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Clusterprofiler GO和KEGG 富集分析R代码详解
连。这些关系可以是“is_a”或“part_of”，形成了一个有向无环图（DAG）的结构。 GO注释是将基因产 物与GO术语相关联的过程，这对于理解基因的功能和进行基因表达分析至关重要。 GO注释的结果可 以用于多种分析，包括基因本体论富集分析，这是一种统计方法，用于确定在一组基因中哪些GO术 语的出现频率显着高于随机预期，从而揭示基因集的生物学功能。
使用自然语言处理对细菌蛋白的KEGG矫正预测
©作者2024。Open Access本文是根据Creative Commons Attribution 4.0 International许可获得许可的，该许可允许以任何媒介或格式使用，共享，适应，分发和复制，只要您对原始作者和来源提供适当的信誉，请提供与创意共享许可证的链接，并指出是否进行了更改。本文中的图像或其他第三方材料包含在文章的创意共享许可中，除非在信用额度中另有说明。如果本文的创意共享许可中未包含材料，并且您的预期用途不受法定法规的允许或超过允许的用途，则您需要直接从版权所有者那里获得许可。要查看此许可证的副本，请访问http：// creativecommons.org/licenses/4.0/。Creative Commons公共领域奉献豁免（http://creativecommons.org/publicdo- main/Zero/Zero/1.0/）适用于本文提供的数据，除非在数据信用额度中另有说明。
对番茄果实的甲基甲基和转录组的整合性分析（溶胶番茄L.）由后处理诱导的
该属葱属属于植物科amaryllidaceae，其中包括经济上重要的农作物，例如洋葱，大蒜，洋葱和韭菜，用作蔬菜，香料和传统药物。大小的葱基因组妨碍了农艺上重要的特征和分子育种的遗传解剖。随着基因组，重新配置，转录组和表型数据的增长，对综合葱属数据库的需求正在增加。在这里，我们提出了一个用户友好的数据库AlliumDB（https://allium.qau.edu.cn），作为一个功能性基因组中心，集成了公共和内部数据。数据库包含所有目前可用于葱物种的核和细胞器基因组，基因基于基因本体论（GO）（GO）和基因和基因组（KEGG）分析，正直学，基因家族，蛋白质家族（PFAM）以及非编码RNA（RNA rna flose）的基因（KEGG）分析（KEGG）分析（KEGG）分析。转录组和变化轮廓被整合到动态可视化工具中。我们拍摄了表型照片并为全球收集的数百种葱属种系产生了特质记录，这些记录包含在数据库中。我们将JBROWSE纳入了基因结构，RNA测序数据和变异数据的可视化。分析工具，例如基本的局部比对搜索工具（BLAST），序列获取，富集和基序分析，可用于探索潜在的基因功能。该数据库结合了综合的葱基因型和表型数据集。我们预计AlliumDB数据库将成为研究葱属作物的关键资源。由于社区组装了新的基因组并生成了针对葱生殖的重新陈述数据，因此数据库将得到改进，并通过这些多摩管数据和比较基因组研究来不断更新。
生物信息学确定...
方法：对于心力衰竭和健康对照组复杂性心肌病患者的基因表达促纤维和临床数据，来自基因表达综合（GEO）数据库。从分子特征数据库（MSIGDB）下载了与能量代谢相关的基因集以进行后续分析。加权基因共同表达网络分析（WGCNA）和差异表达分析被用于识别与心力衰竭相关的关键模块和基因。通过基因富集分析（GSEA），基因本体论（GO），基因和基因组百科全书（KEGG）（KEGG）以及构建竞争性的内源性RNA（CERNA）网络来研究潜在的生物学机制。分子对接模拟，以探索潜在的治疗药物与轮毂基因的结合和构象。
相关免疫细胞浸润的生物信息学分析...
方法：用于对ONFH患者和健康对照组中的mRNA表达训练进行仔细检查，其数据整合来自GEO数据库。de mRNA。通过基因和基因组（KEGG）途径富集分析，基因本体论（GO）功能分析以及基因集富集分析（GSEA）的基因和基因组（KEGG）途径富集分析，基因和基因组百科全书（GSEA）探索了DE mRNA的生物学功能。此外，支持向量机 - 递归特征消除（SVM-RFE）和最低绝对收缩和选择操作员（Lasso）（Lasso）被用来辨别与该疾病相关的诊断生物标志物。接收器操作特征（ROC）分析用于评估特征基因的统计性能。使用QRT-PCR在从ONFH患者和健康对照组中获得的骨组织中进行关键基因的验证。成骨分化，以验证关键基因与成骨分化之间的相关性。最后，执行免疫细胞进行锻炼分析以评估ONFH中的免疫细胞失调，同时探索免疫细胞内效率与关键基因之间的相关性。
生物功能
AcrucialfeatureofBioFunctionalisitsabilitytoobtainancestralinformationforKEGGpathwaysandgene ontologies, using the techniques described above. This makes it easier to understand the hierarchy of theseontologiesandhoweachsampleinadatasetisclassifiedwithinthem,offeringusersawaytostudy theDataTatDirenttaxonomiclevelsdirectlyFromTherawData.Additionally，theApplpless theApplys createInteractivenEtworks，代表组和群体之间的集团内部设备之间的群体之间的能力，并介绍了始终的系统。
研究论文鉴定巩膜外基质重塑的关键基因和途径：潜在的治疗剂Discovere
背景：青光眼是不可逆转的失明的主要原因。硬化细胞外基质（ECM）的重塑在青光眼发展中起重要作用。这项研究的目的是通过生物信息学分析来确定巩膜在青光眼中进行ECM重塑的关键基因和途径，并探索青光眼管理的潜在治疗剂。方法：使用文本挖掘工具PubMed2Ensembl检测到与青光眼，巩膜和ECM重塑相关的基因，并使用Genecodis程序分配了基因和基因组（KEGG）途径的京都百科全书。通过弦构建蛋白质 - 蛋白质相互作用（PPI）网络，并在Cytoscape中进行可视化，使用分子复合物检测（MCODE）插件进行模块分析，并使用注释，可视化和集成发现（David（David））平台对基因模块进行GO和KEGG分析。选择了聚集在显着模块中的基因作为核心基因，并使用Cluego和Cluepedia可视化核心基因的功能和途径。最后，使用药物 - 基因相互作用数据库来探索核心基因的药物与果仁相互作用，以找到青光眼的药物候选物。结果：我们通过文本挖掘确定了125个与“青光眼”，“ sclera”和“ ECM重塑”的基因。基因功能富集分析产生了30个富集的GO术语和20个相关的KEGG途径。构建了一个带有249个边缘的60个节点的PPI网络，并使用MCODE获得了三个基因模块。我们选择了13个聚集在模块1中的基因作为主要与ECM降解以及细胞增殖和分裂相关的核心候选基因。发现HIF-1信号通路，FOXO信号通路，PI3K-AKT信号通路和TGFB信号通路被发现富集。我们发现，13个选定基因中的11个可以由26种现有药物瞄准。结论：结果表明，VEGFA，TGFB1，TGFB2，TGFB3，IGF2，IGF1，EGF，EGF，FN1，KNG1，TIMP1，SERPINE1，THBS1，THBS1和VWF是涉及巩膜ECM重塑的潜在关键基因。此外，将26种药物确定为青光眼治疗和管理的潜在治疗剂。
集成的OMICS方法揭示了渗透压...
抽象的水生膜连续面对渗透应力，ill是感官并应对外部渗透挑战的第一个组织。然而，对吉尔微生物群如何应对渗透压及其潜在的宿主 - 细菌关系的理解受到限制。当前研究的目标是通过转录组测序和16S rRNA基因测序来鉴定g细胞中的低音反应基因，并在淡水传输实验后介绍吉尔微生物群。转录组测序在淡水传递后，鉴定出1,034个差异表达的基因（DEG），例如水通道蛋白和氯化钠共转运蛋白。基因和基因组（KEGG）分析的基因本体论（GO）和京都百科全书进一步强调了g的类固醇生物合成和糖胺聚糖生物合成途径。，将16S rRNA基因测序鉴定为海水中的主要细菌，在淡水传递后变为假单胞菌和cet骨。Alpha多样性分析表明，淡水转移组中的g细菌多样性较低。KEGG和METACYC分析进一步预测了吉尔细菌中糖胺聚糖和几丁质代谢的改变。总的来说，吉尔细胞和吉尔微生物群中的常见糖胺聚糖和几丁质途径都表明gill中的宿主 - 细菌相互作用促进了淡水的适应。
原创文章 利用网络药理学方法探讨党参治疗食管癌的机制
摘要：目的：应用网络药理学方法探讨党参治疗食管癌的作用机制。材料与方法：利用系统药理学实验室网站收集党参化合物及靶点，从GeneCards网站寻找食管癌靶点交叉点，筛选出党参治疗食管癌的可能靶点。利用STRING数据库构建蛋白质靶点蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络图。使用R 3.6.0软件进行基因本体论（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。利用Cytoscape 3.7.1构建“疾病-药物-成分-靶点-通路”网络图。结果：筛选出21个可能治疗食管癌的党参化合物和31个药物-疾病交叉靶点。 GO富集分析鉴定出778个生物过程（BP）组分、15个细胞组分（CC）组分和50个分子功能（MF）组分，KEGG分析鉴定出90条信号通路。我们的分析表明，p53和PI3K-Akt信号通路（以及其他）是这些过程中的重要通路。结论：党参可能通过多种组分、靶点和通路用于治疗食管癌。