描述观察到的数据与其估计的潜在变量之间的关联测试。JackStraw软件包提供了一种重采样策略和测试方案,以估计观察到的数据及其潜在变量之间关联的重要性。取决于数据类型和分析目的,潜在变量可以通过主体分析(PCA),因子分析(FA),K-均值聚类以及相关的无监督学习算法来估算。jackstraw方法学习了本循环分析中固有的过度拟合特征,在该特征中,观察到的数据用于估计潜在变量,并再次用于测试估计的潜在变量。当PCA估算潜在变量时,JackStraw可以通过低维主组件(PC)估计,可观察到的变量和潜在变量之间的统计测试对观察到的变量和潜在变量之间的关联。这一范围内导致识别与PC显着相关的变量。同样,诸如K-均值聚类,围绕MEDOIDS(PAM)和OTHERS的诸如K-均值聚类和others的无关聚类,在高维数据中找到相干组。通过测试数据和群集中心之间的关联,JackStraw估计了集群成员资格的统计意义。聚集成员身份,并应用于对Single细胞RNA-Seq(SCRNA-SEQ)中细胞身份的无监督评估。
描述实现了一种基于树木的方法,专门针对个性化医学应用。通过使用基因组和突变数据,“ ODT”有效地识别了针对个别患者概况量身定制的最佳药物推荐。“ ODT”算法构建了在每个节点上分叉的决定树,选择最相关的标记物(离散或连续)和相应的处理方法,从而确保了建议既具有个人化和统计上稳健的建议。这种迭代方法通过对治疗建议提出预定义的组大小来增强治疗性决策。此外,所产生的树木的简单性和解释性使医疗保健行业可以使用的方法。包括用于训练决策树的功能,对新样本或材料进行预测以及可视化所得树。有关该方法论的详细见解,请转移到Gimeno等。(2023)。
描述各种方法用于实时PCR(定量PCR或QPCR)数据的统计分析和图形表示。'rtpcr'负责基于多达两个参考基因的实时PCR数据的扩增效率计算,统计分析和图形表示。通过考虑放大效率值的考虑,“ RTPCR”是由Ganger等人描述的一般计算方法开发的。(2017)和Taylor等。(2019),涵盖了livak和pfaffl方法。基于实验条件,“ RTPCR”包装的功能使用t检验(用于具有两级因子的实验),方差分析(ANOVA),协方差分析(ANCOVA)分析(ANCOVA)或重复测量数据分析以计算到calcu- colcu- flta delta delta delta delta delta ct方法(delta cta)或dela dela dela dela(re)(re)(re)。该功能进一步提供了平均值的标准误差和置信度间,采用统计平均比较并具有重要意义。为了促进功能应用,使用了不同的数据集作为示例,并解释了输出。“ RT- PCR”软件包还使用各种控制参数提供条形图。“ rtpcr”包装是用户友好且易于使用的,并提供了用于分析实时PCR数据的适用资源。