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回肠微生物群对克罗恩病外科现场感染的影响：全国前瞻性队列
a Department of Gastrointestinal Surgery, North Hospital, Public Assistance-Marseille Hospitals, Aix-Marseille Univ., Chemin des Bourrely, 13015 Marseille, France B Sorbonne University, UMR CNRS 8001, LPSM, 75005 Paris, France C Sorbonne University, Inserm, Saint-Antoine research center, CRSA, AP-HP, Hospital, Gastroenterology Department, F-75012巴黎，法国D胃肠病学系MICI和养分援助，法国E Univ。通讯作者：哈里·索科尔（Harry Sokol），医学博士，博士，胃肠病学服务，圣坦医院，184 Rue du Faubourg Saint-Antoine，75571 Paris Cedex，法国12。电话：+33 1 49 28 31 62;传真：+33 1 49 28 31 88;电子邮件：harry.sokol@aphp.frLille，Inserm，Chu Lille，U1286炎症转化研究，F-59000，法国F-59000，法国F-59000胃肠病学系，里昂SUD医院，Lyon Sud医院，Hospices de Lyon和Inserm U1111，Ciri，Ciri，Ciri，Lyon，法国Gastrolance gastroterologely deconcy法国艾米斯大学艾米斯大学医院，法国尼斯2号ARchet 2，法国J Digestive，肿瘤学和内分泌手术系Artoenterology系的肝胃肠病学系，巴黎大学，巴黎大学，巴黎大学，法国大学，法国大学，法国大学，法国大学，法国医院Huiez医院，里尔大学里尔市Chru，北法国，法国里尔，法国M手术部，里昂SUD医院，康复医院，康复医院，里昂，里昂，法国里昂。 （PACEMM）法国巴黎FHU，法国胃肠病学系，AP-HP，圣路易斯医院，法国Sorbonne Sorbonne University，AP-HP，AP-HP，AP-HP，SANT ANTOINE医院，F-75012，PARIS，SUDPARIS，SUDPARIS，PARIS，PARAS，PARAS，PARAS BBA UMICHANN的SUDPARIS，PARIS INDERIDE INDER IDER IDERACHIC（PARISE） Aix-Marseille Univ/University Gustave Eiffel, Boulevard Pierre Dramard, Marseille, France V Center for Surgical Teaching and Research (Cercle), Aix-Marseille Univ, Boulevard Pierre Dramard, Marseille, UMR1319 MICHALIS & AGROPARISTECH, JOUY EN JOSAS, FRANCE *THERE AUTHORS Contributed EQUALLY TO THIS Study.
人类结肠：一个复杂的生物反应器。功能性营养链厌氧消化的概念建模
3 Université Paris XI, , France (E-mail: Beatrice.Laroche@lss.supelec.fr ) 4 INRA, UR910, Unité d'Ecologie et Physiologie du Système Digestif, Domaine de Vilvert, 78352 Jouy en Josas Cedex, France (E-mail: marion.leclerc@jouy.inra.fr ) Abstract本文介绍了人类结肠中碳水化合物厌氧消化的模型结构的描述。由于厌氧消化在消化剂和动物胃肠道中类似地发生，因此提出了这些系统之间的相似之处。该过程的水力行为，反应机制和转运现象被确定为构建数学模型的关键初步步骤。在此基础上，提出了验证模型的障碍，并提出了初步方法来评估所获得的结构的充分性，该结构的构建最小的微生物群模型。数学模型将在动物模型上进一步验证，该模型由由人类大肠子接种模型微生物联盟接种的轴突啮齿动物。这种方法对于更好地理解人类消化道，作为一个复杂的系统以及微生物群在人类健康中的作用非常有用。关键字厌氧消化建模；碳营养链；人类结肠；微生物群引言人类结肠（也称为大肠）是肠内的厌氧室。它的主要功能是通过消化纤维的降解为人体带来能量（即复杂的碳水化合物）未水解并吸收在上部消化道中（MacFarlane和Cummings，1991）。除了纤维降解的代谢方面外，宿主与细菌群落之间的相互作用刚刚开始被理解。共生微生物在人类健康中起着重要作用。例如，它们参与炎症性肠道疾病现在已经有充分的文献证明（Gill等，2006）。尽管在人类健康中起了重要作用，但肠道菌群组成和功能仍然有待阐明。胃肠道研究（GIT）微生物群的主要局限性是其微生物多样性超过数百种（Eckburg等，2005），而培养的细菌数量很少，占总微生物细胞的20％（Suau等，1999）。然而，分子方法首先通过元基因组学方法靶向16sRDNA基因和功能基因，可以更好地表征细菌多样性和未培养物种的功能（Manichanh等，2006，Gloux等，2007，2007，Gill等，Gill等，2006）。在文献中，人工系统（化学稳定）或硅方法已被用来研究系统的特定方面，例如微生物竞争（Ballyk等，2001），VFA吸收（Tyagi等，2002; Minekus等，1999）和主机之间的相互作用和相互作用。但是，这些模型都没有整合大肠的生理参数，生化过程和通量以及功能性微生物多样性。由于其生物学复杂性，对人类肠道生态系统的建模确实是一个具有挑战性的主题。这也是更好地理解碳水化合物发酵的关键步骤。此外，模型开发在理解微生物群落对消化系统在健康个体和炎症性疾病发展中的稳定性方面的影响中起着重要作用。这种模型将用于研究饮食方案对人类胃肠道菌群的影响。该模型也将是体内和体外实验设计的非常有用的工具，因为医疗领域和私人公司（药品，营养，益生菌）都需要代表“健康肠道微生物群”的生物学工具。