XiaoMi-AI文件搜索系统
World File Search SystemLipman
马拉·杜宾斯基（Marla Dubinsky），医学博士
Marla Dubinsky，医学博士（主持人）儿科和医学联合指导教授，苏珊（Susan）和伦纳德·费恩斯坦（Leonard Feinstein）IBD临床中心主任，玛丽（Marie）和巴里·利普曼医学博士是纽约纽约州西奈山的伊坎医学院的儿科和医学教授。杜宾斯基博士获得了加拿大皇后大学的医学学位。她在加拿大卡尔加里艾伯塔省儿童医院完成了儿科住院医师，并在加拿大蒙特利尔大学的Sainte-Justine医院在胃肠病学和营养方面完成了临床研究金。她在加利福尼亚州洛杉矶的Cedars-Sinai医疗中心完成了炎症性肠病（IBD）的研究奖学金，在那里她担任小儿IBD中心的主任，然后去西奈山担任Sinaiy Kravis儿童医院和Cohan coilan coilan和Cohantial coinector的儿科胃肠胃学和营养学主任。杜宾斯基博士也是西奈山IBD先入和妊娠计划诊所的联合主任。她是Mi-Test Health以及Cornerstones Health的联合创始人，Cornerstones Health是一个致力于通过一项创造性，全面和专家的教育计划来增强医疗保健提供者，患者和行业合作伙伴之间沟通的非营利组织。她还是Trellus Health的联合创始人，Trellus Health是一种以弹性驱动的，以IBD为导致的慢性疾病的互联健康解决方案。她还是2022 Sherman奖的获得者。杜宾斯基博士从事IBD临床和转化研究已有二十年了。她的主要研究重点是开发预测模型和基于Web的决策支持工具，这些工具将临床标记和生物标志物整合起来，以预测IBD的自然史和对治疗的反应。她对IBD的个性化医学有浓厚的兴趣，她的研究发现了快速疾病进展的预测指标，目的是通过改变治疗计划来预防并发症。杜宾斯基博士是多个大型纵向人群的首席研究员，包括西奈山的预防多元家庭计划，拥有700多名参与者，其目的是使用多派对数据来预测未受影响家庭成员IBD的发展。她是克罗恩病儿童（风险）研究的快速疾病进展的风险分层和鉴定的风险分层和鉴定的合作者，也是手稿的高级作者，该模型呈现了一个模型，以预测小儿克罗恩病的自然历史。杜宾斯基博士非常致力于IBD的女性生殖健康，除了在该领域的研究外，她还是Wecare IBD的联合创始人，IBD是一个致力于IBD女性健康的组织。她非常致力于领导胃肠病学领域的下一代女性领导人。她在国内和国际上进行了广泛的演讲，并在340多个同行评审期刊上发表了，包括新英格兰医学杂志，胃肠病学杂志，胃肠弹，柳叶刀，JAMA，《小儿胃肠病学和营养学杂志》
葡萄砧木品种‘Börner’1 的两个细胞器的基因组序列
1. Ferrarini M、Moretto M、Ward JA、Surbanovski N、Stevanovic V、Giongo L、Viola 88 R、Cavalieri D、Velasco R、Cestaro A、Sargent DJ。2013 年。对 89 PacBio RS 平台进行叶绿体基因组测序和从头组装的评估。BMC 基因组学 14:670。91 2. Stadermann KB、Weisshaar B、Holtgräwe D。2015 年。仅 SMRT 测序甜菜 (Beta vulgaris) 叶绿体基因组的从头组装。BMC 93 生物信息学 16:295。 94 3. Pucker B、Holtgräwe D、Stadermann KB、Frey K、Huettel B、Reinhardt R、95 Weisshaar B。2019 年。染色体水平序列组装揭示了拟南芥 Nd-1 基因组及其基因集的结构。PLoS One 97 14:e0216233。98 4. Altschul SF、Gish W、Miller W、Myers EW、Lipman DJ。1990 年。基本局部比对搜索工具。分子生物学杂志 215:403-410。100 5. Koren S、Walenz BP、Berlin K、Miller JR、Bergman NH、Phillippy AM。2017 年。Canu：通过自适应 k-mer 加权和 102 重复分离实现可扩展且准确的长读组装。基因组研究 27：722-736。103 6. Jansen RK、Kaittanis C、Saski C、Lee SB、Tomkins J、Alverson AJ、Daniell H. 2006. 基于完整叶绿体基因组序列的葡萄科（Vitaceae）系统发育分析：分类单元抽样和系统发育方法对解决蔷薇科间关系的影响。BMC 进化生物学 6：32。107 7. Goremykin VV、Salamini F、Velasco R、Viola R. 2009. 葡萄的线粒体 DNA 和猖獗的水平基因转移问题。分子生物学与进化 26：99-110。110 8. Wick RR、Schultz MB、Zobel J、Holt KE。 2015. Bandage：从头基因组组装的交互式可视化。生物信息学 31：3350-2。112 9. Wheeler TJ、Eddy SR。2013. nhmmer：使用概要 HMM 进行 DNA 同源性搜索。113 生物信息学 29：2487-2489。114 10. Chan PP、Lowe TM。2019. tRNAscan-SE：在基因组序列中搜索 tRNA 基因，第 1-14 页。在 Kollmar M（编辑）的《基因预测：方法和协议》中，116 2019/04/26 编辑，第 1962 卷。Springer New York，纽约。117 11. Lowe TM、Eddy SR。 1997. tRNAscan-SE：一种改进基因组序列中 118 种转移 RNA 基因检测的程序。核酸研究 25：955-964。119 12. Laslett D、Canback B。2004. ARAGORN，一种检测核苷酸序列中的 tRNA 基因和 120 种 tmRNA 基因的程序。核酸研究 32：11-16。121 13. Tillich M、Lehwark P、Pellizzer T、Ulbricht-Jones ES、Fischer A、Bock R、Greiner 122 S。2017. GeSeq - 多功能且准确的细胞器基因组注释。123 核酸研究 45：W6-W11。 124 14. Lohse M、Drechsel O、Kahlau S、Bock R. 2013. OrganellarGenomeDRAW——一套用于生成质体和线粒体基因组物理图谱并可视化表达数据集的工具。核酸研究 41：W575-581。127 15. Lohse M、Drechsel O、Bock R. 2007. OrganellarGenomeDRAW (OGDRAW)：128 一个用于轻松生成高质量自定义质体和 129 线粒体基因组图形图的工具。当代遗传学 52:267-274。130
使用非侵入性粪便DNA样品对麻风病的DNA微型 - 巴甲构造及其监测入侵物种的重要性
Adams，J。R.，Goldberg，C。S.，Bosworth，W。R.，Rachlow，J。L.，＆Waits，L。P.（2011）。 从粪便颗粒DNA的侏儒兔（Brachylagus idahoensis）的快速物种鉴定。 分子生态资源，11（5），808–812。 https：//doi.org/10.1111/j.1755-0998.2011.03020.x Auricchio，P。，＆Olmos，F。（1999）。 欧洲野兔Lepus Europaeus Pallas 1778（Lagomorpha-Leporidae）的北向范围扩展。 publicaçõesactulsas do Brasil Instituto Pau Brasil，2，1-5。 Bellard，C。，Cassey，P。和Blackburn，T。M.（2016）。 外星物种是最近灭绝的驱动力。 生物学来信，12（2），20150623。https：// doi。 org/10.1098/rsbl.2015.0623 Benson，D.A.，Clark，K. GenBank。 核酸研究，41（D1），D36– D42。 https：//doi.org/10.1093/nar/gkt1030 Berry，O.，Sarre，S。D.，Farrington，L。，＆Aitken，N。（2007）。 粪便DNA检测入侵物种：塔斯马尼亚州的野狐。 野生动植物研究，34（1），1-7。 https：//doi.org/10.1071/wr06082 Blackwell，G。L.（2005）。 另一个世界：新西兰引入的哺乳动物动物区系的构成和结构。 澳大利亚动物学杂志，33（1），108-118。 https：//doi.org/10.7882/ az.2005.008 Bonino，N.，Cossíos，D。，＆Menegheti，J. （2010）。 欧洲野兔，南美洲的Lepus Europaeus散布。 Folia Zoologica，59（1），9-15。 Broquet，T.，Ménard，N。，＆Petit，E。（2007）。 保护遗传学，8，249–260。Adams，J。R.，Goldberg，C。S.，Bosworth，W。R.，Rachlow，J。L.，＆Waits，L。P.（2011）。从粪便颗粒DNA的侏儒兔（Brachylagus idahoensis）的快速物种鉴定。分子生态资源，11（5），808–812。https：//doi.org/10.1111/j.1755-0998.2011.03020.x Auricchio，P。，＆Olmos，F。（1999）。欧洲野兔Lepus Europaeus Pallas 1778（Lagomorpha-Leporidae）的北向范围扩展。publicaçõesactulsas do Brasil Instituto Pau Brasil，2，1-5。Bellard，C。，Cassey，P。和Blackburn，T。M.（2016）。 外星物种是最近灭绝的驱动力。 生物学来信，12（2），20150623。https：// doi。 org/10.1098/rsbl.2015.0623 Benson，D.A.，Clark，K. GenBank。 核酸研究，41（D1），D36– D42。 https：//doi.org/10.1093/nar/gkt1030 Berry，O.，Sarre，S。D.，Farrington，L。，＆Aitken，N。（2007）。 粪便DNA检测入侵物种：塔斯马尼亚州的野狐。 野生动植物研究，34（1），1-7。 https：//doi.org/10.1071/wr06082 Blackwell，G。L.（2005）。 另一个世界：新西兰引入的哺乳动物动物区系的构成和结构。 澳大利亚动物学杂志，33（1），108-118。 https：//doi.org/10.7882/ az.2005.008 Bonino，N.，Cossíos，D。，＆Menegheti，J. （2010）。 欧洲野兔，南美洲的Lepus Europaeus散布。 Folia Zoologica，59（1），9-15。 Broquet，T.，Ménard，N。，＆Petit，E。（2007）。 保护遗传学，8，249–260。Bellard，C。，Cassey，P。和Blackburn，T。M.（2016）。外星物种是最近灭绝的驱动力。生物学来信，12（2），20150623。https：// doi。org/10.1098/rsbl.2015.0623 Benson，D.A.，Clark，K.GenBank。核酸研究，41（D1），D36– D42。https：//doi.org/10.1093/nar/gkt1030 Berry，O.，Sarre，S。D.，Farrington，L。，＆Aitken，N。（2007）。粪便DNA检测入侵物种：塔斯马尼亚州的野狐。野生动植物研究，34（1），1-7。https：//doi.org/10.1071/wr06082 Blackwell，G。L.（2005）。另一个世界：新西兰引入的哺乳动物动物区系的构成和结构。澳大利亚动物学杂志，33（1），108-118。https：//doi.org/10.7882/ az.2005.008 Bonino，N.，Cossíos，D。，＆Menegheti，J.（2010）。欧洲野兔，南美洲的Lepus Europaeus散布。Folia Zoologica，59（1），9-15。 Broquet，T.，Ménard，N。，＆Petit，E。（2007）。 保护遗传学，8，249–260。Folia Zoologica，59（1），9-15。Broquet，T.，Ménard，N。，＆Petit，E。（2007）。保护遗传学，8，249–260。非侵入性人口范围：样本源，饮食，碎片长度和微卫星基序对扩增成功和基因分型错误率的影响。https：//doi.org/10.1007/ S10592-006-9146-5 Chaves，P.B.，Graeff，V.G.，Lion，M.B.，Oliveira，L.R。，＆Eizirik，E.（2012）。DNA条形码符合分子粪便学：用于食肉动物非属性样品的标准化物种分配的短mtDNA术。分子生态资源，12（1），18-35。https：// doi。org/10.1111/j.1755-0998.2011.03056.x Clout，M.N。，＆Russell，J.C。（2008）。哺乳动物的入侵生态：一种全球视角。欧洲野生动物研究杂志，35（3），180-184。https：//doi.org/10.1071/wr07091 Cuervo，P。F.，Di Cataldo，S.，Fantozzi，M。C.肝氟（fasciola hepatica）自然感染了北巴塔哥尼亚北部引入了欧洲棕色野兔（Lepus Euro-Paeus）：表型，患病率和潜在风险。Acta Parasitologica，60（3），536–543。https：//doi.org/10.1515/ AP-2015-0076 Da Rosa，C.A.，de Almeida Curi，N.H.巴西的外星陆地哺乳动物：当前状态和管理。生物学入侵，19（7），2101–2123。https：//doi.org/10.1007/ S10530-017-1423-3 Davison，A.，Birks，J.D.，Brookes，R.C.，Braithwaite，T.C。关于粪便的起源：用于测量其少量食肉动物的形态学与分子方法。动物学杂志，257（2），141–143。哺乳动物，80（5），497–505。https：//doi.org/10.1017/s0952 83690 2000730 de Faria，G。M. M.欧洲野兔（Lepus Europaeus）在巴西的地理分布以及塞拉多和大西洋森林生物群落的新记录。de Sousa E SilvaJúnior，J.，Oliveira，J。A.，Dias，P。A.和Gomes de Oliveira，T。（2005）。更新巴西亚马逊的Tapiti（Sylvilagus Brasiliensis：Lagomorpha，Leporidae）的地理分布和栖息地。哺乳动物，69，245–250。DeMay，S.M.，Becker，P.A.，Eidson，C.A.，Rachlow，J.L.，Johnson，T.R。，＆Waits，L.P。（2013年）。 评估濒危侏儒兔的粪便中的DNA降解速率。 分子生态资源，13（4），654–662。 https：//doi.org/10.1111/1755-0998.12104DeMay，S.M.，Becker，P.A.，Eidson，C.A.，Rachlow，J.L.，Johnson，T.R。，＆Waits，L.P。（2013年）。评估濒危侏儒兔的粪便中的DNA降解速率。分子生态资源，13（4），654–662。https：//doi.org/10.1111/1755-0998.12104
深海海绵衍生的环境 DNA 分析揭示了偏远北极生态系统的底栖鱼类生物多样性
Agersnap, S.、Sigsgaard, EE、Jensen, MR、Avila, MDP、Carl, H.、Møller, PR、Krøs, SL、Knudsen, SW、Wisz, MS 和 Thomsen, PF (2022)。利用公民科学和 eDNA 宏条形码监测沿海海洋鱼类的国家级“生物多样性调查”。海洋科学前沿，第 9 卷，第 1-17 页。Altschul, SF、Gish, W.、Miller, W.、Myers, EW 和 Lipman, DJ (1990)。基本局部比对搜索工具。分子生物学杂志，第 215 卷，第 403-410 页。Ashelford, KE、Chuzhanova, NA、Fry, JC、Jones, AJ 和 Weightman, AJ (2005)。据估计，目前公共存储库中保存的 20 个 16S rRNA 序列记录中至少有 1 个包含大量异常。应用与环境微生物学，71，7724–7736。Auster, PJ (2005)。深水珊瑚是鱼类的重要栖息地吗？在 A. Freiwald 和 JM Roberts（编辑），冷水珊瑚和生态系统（第 747–760 页）。Springer Berlin Heidelberg。https://doi. org/10.1007/3–540–27673-4 Beng, KC 和 Corlett, RT (2020)。环境 DNA (eDNA) 在生态学和保护中的应用：机遇、挑战和前景。生物多样性与保护，29，2089–2121。Benson, DA (2004)。GenBank。核酸研究，33，34–38。Bessey, C.、Neil Jarman, S.、Simpson, T.、Miller, H.、Stewart, T.、Kenneth Keesing, J. 和 Berry, O. (2021)。被动式 eDNA 收集可增强水生生物多样性分析。通讯生物学，4，236。Brandt, MI、Pradillon, F.、Trouche, B.、Henry, N.、Liautard-Haag, C.、Cambon-Bonavita, MA、Cueff-Gauchard, V.、Wincker, P.、Belser, C.、Poulain, J.、Arnaud-Haond, S. 和 Zeppilli, D. (2021)。评估使用环境 DNA 估计深海生物多样性的沉积物和水采样方法。科学报告，11，7856。 Brodnicke, O.、Meyer, H.、Busch, K.、Xavier, J.、Knudsen, S.、Møller, P.、Hentschel, U. 和 Sweet, M. (2022)。出版物的采样元数据：“深海海绵衍生的环境 DNA 分析揭示了偏远北极生态系统的底栖鱼类生物多样性”。Zenodo。https://doi.org/10.5281/zenodo.7326708 Burian, A.、Mauvisseau, Q.、Bulling, M.、Domisch, S.、Qian, S. 和 Sweet, M. (2021)。提高 eDNA 数据解释的可靠性。分子生态资源，21，1422–1433。 Busch, K., Beazley, L., Kenchington, E., Whoriskey, F., Slaby, BM, & Hentschel, U. (2020). 玻璃海绵 Vazella pourtalesii 的微生物多样性对人类活动的响应。保护遗传学，21，1001–1010。Busch, K., Hanz, U., Mienis, F., Mueller, B., Franke, A., Roberts, EM, Rapp, HT, & Hentschel, U. (2020). 站在巨人的肩膀上：海山如何影响海水和海绵的微生物群落组成。生物地球科学，17，3471–3486。 Busch, K.、Slaby, BM、Bach, W.、Boetius, A.、Clefsen, I.、Colaço, A.、Creemers, M.、Cristobo, J.、Federwisch, L.、Franke, A.、Gavriilidou, A.,Hethke, A., Kenchington, E., Mienis, F., Mills, S., Riesgo, A., Ríos, P., Roberts, EM, Sipkema, D., … Hentschel, U. (2022)。全球深海海绵微生物组的生物多样性、环境驱动因素和可持续性。《自然通讯》，第 13 卷，第 5160 页。Cai, W., Harper, LR, Neave, EF, Shum, P., Craggs, J., Arias, MB, Riesgo, A., & Mariani, S. (2022)。圈养海绵中的环境 DNA 持久性和鱼类检测。《分子生态资源》，第 22 卷，第 2956-2966 页。Callahan, BJ, McMurdie, PJ, Rosen, MJ, Han, AW, Johnson, AJA, & Holmes, SP (2016)。 DADA2：从 Illumina 扩增子数据进行高分辨率样本推断。《自然方法》，13，581–583。Cárdenas, P.、Rapp, HT、Klitgaard, AB、Best, M.、Thollesson, M. 和 Tendal, OS (2013)。分类学、生物地理学和 DNA 条形码