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选择性iNOS小分子抑制剂用于预防...
价值主张小胶质细胞几乎参与中枢神经系统中的所有病理过程。小胶质细胞介导的无释放涉及多种病理生理过程，包括糖尿病，中风和视网膜变性。最新的，可用的INOS靶向分子不是选择性或保持药物遗传学概况不足。因此，这些提出的高度选择性iNOS抑制剂为抑制神经炎症和导致病理学的治疗方法提供了有希望的治疗方法。在基于细胞的高通量屏幕（30,000种化合物）市售化合物C1中的技术描述被确定为最有前途的候选人。合成了具有新的分子结构和良好Lipinski值的C1的衍生物。在体外实验中，该系列的铅化合物在不影响其他NOS的情况下对iNOS信号通路表现出高度特异性的影响。重要的是，该化合物对小胶质细胞的吞噬特性没有影响。在体内小鼠模型中，证实该化合物通过血脑屏障，在CNS中以足够的浓度发现。在中风模型中（通过短期遮挡脑动脉诱导血管损伤），化合物的给药导致运动技能的显着提高（POL测试和角测试）。目前正在研究iNOS抑制的确切机制。此外，它旨在测试中风和黄斑变性的进一步相关的小鼠/大鼠模型中的化合物。
Icacina 物种：选定的多靶点分子对接
摘要：利用计算机模拟评估了 Icacinol、Icacenone 和 Icaceine 对金黄色葡萄球菌的活性。使用 SwissDock 将化合物与六种蛋白质 2ZCO、1JIJ、1TVF、1N67、3TTZ 和 4H8E 对接。将结果与头孢他啶、庆大霉素、环丙沙星和亚胺培南对相同蛋白质的结果进行比较。使用 SwissADME 评估具有最佳结合亲和力的化合物的药物相似性。Icaceine (-7.45 kJ/mol) 对 1TVF 的结合亲和力与环丙沙星 (-7.44 kJ/mol) 和亚胺培南 (-7.58 kJ/mol) 相当。Icacinol (-7.68 kJ/mol) 对 3TTZ 的结合亲和力与环丙沙星 (-7.94 kcal/mol) 相当。伊卡西诺 (-7.46 kJ/mol) 对 1N67 的结合能与亚胺培南 (7.29 kJ/mol) 和环丙沙星 (-7.40 kJ/mol) 相当。伊卡西诺和伊卡西酮的结合能分别为 -6.40 kJ/mol 和 -6.75 kJ/mol，对 2ZCO 的亲和力与环丙沙星 (-6.49 kJ/mol) 相当。伊卡西诺 (-6.44 kJ/mol) 和伊卡西酮 (-6.80 kJ/mol) 对 4H8E 的结合能与环丙沙星 (-6.85 kJ/mol) 相当，而伊卡西诺 (-7.55 kJ/mol) 对环丙沙星 (-8.08 kJ/mol) 的结合能与环丙沙星 (-8.08 kJ/mol) 相当。伊卡西诺和伊卡西酮满足 Lipinski 的药物相似性条件。这两种化合物都显示出作为治疗金黄色葡萄球菌引起疾病的抗菌剂的前景。
用于筛选环氧合酶的分子对接分析...
炎症反应在肿瘤发生和癌变中都起着重要作用。在这项研究中，乳酸乳球菌亚乳球菌的继发代谢产物化合物。乳酸（LAC3），并通过分子对接和分子动力学（MD）分析筛选对COX-2受体的潜在抑制活性。抗炎剂Mofezolac和布洛芬用作阳性对照配体。结果表明5--（（4-氨基-6-氨基-4-甲氧蛋白-4-基-1,3,5-三嗪-2-基）氨基）氨基] -2-甲基苯甲磺酸盐的甲基苯甲酸酯，该氢键在活性位点的Cox-2的Cox-2具有–9.0 kcal/mol/mol/mol/mol的亲和力的活性位点Tyr385。是COX-2抑制剂的另一个候选者，被指定为3-吲哚丙酸，在COX-2的重要残基Ser530上结合氢，亲和能量为–6.9 kcal/mol。确认结合特异性，还针对COX-1进行了分子对接分析。使用MD模拟确认结合稳定性和灵活性。此外，根据Lipinski的规则和煮熟的蛋型建模预测了潜在配体的毒性和溶解度。5- [（（4-氨基-6-甲酚-4-基-1,3,5-三嗪-2-基）氨基] -2-甲基苯甲磺酸盐磺酸盐表明，通过胃肠道无源吸收的倾向倾向，而三3- indolopropropropropropionic Acid a intolointestinal tract均表现出较高的血液中脑溶液的概率。总而言之，这项研究通过分子对接分析确定了潜在化合物，该分析可以作为COX-2抑制剂开发。
卡马西平和（r） - 拉果酰胺的类似物作为癫痫病的潜在抑制剂：分子对接，DFT和药代动力学
摘要：对当前癫痫疗法的抵抗力的增加强调了开发具有新的作用机理的新型抗癫痫剂的必要性。lacosamide和carbamazepine衍生物在结构上与抗癫痫药相关，据报道没有碳酸酐酶抑制性能。计算建模可以成为实验者的强大工具，为研究系统提供了严格的算法。这对于测试假设并在实验之前制定实验方案可能很有价值。因此，本研究旨在使用计算方法来确认所选癫痫抑制剂的实验主张。通过混合功能性B3LYP 6-311 ++ G（d，p）与ADME/TOX（吸收，分布，代谢，新陈代谢，排泄和毒性）预测相关，可药物，物理性，物理化学，药物学和药物动力学和药物代理，例如潜在抑制剂。所有化合物都通过了Lipinski的五个规则，表明其潜在的口服使用。为了了解相互作用的模式和结合能的模式，已经对类似物进行了分子对接研究，该研究已经使用了多个靶标，例如电压门控的T型钙通道（CA V 3.1），电压门控钠通道α（Na v 1.5），Na v 1.5），人碳氧化氢酶2（Human Carbonic Anhydrase 2（HCA-II II）和GAB AICIN（HCA-II）和GAB AININO（GAB AININ）（GABA）和γ-Andic andIno。与大多数受体对接时，BIA 2-024，卡马西平和埃斯卡尔巴西平的化合物显示出最好的对接相互作用和∆G°。这些结果预测了这些化合物作为潜在的抗癫痫药（AED）的作用。
DaiCee：具有靶点和副作用特征的抗癌化合物数据库
DOI：10.6026/97320630016843 作者对本文内容负责。编辑部和出版商已采取合理措施检查文章内容，以符合出版道德规范，并在 PUBLONS 上提交了充分的同行评审。 官方电子邮件声明：通讯作者声明，并非所有作者都可以收到其所在机构的官方电子邮件 出版道德声明：作者声明他们遵守 COPE 出版道德指南，该指南在 https://publicationethics.org/ 其他地方有描述。作者还承诺，他们与任何其他第三方（政府或非政府机构）没有任何关联，这些第三方与本出版物有任何形式的不道德问题。作者还声明，他们没有隐瞒任何误导出版商的有关本文的信息。 摘要：在进入临床试验之前，鉴定化合物的毒性更为重要。了解物理化学性质、可能的目标和副作用已成为降低风险的主要公共卫生问题。通过实验分析药物的理化性质、药物与特定受体的相互作用以及确定药物的副作用仍然具有挑战性，既耗时又费钱。我们描述了一个名为 DaiCee 数据库的手动编译数据库，其中包含 2100 种抗癌药物，以及有关其理化性质、作用靶点和副作用的信息。它包括合成和草药抗癌化合物。它允许搜索药物的 SMILES 符号、Lipinski 和 ADME/T 特性、靶点和副作用概况。这有助于识别具有有效抗癌特性、毒性、体外和体内实验药物相似性的药物。它还用于使用数据库中化合物的可用数据对有效抗癌药物进行比较分析和筛选。该数据库将定期更新，为用户提供最新信息。该数据库可在 URL http://www.hccbif.org/usersearch.php 上找到 关键词：药物、特性、SMILES、ADME/T、靶点
强力霉素和阿育吠陀草药的比较分析靶向转移性乳腺癌：一种硅胶方法
背景：乳腺癌细胞转移到包括肺，肝脏，淋巴结，脑等的远处部位，这显着影响了患病个体中的总体生存结果和远处的无转移生存率。进行了几项临床前和临床研究，以确定剧烈抑制剂的效力，但它们广泛恶化了患者的生活质量。因此，迫切需要探索有效的自然疗法，以抵抗转移性乳腺癌。方法：筛选了文献中记录的阿育吠陀药物植物，以筛选其针对乳腺癌的能力，并评估其各自的活性部分对MMP9发挥抑制作用。使用分子对接，MD模拟，ADMET和MM-PBSA确定植物化学物质的效率，并与合成类似物（即强力霉素。结果：在1000种植物化学物质中，有12个具有最高结合的属性（BA）甚至超过9.0 kcal/mol，与表现出的BAS相比，其比强度高的Ba均高于7.3 kcal/mol。与37£30£37Å，53英镑45英镑相比，Viscosalactone在LYS104，ASP185，MET338，LEU39，LEU39，ASN38展出了最高的绑定现场。在MD模拟过程中，粘酵母-MMP9复合物在20 ns中保持稳定，并且观察到动力学，静电和势能比doxycycline更好。此外，从withania somnifera获得的viscosa-lactone认为是lipinski的规则5。结论：从W. somnifera获得的粘毛酮可以充当有前途的候选药物，以抵抗转移性乳腺癌。
靶向蛋白质降解药物研发中的关键考虑因素
使用小分子抑制剂针对蛋白质的酶功能以及使用小分子激动剂和拮抗剂针对受体蛋白的功能是小分子药物开发的主要形式。这些小分子调节剂基于传统的占用驱动药理学方法。对于传统上被认为无法被小分子调节剂用药的蛋白质组空间，例如具有支架功能的酶、转录因子和缺乏明确的小分子结合位点的蛋白质，靶向蛋白质降解剂提供了使用事件驱动药理学方法对蛋白质组进行用药的机会。降解分子（PROTAC 或分子胶）将目标蛋白质 (POI) 和 E3 泛素连接酶拉近并与泛素-蛋白酶体系统 (UPS)（用于降解 POI 的细胞废物处理系统）结合。为了开发靶向蛋白质降解剂来满足治疗需求，将从几个方面考虑，即致病蛋白质的选择性降解、超出 Lipinski 五规则 (bRo5) 范围的降解剂的口服生物利用度、新的 E3 泛素连接酶和分子胶降解剂的需求以及新药物模式的耐药性。本综述将说明靶向蛋白质降解药物发现和开发中几个未被充分讨论的关键考虑因素：1）影响 PROTAC 分子选择性的因素以及 PROTAC 的设计以选择性降解协同病理蛋白质；2）结合多组学方法开发检测方法，以鉴定新的 E3 连接酶及其相应的配体以及分子胶降解剂；3）分子设计以提高 bRo5 PROTAC 的口服生物利用度；4）降解剂的耐药性。
最初发表于以下网址：钦（Chen），Xin； Tsvetkov，Andrey S；沉，汉明； Isidoro，Ciro； Ktistakis，Nicholas t; Linkermann，Andreas； Koopman，Werner J H
z , Jinbao Lyu is , Jong-Lyel Roh bb , Enyong Dai cc , Gabbor Juhasz dd,ee , Wei Leu's , Jai' Piacentini mm,n , Wen-Xing Ding' Zhivotovsky xx,yy,ys , Sébastein Besteiro horror , Dmitry I. Gabrilovich bbb , Do-Hyung Kim CCC，Valerian E. Kagan DDD，HülyaBayiree，Guang-Cho Chen FF，Skot Ayton Ggg'，Masaki Comatsu，Stefan Krautwadd JJJ Michael Thumm，Martin Campmann vv，Martin Campmann VV， BBBB，Helbert J. Zeccc Guido Croemer’
在转化生长因子-β抑制剂的计算机研究中
转化生长因子β（TGF-β）在肾小管和肾小球上皮细胞中引发上皮间质转变（EMT），从而通过与TGF-β的相互作用在TGF-β中相互作用，导致细胞外基质的过量产生和沉积在TGF-β型号中的作用。 II型（TβRII）。EMT有助于间质肾纤维化的发病机理，肾纤维化是终末期肾脏疾病的标志。这项研究旨在鉴定Angulata活跃分数中的生物活性化合物，并评估其抑制TGF-β活性及其作为候选药物的潜力的能力。使用气相色谱 - 质谱法（GC-MS）分析了Angulata活性分数中的活性成分。从PubChem数据库中获得生物活性化合物结构，而蛋白质靶标TβRI和TβRII从蛋白质数据库（PDB）中获取。使用PYRX 0.8和Discovery Studio进行了分子对接分析。Swissadme用于评估配体性质和药物液化。鉴定出三种主动活性化合物，即棕榈酸，campsterol和Stigmasterol。在计算机研究中表明，在TβRI和棕榈酸，camp醇，柱头固醇和SB431542之间存在强键，分别为-5.7，-10，-9.4和-10.9 kcal/mol，结合能值分别为-5.7，-10，-9.4。同样，它们与TβRII强烈结合，结合能值分别为-5.2，-7.1，-7.5和-6.1 kcal/mol。所有化合物都符合Lipinski的药物标准。在已识别的活性化合物中，campesterol对TβRI的亲和力最高，而柱头固醇对TβRII的亲和力很强。这些发现表明，这三种化合物具有候选药物的潜力。关键字：糖尿病性肾病，转化生长因子β，TGF-β抑制剂，Physalis angulata
艾莉森·G·罗斯勒
教育 化学和科学计算博士学位，2020 密歇根大学化学系，密歇根州安娜堡 多元化、公平和包容性教学研究生证书 研究生证书 化学学士，2015 斯托本维尔方济各会大学化学与物理系，俄亥俄州斯托本维尔 西班牙语辅修 海外学期 – 奥地利游戏 出版物 同行评审期刊文章 2020 Yang, X.；† Gitter, SR；† Roessler, AG；† Zimmerman, PM；和 Boydston, AJ 光氧化还原介导的无金属开环复分解聚合中的立体控制。准备中。† 这些作者对这项工作做出了同等贡献。2020 Lipinski, BM；Walker, KL；Clayman, NE；Morris, LS；Jugovic, TME；Roessler, AG；Getzler, Y. D；Macmillan, SN； Zare, RN；Zimmerman, PM；Waymouth, RM；Coates, GW 使用束缚双金属铬 salen 催化剂进行全同立构聚环氧丙烷合成的机理研究。ACS Catal，2020，10 (15)，8960-8967。DOI：10.1021/acscatal.0c02135 2018 Roessler, AG 和 Zimmerman, PM 研究使用机械化学弯曲和打破反应途径的方法。J. Phys. Chem. C，2018，122 (12)，6996-7004。DOI：10.1021/acs.jpcc.8b00467 教学经历 普通化学，奥格尔索普大学。2020 年秋季远程团队学习课堂。利用 Zoom 分组讨论室和远程投票软件实施同步问题解决会议。普通化学，密歇根大学。2015 年秋季，2016 年春季