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鉴定大豆种子中蔗糖和蛋白质含量的定量性状基因座（QTL）
摘要：蛋白质和糖含量在大豆中是重要的种子质量特征，因为它们可以提高大豆食品和饲料产品的价值和可持续性。因此，通过通过标记辅助选择来加速育种过程，鉴定大豆种子蛋白和糖含量的定量性状基因座（QTL）可以使植物育种者和大豆市场受益。在这项研究中，从R08-3221（高蛋白质和低蔗糖）和R07-2000（高蔗糖和低蛋白质）之间的十字架开发了重组近交系（RIL）。蛋白质含量的表型数据取自F2：4和F2：5代。DA7250 NIR分析仪和HPLC仪器用于分析总种子蛋白和蔗糖含量。基因型数据是使用Soysnp6k芯片分析生成的。在这项研究中总共确定了四个QTL。蛋白质含量的两个QTL位于11和20染色体上，两个与蔗糖含量相关的QTL位于染色体14和。11，后者与检测到的蛋白质QTL共定位，解释了研究人群中大豆种子中蛋白质和蔗糖含量的10％的表型变异。大豆育种计划可以使用结果来提高大豆种子质量。
CRISPR/CAS9基于杂交瘤细胞中免疫球蛋白基因座的工程。加尔，C.M。 le; F.L. Fennemann； Schoot，J.M.S。 van der; Scheeren，F.A。； Verdo
Köhler和Milstein（1975）对杂交瘤技术的开发通过在研究和开发工作中的常规使用单克隆抗体（MAB）来彻底改变了免疫学领域，从而导致了他们今天在诊所的成功应用。 尽管需要重组良好的制造实践生产技术来生产临床级别的mAB，但学术实验室和生物技术公司仍然依靠原始的杂交瘤系列来稳定而轻松地以适度的价格生产高抗体产量。 在我们自己的工作中，我们在使用杂交瘤衍生的mAB时面临着一个主要问题：无法控制产生的抗体形式，这是重组产生确实允许的灵活性。 我们着手通过直接在杂交瘤细胞的免疫球蛋白（IG）基因座中的基因工程抗体来消除这一障碍。 我们使用了簇状的定期间隔短的短膜重复序列（CRISPR）/CRISPR相关蛋白9（CAS9）和同源指导修复（HDR）来修改抗体的格式[mAb或抗原结合片段（FAB'）]和同型。 本协议在几乎没有动手的时间内描述了一种直接的方法，导致稳定的细胞系分泌高水平的工程抗体。 亲本杂交瘤细胞保持在培养中，并用针对IG基因座感兴趣的指导RNA（GRNA）转染了IG基因座和HDR模板，以敲击所需的插入物和抗生素耐药性基因。 通过施加抗生素压力，在遗传和蛋白质水平上扩展并表征抗性克隆，以产生改良的mAb而不是亲本蛋白。Köhler和Milstein（1975）对杂交瘤技术的开发通过在研究和开发工作中的常规使用单克隆抗体（MAB）来彻底改变了免疫学领域，从而导致了他们今天在诊所的成功应用。尽管需要重组良好的制造实践生产技术来生产临床级别的mAB，但学术实验室和生物技术公司仍然依靠原始的杂交瘤系列来稳定而轻松地以适度的价格生产高抗体产量。在我们自己的工作中，我们在使用杂交瘤衍生的mAB时面临着一个主要问题：无法控制产生的抗体形式，这是重组产生确实允许的灵活性。我们着手通过直接在杂交瘤细胞的免疫球蛋白（IG）基因座中的基因工程抗体来消除这一障碍。我们使用了簇状的定期间隔短的短膜重复序列（CRISPR）/CRISPR相关蛋白9（CAS9）和同源指导修复（HDR）来修改抗体的格式[mAb或抗原结合片段（FAB'）]和同型。本协议在几乎没有动手的时间内描述了一种直接的方法，导致稳定的细胞系分泌高水平的工程抗体。亲本杂交瘤细胞保持在培养中，并用针对IG基因座感兴趣的指导RNA（GRNA）转染了IG基因座和HDR模板，以敲击所需的插入物和抗生素耐药性基因。通过施加抗生素压力，在遗传和蛋白质水平上扩展并表征抗性克隆，以产生改良的mAb而不是亲本蛋白。最后，修饰的抗体在功能测定中的表征。To demonstrate the versatility of our strategy, we illustrate this protocol with examples where we have (i) exchanged the constant heavy region of the antibody, creating chimeric mAb of a novel isotype, (ii) truncated the antibody to create an antigenic peptide-fused Fab' fragment to produce a dendritic cell–targeted vaccine, and (iii) modified both the constant heavy (CH)1 domain of the heavy chain （HC）和恒定的Kappa（Cκ）轻链（LC）引入位点选择性修饰标签，以进一步衍生纯化的蛋白质。仅需要标准的实验室设备，这有助于其在各种实验室中的应用。我们希望该协议能够进一步传播我们的技术并帮助其他研究人员。
英国生物库中全基因组跨基因组分析产生新风险基因景
A.研究示意图（A1）概述了UKB的抑郁症结果，（A2）GWAS和GWAS后分析，以及（A3）在我们所有大家研究计划中的后续分析。B.遗传主成分分析（PCA）图显示了UKB参与者在前三个遗传PC上的相对位置。使用PCA，基于1000个基因组项目3期和人类基因组多样性项目的遗传相似性，将参与者分配给“遗传祖先”：欧洲/欧洲/欧洲/欧洲/欧洲中部/CSA，类似非洲/非洲/非洲/非洲的欧洲/欧洲/amr类似的美国/AMR般的美国/emr like，East-like类似于欧洲/欧洲，类似于欧洲/欧洲/欧洲，类似于欧洲/欧洲/欧洲/欧洲/欧洲/欧洲/欧洲基因组。C.指定的遗传祖先的样本量分布。D.非欧洲类群体中不同抑郁症结果的相对几率相对于欧洲样组，控制年龄，性别和UKB评估中心。
linkAgeMapView：图链接组映射与定量性状基因座
lmv.linkage.plot（mapthis，outfile，mapthese = null，at.axis = null，autoconnadj = true，cex.axis = par（“ cex.axis”），cex.lgtitle = par = par（“ cex.main” col.lgtitle = par（“ col.main”），col.main = par（“ col.main”），conndf = null，denmap = false，dupnbr = false，font.axis = par（“ font.axis”），font.lgtitle = par（“ 0.3，labels.axis = true，lcex = par（“ cex”），lcol = par（“ col”），lfont = par（“ font”），lgperrow = null，lgtitles = null，lgw = 0.25，lgw = 0.25，lg.col = null = null，lg.lwd = par（ lwd.ticks.axis = lwd.axis, main = NULL, markerformatlist = NULL, maxnbrcolsfordups = 3, pdf.bg = "transparent", pdf.family = "Helvetica", pdf.fg = "black", pdf.width = NULL, pdf.height = NULL, pdf.pointsize = 12, pdf.title = "LinkageMapView R output", posonleft = NULL, prtlgtitles = TRUE, qtldf = NULL, revthese = NULL, rcex = par("cex"), rcol = par("col"), rfont = par("font"), roundpos = 1, rsegcol = TRUE, ruler = FALSE, sectcoldf = NULL, segcol = null，qtlscanone = null，showonly = null，unt =“ cm”，ylab = units）
locityper：复杂多态基因的靶向基因分型
图2。单倍型精度定义和分析在256个具有挑战性的医学相关基因座。a，hap-lot型误差计算为实际和预测的单倍型之间的序列差异。质量值（QV）是单倍型误差的类似phred的变换。b，序列差异（单倍型误差）和QV箱之间的近似对应关系。c，全数据库locityper的单倍分型精度（以填充圆圈为标记）和1公斤的调用分别设置为最多40 HPRC样品。单倍型失败过滤的单倍型以灰色显示。d，在多达40个HPRC样本中，保留的一个设置中的locityper精度（loo;带有白色圆圈）和相应的单倍型可用性（实际和最接近可用的单倍型之间的QV）。e，从1kgp的602 Illumina WGS三重奏处的Locityper一致性。f，准确性，在跨HPRC样品的LOO设置中被Locityper丢失 - 最佳可用QV和预先介绍的QV之间的差异。累积分数显示为浅蓝色。
元素定量性状基因座分析和候选基因挖掘玉米中与干旱耐受性相关性状的候选基因挖掘（Zea Mays L.）
摘要：干旱是对全球玉米产量的严重负面影响的主要非生物压力之一。了解玉米中干旱耐受性的遗传结构是朝着繁殖耐旱的品种和针对性的遗传资源剥削的关键步骤。在这项研究中，与谷物产量成分，开花时间和植物形态有关的511定量性状基因座（QTL）在干旱条件下以及干旱耐受性指数是从27项发表的研究中收集的，然后预测在IBM2 2008年的IBM2 2008年邻居参考图中的荟萃分析。总共确定了与玉米干旱耐受性相关的83个元QTL（MQTL），其中20个确定为核心MQTL。与先前发布的QTL相比，MQTL的平均置信区间大大降低。通过来自基因组关联研究的共定位标记 - 特性关联证实了几乎一半的MQTL。基于与干旱耐受性有关的水稻蛋白的比对，在玉米MQTL附近发现了63个直系同源基因。此外，在20个核心MQTL区域和玉米与同源基因中发现了583个候选基因。基于候选基因的KEGG分析，发现植物激素信号通路显着富集。信号通路可以对干旱耐受性产生直接或间接影响，并与其他途径相互作用。总而言之，这项研究提供了对玉米干旱耐受性的遗传和分子机制的新见解，以对繁殖中这种重要特征的更具针对性的改善。
全基因组测序分析揭示了与进行性核上麻痹相关的新敏感性基因座和结构变异
Hui Wang 1,2 * *，Shangy Rajput 8，4 Peter Paul Deyn 9.10，仅为6Yébenes16，Alberto Rabano-Gutierrez 17，Tina Meller 18，Wolfgang H Oertel 18，响应19，7 Maria Stamelou 20,21，Thomas Arzberger ，Franziska Hopfner 41，8 Pau Pastor 25:26， 31,32，欧文·罗斯32，道格拉斯10加拉斯科Silva 37，John F Gran 4，Alison M Goate 38，12 32＃，GünterHui Wang 1,2 * *，Shangy Rajput 8，4 Peter Paul Deyn 9.10，仅为6Yébenes16，Alberto Rabano-Gutierrez 17，Tina Meller 18，Wolfgang H Oertel 18，响应19，7 Maria Stamelou 20,21，Thomas Arzberger ，Franziska Hopfner 41，8 Pau Pastor 25:26， 31,32，欧文·罗斯32，道格拉斯10加拉斯科Silva 37，John F Gran 4，Alison M Goate 38，12 32＃，Günter
玉米中与耳朵相关性状的定量性状基因座和候选基因的热点区域：文献综述
摘要：在这项研究中，热点区域，QTL簇和候选基因具有八个与耳朵相关的玉米特征（耳长，耳长，耳道，内核行号，每行的内核数，内核长度，内核宽度，内核宽度，内核厚度和100个内核重量），并总结了三个十二次。本评论的目的是（1）全面总结和分析与这八个与耳朵相关性状相关的QTL的研究，并确定位于玉米染色体上的热点式bin区域以及与耳朵相关性状相关的关键候选基因，以及与QTL和稳定的QTL和QTL clusers和QTL clusers相关的杂物和QTL clusique和QTL clusequique and Migapppers的信息，并兴起。用于高收益和高质量玉米的映射，基因克隆和育种。先前的研究表明，与耳朵相关性状的QTL分布在玉米中的所有十种染色体上，而表型变异的解释为单个QTL范围为0.40％至36.76％。总共确定了所有十种染色体的耳朵相关性状的23个QTL热点箱。最突出的热点区域是4号染色体上的bin 4.08，其中15个QTL与八个与耳朵相关性状有关。此外，本研究确定了与耳朵相关性状相关的48个候选基因。在这些研究中，有五个被克隆和验证，而QTL热点中的二十8个候选基因是由本研究定义的。本评论对QTL映射的进步以及与八个与耳朵相关特征相关的关键候选者的识别提供了更深入的了解。这些见解无疑将帮助玉米育种者制定策略来开发高产玉米品种，从而有助于全球粮食安全。
定量性状基因座映射鉴定的候选基因涉及植物高度调节水稻的
摘要：水稻植物的高度是一种与生物量，住宿耐受性和产量密切相关的农业特征。识别与植物高度调节和制定筛查潜在候选基因的策略有关的定量性状基因座（QTL）区域可以改善水稻的农业特征。在这项研究中，使用了跨越“ Cheongcheong”和“ Nagdong”个体的双单倍体种群（CNDH），并使用了222个单序重复标记构建遗传图。在RM3482-RM212区域中，染色体1，QPH1，QPH1-1，QPH1-3，QPH1-5和QPH1-6的区域连续五年识别。表型方差解释的范围为9.3％至13.1％，LOD评分在3.6至17.6之间。Osphq1是一种与植物高度调节有关的候选基因，在RM3482-RM212中进行了筛选。Osphq1是吉布雷素20氧化酶2的直系同源物，其单倍型以9个SNP区分。根据其高度将植物分为两组，并根据Osphq1的表达水平区分高植物并聚集。QTL和候选基因，因此，筛选了生物量调节，但是调节的分子机制仍然鲜为人知。本研究获得的信息将有助于开发通过水稻植物高度控制的标记辅助选择和繁殖的分子标记。
铁的毒性，耐受性和定量性状位点映射（Oryza sativa L.）
4植物分子生物学和生物技术部，COA，IGKV，Raipur（CG）摘要：背景：在Rainout庇护所中进行了一个实验，其中包括五种ininda rice的五种品种/基因型，暴露于不同浓度的两种不同形式的Iron viz。 视觉评分量表用于筛选基因型和过量铁对不同的营养性状的影响，在不同的营养性状上，发现根重量和芽量对两种形式的过量铁浓度和铁对不同基因型的影响更敏感。 主体：在本实验中，五种含义米的变种/基因型，在两种不同形式的铁效率的不同浓度下暴露于不同的铁（FESO 4）和铁（FECL 3）。在两种不同形式的铁，纤毛形式的毒性是有毒的，而不是铁含量较高的氯化物，而没有智力有毒的毒性有毒。 在视觉评分的基础上，我们确定了4种耐受性的基因型（Dagad Deshi，IBD-1，RRF 127和RRF 105）和Swarna是形成铁铁和铁铁的易感基因型。 Swarna和IBD-1的十字架用于F 4代的开发，并根据从F 4代获得的基因型和表型数据确定QTL。 使用间隔映射（IM）方法确定了总共13个QTL。 这些QTL是基于R 2或表型方差的主要QTL和次要QTL（PVE％）。 在复合间隔映射方法中，总共检测到二十四个主要和次要QTL，其中十个是主要的QTL。 （Bouman等，2002）。4植物分子生物学和生物技术部，COA，IGKV，Raipur（CG）摘要：背景：在Rainout庇护所中进行了一个实验，其中包括五种ininda rice的五种品种/基因型，暴露于不同浓度的两种不同形式的Iron viz。视觉评分量表用于筛选基因型和过量铁对不同的营养性状的影响，在不同的营养性状上，发现根重量和芽量对两种形式的过量铁浓度和铁对不同基因型的影响更敏感。主体：在本实验中，五种含义米的变种/基因型，在两种不同形式的铁效率的不同浓度下暴露于不同的铁（FESO 4）和铁（FECL 3）。在两种不同形式的铁，纤毛形式的毒性是有毒的，而不是铁含量较高的氯化物，而没有智力有毒的毒性有毒。在视觉评分的基础上，我们确定了4种耐受性的基因型（Dagad Deshi，IBD-1，RRF 127和RRF 105）和Swarna是形成铁铁和铁铁的易感基因型。Swarna和IBD-1的十字架用于F 4代的开发，并根据从F 4代获得的基因型和表型数据确定QTL。使用间隔映射（IM）方法确定了总共13个QTL。这些QTL是基于R 2或表型方差的主要QTL和次要QTL（PVE％）。在复合间隔映射方法中，总共检测到二十四个主要和次要QTL，其中十个是主要的QTL。（Bouman等，2002）。rm 152和RM 264染色体上的标记物在8个特征上的变化和芽中Fe +3含量的变化相关。结论：不同剂量的铁下与铁耐受性相关的各种特征的基因型之间的显着差异。通常，高剂量的铁对基因型具有毒性作用。在铁铁的来源中，铁的毒性更具毒性，但没有螯合剂的铁含量高于铁的毒性。根重量和芽重对过多的铁关键字更敏感：水稻，铁毒性，耐受性，铁浓度，QTLS1。简介稻米是印度的杰出农作物，是世界各地人民的主要谷物和主食之一。印度是世界上最大的水稻生产商之一，占全世界水稻生产的20％，含有高营养价值和热量价值。大部分土地约有1.29亿公顷土地都属于水稻种植，但存在主要的毒性和营养不足问题，据报道，其占全世界造成了1亿公顷土地的造成。（Becker and Asch 2005）。铁是一项重要的微量营养素，诸如叶绿素合成，叶绿体的结构和功能等许多作品，在光合作用过程中有助于光合作用，叶绿素合成，呼吸，氮固定，固定性，摄取机制（Kim and Rees，1992）。（Fageria等人因此，有氧大米通常患有微量营养素缺乏症，主要是吸收铁以两种形式进行，第一一种亚铁（Fe +2）和第二个铁离子（（Fe +3），但铁铁（Fe 2+）离子主要吸收了铁的形式，它可能会导致营养失调或营养障碍状况，而在植物中造成了损害状态，并且在低地毒性中发现了更常见的毒性， ，2006年和Fageria等，1987）。另一方面，铁的铁的形式已通过螯合剂（植物剂）（Phytosiderphores）在植物根膜上运输，并且这种吸收通常在高地状态下发生，但这是低吸收离子的。，2006年和Fageria等，1987）。另一方面，铁的铁的形式已通过螯合剂（植物剂）（Phytosiderphores）在植物根膜上运输，并且这种吸收通常在高地状态下发生，但这是低吸收离子的。