魔术 - 晶体:在异质样品中稀缺大分子的结构性确定Yasuhiro arimura 1,2*,hide A. Konishi 1,Hironori funabiki 1* 1* 1 1* 1 1* 1个伪装体和细胞生物学实验室,纽约州纽约州立大学,纽约州纽约州立大学。中心,美国华盛顿州西雅图市,98109-1024 *通信:funabih@rockefeller.edu,yarimura@rockefeller.edu或yarimura@fredhutch.org摘要冷冻冷冻级单 - 单点分析通常需要在0.05〜5.5.5.0 mg/ml上达到目标Macromolecule浓度,以下是iSMACromolecule浓度。在这里,我们设计了磁隔离和浓度(魔术)-cryo-em,这是一种能够对磁珠上捕获的靶标的直接结构分析,从而将目标的浓度需求降低到<0.0005 mg/ml。将魔术 - 晶体EM适应染色质免疫沉淀方案,我们表征了连接器组蛋白H1.8相关的核小体的结构变化,这些核小体是从异叶鸡蛋提取物中的相间和中期染色体分离出来的。将重复的选择组合以排除垃圾颗粒(Duster),这是一种去除低信噪比粒子颗粒的粒子策划方法,我们还解决了H1.8结合的核纤维蛋白NPM2的3D冷冻EM结构与与跨相染色体和露出不同的敞开和封闭的结构变体的3D冷冻EM结构。我们的研究表明,魔术 - 晶体EM对异质样品中稀缺的大分子的结构分析的实用性,并为H1.8与核小体关联的细胞周期调节提供了结构见解。关键字冷冻EM,磁珠,Xenopus鸡蛋提取物,核小体,接头组蛋白H1,核纤维蛋白
Professor Associate Professor Lecturer Assistant Professor Assistant President Goto Naomasa Vice President Akaji Kenichi Pharmaceutical Chemistry Furuta Takumi Kobayashi Yusuke Hamada Shohei Pharmaceutical Manufacturing Yamashita Masayuki Kojima Naoto Iwasaki Hiroki Pharmaceutical Chemistry Oishi Shinya Kobayashi Kazuya Herbal Medicine Nakamura Masahiro Pharmaceutical Analysis Takekami Shigehiko Konishi Atsuko Metabolic Analysis Yasui Hiroyuki Kimura Hiroyuki Naito Yukiyoshi Pharmaceutical Physical Chemistry Saito Hiroyuki Nagao Kojiro Ogita Takashi Takayama Takaya Morito Katsuya Public Health Watanabe Tetsushi Matsumoto Takahiro Microbiology and Infection Control Yahiro Kinnosuke Kamoshida Tsuyoshi Cell Biology Fujimuro Masahiro Sekine Yuichi Biochemistry Nakayama Yuji Saito Yohei Yuki Ryuzaburo Pathophysiology Ashihara Eiji Hosoki Masayuki Toda Yuki Pathobiochemistry Akiba Satoshi Ishihara Keiichi Kawashita Eri Pharmacology Kato Shinichi Matsumoto Kenjiro Yasuda Hiroyuki Clinical pharmacology Nakata Tetsuo Ohara Yuki Toba Yue Pharmacology Tanaka Tomoyuki Fujii Masanori Tamura Yuho Clinical oncology Nakata Shinshin Ii Hiromi山原药理学MASARU KATSUMI EIMASA MORISHITA MASATERU药理学EITA tomoyuki Ito ito Yukako Kawabuchi Kawabuchi Shinji临床药理学Westguchi koji koji tsujimoto Sciences Nagasawa Yoshinori Tanahashi Takaichiro Physics Arimoto Shigeru Mathematics Ueno Yoshio General Education Sato Takeshi Imai Chiju Iwasaki Daisuke Asahina Yuko Mimikawa Mariko Sakamoto Naoshi Kishino Ryoji Nozaki Akiko Pharmaceutical Education Research Center Hosoi Nobuzo Kai Akihiro Yoshimura Noriko临床药物教育研究中心Kusumoto Masaaki Tsushima Miyuki Imanishi takashi takasaki chizaki yugo yugo hashizume tsutomu tsutomu nakamura nakamura nobuhiko nobuhiko yano yano yano yano yano yano yano yano yano yano yano matsumura matsumura chikaka chikako chikako intraption trienlation triping sesight inij issey CENTERIOD教育研究中心。中心(Fujiwara Yoichi)Kimura Toru Kinseong Kaoru Tokuyama Yuki Yuki kono kono kyoko takao takao ikuko tokada tetsuya hirayama hirayama eetsuko图书馆(西exit exit koji koji koji koji) Kawashima Hidekazu生物科学研究中心(Kato Shinichi)Saito Michiko Pharmaceutical Science Frontier Research Center(Yamashita Masayuki)联合设备中心(Furuta Takumi)
2) Tsao JY、Chowdhury S、Hollis MA、Jena D、Johnson NM、Jones RJ、Kaplar S、Rajan、Van de Walle CG、Bellotti E、Chua R、Coltrin R、Cooper ME、Evans KR、Graham S、Grotjohn ER、Heller M、Higashiwaki M、Islam MS、Juodawlkis PW、Khan Khan、AD Koehler、JH Leach、UK Mishra、Nemanich RJ、Pilawa-Podgurski RCN、Shealy JB、Sitar Z、Tadjer MJ、Witulski AF、Wraback M 和 Simmons JA,Advanced Electronic Materials 4 [1],1600501 (2018)。 3)M. Higashiwaki、K. Sasaki、H. Murakami、Y. Kumagai、A. Koukitu、A. Kuramata、T. Masui 和 S. Yamakoshi,《半导体科学与技术》31 [3],034001(2016 年)。 4) Y. Yao, R. Gangireddy, J. Kim, KK Das, RF Davis 和 LM Porter,《真空科学与技术杂志》B 35 [3], 03D113 (2017)。 5) Q. He, W. Mu, H. Dong, S. Long, Z. Jia, H. Lv, Q. Liu, M. Tang, X. Tao 和 M. Liu, Applied Physics Letters 110 [9], 093503 (2017)。 6)Ahn S.、Ren F.、Yuan L.、Pearton SJ 和 Kuramata A.,ECS 固体科学与技术杂志 6 [1],P68(2017)。 7)M. Higashiwaki、K. Sasaki、A. Kuramata、T. Masui 和 S. Yamakoshi,Applied Physics Letters 100 [1],013504 (2012)。 8) M. Higashiwaki, K. Sasaki, T. Kamimura, M. Hoi Wong, D. Krishnamurthy, A. Kuramata, T. Masui 和 S. Yamakoshi, 应用物理快报 103 [12], 123511 (2013)。 9)WS Hwang, A. Verma, H. Peelaers, V. Protasenko, S. Rouvimov, H. (Grace) Xing, A. Seabaugh, W. Haensch, CV de Walle, Z. Galazka, M. Albrecht, R. Fornari 和 D. Jena, 应用物理快报 104[20], 203111 (2014). https://doi.org/10.1016/S0022-5376(02)00011-0 , Google 学术 Crossref , CAS 10. T. Oshima, T. Okuno, N. Arai, N. Suzuki, S. Ohira 和 S. Fujita, Applied Physics Express 1 [1], 011202 (2008)。 11)W.-Y. Kong,G.-A.吴,K.-Y.王,T.-F.张 Y.-F.邹博士王和 L.-B. Luo,Advanced Materials 28[48],10725 (2016)。 12) X. Chen、K. Liu、Z. Zhang、C. Wang、B. Li、H. Zhao、D. Zhao 和 D. Shen,ACS Appl.媽媽。接口 8[6], 4185 (2016)。应用物理快报 112[3], 032108 (2018) A. Kyrtsos, M. Matsubara 和 E. Bellotti。 14)Pearton SJ、Yang J、Cary IV、Ren F、Kim J、Tadjer MJ 和 Mastro MA,《应用物理评论》5[1],011301(2018)。 15) Y. Su, D. Guo, J. Ye, H. Zhao, Z. Wang, S. Wang, P. Li 和 W. Tang,《合金与化合物杂志》782, 299 (2019)。 16) Z. Cheng、F. Mu、T. You、W. Xu、J. Shi、ME Liao、Y. Wang、K. Huynh、T. Suga、MS Goorsky、X. Ou 和 S. Graham,ACS Appl.媽媽。接口 12[40], 44943 (2020)。 17)C.-H. Lin, N. Hatta, K. Konishi, S. Watanabe, A. Kuramata, K. Yagi 和 M. Higashiwaki, Applied Physics Letters 114 [3], 032103 (2019)。 https://doi.org/10.1103/PhysRevLett.116.141602 , Google Scholar Crossref 18. T. Matsumae、Y. Kurashima、H. Umezawa、K. Tanaka、T. Ito、H. Watanabe 和 H. Takagi。 19) P. Sittimart、S. Ohmagari、T. Matsumae、H. Umezawa 和 T. Yoshitake,AIP Advances 11 [10],105114 (2021)。 20) Y. Xu, F. Mu, Y. Wang, D. Chen, X. Ou 和 T. Suga, Ceramics International 45[5], 6552 (2019)。 21)W. Hao,Q. He,X. Zhou, X. Zhao, G. Xu 和 S. Long, 2022 IEEE 第 34 届国际功率半导体器件和集成电路研讨会 (ISPSD) (2022) 第 105 页。22) J. Zhang, P. Dong, K. Dang, Y. Zhang, Q. Yan, H. Xiang, J. Su, Z. Liu, M. Si, J. Gao, M. Kong, H. Zhou 和 Y. Hao, Nature Communications 13 [1], 3900 (2022)。