面临严峻挑战(13)。及早发现耐多药结核病的危险因素有助于遏制耐多药结核病的进展，实现及时诊断和治疗，减轻耐多药结核病的负担。本研究旨在探讨结核病合并糖尿病患者（包括从未接受过结核病治疗的患者和曾接受过结核病治疗的患者）的耐多药危险因素，为耐多药结核病的临床诊断、治疗管理和预防策略提供基本依据。
针对性的最大似然估计，以估算先前结核病治疗在苏丹耐药性结核病中的因果关系
多药耐药性结核病（MDR-TB）被定义为异念珠菌和利福平的感染。在全球范围内，有132222个报告了2020年的MDR-TB病例。研究表明，先前的结核病治疗和治疗中断被认为是MDR-TB的主要原因[1，2]。流行病学家将病例对照研究定义为偏见的采样设计。病例对照研究的设计着重于参数逻辑回归，以计算一组协变量的调整后的奇数比（或）。但是，为了建立因果估计人群，或应估算。流行病学家将案例控制定义为与目标人群相比患有疾病的人比例的偏见。病例对照研究的设计着重于参数逻辑回归，以计算一组协变量上的或条件。要构建因果估计，我们必须估计边缘人口或[3]。目标最大似然估计（TMLE）是一种双重鲁棒方法，使用机器学习算法来最大程度地减少偏见的风险[4]。逆概率处理权重（IPTW）是一种因果方法，用于通过创建检查治疗对暴露的影响的模拟组来调整时变的混杂因素。IPTW方法基于侵害的概率，因为混杂因素被称为倾向评分（SP）[5]。 iptw在病例对照研究中有许多缺点，因此估计器无法在有限样本中对无症状效率和效率问题提出任何主张。IPTW方法基于侵害的概率，因为混杂因素被称为倾向评分（SP）[5]。iptw在病例对照研究中有许多缺点，因此估计器无法在有限样本中对无症状效率和效率问题提出任何主张。此外，IPTW在某些阶层中通过一组协变量定义的治疗或暴露组非常罕见时发生的所谓阳性违规行为不利[6]。因此，病例对照加权TMLE（CCW-TMLE）方法提供了双重鲁棒方法来估计无偏见的参数估计。如果给定暴露和协变量的结果模型的任何预期参数或给定协变量的暴露模型是正确的[7]，则此方法是一致的。ccw-tmle需要了解结果的患病率概率，以减少偏见的设计[8]。此外，CCW-TMLE估计了各种参数，例如风险比和风险差异，这些参数在病例控制研究的传统分析中不可用。此外，TMLE可以估计边际因果效应，正确的规范和倾向评分。TMLE估计所有参数，假设每个人的暴露状态不会影响任何其他人的潜在结果。主要因果假设是没有未衡量的混杂因素。因此，已经测量了暴露和外来的常见原因[9]。在分析过程中有两种广泛的方法可以控制混杂。第一种方法是使用标准回归模型，第二种方法是遵循因果方法。标准回归模型无法在存在可能的混杂或相互作用和协变量之间的混杂或相互作用的情况下估算暴露的平均因果效应。原因是，此方法假设暴露者和混杂因素之间没有相互作用来估计池效应。更重要的是，标准回归模型无法调整时间变化
肺部以外：一例累及多系统的播散性结核病病例报告
结核病 (TB) 是由结核分枝杆菌复合群的抗酸杆菌引起的传染病。肺结核是最常见的表现，由原发性感染或潜伏性疾病复发引起。在极少数情况下，结核分枝杆菌会广泛播散，通常通过血源性或淋巴途径传播，导致多器官受累并可能危及生命，称为播散性结核病。我们介绍了一名 55 岁男性的病例，他到急诊室 (ED) 就诊，主诉炎症性多关节痛和肌痛，在过去四个月内病情逐渐恶化。其他症状包括疲劳、咳嗽伴有脓性痰，以及过去一个月内体重减轻。患者的既往病史包括肺矽肺和吸烟。体格检查显示，他面容憔悴，发烧（38.4 ºC），胸部检查正常，没有关节炎的迹象。血液检查显示贫血、白细胞减少、轻度肝细胞溶解和急性期反应物升高。尿沉渣显示轻度血尿，伴有红细胞管型。胸腹盆腔计算机断层扫描显示弥漫性毛玻璃样支气管血管周围致密化、左侧胸腔积液、均质性肝脾肿大以及多发性纵隔、腹膜后、门静脉周围、髂骨和腹股沟淋巴结肿大。入院后，痰液和尿液中的结核分枝杆菌 DNA 聚合酶链反应 (PCR) 呈阳性。诊断为播散性结核病，伴有肺和肾受累，并开始使用异烟肼、利福平、吡嗪酰胺和乙胺丁醇进行抗结核治疗。此外，收集了 24 小时尿液，发现蛋白尿为 1,566 毫克/24 小时。超声引导下经皮肾活检显示为免疫复合物沉积引起的系膜增生性肾小球肾炎。多关节痛持续存在，并伴有新发关节炎，因此进行了关节穿刺术。结核分枝杆菌学和结核分枝杆菌 DNA PCR 检测均为阴性。在病房中，患者突然出现呼吸困难和下肢水肿，并检测到颈静脉扩张和低血压。即时心脏超声显示大量心包积液，无心包填塞。超声引导下进行了心包穿刺术。心包液的结核分枝杆菌学和结核分枝杆菌 DNA PCR 检测均为阴性。入院六周后，痰液 Lowenstein-Jensen 培养中发现结核分枝杆菌。患者住院 145 天后出院，有迹象表明需要继续抗结核治疗至少 12 个月，治疗延长时间取决于临床进展。出院 12 个月后，患者无症状，分析和影像学检查均有改善；因此，停止抗结核治疗。播散性或粟粒性结核病是一种罕见疾病，由于临床表现不具特异性，对每位临床医生的诊断都具有挑战性。如果最初没有怀疑结核病，多器官受累可能会影响诊断检查。临床医生应注意异质性疾病进展，因为最初发现器官受累并不排除疾病进一步播散的可能性。应迅速诊断，以便尽早开始抗结核治疗并预防可能危及生命的情况。
crispri：基于结核病药物靶标和微晶纤维素增强药物递送的基于持续治疗功效的识别
ElenaFernándezTorres摘要结核病（TB）仍然是全球重大的健康挑战，由于多药耐药性结核分枝杆菌（MTB）的兴起而加剧。由于抗性机制而导致的现有药物的效率低下需要新颖的药物靶标和优化的药物输送系统。这项研究旨在使用CRISPR干扰（CRISPRI）筛查确定MTB中的必要药物靶标，并评估基于微晶纤维素（MCC）的配方效应以持续药物递送。使用DCAS9介导的转录抑制构建了一个基因组 - 宽CRISPRI文库，并使用qPCR和RNA测序（RNA-Seq）评估了基因敲低效率。使用肉汤稀释测定法和菌落形成单位（CFU）枚举评估了基因抑制对细菌存活和药物敏感性的影响。基于MCC的Isoniazid制剂是使用湿的颗粒方法开发的，并通过扫描电子显微镜（SEM），X射线衍射（XRD）和傅立叶变换红外光谱（FTIR）来表征。使用USP溶解设备II评估了体外药物释放曲线，并进行了统计分析，包括ANOVA和Pearson相关性，以确定重要的趋势。结果表明，高CRISPRI敲低效率与降低的细菌存活率相关（r = -0.78，p <0.0001），表明成功鉴定了基本基因。细菌存活与利福平MIC之间的正相关（r = 0.61）证实，敲低会影响药物敏感性。基于MCC的制剂显示在24小时内持续释放药物，在MCC药物释放和细菌存活之间存在很强的负相关（-0.68），证实了延长的抗菌活性。该研究得出结论，CRISPRI是结核病药物靶标识别的有力工具，而基于MCC的配方为持续药物递送提供了有希望的策略。未来的研究应在体内药代动力学，全基因组测序和先进的药物携带者中整合，以进一步优化结核病治疗策略。关键字：结核病，CRISPR干扰，结核分枝杆菌，基因敲低，细菌存活，微晶纤维素，耐药性，持续药物释放，药物释放，精确药物，精密医学引起的结核病（TB），由Mycobacterium witter（Mimabacterium witter）造成了1.超过100个全球的造成（Mimobacterium witter and Fresprim andim Million Millionb）（Mim Million Millionb），是一个1. Mimb）。每年死亡（Samukawa等，2022）[1]。耐多药（MDR-TB）和广泛的耐药性结核（XDR-TB）的出现增加了对新型治疗策略的迫切需求（Cheung等，2021）[3]。传统的药物发现方法由于细菌代谢，休眠机制和内在耐药性的复杂性而难以确定新的有效靶标（Rock等，2016）[2]。在响应中，CRISPR干扰（CRISPRI）技术已成为鉴定和验证细菌生存，耐药性和代谢脆弱性所需基因基因的革命性工具（Yan等，2022）4 []。CRISPRI利用催化死亡的CAS9（DCAS9）酶选择性地抑制基因表达而无需诱导双链断裂，从而在活细菌细胞中实现了高通量药物靶标筛查（McNeil等人，2021年）[3]。虽然CRISPRI已广泛用于癌症研究和细菌遗传学，但通过鉴定出新的可药物靶标和抗生素协同作用来增强结核病药物发现的潜力仍未得到充分激发（Choudhery等，2024）[5]。除了确定新药靶标外，改善药物输送系统对于增强治疗功效和患者依从性至关重要（Kalita等，2013）[6]。当前的结核病药物治疗方案很长（6-9个月），导致辍学率高，治疗不完全，