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这项研究正在解决大多数Covid-19疫苗的问题。大多数COVID-19疫苗的问题是，在患者接受疫苗后，他们的心脏病的机会称为心肌炎（心脏炎症）更高。这项研究的目的是通过心肌炎来了解Covid-19对心脏的影响，并创建一种疫苗，该疫苗不仅像Covid-19疫苗一样有效，而且还会像心肌炎的风险更低。有许多不同的方法来创建疫苗，但是，最常见的方法之一是，当病原体被隔离并成长直到失去引起疾病的有效性。然后选择最弱的病原体以放入疫苗中。使用不同的生物信息学工具和数据库来收集，执行生物信息学研究实验，分析和解释结果。使用NCBI和GEO2R生物信息学工具和数据库，我们在数据集GSE235433中发现了30个差异表达的基因（DEGS），其中15个基因被上调，并下调了15个基因。GO和KEGG途径分析表明，上调的DEG主要参与信号转置子。从DEG中，我们与David确定了关键基因。关键DEG主要与3个基因本体学术语有关。
2025; 16（6）：2026-2040。 doi：10.7150/jca.104472研究论文识别轮毂基因的诊断和预后三重阴性乳房C
简介：三阴性乳腺癌（TNBC）的特征是没有雌激素受体（ER），孕酮受体（PR）和人表皮生长因子受体2（HER2）表达。它具有高度侵入性和侵略性，使其成为预后最差的乳腺癌的亚型。目前，全身化疗是主要的治疗选择，但靶向疗法仍然无法使用。因此，迫切需要确定新型的生物标志物来早期诊断和治疗TNBC。方法：我们对转录组和甲基化数据进行了综合分析，以鉴定甲基化调节的差异表达基因（MDEGS）。基因本体论（GO）分析，基因和基因组（KEGG）途径分析的京都百科全书，以及蛋白质 - 蛋白质相互作用（PPI）网络分析，以研究HUB基因对TNBC诊断和预后的影响。随后，使用逆转录定量PCR（RT-QPCR）和定量甲基化特异性PCR（QMSP），在TNBC细胞系MDA-MB-231和正常乳腺上皮细胞系MCF-10A中验证了关键基因的表达水平和DNA甲基化模式。结果：通过转录组分析积分分析确定了98个上调和87个下调基因。通过融合甲基化数据，我们进一步鉴定了22种具有高甲基化表达（甲基甲基甲基化）和32个基因，而高甲基化表达较低（高甲基化）。Kaplan-Meier生存分析表明，KIF11，CCNB1和PLK1与TNBC中较高的危险比（HR> 1，p <0.05）相关。低位级主要参与核分裂，细胞器裂变，纺锤体形成，染色体和动孔发育以及蛋白质结合。KEGG途径分析表明，这些基因富含孕酮介导的卵母细胞成熟，细胞周期调节和卵母细胞减数分裂。超高与细胞增殖，激素反应，疼痛，细胞外基质组成以及与硫化合物，肝素和糖胺聚糖的结合有关。PPI网络分析确定了七个中心基因-EXO1，KIF11，FOXM1，CENPF，CCNB1，PLK1和KIF23 - 它们在TNBC组织中都显着过表达并彼此正相关（p <0.05）。接收器的工作特性曲线分析表明，曲线下的面积（AUC）的所有七个基因都超过0.9（p <0.05），表明诊断潜力很强。体外验证实验表明，与MCF-10A细胞相比，MDA-MB-231细胞表现出较高的KIF11，CCNB1和PLK1的mRNA表达水平，而其DNA甲基化水平较低。结论：这项研究确定了七个少量级，包括EXO1，KIF11，FOXM1，CENPF，CCNB1，PLK1和KIF23，它们参与了细胞周期和有丝分裂过程的调节，并且具有TNBC的诊断生物标志物的重要性。值得注意的是，KIF11，CCNB1和PLK1的表达升高与TNBC患者的预后不良有关。这些发现有助于提高对表观遗传学分子机制的理解
网络药理学和生物信息学探索Fuzheng Xiaoliu颗粒的分子机制用于治疗肝素
背景和目的：肝细胞癌（HCC）是世界上十大最常见的恶性肿瘤之一，它是世界上一个主要问题。中医（TCM）在预防和治疗HCC方面具有许多优势，但其复杂的作用机理很难澄清，这限制了其研发。生物信息技术的持续发展为TCM研究提供了新的方法和机会。这项研究使用现代网络药理学和生物信息学方法来探索中草药化合物Fuzheng fuzheng fuzheng小颗粒（FZXLG）的可能分子机制，以治疗HCC，为其临床应用和基本研究提供理论基础，以促进TCM的现代化，以促进其世界化的应用。方法：通过TCMSP，BATMAN-TCM和其他数据库收集FZXLG的活性成分。通过PubChem和Swisstarget Prediction预测FZXLG的目标；通过Genecards，OMIM和其他疾病数据库获得了与HCC疾病相关的靶标，并筛选了FZXLG的潜在基因靶标。构建了用于治疗HCC的FZXLG的“处方-tcms-ingredients-targets-targets-targets-targets-targets-targets-targets-targets-targets-targets-targets-targets-targets-targets-targets-targets-targets-targets-targets-targets-targets-targets-targets-targets-targets-targets-targets-targets-targets-targets-targets-targets-targets”。分析了TCGA数据库中HCC肿瘤和非肿瘤邻近组织的差异表达基因（DEG），以获得HCC的预后基因。然后，筛选了影响HCC预后的FZXLG基因，并进一步筛选核心靶基因。研究了HCC患者的核心基因表达与预后，免疫细胞浸润和免疫组织化学变化之间的相关性。基因和基因组的百科全书（KEGG）富集分析和基因本体学富集分析，对影响HCC预后的FZXLG基因进行了使用David Database进行了。AutoDockTools软件随后用于分子对接验证。结果：用于HCC治疗的FZXLG的十种核心有效成分包括多种类黄酮成分，例如槲皮素，Luteolin和formononetin。11影响HCC预后的FZXLG的核心靶标被筛选，其中雌激素受体1（ESR1）和催化酶（CAT）是有利的预后因素，而EGF，MMP9，CCNA2，CCNB1，CCNB1，CDK1，CDK1，CHEK1，CHEK1，CHEK1和E2F1是不良的预测因素。MMP9和EGF与六个TIIC子集正相关。CAT，PLG，AR，MMP9，CCNA2，CCNB1，CDK1和E2F1的不同表达水平与正常肝癌和肝癌的免疫组织化学染色变化相关。KEGG途径富集分析产生了33个途径，包括细胞周期，p53，乙型肝炎和其他信号通路。分子对接证实了主要核心成分与保护性预后核心靶标ESR1和CAT具有良好的结合。结论：FZXLG可以通过多种成分，多个靶标和多种途径来治疗HCC，从而影响HCC的预后，免疫微环境和免疫组织化学变化。
在冷藏期间中国新鲜牛肉的微生物多样性和社区结构及其与液泡的相关性
摘要：为了研究中国新鲜牛肉（CFB）的微生物的多样性和动力学，在冷藏过程中无酸排放处理，采用了高通量测序来分析CFB对0、3、7和10天的冷藏。结果表明，真菌和细菌的社区丰富性显着下降。但是，早期阶段的多样性下降，并在后期增加。在门水平上，蛋白酶（74.1–94.1％）和Firmicutes（77.3–96.8％）是绝对主要的真菌和细菌门。真菌和细菌门的相对丰度表现出增加然后减少的趋势。在属水平上，念珠菌（29.3–52.5％）和乳酸菌（19.8–59.3％）分别是主要的真菌和细菌属。念珠菌的相对丰度显示出增加然后减少的趋势，而乳球菌则具有相反的趋势。KEGG代谢途径分析表明，碳水化合物代谢，膜转运和氨基酸代谢是细菌的主要代谢途径。BugBase预测表明，冷藏过程中CFB细菌的主要微生物表型为革兰氏阳性（17.2–31.6％）。相关性分析表明，乳酸菌，柠檬酸杆菌，蛋白质和杜鹃花可能是促进CFB中降级物质产生的主要微生物。这项研究为保存中国新鲜牛肉提供了理论基础。
推断微阵列数据集揭示了帕金森氏病的关键生物标志物和潜在的药物靶标
帕金森氏病（PD）是一种严重的神经系统疾病，其特征是失去自愿运动和运动的大大减慢。传统上归因于环境因素，但最近的研究强调了遗传学在PD发作和进展中的重要作用。这项研究旨在通过分析来自四个数据集（83个PD和53个控制质量Nigra样品）的基因表达数据来鉴定PD中差异表达的基因（DEG）和相关途径，这些数据来自基因表达综合（GEO）数据库。使用GEO2R，我们通过富集确定了常见的DEG并进行了功能注释和KEGG途径富集分析。我们使用StringDB构建了蛋白质 - 蛋白质相互作用（PPI）网络，并通过CytoHubba鉴定了集线器基因。结果显示，在多巴胺能突触和可卡因成瘾等途径中富含18个临界DEG。关键集线器基因包括酪氨酸羟化酶（Th），溶质载体家族18构件A2（SLC18A2）和钾在内部整流的通道亚家族J成员6（KCNJ6）。这些发现提供了对PD分子机制的见解，突出了潜在的生物标志物和治疗靶标。本研究为未来的研究和制定帕金森氏病的有效治疗策略提供了强大的框架。
二甲双胍和砷三氧化物协同触发Parkin/ ... div>
总共收集了158个促性腺激素型垂体腺瘤组织标本，并分析了促性腺激素型垂体腺瘤中ESR1的表达，并分析了其与患者总体存活的相关性。转录组序列数据包含79例促性腺激素型垂体腺瘤，用于搜索所有与ESR1相关的基因。KEGG途径富集分析以识别改变途径和靶向基因。体外和体内垂体模型用于评估雌激素受体（ER）抑制剂AZD9496和Fulvestrant的治疗功效。还研究了AZD9496的机制和驱虫剂在抑制垂体腺瘤中的机制。低级ESR1在垂体腺瘤患者中具有较长的无进展生存期（PFS）。ERBB信号通路被发现为主要富集途径。此外，STAT5B基因被鉴定为与ESR-1相关的关键基因。STAT5b的表达与垂体腺瘤中的ESR1表达显着正相关。AZD9496是一种新型的ER抑制剂，对体外和体内垂体腺瘤细胞的生长具有有效的抑制作用，其功效与经典的ER抑制剂Fulvestrant相当。从机械上讲，AZD9496和Fulvestrant在GT1-1细胞和异种移植小鼠中显着阻塞JAK2/STAT5B途径。我们的结果为随后在垂体腺瘤患者治疗AZD9496的临床使用提供了大量证据。
转录组和代谢组分析揭示了山药（Dioscorea polystachya Turcz.）块茎动态发育的潜在机制
山药 ( Dioscorea spp.) 是一种多品种、多用途块茎作物。为了阐明块茎发育机制，我们对山药块茎进行了时程表型、细胞学、生理、代谢组学和转录组学分析。结果表明，随着淀粉的积累，块茎重量增加，且在块茎发育过程中蔗糖代谢也很活跃，同时脱落酸 (ABA) 水平与块茎重量呈正相关，赤霉素 (GA) 则呈负相关。代谢组学分析表明，在块茎发育过程中积累了400种代谢物，这些代谢物在调控块茎生长发育、风味和药用成分方面发挥着重要作用。通过比较转录组分析，共将743个差异表达基因 (DEG) 分配到淀粉和蔗糖代谢、植物激素信号转导途径和类黄酮途径等21个KEGG通路。综合转录组和代谢组分析揭示了植物激素信号转导途径、淀粉和蔗糖代谢途径、黄酮类化合物合成途径的DEG和差异积累代谢物（DAM）。综上所述，参与植物激素信号转导途径、淀粉和蔗糖代谢途径、黄酮类化合物代谢途径的DAM和DEG在块茎发育调控中起着重要作用。本研究为山药分子育种和品质改良提供了理论依据和实践指导。
通过生物信息学方法识别与糖尿病性视网膜病变相关的枢纽基因
摘要。- 目的：这项研究的目的是鉴定枢纽基因并揭示糖尿病性视网膜病（DR）的骨质机制。材料和方法：我们在我们的研究中使用了基因表达综合（GEO）DATASET GSE60436。在筛选差异表达的基因（DEG）后，我们形成了基因和基因组（KEGG）功能分析的基因本体学（GO）和京都百科。随后，使用搜索工具来检索相互作用的基因（String）数据库并使用Cytoscape软件进行访问，并使用搜索工具进行了搜索工具来构建蛋白 - 蛋白质相互作用（PPI）网络。最后，我们通过CytoHubba插件确定了10个集线器基因。结果：总共确定了592摄氏度，包括203个上调的基因和389个下调基因。DEG主要富含视觉感知，光感受器外部段膜，视网膜结合和PI3K-AKT信号通路。通过构建蛋白质 - 蛋白质间的作用（PPI）网络，最终确定了10个中心基因，包括CNGA1，PDE6G，RHO，ABCA4，PDE6A，PDE6B，PDE6B，NRL，RPE65，RPE65，GUCA1B和AIPL1。结论：CNGA1，PDE6G，RHO，ABCA4，PDE6A，PDE6B，NRL，RPE65，GUCA1B和AIPL1可能是潜在的生物标志物，而治疗性TAR-可用于DR。
从 TPM2 获得的新见解
材料与方法 AS 数据集 本研究中，我们从基因表达综合 (GEO) 数据库 (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/) 中获得了 AS 的转录组表达谱 GSE43292 (GPL6244)、GSE57691 (GPL10558) 和 GSE125771 (GPL17586)（表 S1）。使用 R 包“limma”对 GSE43292、GSE57691 和 GSE125771 进行探针汇总、合并和背景校正。 微环境评分 ESTIMATE 算法主要基于单个样本的基因集富集分析 (GSEA)，利用表达谱数据对基质细胞和免疫细胞进行评分，然后预测这两类细胞的含量。本研究采用ESTIMATE算法对动脉微环境进行评分，并使用R包绘制微环境评分的散点图，以展示样本与评分之间的关系。TPM2与微环境评分的关系以基质、免疫和ESTIMATE评分作为对差异基因筛选确定的基因进行分组的依据。使用R包“limma”研究TPM2与微环境评分之间的关系。使用受试者工作特征（ROC）曲线检验微环境评分与TPM2关系的诊断价值。加权基因共表达网络分析（WGCNA）使用R包“WGCNA”对所有基因进行WGCNA。对于WGCNA，使用72个AS样本和42个正常样本构建所有基因的共表达网络。使用样本创建邻接矩阵，然后将其转换为拓扑重叠矩阵（TOM）。利用基于TOM的差异测量方法将基因划分为不同的基因模块，最小基因模块>100，相似模块合并的阈值为0.1，利用这些值寻找在AS中发挥重要作用的模块。同时，还利用WGCNA预测模块中基因之间的互连，然后将数据导入Cytoscape软件以绘制基因之间的连接图。还利用基因本体论（GO）分析对TPM2进行了分析，并使用Cytoscape中的BiNGO插件将结果可视化。Cytoscape软件可以为生物学家提供生物网络分析和二维（2D）可视化。BiNGO插件是一种用于确定哪些GO类别在一组基因或生物网络的子图中具有统计过度表达的工具。BiNGO将给定基因集的主要功能主题映射到GO层次结构上，并将此映射输出为Cytoscape图。功能富集分析GSEA是一种可以对全基因组进行GO和KEGG（京都基因和基因组百科全书）分析的计算方法。在我们的研究中，我们根据TPM2的表达水平对样本进行分组，并使用GSEA对全基因组进行GO和KEGG分析。单基因分析 使用 R 包“limma”进行单基因差异分析。 鉴定与 AS 相关的 TPM2 比较毒理基因组学数据库 (CTD 数据库，http://ctdbase.org/) 可用于预测基因/蛋白质与疾病之间的关系。在我们的研究中，使用该数据库分析了 TPM2 与 AS 之间的关系。
抗肿瘤坏死因子新型候选药物……
抗肿瘤坏死因子 (TNF) 等生物制剂治疗克罗恩病 (CD) 安全有效，但患者中原发性和继发性无反应率很高。在本研究中，我们应用计算方法通过计算机模拟发现抗 TNF 难治性 CD 的新型药物疗法。我们使用来自 NCBI GEO 的抗 TNF 难治性 CD 患者的转录组数据集 (GSE100833)。共表达分析后，我们基于蛋白质-蛋白质相互作用数据库 STRING 专门研究了簇中基因间蛋白质-蛋白质相互作用的程度。使用基于 KEGG 基因集的 clEnrich 函数进行通路分析。簇 1、2、3、4 中的共表达基因、上调或下调基因以及所有差异表达基因都高度相关。其中，趋化因子信号传导高度富集的簇 1 也显示出细胞因子-细胞因子受体相互作用的富集，并确定了几种已知对 CD 有效的药物，包括环孢菌素。还确定了伏立诺他、组蛋白去乙酰化酶抑制剂和已知对 NF-κB 活性有抑制作用的荜茇酰胺。一些生物碱也被选为潜在的治疗药物。这些发现表明它们可能成为抗 TNF 难治性 CD 的新型治疗选择，并支持使用公共分子数据和计算方法来发现 CD 的新型治疗选择。