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World File Search SystemLncRNA
综述裂殖酵母和哺乳动物中长 RNA 介导的染色质调控
从酵母到哺乳动物，真核生物基因组可以根据发育或环境状态进行广泛转录。据估计，大多数裂殖酵母 (S. pombe) 和人类基因组都具有转录能力 [1,2]。尽管蛋白质编码基因在所有转录基因组单位中只占极小部分，但它们在历史上获得了最多的研究关注。然而，鉴于新一代测序和基因组编辑方法的最新进展，人们越来越多地参与阐明编码调控 RNA 的基因的功能相关性。这些包括非编码 RNA 和具有编码和非编码双重属性的双功能 RNA。非编码基因的转录产物可大致分为小分子非编码 RNA 或长分子非编码 RNA (lncRNA)。小的非编码 RNA 长度小于 200 个核苷酸，主要包括微小 RNA (miRNA)、短干扰 RNA (siRNA)、tRNA 衍生的小 RNA (tsRNA) 和 piwi 相互作用 RNA (piRNA)。它们在转录组和染色质调控中的作用已在其他地方进行了广泛综述，本文将不再赘述 [3–8]。长 RNA（长度 > 200 个核苷酸）称为长的非编码 RNA (lncRNA)，据信不会翻译成蛋白质。与信使 RNA (mRNA) 相比，许多 lncRNA 的序列保守性较差，稳定性较差，主要存在于细胞核内。在酵母、植物和动物中，编码 lncRNA 的基因数量远远超过编码 mRNA 的基因数量 [9–12]，这表明真核生物中存在大量无功能转录噪音，或者仍有许多功能性 RNA 有待鉴定。然而，有人争论说，一些注释的 lncRNA 可能被错误注释，并且可以翻译 [13–15]。这种想法得到了核糖体
长的非编码RNA THBS1-AS1通过调节TGFBR1
心脏纤维化与心血管疾病的不良预后有关，导致心脏依从性降低，最终导致心力衰竭。最近的研究已经确定了长未编码RNA（LNCRNA）在心脏纤维化中的作用。然而，许多LNCRNA在心脏纤维化中的功能仍有待表征。通过在压力过载诱导的心脏纤维化的小鼠模型上进行全转录组测序和生物信息学分析，我们筛选了一个称为血小板素1反义1（THBS1-AS1）的关键LNCRNA，这与心脏纤维化呈正相关。体外功能研究表明，THBS1-AS1的沉默改善了TGF-β1对心脏成纤维细胞（CF）激活的影响，THBS1-AS1的过表达表现出相反的作用。一项机械研究表明，THBS1-AS1可以旋转miR-221/222来调节TGFBR1的表达。此外，在TGF-β1刺激下，miR-221/222或敲低TGFBR1的强制表达显着逆转了通过进一步CF激活引起的THBS1- AS1过表达。体内，活化CFS中THBS1-AS1的特异性敲低显着缓解了小鼠的横向主动脉收缩诱导的（TAC诱导的）心脏纤维化。最后，我们证明了人类THBS1-AS1也可以通过调节TGFBR1来影响CF的激活。总而言之，这项研究表明，LNCRNA THBS1-AS1是一种潜在的新型心脏纤维化调节剂，可以作为治疗心脏纤维化的靶标。
o r i g i n a l r e s a r c h氯胺酮通过靶向lncrna pvt1/mir-214-3p/gpx4
背景：肝癌在全球范围内排名前四名，需要有效且安全的治疗。铁凋亡是由铁依赖性脂质过氧化驱动的一种新型的调节细胞死亡形式，被认为是癌症的有前途的治疗靶标。在这项工作中，我们旨在研究麻醉氯胺酮对肝癌的增殖和铁毒性的影响。方法：通过细胞计数套件8（CCK-8），菌落形成和5-乙基-2'-脱氧尿苷（EDU）分析检测到细胞活力和增殖。铁凋亡是由Fe 2+，脂质活性氧（ROS）和丙二醛（MDA）的水平确定的。通过实时PCR测定法检查了LNCPVT1，miR-214-3p和谷胱甘肽过氧化物酶4（GPX4）的RNA水平。临床肝肿瘤样品，以检测长期非编码RNA LNCPVT1，miR-214-3p和GPX4的水平，并通过Pearson比较测试评估它们的相关性。进行了荧光素酶报告基因测定和RNA下拉，以确定LNCPVT1，miR-214-3p和GPX4 3ʹUTR之间的结合。结果：氯胺酮在体外和体内显着抑制了肝癌细胞的生存力和增殖，以及刺激的铁毒性，以及LNCPVT1和GPX4的表达降低。LNCPVT1直接与miR-214-3p相互作用，以阻碍其作为GPX4海绵的作用。LNCPVT1的耗竭加速了活癌细胞的铁凋亡，而miR-214-3p抑制和GPX4过表达却逆转了这种作用。MiR-214-3p抑制和GPX4过表达也抑制了氯胺酮诱导的细胞生长抑制和铁凋亡。结论：在这项工作中，我们确定氯胺酮抑制了肝癌细胞的生存能力并诱导了铁毒性，并确定了LNCPVT1/ MIR-214-3P/ GPX4轴的可能调节机制。关键字：肝癌，氯胺酮，LNCPVT1，mir-214-3p，GPX4
细胞因子 2023 摘要书 1
深度测序技术的进步表明，人类基因组的大部分都被积极地转录成 RNA。我们的实验室专注于表征基因组中产生的最大 RNA 组，即长链非编码 RNA (lncRNA) 及其相关的蛋白质结合伙伴。迄今为止，只有 3% 的 lncRNA 经过了功能验证。利用长读和短读测序技术，我们生成了巨噬细胞活化的异构体水平转录组图谱，该图谱表征了所有炎症诱导基因。利用 CRISPR 抑制技术，我们进行了系统无偏筛选，以确定与巨噬细胞内炎症功能相关的功能相关 lncRNA。我们确定 lncRNA LOUP 是一种多功能基因，涉及先天免疫的多个方面。我们表明 LOUP 可以作为增强子来调节其邻近蛋白质先锋因子 SPI1 (PU.1)。有趣的是，SPI1 可作为转录因子 NF-kB 的正调节剂，而我们确定 LOUP 是 NF-kB 的强负调节剂。我们发现 LOUP 定位于细胞质并编码一个短的开放阅读框肽。Ribo-seq 数据表明该区域是主动翻译的。我们将肽插入到与 GFP 同框的质粒中，它在 HEK 293 细胞中被主动翻译。为了确定该肽是否能在先天免疫中发挥作用，我们利用活性 CRISPR 专门针对该肽，并表明该区域确实可以作为 NF-kB 的负调节剂。总之，我们已确定 LOUP 是免疫反应的重要调节剂。它具有多种功能，顺式作用以调节 SPI1 并编码负调节 NF-kB 信号的小肽。
糖尿病介导的MALAT1表达诱导胶质母细胞瘤侵略性
长的非编码RNA（LNCRNA）是一类NCRNA，大小超过200个核苷酸，在不同的细胞过程中起多种作用，包括调节许多生物学过程，例如通过抑制蛋白质编码靶基因来调节增殖，侵袭和凋亡（26）。因此，LNCRNA被认为是包括癌症在内的各种疾病中的新型生物标志物和治疗靶标（26）。lncRNA转移相关的肺腺癌转录本（MALAT1）已被证明可以调节IGF-1/ PI3K/ AKT信号传导（28），并与各种癌症类型的恶性转化有关（3）。以前，我们表明了Malat1表达升高是IDH1/2野生型原代GBS总体生存的不利预后因素的重要性（3）。此外，在DM中观察到Malat1的高表达并导致胰岛素抵抗（7）。但是，MALAT1在GB发育中的潜在作用仍需要充分说明。因此，在这项研究中，我们旨在描述GB中MALAT1与DM共存的MALAT1及其对疾病进展的潜在影响。
Rho相关激酶在肺癌中的作用（综述） 在... 中长期非编码RNA的机制和功能 低氧诱导因子2α在肺癌中的作用（综述） 当前的患者衍生肿瘤的研究发展... 内质网应激诱导的细胞死亡作为... TERT及其潜在治疗的肿瘤效应... 依维莫司治疗和副作用：系统评价... 肺癌患者的皮肤不良反应... 新辅助治疗的治疗模式和进度... 乳腺癌中的酪氨酸激酶抑制剂（审查） ... 的细胞穿透肽指导的最新应用 通过... 评估心脏剂量预测的准确性
摘要。神经胶质瘤是成年中枢神经系统最常见的原发性恶性肿瘤之一，在I -IV之间具有恶性等级。在这四个年级中，胶质母细胞瘤是最恶性和侵略性的肿瘤类型，其特征是预后不良，高复发率和初始诊断后的中位生存时间短。现有的治疗方法，例如放疗，化学疗法和手术切除术，治疗作用差；因此，发现新颖的靶向疗法以增强治疗作用并改善预后是必要的。最近，越来越多的证据表明，长期非编码RNA（LNCRNA）参与了绝大多数关键的生理和病理过程。此外，LNCRNA的异常表达水平与神经胶质瘤和其他恶性表型的发生和发展密切相关。本评论总结了对LNCRNA在表观遗传，转录和转录后水平上的功能和机制的新见解，描述了它们在神经胶质瘤中编码功能肽的能力，并将其临床潜力作为新的生物标志物和前瞻性治疗靶标讨论。
2型中长的非编码RNA MEG3和miR-181b的上调
几项研究表明，长的非编码RNA（LNCRNA）和microRNA（miRNA）分子与糖尿病（DM）及其并发症的发病机理密切相关。这项研究旨在探讨LncRNA母体表达的基因3（MEG3）和miR-181b与缺血性脑卒中（CS）的发展作为2型DM的并发症的可能关系。该研究涉及20名糖尿病患者（DM），20名CS糖尿病患者（DM+CS），17名CS患者和10名显然健康的受试者。使用实时PCR在血清样品中分析了MEG3和miR-181b的表达水平。与DM或对照组相比，DM+CS组和CS组的MEG3的表达显着更高。此外，与对照组相比，在DM+CS和CS中，miR-181b显着上调。总而言之，这项研究表明，MEG3和miR-181b可能在糖尿病患者的CS进展中起作用。
南加州大学脑肿瘤中心
结果：48 种 lncRNA 在敲低后与侵袭性下降 33-83% 显著相关（p<0.01）。根据效应大小和 p 值确定的首选候选物 LINC03045 在敲低后显示肿瘤细胞侵袭性下降 82.7%，而 LINC03045 表达与患者生存和肿瘤分级显著相关（p<0.0001）。LINC03045 敲低的 RNAseq 分析显示，之前在肿瘤侵袭研究中涉及的 WASF3 与 lncRNA 表达高度相关，而 WASF3 KD 与侵袭性显著下降相关。最后，WASF3 过表达显示 LINC03045 KD 丧失的侵袭功能得以挽救。
通过靶向miR-125b-5p
简介：脑缺血再灌注（CI/R）损伤通常发生在缺血性中风（IS）患者中。研究研究了长的非编码RNA（LNCRNA）TINCR在中部动脉闭塞和再灌注中（MCAO/R）诱导的大鼠模型和氧葡萄糖剥夺/重新氧合（OGD/R）诱导的神经元细胞模型。材料和方法：用MCAO/R进行诱导的大鼠是动物模型，并用OGD/R处理神经干细胞（NSC），以建立细胞模型。评估了神经功能，脑梗塞区域和大鼠的炎症。细胞增殖，迁移和凋亡。tincr和miR-125b-5p之间的目标关联已验证。基于竞争性内源RNA（CERNA）调节网络，救援实验是通过细胞转染在NSC中进行的。结果：在MCAO/R大鼠中，测试了LNCRNA TINCR的下调表达，并伴有神经功能障碍和脑梗塞。TINCR过表达导致神经功能障碍和脑梗塞的恢复，而炎症和凋亡则被抑制。根据体内实验结果，在OGD/R处理的NSC中也测试了TINCR下降。救援实验表明，TINCR过表达促进了NSC的增殖和迁移，但抑制了细胞凋亡和炎症。TINCR用作miR-125b-5p的CERNA，而miR-125b-5p消除了TINCR在OGD/R细胞模型中的保护作用。结论：lncRNA tincr通过竞争性结合与miR-125b-5p的损伤减弱了CI/R损伤。
EMT相关基因及lncRNA在结直肠癌预后、免疫及药物治疗中的作用综合分析
在TCGA数据中通过单因素cox-Lasso回归分析筛选出9个与预后相关的EMT-RDGs，计算各基因得分，以各基因表达量*风险得分构建CRC风险预后模型，将GEO数据对应值代入公式验证模型效果（Riskscore=TCF15*0.006387445+SIX2*0.000957825+NOG*0.016976643+FGF8*0.047052635+TBX5*0.00178245+SNAI1*0.000456714+PHLDB2*1.08E-05+TIAM1*6.55E-05+TWIST1*6.70E-05）。将GEO数据对应值代入上式验证模型，TCGA训练集低危组总生存期（OS）较长（图2A、C）、GSE40967（HR=0.54857，95%CI=0.41328-0.72814）（图3B）、GSE12954组