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World File Search SystemKT2440
建立一个直接的I-SCEI介导的重组一个质粒系统，用于在P. p. putida KT2440中进行有效的基因组编辑
。cc-by-nc-nd 4.0国际许可证。是根据作者/资助者提供的预印本（未经Peer Review的认证）提供的，他已授予Biorxiv的许可证，以在2024年1月23日发布的此版本中在版权所有者中显示预印本。 https://doi.org/10.1101/2024.01.23.576838 doi：Biorxiv Preprint
野生型 KT2440 与基因组的比较......
假单胞菌 KT2440 是一种强大的芳香分解代谢细菌，已被广泛改造用于将生物基和废物基原料转化为目标产品。为了对假单胞菌 KT2440 进行工业化驯化，之前已经进行了合理的基因组减少，从而产生了假单胞菌菌株 EM42，该菌株表现出可能对生产菌株有利的特征。在这里，我们比较了假单胞菌 KT2440 和 EM42 衍生菌株从芳香族化合物对香豆酸和在单独的菌株中从葡萄糖生产顺式、顺式-粘康酸的情况。令我们惊讶的是，EM42 衍生菌株在从任何一种底物生产粘康酸方面的表现并不优于 KT2440 衍生菌株。在生物反应器培养中，KT2440 和 EM42 衍生菌株分别以 45 g/L 和 37 g/L 的滴度从对香豆酸产生粘康酸，并以 20 g/L 和 13 g/L 的滴度从葡萄糖产生粘康酸。为了进一步了解亲本菌株之间的差异，我们分析了 KT2440 和 EM42 在芳香族化合物作为唯一碳源和能源时的生长情况。总体而言，EM42 菌株的生长速度比 KT2440 菌株低，但生长滞后时间更短。我们还观察到，与 KT2440 衍生菌株相比，EM42 衍生菌株在葡萄糖上的生长速度更高，但仅限于测试的最低葡萄糖浓度。转录组学显示，EM42 中的基因组减少对转录水平具有整体影响，并表明从葡萄糖产生粘康酸的 EM42 衍生菌株在响应葡萄糖浓度变化时表现出基因表达调节降低。总体而言，我们的研究结果表明，有必要进行进一步研究来了解基因组减少对微生物代谢和生理的影响，特别是当用于生产菌株时。
具有异型的全细胞筛选方法
由于其直接电子传输到电极的能力，稀土金属作为辅因子的利用及其周质定位，吡咯烷二酚奎诺酮依赖性的醇dehydroge- nases（pqqq-adhs）代表了一类有趣的生物催化剂，用于各种生物技术应用程序。对于大多数生物催化剂而言，蛋白质稳定性是库的，要么在给定的过程条件下提高蛋白质的性能，要么最大程度地提高蛋白质对突变操纵的鲁棒性，通常需要增强或引入感兴趣的功能。在这项研究中，我们描述了一个全细胞筛选测定法，适用于探测Escherichia Coli BL21（DE3）细胞中的PQQ-ADH活动，并使用此测定法筛选智能突变库，以提高PQQ-ADH PEDE的热稳定性（PP_2674）（PP_2674）（ppseudomonas putida putida ktida KT22440）。在连续三轮筛选时，我们确定了三个不同的氨基酸位置，这显着改善了酶的稳定性。The subsequent combination of the bene fi cial mutations fi nally results in the triple mutant R91D/ E408P/N410K, which not only exhibits a 7 ° C increase in thermal stability but also a twofold increase in residual activity upon incubation with up to 50% dimethyl sulfoxide (DMSO), while showing no signi fi - cant difference in enzymatic ef fi ciency ( k cat / k m）。