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MEGA12：分子进化遗传分析第 12 版
选择最合适的替换模型通常是分子系统发育学的初始步骤。模型选择的 ML 方法最初在 MEGA5（Tamura 等人，2011）中引入，并经常使用（补充图 S1）。MEGA 评估了六种主要核苷酸替换模型以确定最佳模型：通用时间可逆 (GTR)、Hasegawa-Kishino-Yano (HKY)、Tamura-Nei (TN93)、Tamura 3 参数 (T92)、Kimura 2 参数 (K2P) 和 Jukes-Cantor (JC)；有关综述，请参阅（Nei and Kumar，2000）。这些主要替换模型描述了单个位点处核苷酸替换的瞬时概率。它们可以与位点间速率变化的（离散化）Gamma 分布（用 +G 表示）和不变位点的存在/不存在（用 +I 表示）相结合，这些模型在 Nei 和 Kumar（2000）中进行了综述。
DNA条形码用于评估莫桑比克沿海海洋和沿海鱼类多样性
莫桑比克的鱼类学省份是全球鱼类分歧的热点。在这项研究中，我们应用了DNA条形码，以鉴定莫桑比克海岸的鱼类动物的组成。确定了143种属于104属，59个家庭和30个命令的物种。Species内COI序列的总体K2P距离范围为0.00％至1.51％，而种间距离范围为3.64％至24.49％。此外，根据IUCN红色的受威胁物种的红色清单，露出15种受威胁物种，其中弹性分支是最有代表性的群体。另外，该研究还发现了以前在该地理区域中未记录的四个新物种，包括Boleophthalmus dussumieri，Maculabatis Gerrardi，Hippocam-pus kelloggi和Miniatus。这项研究代表了利用分子参考来探索莫桑比克沿岸的鱼类动物区系的第一个实例。我们的结果表明，DNA条形码是对莫桑比克水域中鱼类鉴定和描述的可靠技术。本研究中建立的DNA条形码库将是促进对鱼类多样性和指导未来保护计划的理解的宝贵资产。
PLOS ONE - ARCA – Fiocruz
白蛉亚科 (Phlebotominae) 是由对公共卫生至关重要的昆虫组成的。使用分子分类学等互补工具对于种间划界和/或发现隐秘物种是必不可少的。在此，我们评估了 DNA 条形码工具在巴西亚马逊西南部识别不同物种方面的应用。为此，我们在巴西阿克里州巴西利亚市 BR-317 高速公路沿线的森林碎片中收集了白蛉。使用细胞色素 c 氧化酶亚基 I ( COI ) 基因片段对样本进行 DNA 条形码编码。分析序列以生成 K2P 成对遗传距离和邻接树。还使用自动条形码间隙发现 (ABGD) 方法将白蛉条形码聚类为分子操作分类单元 (MOTU)。共生成了 59 个 COI 序列，包含 22 个名义物种和 10 个属。其中，11 个物种之前未曾测序过，因此对科学来说是新的 COI 序列。种内遗传距离在 0 到 4.9% 之间，Pintomyia serrana 表现出最高的遗传距离值，此外还被划分为三个 MOTU。至于与最近邻居的距离，所有物种相对于最大种内距离都表现出更高的值，此外在邻里连接分析中形成了得到良好支持的聚类。DNA 条形码方法可用于对巴西阿克里州的沙蝇进行分子鉴定，并且可有效检测五个物种的隐蔽多样性，这可在未来的研究中使用综合方法予以证实。我们还为 Trichophoromyia auraensis、Nyssomyia shawi 和 Psychodopygus paraensis 生成了新的 COI 条形码，它们可能在巴西亚马逊地区利什曼原虫的传播中发挥作用。