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原代人间充质干细胞的扩展Invitro培养物下调BRCA1相关的基因并损害DNA双链断裂识别
间充质干细胞（MSC）是多素的成年干细胞，对基于细胞的再生疗法有很大潜力。体外扩展改变其表观遗传和细胞特性，对DNA损伤反应（DDR）和基因组稳定性的影响很差。我们在这里报告了基于转录组的基于转录组的途径分析的结果，该途径分析了体外 - 脱落的人骨骨髓衍生的间充质干细胞（HBM-MSC），并补充了针对DNA双链断裂（DSB）修复的细胞测定。使用基因，KEGG和GSEA映射受体外衰老影响的基因途径，并被发现涉及DNA修复，同源重组（HR），细胞周期控制和染色体复制。在HBM-MSC中对X射线诱导的X射线诱导的DNA DSB的识别（C-H2AX + 53BP1焦点）的测定表明，在8周的体外衰减期间（即10个双倍的时间），细胞表现出较高的DDRADNA ddra。此外，观察到对DNA DSB识别受损的细胞的明显亚群。通过HR（例如Rad51，Rad54，BRCA1）参与DNA修复中的几个基因显示2.3至四倍降低了QRT-PCR的mRNA表达。我们得出的结论是，HMSC的体外扩张会导致与DNA断裂的识别和修复的衰老相关损害。
顺铂诱导非小细胞肺癌化疗耐药的分子机制
摘要：癌细胞利用多种机制来提高其存活率和进展率以及对抗癌疗法的抵抗力：通过获得生长因子独立性来解除生长调节途径的管制、免疫系统抑制、减少激活 T 淋巴细胞的抗原表达（拟态）、诱导抗凋亡信号以对抗药物的作用、激活多种 DNA 修复机制并驱动药物从细胞质中主动流出，以及通过微小 RNA (miRNA) 进行表观遗传调控。由于肺癌通常诊断较晚，因此它仍然是五年生存率较低的主要恶性肿瘤；当被诊断出来时，癌症通常已经非常晚期，癌细胞可能已经获得耐药性。本综述总结了顺铂耐药性的主要机制以及顺铂耐药癌细胞与肿瘤微环境之间的相互作用。它还使用 GSE108214 基因表达综合数据库分析了顺铂敏感型和非顺铂耐药型非小细胞肺癌 (NSCLC) 细胞模型的基因表达谱变化。它描述了一个蛋白质-蛋白质相互作用网络，该网络表明 TP53、MDM2 和 CDKN1A 基因高度失调，因为它们编码了可能与顺铂耐受性有关的顶级网络蛋白，这些蛋白在顺铂耐药细胞中均被上调。此外，它通过基于 KEGG 通路分析检查顺铂耐药型 NSCLC 细胞中存在的失调通路的多样性，说明了顺铂耐药性的多因素性质。
格列美脲与 chandraprabha vati 中植物化学物质之间的药物相互作用的网络药理学分析：确定共同靶点和分子机制
网络药理学是一种多靶点药物发现方法，用于探索药物与生物网络之间的相互作用。它有助于了解草药的治疗机制，特别是对于糖尿病等复杂疾病。Chandraprabha Vati 是一种经典的阿育吠陀配方，含有 37 种成分，其中许多成分具有抗糖尿病作用。本研究旨在研究 Chandraprabha Vati 的植物化学物质与抗糖尿病药物格列美脲之间的相互作用。使用 IMPPAT 选择 Chandraprabha Vati 的生物活性成分。使用 Swiss ADME 进行药代动力学预测，并使用 Way2Drug 预测药物间相互作用。使用 STRING 数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用 (PPI)，并在 Cytoscape 中进行网络分析。使用 DAVID 数据库进行基因本体和 KEGG 富集分析。药代动力学分析确定了 11 种关键植物化学物质，它们对参与格列美脲代谢的酶 CYP2C9 具有不同的影响。靶标重叠分析显示格列美脲和植物化学物质之间存在 34 个共同的枢纽基因，包括 EGFR、ESR1、PIK3CA、CYP2C9 和 SRC。这些基因与药物相互作用有关，其中 EGFR 成为关键因素。Chandraprabha Vati 中的植物化学物质，特别是 20-羟基孕-4-烯-3-酮、β-石竹烯和豆固醇，可能通过抑制 CYP2C9 与格列美脲相互作用。这可能会改变格列美脲代谢，增加不良反应的风险。需要进一步的临床研究来证实这些发现并指导安全的联合用药。
映射DSI数据库的景观：
该图说明了DSI数据“转换”的简化示例。数据库名称以粗体列出。它显示了如何在科学数据库中转移和相互连接的DSI。该过程始于研究人员从欧洲核苷酸档案（ENA）中获得大肠杆菌基因组。从该基因组中，研究人员可能使用RefSeq确定了特定的感兴趣基因。然后，研究人员检查了该基因编码的酶（一种蛋白质），以及其特性，记录在Uniprot中。他们会进一步了解涉及酶的生化反应，他们咨询Brenda。研究人员利用KEGG提供的数据来编译代谢途径，这些数据与来自代谢的实验数据交叉引用。要分析与这些途径相关的化学特性（即，我们对酶破裂或将其放在一起的小分子的理解），研究人员转向Pubchem。出于药物开发的目的，它们将这些化学性质与在药品库中列出的已知药物，寻找潜在的抑制剂或激活剂进行了比较。接下来，研究人员探讨了有关这些药物的其他实验数据的临床试验。为了对上下文和含义有更广泛的了解，他们在PubMed上进行了交叉引用的发现，该发现提供了对同行评审出版物的访问。这种数据的迭代探索和交叉引用最终可帮助研究人员注释基因在基因本体论（GO）数据库中更准确地发挥作用，从而恢复了研究周期并增强了整体知识库。在这个简化的示例中，使用了11个与DSI相关的数据库，但实际上，使用DSI的科学家需要数千个。
乳腺癌中CDKs表达和预后的临床数据分析
摘要 - 目的：我们研究了乳腺癌中CDK和预后的表达。材料和方法：吞噬数据库检查了乳腺癌中的CDK基因表达。使用Kaplan-Meier绘图师分析了怀里恶性增长患者CDK的先见优先价值。在GEPIA数据库中分析了肿瘤分期中CDK的表达变化。使用KEGG数据集分析了CDK在DNA复制和细胞周期中的作用。使用CBIOPORTAL数据库，研究了乳腺癌中CDK基因表达与CDK之间的关联。Encori数据库用于研究针对CDK的miRNA。结果：oncomine数据表明，乳腺癌患者中CDK1，CDK5和CDK20的表达被上调，而CDK2和CDK6中的mRNA表达水平降低，CDK3，CDK4和CDK7〜19不是表达数据。GEPIA数据库的结果表明，CDK1，CDK2，CDK4，CDK5，CDK5，CDK7，CDK8和CDK20在乳腺癌组织中的表达水平大于正常组织，并且CDK1和CDK5的表达水平明显差异，而前者中的CDK3和CDK1的表达水平则低于latter latter latter的表达水平。Kaplan-Meier绘图仪数据显示，CDK1，CDK3，CDK4和CDK20与乳腺癌个体的沮丧的预后有关，而CDK8中的mRNA水平与生存后的进展有关。结论：CDK1，CDK2C，CDK4，CDK5，CDK7，CDK8和CDK20可以用作乳腺癌患者的分子标记，或通过靶向CDK来作为乳腺癌治疗的潜在靶标。
miRNA- ...
背景：金蛋白颗粒是由多种草药组成的广泛使用的中药混合物之一，用于治疗呼吸系统疾病。其治疗作用的机制仍然晦涩难懂。这项研究的目的是使用网络药理学方法来鉴定Jingyin颗粒的主要活性成分针对CoVID-19靶标的，并探索其治疗机制。材料和方法：在这项研究中，通过使用传统的中药系统药理学数据库和中药综合数据库来评估金蛋白颗粒的成分，并使用SWISSTARGTARGET PREDICTIC PADICTICT数据库确定了潜在基因靶标和成分之间的相互作用。同时，通过在线Mendelian继承在MAN数据库，DISGENET数据库和GeneCards数据库中通过在线Mendelian继承确定了可能的有效目标。此外，通过基因富集分析和基因和基因组途径分析的京都百科全书来鉴定功能，成分和途径。蛋白质相互作用，成分目标网络已建立。结果：我们的发现表明，若林颗粒的许多成分可以用88个靶基因在Covid-19上起作用。进行富集分析，KEGG途径分析和蛋白质 - 蛋白质相互作用网络表明，这些靶标与免疫功能的调节相关，直接靶向疾病基因。结论：黄蛋白颗粒可用于发挥系统性的药理作用。黄蛋白颗粒可以直接靶向主要基因，还可以调节免疫系统，充当倾斜的疾病治疗。
全基因组比较分析揭示了多产萨福克羊繁殖性状的选择特征
全基因组选择标签的鉴定可以揭示通过自然或人工选择产生新品种的潜在遗传机制。本研究对多产肉羊新品系多产萨福克羊进行了全基因组选择标签筛选，以鉴定繁殖性状候选基因，揭示该新品系萨福克羊的种质特征和群体遗传进化。采用20倍有效测序深度进行全基因组重测序，以分析基因组多样性和群体结构。此外，利用固定指数（F ST ）和杂合度（H ）分析研究了多产萨福克羊、萨福克羊和湖羊的选择标签。共获得了多产萨福克羊的5,236.338 Gb高质量基因组数据和28,767,952个SNP。此外，还鉴定出99个跨越候选基因的选择信号，其中23个基因与生殖、生长、免疫、代谢等KEGG通路及Gene Ontology术语显著相关，通过选择信号分析发现ARHGEF4、CATIP、CCDC115等基因与多产萨福克羊的生殖性状显著相关，并与mTOR信号通路、黑素生成通路、Hippo信号通路等高度相关，这些结果有助于理解多产萨福克羊人工选择的进化，并提供可能有利于新绵羊品种建立的候选生殖相关基因。
元素定量性状基因座分析和候选基因挖掘玉米中与干旱耐受性相关性状的候选基因挖掘（Zea Mays L.）
摘要：干旱是对全球玉米产量的严重负面影响的主要非生物压力之一。了解玉米中干旱耐受性的遗传结构是朝着繁殖耐旱的品种和针对性的遗传资源剥削的关键步骤。在这项研究中，与谷物产量成分，开花时间和植物形态有关的511定量性状基因座（QTL）在干旱条件下以及干旱耐受性指数是从27项发表的研究中收集的，然后预测在IBM2 2008年的IBM2 2008年邻居参考图中的荟萃分析。总共确定了与玉米干旱耐受性相关的83个元QTL（MQTL），其中20个确定为核心MQTL。与先前发布的QTL相比，MQTL的平均置信区间大大降低。通过来自基因组关联研究的共定位标记 - 特性关联证实了几乎一半的MQTL。基于与干旱耐受性有关的水稻蛋白的比对，在玉米MQTL附近发现了63个直系同源基因。此外，在20个核心MQTL区域和玉米与同源基因中发现了583个候选基因。基于候选基因的KEGG分析，发现植物激素信号通路显着富集。信号通路可以对干旱耐受性产生直接或间接影响，并与其他途径相互作用。总而言之，这项研究提供了对玉米干旱耐受性的遗传和分子机制的新见解，以对繁殖中这种重要特征的更具针对性的改善。
性别，年龄和体重指数对肠道的影响...
方法论/主要发现：我们根据粪便样品的全元素shot弹枪测序对185名中国成年人的肠道菌群进行了分析。我们的研究重点是评估三个级别的性别，年龄和BMI对肠道微生物群的影响：多样性，基因/系统发育组成和功能组成。我们的发现表明，与肠型相比，这些表型对构成肠道微生物组的影响很小，它们在样本内或样本之间的多样性内或样本间多样性内无显着相关性。我们确定了大量与表型相关的基因和宏基因组链接组（MLG），表明肠道微环形组成的变化。特别是，在老年人和BMI较高的人群中，我们观察到有益的公司微生物，例如Eubacterium，Roseburia，Roseburia，Faecalibacterium和Ruminococcus spp。随着年龄的增长而增加。此外，Blautia和Dorea spp。随着BMI的增加而增加，与先前的研究保持一致。令人惊讶的是，年龄较大或超重的个体表现出缺乏细菌植物，这是人类肠道菌群中的主要门，包括机会性病原体，而某些众所周知的益生菌的某些物种则富集在这些组中，暗示了这些细菌的复杂相互作用。关于性别，雌性中的几种来自细菌，副细胞杆菌，梭状芽胞杆菌和阿克米西的MLG富含雌性。功能分析显示了许多与表型相关的KEGG直系同源物（KOS）。
医学®
摘要 世界卫生组织宣布2019冠状病毒病（COVID-19）为全球大流行病后，全球卫生工作者面临着前所未有的严峻挑战。目前，用于抑制COVID-19引起的肺部炎症加剧的合剂扶正愈感合剂（FZYGM）已获得医疗机构合剂备案，但FZYGM的作用机制尚不明确。本研究旨在阐明FZYGM作为COVID-19潜在治疗药物的分子和相关生理途径。从中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）获取FZYGM的活性分子，通过DrugBank和GeneCards识别COVID-19的潜在靶基因。分别利用Cytoscape_v3.8.2和String数据库建立化合物-靶标网络和蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）。进行基因本体论（GO）分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。最后利用分子对接进行了更深入的研究，确定了7个活性化合物和3个相应的核心靶点，主要作用信号通路包括白细胞介素（IL）-17信号通路、肿瘤坏死因子（TNF）信号通路、Toll样受体信号通路、Th17细胞分化、冠状病毒疾病-COVID-19。本研究表明FZYGM可以通过多个靶点和通路发挥抗COVID-19的作用。因此，FZYGM可以被认为是治疗COVID-19的候选药物，为COVID-19的后续实验和临床应用提供了良好的理论支持。