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原代人间充质干细胞的扩展Invitro培养物下调BRCA1相关的基因并损害DNA双链断裂识别
间充质干细胞（MSC）是多素的成年干细胞，对基于细胞的再生疗法有很大潜力。体外扩展改变其表观遗传和细胞特性，对DNA损伤反应（DDR）和基因组稳定性的影响很差。我们在这里报告了基于转录组的基于转录组的途径分析的结果，该途径分析了体外 - 脱落的人骨骨髓衍生的间充质干细胞（HBM-MSC），并补充了针对DNA双链断裂（DSB）修复的细胞测定。使用基因，KEGG和GSEA映射受体外衰老影响的基因途径，并被发现涉及DNA修复，同源重组（HR），细胞周期控制和染色体复制。在HBM-MSC中对X射线诱导的X射线诱导的DNA DSB的识别（C-H2AX + 53BP1焦点）的测定表明，在8周的体外衰减期间（即10个双倍的时间），细胞表现出较高的DDRADNA ddra。此外，观察到对DNA DSB识别受损的细胞的明显亚群。通过HR（例如Rad51，Rad54，BRCA1）参与DNA修复中的几个基因显示2.3至四倍降低了QRT-PCR的mRNA表达。我们得出的结论是，HMSC的体外扩张会导致与DNA断裂的识别和修复的衰老相关损害。
Zoysiagrass（Zoysia Japonica）的转录组分析...
抽象的Zoysia Japonica（Z. Japonica）是一个暖季的多年生草皮，通常在美国东南部生长，因为其投入需求相对较低，并且对干旱，阴影和盐度的一般耐受性。改善冰冻耐受性对于Z.Japonica至关重要，因为它可以扩展北部边界，即该物种能够生长。为了加深我们对Z. Japonica冻结耐受性的分子基础的理解，使用转录组方法来识别涉及冷适应的基因。'Meyer'，冻结耐受品种和“维多利亚”，冻结易感品种受到冷适应和非冷入适应处理，以确定差异表达基因（DEG）的数量。响应冷适应，总共上调了4,609度，在“ Meyer”中下调了3,605度，而在“ Victoria”中，3,758度上调了3,758度，3,516度下调。GO和KEGG富集分析显示了几种不同的途径和生物学过程，包括光合作用，跨膜转运和植物激素信号转导。将这些信息与先前关于蛋白质组学和QTL映射的研究相结合，几个候选基因被确定与不同研究（例如LEA，CIPK，POD，HSF，HSF，HSP，HSP，MPK，MPK，PSII和多个转录因子）的耐寒和冻结耐受性有关。这项研究中鉴定出的候选基因表明，可能成为冻结Z. japonica的未来选择工作的目标。
系统生物学 xOmicsShiny：用于跨组学数据分析和通路映射的 R Shiny 应用程序
摘要摘要：我们开发了 xOmicsShiny，这是一款功能丰富的 R Shiny 应用程序，它使生物学家能够全面探索跨实验和数据类型的组学数据集，重点是在通路层面揭示生物学见解。数据合并功能可确保灵活探索跨组学数据，例如转录组学、蛋白质组学、代谢组学和脂质组学。通路映射功能涵盖广泛的数据库，包括 WikiPathways、Reactome 和 KEGG 通路。此外，xOmicsShiny 为日常组学数据分析提供了多种可视化选项和分析任务，即 PCA、火山图、维恩图、热图、WGCNA 和高级聚类分析。该应用程序使用可定制的模块来执行各种任务，生成交互式图表和可发布的图表。这种动态模块化设计克服了 R Shiny 工具加载缓慢的问题，并允许研究和开发人员社区轻松扩展它。可用性和实施：R Shiny 应用程序公开发布于：http://xOmicsShiny.bxgenomics.com 。研究人员可以将自己的数据上传到服务器或使用预加载的演示数据集。源代码在 MIT 许可下提供于 https://github.com/interactivereport/xOmicsShiny 以供本地安装。该应用程序的完整教程可在 https://interactivereport.github.io/xOmicsShiny/tutorial/docs/index.html 获得。联系方式：yuhenry.sun@biogen.com 或 baohong.zhang@biogen.com 补充数据：补充数据可在 bioRxiv 在线获得。
基于经济评估的电池储能系统的激励政策考虑灵活性和可靠性效果使用基于自噬基因标记的综合模型的肝细胞癌患者的总生存率预测
自噬细胞可以抑制早期肿瘤的形成，并可以在晚期促进肿瘤的发展，在肿瘤的发展中起着重要作用。因此，探索自噬相关基因（AAGS）对肝细胞癌（HCC）预后的影响具有潜在的重要性。从TCGA数据库下载的HCC基因表达数据和临床数据中选择了差异表达的AAG，以及人类自噬数据库（HADB）。通过GO功能注释和KEGG途径富集分析来阐明AAG在HCC中的作用。与临床数据结合在一起，我们选择了年龄，性别，等级，阶段，T状态，M状态和N个状态作为COX模型索引，以构建Kaplan Meier（KM）的多元COX模型和生存曲线，以估算患者在高风险组之间的存活率。通过单变量和多元COX回归分析绘制的ROC曲线，我们发现七个具有高表达水平的基因，包括HSP90AB1，SQSTM1，RHEB，HDAC1，HDAC1，ATIC，ATIC，HSPB8和BIRC5与HCC患者预后不良有关。然后，ICGC数据库用于验证模型的可靠性和鲁棒性。因此，由自噬基因构建的HCC的预后模型可能有效地预测了总体生存率，并有助于发现HCC患者的最佳个性化靶向疗法，这可以为患者提供更好的预后。
全基因组对定量性状基因座的检测和候选基因对早期大豆中种子糖组成的预测
摘要：种子糖成分，主要包括果糖，葡萄糖，蔗糖，raf鼻和stachyose，是大豆[甘氨酸Max（L.）Merr。]种子质量。但是，对大豆糖成分的研究是有限的。为了更好地了解大豆种子中糖成分的遗传结构，我们使用了323个大豆种质添加剂的种群进行了全基因组关联研究（GWAS），这些研究在三种不同的环境下进行了生长和评估。在GWAS中选择并使用了总计31,245个单核苷酸多态性（SNP）≥5％（MAFS）≥5％，缺少数据≤10％。与单个糖相关的分析72定量性状基因座（QTL），与总糖相关的14个。在六个染色体的铅SNP的100 kb旋转区域内的十个候选基因与糖含量显着相关。根据GO和KEGG分类，大豆中的糖代谢涉及八个基因，并在拟南芥中显示出相似的功能。另外两个位于与糖相关的已知QTL区域中，可能在大豆的糖代谢中发挥作用。这项研究促进了我们对大豆糖组成的遗传基础的理解，并促进了控制这种特征的基因的鉴定。认同的候选基因将有助于改善大豆中的种子糖成分。
精神分裂症配偶诊断的酒精使用障碍
目的：这项研究利用综合的生物信息学来研究差异表达的基因（DEG）和与溃疡性结肠炎（UC）有关的途径。材料和方法：使用GSE13367和GSE134025数据集从UC患者的结肠粘膜样品和对照组中鉴定出差异表达的基因。使用差异表达的基因选择使用了GEO2R和Venn图，然后使用功能性注释，途径分析，通过字符串数据库确定PPI以及使用Metascape的GO/KEGG富集分析。结果和讨论：分析揭示了197摄氏度，有76个上调和121个下调基因。上调的基因富含体液免疫反应，肽聚糖的结合和NADPH氧化酶复合物，而下调的基因与无机阴离子转运，递质门控离子通道活性和整体质量质膜成分相关。在PPI网络中，上调的DEG形成了密集的网络（75个节点，190个边缘），表明显着相互作用，而下调的DEG形成了一个较小的密度网络（114个节点，63个边缘）。在197摄氏度中鉴定出五个集线器基因（CXCR4，CXCL13，CXCL1，MMP3）。这些发现为UC的原因提供了新的见解，并为更有效的治疗方法提供了希望。关键词：生物信息学分析，基因表达，炎症性肠病，途径富集分析，蛋白质相互作用
miR-26b-5p，Egr1和STAT1 ...
背景：这项研究旨在研究精神分裂症（SZ）发病机理中涉及的miRNA和上游调节转录因子。方法：使用基因表达综合数据集，基因本体论注释和基因和基因组百科全书（KEGG）途径富集分析的基因表达综合数据集，基因本体学注释和京都百科全书，研究了SZ患者中miRNA和基因的差异表达。进行实时定量聚合酶链反应实验，以验证来自20名SZ患者和20个健康对照组的外周血样本中调节基因的预测筛查。通过接收器操作特征（ROC）曲线分析评估了这些因素中这些因素的诊断潜力。结果：在SZ患者的外周血中，将58个miRNA鉴定为差异表达。miR-26b-5p在SZ患者中表现出明显降低。另外，差异表达了1422个mRNA，包括5个可能调节miR-26b-5p表达的转录因子。在其中，EGR1和STAT1在SZ患者中的表达水平明显较低。接收器的工作特性分析揭示了miR-26b-5p曲线下的面积为0.76，EGR1的0.74为0.74，STAT1的0.82为0.82，STAT1合并的STAT1 -MIR-MIR-26B-5P诊断为0.85。结论：与健康对照组相比，SZ患者外周血中miR-26b-5p，Egr1和STAT1的表达降低表明与SZ有很强的关联。这些分子代表潜在的诊断生物标志物，联合标记STAT1 -MIR-26B-5P可能提供增强的诊断精度。
可用的EST-SSR标记的功能特性... div>
摘要。源自的简单序列重复标记（EST-SSR）是研究遗传多样性，系统发育，进化，比较基因组学，QTL分析和基于基因关联的重要工具。我们已经搜索了用于苏格兰松树的已知EST-SSR（Pinus sylvestris l。）- 世界上主要的森林物种之一。然后，在102个EST-SSR中，有91个建议用于苏格兰松树研究，并与Pinus taeda L.的参考基因组以及Sylvestris的可用基因进行了对齐。通过保守域分析（CDD），基因本体学注释的已知同源物的功能分析以及KEGG途径分析，通过保守的域分析（CDD），基因组位置和相关基因的共识功能进行了共识。许多标记都位于未翻译的区域（主要是3'UTR），以及苏格兰和斑驳的松树基因的编码序列。对于八个标记，其序列已知的序列在任何一个物种中都无法识别基因。这些标记中的七个位于当前基因组组件中没有基因的塔达疟原虫支架区域（v.1.0）。将来可以使用结果来改善人群遗传研究的标记，自适应特征的研究和sylvestris的QTL映射以及其他松树物种。关键词：EST-SSR，Pinus Sylvestris，Marker-Gene关联，标记基因组位置，功能注释。
根据基因突变和表达预测肝细胞癌的新治疗药物
肝细胞癌 (HCC) 是第四大常见原发性肝脏肿瘤，是世界范围内重要的医学问题。然而，目前治疗 HCC 的疗法无法治愈，尽管进行了大量尝试和临床试验，但批准的针对 HCC 的靶向治疗方法并不多。因此，有必要寻找其他治疗策略来阻止 HCC 肿瘤的生长。我们正在寻找一种系统的药物重定位生物信息学方法来识别治疗 HCC 的新候选药物，该方法不仅考虑异常的基因组信息，还考虑转录景观的变化。首先，我们基于人类突变数据筛选出在大多数 HCC 样本中频繁突变的 HCC 特征基因即核心基因集合。然后，结合 TCGA 中 HCC 的基因表达数据对 HCC 的核心基因进行分类。最后，基于 kolmogorov-smirnov 统计方法计算每种药物的治疗评分 (TS)。利用这一策略，我们确定了五种与 HCC 相关的药物，包括三种可以治疗 HCC 的药物和两种可能对 HCC 产生副作用的药物。此外，我们还对药物靶标进行了连接图 (CMap) 谱相似性分析和 KEGG 富集分析。所有这些发现都表明，我们的方法对于准确预测 HCC 的新治疗方案是有效的，并且很容易扩展到其他肿瘤。
微生物社区的多样性和潜在功能，以应对三大峡谷水库，中国
河流和水库细菌群落是河流生物群落和生态系统结构的最基本部分，在河流生物过程中起着重要作用。然而，尚不清楚高度调节的大坝水库如何影响土壤和沉积物细菌群落。在三个峡谷储层（TGR）的过渡部分中，使用Illumina Miseq测序研究了细菌群落的时间分布模式。总共有106,682个特征属于细菌王国，包括95个门，228个类别，514个订单，871个家庭，1959年属和3,053种。具有水位调节，香农多样性指数和观察到的物种差异很大，辛普森偶数没有显着差异。在高水位时期（10月）和低水位时期（6月），proteeobacteria，Acidobacteri和Chloroflexi都是最丰富的门。虽然基于PCA图和Circos图，微生物群落结构已发生了很大变化。lefse方法用于识别分类的细菌类群，低水位和高水位时期之间存在明显的丰度差异。KOS（KEGG矫正）途径富集分析，以研究组中的功能和相关代谢途径。在某种程度上可以推断，水位法规通过影响微生物群落的代谢影响社区的成长。