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人工智能基因表达分析预测了套细胞淋巴瘤和大型泛癌系列的总体生存率
摘要：套细胞淋巴瘤 (MCL) 是成熟 B 细胞非霍奇金淋巴瘤的一种亚型，其预后不良。首先，我们分析了一系列 123 例病例 (GSE93291)。使用多层感知器人工神经网络、径向基函数、基因集富集分析 (GSEA) 和常规统计数据的算法，将 20,862 个基因与 28 个 MCL 预后基因相关联以进行降维，从而预测患者的总体生存率并突出显示新的标志物。结果，58 个基因以高精度预测生存率（曲线下面积 = 0.9）。进一步缩减后，确定了 10 个基因：KIF18A、YBX3、PEMT、GCNA 和 POGLUT3 与生存率较差有关；SELENOP、AMOTL2、IGFBP7、KCTD12 和 ADGRG2 与生存率较高有关。还与增殖指数 (Ki67) 进行了关联。有趣的是，这些与细胞周期、凋亡和代谢有关的基因也预测了弥漫性大 B 细胞淋巴瘤 (GSE10846，n = 414) 的生存率，以及包括最相关癌症 (肺癌、乳腺癌、结直肠癌、前列腺癌、胃癌、肝癌等) 的癌症基因组图谱 (TCGA，n = 7289) 的泛癌系列。其次，使用 10 个肿瘤学小组 (转录组、癌症进展和途径、代谢途径、免疫肿瘤学和宿主反应) 预测生存率，并突出显示 TYMS。最后，使用机器学习，C5 树和贝叶斯网络对 LLMPP MCL35 增殖测定的预测和相关性具有最高的准确度，并制作了 RGS1。总之，人工智能分析可以高精度地预测 MCL 的总体生存率，并突出显示可预测大量泛癌症系列生存率的基因。
原创研究依达拉奉通过 mBDNF/TrkB/PI3K 通路减轻丙泊酚在发育海马中引起的神经毒性
方法：通过检测新生大鼠海马神经干中 ki67 的表达和 HT22 细胞中的细胞计数试剂盒 8 (CCK8) 测定来研究细胞增殖。通过 Western blot 检测 caspase 3 和通过末端脱氧核苷酸转移酶 dUTP 缺口末端标记 (TUNEL) 测定神经元和神经胶质细胞的凋亡来评估体内细胞凋亡。通过流式细胞术分析 HT22 细胞中的细胞凋亡。使用 Morris 水迷宫评估大鼠的长期学习和记忆能力。通过酶联免疫吸附试验 (ELISA) 检测炎症因子。通过 Western blot 和定量逆转录聚合酶链反应 (q-RT PCR) 检测 mBDNF/TrkB/PI3K 通路相关蛋白的表达。结果：在新生大鼠海马及HT22细胞中，依达拉奉可促进细胞增殖，减少丙泊酚过量引起的神经毒性作用。此外，依达拉奉预处理可降低促炎因子白细胞介素（IL）-6和肿瘤坏死因子（TNF）-α的水平。丙泊酚组联合应用原肌球蛋白受体激酶B（TrkB）拮抗剂ANA-12和TrkB激动剂7,8DHF，发现依达拉奉可通过成熟脑源性神经营养因子（mBDNF）/TrkB/磷酸肌醇3-激酶（PI3K）通路减轻丙泊酚过量引起的神经毒性。但当前剂量的丙泊酚对大鼠的长期学习记忆无明显影响。结论：依达拉奉预处理通过激活 mBDNF/TrkB/PI3K 通路改善了丙泊酚诱导的增殖抑制、神经细胞凋亡和神经炎症。关键词：依达拉奉、丙泊酚、海马、脑源性神经营养因子、BDNF、酪氨酸激酶受体 B、TrkB、7,8-二羟基黄酮、7,8-DHF、ANA-12
治疗诊断学 整合素 αvβ6 特异性治疗胰腺癌...
研究目标：几十年来，胰腺导管腺癌 (PDAC) 的 5 年生存率一直保持在 <5%，因为尚未发现有效的治疗方法。整合素 α v β 6 在大多数 PDAC 中过度表达，代表着一个有希望的治疗靶点。因此，我们试图开发一种 α v β 6 特异性肽-药物偶联物 (PDC) 用于治疗 PDAC。方法：我们将基于 DNA 结合吡咯并苯二氮卓 (PBD) 的有效载荷 SG3249 (tesirine) 结合到来自口蹄疫病毒 (FMDV) VP1 外壳蛋白的 α v β 6 特异性 20 聚体肽 (形成偶联物 SG3299) 或非靶向肽 (形成偶联物 SG3511)。检测了 PDC 对 α v β 6 阴性和阳性 PDAC 细胞、来自肿瘤异种移植的患者来源细胞系以及两种不同的 PDAC 体内模型的特异性和毒性。进行免疫组织化学分析以确定治疗机制。结果：α v β 6 靶向 PDC SG3299 在体外对 α v β 6 表达与 α v β 6 阴性 PDAC 细胞系的毒性明显更高（高达 78 倍），且在相同剂量下毒性明显高于非靶向 PDC SG3511（高达 15 倍）。此外，SG3299 可消除已建立的（100mm 3 ）Capan-1 PDAC 人异种移植瘤，显著延长小鼠的寿命（P=0.005）。免疫组织化学显示 SG3299 诱导 DNA 损伤和细胞凋亡（分别增加 γ H2AX 和裂解 caspase 3），与增殖（Ki67）、β 6 表达和 PDAC 肿瘤生长显著减少有关。结论：FMDV-肽药物偶联物 SG3299 在体外和体内表现出 α v β 6 选择性，可以特异性地消除 α v β 6 阳性癌症，为胰腺癌提供了一种有希望的新型分子特异性疗法。
利用链球菌进行体内多重基因靶向...
胰腺导管腺癌是一种致命的癌症类型，与体细胞中的多种基因突变有关。基因工程小鼠几乎不适用于开发胰腺癌模型，异种移植模型在反映早期胰腺癌方面存在局限性。因此，使用成簇的规律间隔的短回文重复序列进行体内体细胞基因工程用于生成胰腺癌动物模型越来越受到关注。在本研究中，我们选择了 Kras、Trp53、Ink4a、Smad4 和 Brca2 作为靶基因，并应用空肠弯曲菌 Cas9 (CjCas9) 和化脓性链球菌 Cas9 (SpCas9) 通过腺相关病毒 (AAV) 转导来开发胰腺癌。在确认 AAV2 的多灶性和弥漫性转导后，我们生成了 SpCas9 过表达小鼠，该小鼠在两次 AAV 转导后表现出靶基因中高双链 DNA 断裂 (DSB) 和胰腺上皮内瘤变 (PanIN) 病变；然而，三次 AAV 转导的野生型 (WT) 小鼠没有出现 PanIN。此外，将小型 Cjcas9 应用于具有两个 AAV 系统的 WT 小鼠，该小鼠还出现了高广泛性 DSB 和 PanIN 病变。观察到了导管和胰岛细胞中的组织学变化和癌症标志物（如 Ki67、细胞角蛋白、Mucin5a、α 平滑肌肌动蛋白）的表达。此外，研究还揭示了几个发现，例如 1) AAV-CjCas9 的多重 DSB 潜力、2) 导管周围淋巴细胞浸润、3) 多灶性癌症标志物表达，以及 4) 在 AAV 介导的靶向中启动 PanIN 需要 12 个月以上。在这项研究中，我们提出了一种用于体内癌症建模的有用工具，该工具也适用于其他疾病模型。
患者来源的非小细胞肺癌异种移植反映了复杂的肿瘤异质性
摘要 目的：患者来源的异种移植（PDX）模型在临床前和转化应用中显示出巨大的潜力，但它们与原发性肿瘤在表型、遗传和药效动力学异质性的一致性尚未得到充分研究。本研究旨在建立非小细胞肺癌（NSCLC）的PDX库，并进一步阐明它是否能保留患者肿瘤内和肿瘤间的异质性。方法：将75例手术切除的NSCLC标本植入免疫缺陷的NOD/SCID小鼠体内。在成功建立NSCLC PDX模型的基础上，我们采用苏木精和伊红染色和免疫组织化学染色比较了癌组织和PDX模型之间波形蛋白、Ki67、EGFR和PD-L1蛋白的表达。此外，我们检测了原发性肿瘤和PDX代之间的全基因表达谱。我们还对 17 个第一代异种移植瘤进行了全外显子组测序 (WES) 分析，以进一步评估 PDX 是否保留了患者的异质性。最后，使用紫杉醇、顺铂、阿霉素、阿替利珠单抗、阿法替尼和 AZD4547 评估 PDX 模型对标准治疗药物的反应。结果：成功开发了大量可连续移植的 NSCLC PDX 模型。PDX 异种移植瘤的组织学和病理免疫组织化学与患者的肿瘤样本一致。WES 和 RNA-seq 进一步证实 PDX 准确复制了原发性肿瘤的分子异质性。与临床患者相似，PDX 模型对标准治疗（包括化疗、靶向和免疫治疗）的反应不同。结论：我们建立的 NSCLC PDX 模型忠实地再现了分子、组织病理学和治疗特征以及相应的肿瘤异质性，为药物筛选、生物标志物发现和转化研究提供了临床相关平台。关键词 患者来源的异种移植 (PDX)；非小细胞肺癌 (NSCLC)；肿瘤异质性
FHD-286 暴露上调髓系成熟...
BAF（BRM/BRG1 相关因子）复合物（也称为 mSWI/SNF）是基因组染色质景观的关键调节器。通过控制染色质的可及性，BAF 调节谱系特异性转录程序，包括对 AML 母细胞生长和存活至关重要的程序。FHD-286 是 BAF 催化亚基 BRM 和 BRG1（SMARCA2/4）的强效抑制剂，正在开发用于治疗复发/难治性 AML 和 MDS。FHD-286 已证明在体外治疗来自不同遗传背景的 AML 患者样本中具有广泛的疗效，包括那些具有难以治疗的突变特征的样本，例如 mtNPM1、FLT3 ITD 和 EVI1 过表达的 Inv(3)。有趣的是，虽然较高浓度（≥90 nM）的 FHD-286 主要诱导细胞减少，但较低浓度（≤30 nM）诱导分化样反应。为了研究这种分化效应，我们在长期暴露于 FHD-286 后对细胞系和原发性 AML 样本进行了免疫表型分析。使用药理学相关浓度（5-20 nM）的 FHD-286 进行长期治疗（7 天以上）导致髓系成熟标志物 CD11b 的时间和剂量依赖性上调。CD11b+ 细胞表达较低水平的增殖和存活蛋白 Ki67 和 BCL2，以及 BRG1 蛋白，这意味着未成熟母细胞以高水平的 BRG1 为特征。这些结果表明 BAF 可驱动维持 AML 细胞处于未分化状态所需的转录程序，并且 FHD-286 可能通过克服这种分化阻滞来抑制 AML 细胞生长。我们还证明了在体外多种 AML 细胞系中与标准治疗细胞毒性药物联合使用具有益处，并且在体内具有显著的生存益处。总之，这些发现表明 FHD-286 能够靶向高度依赖 BRM/BRG1 的原始祖细胞群，并且与标准治疗药物联合使用可以在 AML 中实现显著的、突变不可知的抗肿瘤活性。
L1抑制剂GS-4224选择性地与PD
抽象背景检查点抑制剂针对程序性细胞死亡1（PD-1）/程序性细胞死亡1配体1（PD-L1）途径是一系列免疫原性癌症类型的有效疗法。通过口服疗法阻止这一途径可以通过更大的便利性使患者受益，尤其是在组合方案中，并可以灵活地管理免疫介导的毒性。方法在工程二聚化和原始细胞靶标测定中评估了PD-L1结合活性。在体内和体内表达肿瘤模型中评估了临床前抗肿瘤活性。在晚期实体瘤患者的开放标签，多中心，顺序的剂量降低研究中评估了人类安全性，耐受性，药代动力学和生物标志物活性。评估的生物标志物包括目标占用率，流式细胞仪免疫表型，血浆细胞因子测量和T细胞受体测序。结果GS-4224结合导致PD-L1的二聚化，阻断了其与PD-1的相互作用，并导致T细胞抑制作用逆转，并增加了体外和体内肿瘤杀死的肿瘤。GS-4224的效力取决于细胞表面PD-L1的密度，其结合对PD-L1-高细胞最有效。在1阶段的剂量降低研究中，在晚期实体瘤患者中，每天以400–1,500 mg的剂量耐受治疗。结论GS-4224是一种新型的，可口服的可生物利用的小分子抑制剂Pd-L1。试用注册号NCT04049617。GS-4224的给药与外周血T细胞对血浆GS-4224的剂量依赖性增加和Free PD-L1的降低有关，PD-1阳性T细胞中KI67的增加，PD-1阳性T细胞亚群和升高的血浆细胞因子和趋化因子和趋化因子和搅拌。GS-4224显示了预期的靶标生物标志物活性的证据，包括PD-L1的参与以及与PD-L1阻断一致的免疫相关药效动力学反应的诱导。
2021; 12（22）：6727-6739。 doi：10.7150/jca.60208研究论文二甲双胍通过下调MCL-1蛋白I
背景：最近，Venetoclax是特定的BH3-Mimetics之一，已获得FDA的批准，为新诊断的AML患者提供了新的选择，尤其是那些未能接受常规化学疗法的患者。尽管在诸如完全缓解（CR）和总体生存期之类的临床结果中已经取得了临床成功。获得了对凋亡途径的调节引起的对ABT-199的抵抗力仍然是一个重要的临床问题。为此，紧急的是结合可以扭转补偿性调节的药物的尝试。方法：在三种AML细胞系（KG-1，Kasumi-1和Thp-1）中，比较了ABT-199（Venetoclax）和二甲双胍或单独使用的两种药物的抗AML效应。cck8用于评估细胞活力，并使用流式细胞仪来估计凋亡的速率，进行蛋白质印迹法以检测与凋亡相关的蛋白质水平。在小鼠实验中，将雌性BALB/C-NU裸鼠皮下注入THP-1细胞以形成皮下肿瘤，并测试了ABT-199和二甲双胍的综合作用。评估指标是肿瘤大小，肿瘤重量和Ki67染色。小鼠体重和HE染色以评估肝脏损伤和药物反应不良。 结果：在体外和体内实验都表明，与仅二甲双胍或ABT-199相比，两种药物的综合使用对促进凋亡产生了协同作用，从而产生了强大的抗血素效应。 值得注意的是，二甲双胍通过抑制其蛋白质的产生来显着下调MCL-1蛋白的水平。小鼠体重和HE染色以评估肝脏损伤和药物反应不良。结果：在体外和体内实验都表明，与仅二甲双胍或ABT-199相比，两种药物的综合使用对促进凋亡产生了协同作用，从而产生了强大的抗血素效应。值得注意的是，二甲双胍通过抑制其蛋白质的产生来显着下调MCL-1蛋白的水平。此外，在短暂的孵育时间后，ABT-199迅速提高了抗凋亡蛋白MCl-1的表达水平，而二甲双胍和ABT-199的综合使用显着降低了MCL-1的水平。在较小程度上，二甲双胍也可以下调另一种抗凋亡蛋白BCl-XL的表达。结论：二甲双胍通过抑制蛋白质的产生来下调抗凋亡蛋白MCL-1和BCL-XL的表达，并在急性髓样白血病中显示出与ABT-199的协同抗肿瘤作用。
携带EGFR突变的小细胞肺癌患者
抽象背景二甲双胍（MET）是2型糖尿病的一线治疗方法，在治疗各种疾病（例如心血管疾病，神经退行性疾病，癌症和衰老）中起着有效的作用。然而，依赖MET的抗肿瘤免疫的潜在机制仍有待阐明。方法Mitotempo是线粒体超氧化物的清道夫，废除了MET的抗肿瘤作用，但没有消除抗编程细胞死亡（PD-1）抗体（AB）治疗。因此，我们研究了遇到的抗肿瘤效应的机制。葡萄糖转运蛋白（GLUT）-1，线粒体活性氧（MTROS），干扰素（IFN）-γ，Ki67，自噬标记，NF-E2相关因子2（NRF2）的激活标记和乳腺脂蛋白复合物1（Mammaycin Confictrc 1（Mimamalian Infilc）1（mmAMAMAYCINC）1（MIMMAYCIN COFFILC 1）通过流式细胞仪分析检查淋巴细胞（CD8TIT）。此外，还使用有条件的NRF2和p62小鼠来检测这些标记，并监测体内肿瘤生长。对CD8TIT和肿瘤细胞进行 RNA测序。 黑色素瘤细胞含有IFN-γ受体（IFNγR）细胞质域缺失突变体过表达，并用于使用Seahorse Flux分析仪来表征这些肿瘤细胞的代谢谱。 结果MET给药可提高MTROS和细胞表面Glut-1，从而导致CD8TIT中的IFN-γ产生。 mtros以糖酵解依赖性方式激活NRF2，从而诱导自噬，谷氨酰胺溶解，mTORC1和p62/sqSTM1的激活。RNA测序。黑色素瘤细胞含有IFN-γ受体（IFNγR）细胞质域缺失突变体过表达，并用于使用Seahorse Flux分析仪来表征这些肿瘤细胞的代谢谱。结果MET给药可提高MTROS和细胞表面Glut-1，从而导致CD8TIT中的IFN-γ产生。mtros以糖酵解依赖性方式激活NRF2，从而诱导自噬，谷氨酰胺溶解，mTORC1和p62/sqSTM1的激活。在丝氨酸351（p-p62（S351））上，p62的MTORC1依赖性磷酸化也参与了NRF2的激活。CD8TIT中NRF2的条件缺失消除了MTORC1激活和抗肿瘤免疫。 与抗PD-1 AB的作用协同作用，满足CD8TIT增殖和IFN-γ分泌，从而导致肿瘤细胞中糖酵解和氧化磷酸化的降低。 因此，在CD8TIT中，GLUT-1以及活化的树突状细胞的扩展升高。 此外，缺乏IFNγR信号的肿瘤细胞消除了CD8TIT的IFN-γ的产生和增殖。CD8TIT中NRF2的条件缺失消除了MTORC1激活和抗肿瘤免疫。与抗PD-1 AB的作用协同作用，满足CD8TIT增殖和IFN-γ分泌，从而导致肿瘤细胞中糖酵解和氧化磷酸化的降低。因此，在CD8TIT中，GLUT-1以及活化的树突状细胞的扩展升高。此外，缺乏IFNγR信号的肿瘤细胞消除了CD8TIT的IFN-γ的产生和增殖。
产前酒精暴露是人类间神经疾病的主要原因
抽象酒精会影响多种神经递质系统，尤其是GABA能系统，并且在大脑发育的关键阶段，长期以来一直被认为是尤其是破坏性的。然而，文献中的数据最常源自动物或体外模型。In order to study the production, migration and cortical density disturbances of GABAergic interneurons upon prenatal alcohol exposure, we performed immunohistochemical studies by means of the proliferation marker Ki67, GABA and calretinin antibodies in the frontal cortical plate of 17 foetal and infant brains antenatally exposed to alcohol, aged 15 weeks' gestation to 22 postnatal months and在背脑脑脑的神经节隆起和室内室内区域，直到其消退，即妊娠34周。的结果与14个年龄14周的对照大脑获得的结果进行了比较，到35个月几个月的结果。我们还专注于使用GLUT1，GABA和Calretinin的双重免疫标记的共聚焦微量拷贝沿皮质微血管迁移。半定量和定量分析在神经节象征中，在神经节象征中，在怀孕的两个第一个三个象征器中，我们能够确定Gabaergic Interneurons在妊娠的两个首次三个三体中，并延迟纳入lamaminar结构的lamaminar结构的延迟。此外，在整个胎儿生命中，GABA能和Cal-视网膜能中间神经元的置于错误的位置，这些细胞位于深层中，而不是浅层层II和III。此外，皮质板中钙化素能中间神经元的血管迁移受到了损害，正如观察到的靠近皮质穿孔血管壁的低数量的中间神经元所反映的那样，这可能部分解释了它们的异常内分布。我们的结果在全球范围内与先前在小鼠模型中获得的结果一致，在小鼠模型中，酒精被证明通过影响皮质板中的间含量和定位来诱导神经内膜病，这可以说明在患有胎儿酒精疾病谱系儿童的神经系统障碍。关键字：GABA能系统缺陷，人类胎儿/新生儿大脑，胎儿酒精综合征，免疫组织化学，血管间神经元迁移