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靶向RNA M6A甲基化的肽会影响癌细胞的生存能力
在各种细胞应激下mRNA变化的核苷酸修饰水平。[9] mRNA核苷酸修饰水平的这种变化也与许多人类疾病和疾病有关。例如，在肺癌，胶质母细胞瘤，乳腺癌和从糖尿病患者中提取的肺癌，胶质母细胞瘤，乳腺癌和β细胞的n6-甲基腺苷水平（M 6 A）降低，而在结直肠癌，胰腺癌和急性骨髓性白血病中，观察到M 6 A水平升高。与M 6 A水平的变化平行，M 6 A甲基转移酶（作者）和去甲基酶（橡皮擦）的表达水平也适当地在测试的癌细胞系中变化。[10–12] RNA中的N6-麦克测lations也被M 6 A读取器蛋白识别，从而导致细胞蛋白水平的调节。[13]我们发现靶向M 6 A修饰mRNA是一种可抑制甲基读取器和橡皮擦结合的可行方法，从而改变了
路易体疾病导致人类大脑中的 m6A mRNA 甲基化被破坏
图3 脑区以及健康老年人、PD、DLB 和 MCI 组织中 m 6 A 修饰 RNA 和 YTHDF1 及 YTHDF3 读取蛋白丰度变化的热图。m 6 A 修饰 RNA 丰度以及 YTHDF1 和 YTHDF3 表达在各个区域和疾病类别中红色增加、黄色正常、绿色减少。与健康对照组织相比，发现 DLB 组织在所有脑组织区域中 m 6 A 修饰 RNA 丰度持续增加，并且 YTHDF1 和 YTHDF3 表达普遍增加。相反，PD 组织在三个脑区中显示 m 6 A 修饰 RNA 显著减少，并且 YTHDF 读取蛋白表达没有一致的变化模式。DLB，路易体痴呆；MCI，轻度认知障碍；PD，帕金森病。
分析M6a相关的LNCRNA用于预后和...
背景：RNA甲基化修饰是以表观遗传学方式调节的重要后翻译后修饰。最近，n 6-甲基腺苷（M 6 A）RNA修饰已成为肿瘤生物学的潜在表观遗传标记。方法：LIHC的基因表达和临床病理数据是从癌症基因组图集（TCGA）数据库中获得的。使用PERL和R软件通过基因表达分析确定长期非编码RNA（LNCRNA）和M 6 A与M 6与A之间的关系。共表达网络，并使用单变量COX回归分析鉴定了与预后相关的相关LNCRNA。然后将这些LNCRNA分为两个簇（群集1和群集2），以确定不同LNCRNA亚型之间的存活率，病原参数和免疫细胞浸润的差异。进行了最低的绝对收缩和选择算子（Lasso）进行回归分析和预后模型。HCC患者被随机分为火车组和测试组。根据模型的中位风险评分，HCC患者分为高风险和低风险组。我们使用火车组建立了模型，并通过测试组确认了模型。使用R软件分析了肿瘤突变负担（TMB），免疫逃避和免疫功能的M 6 A-LNCRNA。AL355574.1被确定为重要的M 6 A相关LNCRNA，并选择进行进一步研究。伤口愈合和Transwell分析用于确定细胞迁移能力。最后，进行了体外实验，以确认AL355574.1对HCC生物学功能和可能的生物学机制的影响。HUH7和HEPG2细胞，通过CCK-8，EDU和菌落形成测定法测量细胞增殖能力。MMP-2，MMP-9，E-钙粘着蛋白，N-钙粘着蛋白和Akt/mTOR磷酸化的表达水平均由Western blotting确定。结果：通过一致的聚类分析将具有显着预后值的LNCRNA分为两个亚型。我们发现lncRNA亚型之间的临床特征，免疫细胞浸润和肿瘤微环境（TME）显着差异。我们的分析表明，这些不同的LNCRNA亚型与免疫浸润和基质细胞之间的显着相关性。我们使用LASSO回归创建了最终风险概况，其中特别包括三个LNCRNA（AL355574.1，AL158166.1，TMCC1-AS1）。构建了由三个LNCRNA组成的预后特征，该模型显示出出色的预后预测能力。低风险队列的总生存期（OS）显着高于火车和测试组的高风险队列。两个风险评分[危险比（HR）= 1.062; P <0.001]和阶段（HR = 1.647; P <0.001）被视为通过单变量和多元COX回归分析的HCC预后独立指标。在HUH7和HEPG2细胞中，AL355574.1敲低抑制了细胞的增殖和迁移，抑制了MMP-2，MMP-9，N-钙粘着蛋白和AKT/MTOR磷酸化的蛋白质表达水平，但促进了E-Cadherin的蛋白质表达水平。
2025; 15（8）：3532-3550。 doi：10.7150/thno.103809研究论文M6A SOX18的修饰导致
理由：败血症诱导的心肌病（SIC）是一种迅速发展的疾病，在没有有效的治疗干预的情况下预后不良。心肌细胞凋亡是导致SIC心脏功能障碍的关键因素。目前，对此机制的研究尚不清楚。方法：我们进行了LPS诱导的原代小鼠心肌模型和小鼠SIC建模。通过mRNA-Seq，我们发现SIC小鼠心脏组织中明显的凋亡。 进一步的共聚焦显微镜和免疫沉淀结果证实，PTX3是心肌细胞凋亡的重要参与者。 然后，我们使用芯片和双酸酶报告基因测定法确认SOX18对PTX3产生转录抑制作用。 M6A-SEQ和RNA稳定性测定确认，RBM15/YTHDF2介导/识别的M6A修饰是SIC中Sox18变化的关键因素。 结果：我们的实验表明，SIC中异常升高的PTX3在介导流体吞噬作用中起关键作用。 在生理条件下，PTX3转录被SOX18抑制。 然而，在败血性心肌病期间，SOX18稳定性受到RBM15/YTHDF2介导的M6A修饰的损害，从而导致PTX3水平升高，并随后诱导心肌细胞凋亡。 结论：总而言之，我们已经描述了SIC中的RBM15/YTHDF2-SOX18-PTX3轴。 它为SIC中心肌细胞凋亡的治疗提供了一种新方法，以改善预后。通过mRNA-Seq，我们发现SIC小鼠心脏组织中明显的凋亡。进一步的共聚焦显微镜和免疫沉淀结果证实，PTX3是心肌细胞凋亡的重要参与者。然后，我们使用芯片和双酸酶报告基因测定法确认SOX18对PTX3产生转录抑制作用。M6A-SEQ和RNA稳定性测定确认，RBM15/YTHDF2介导/识别的M6A修饰是SIC中Sox18变化的关键因素。结果：我们的实验表明，SIC中异常升高的PTX3在介导流体吞噬作用中起关键作用。在生理条件下，PTX3转录被SOX18抑制。然而，在败血性心肌病期间，SOX18稳定性受到RBM15/YTHDF2介导的M6A修饰的损害，从而导致PTX3水平升高，并随后诱导心肌细胞凋亡。结论：总而言之，我们已经描述了SIC中的RBM15/YTHDF2-SOX18-PTX3轴。它为SIC中心肌细胞凋亡的治疗提供了一种新方法，以改善预后。
Victor Billon、Gael Cristofari。新生 RNA m6A 修饰是基因-逆转录转座子冲突的核心。Cell Research，2021 年，在线发表
长散布元件 1 (L1) 逆转录转座子是一种转座元件，能够通过 RNA 中间体和逆转录步骤的复制粘贴机制在基因组内传播。它们存在于许多真核生物谱系中，但在哺乳动物中一直特别活跃，并且仍然如此，充当着强大的内源诱变剂。它们被细胞核和细胞质中的多层转录和转录后机制强烈抑制，从而限制了它们在生殖细胞、早期胚胎和一组非常狭窄的成人体细胞中的表达和动员。尽管如此，其中一些元件设法挣脱这些锁并插入新的基因组位置，通常落在内含子中，有时会导致遗传疾病 1 。
使用长阅读测序
图1。SAM-SEQ同时探测植物组织上的染色质访问性和DNA甲基化。a。SAM-SEQ方案的工作流程和GDNA上M6A-MTase序列偏好的评估（EcoGII-WEALED GDNA）。 b。 链特异性的M6a水平的ECOGII处理的基因组DNA水平在标准化之前和之后，M6A-MTase偏好比五个A. thaliana染色体。 centromeres被描述为灰色盒子。 拟南芥12-mer序列的 c umap投影，由m6a/a含量的ecogii处理的gDNA，含量和含量。 MCG，MCHG和MCHH水平的GDNA和SAM-SEQ的ONT测序之间的密度图和相关分析。 e。 链特异性的SAM-SEQ M6A水平M6A-MTases偏好归一化和之后。 f。 拟南芥基因的元数据显示ATAC-SEQ可及性（Lu等人 2017）（右Y轴）和SAM-SEQ染色质可及性（M6A/A），使用独立的实验使用不同的M6A-MTases（ECOGII或HIA5）以及不同的ONT化学（R9.4.1或R10）（左Y轴）（左Y轴）。SAM-SEQ方案的工作流程和GDNA上M6A-MTase序列偏好的评估（EcoGII-WEALED GDNA）。b。链特异性的M6a水平的ECOGII处理的基因组DNA水平在标准化之前和之后，M6A-MTase偏好比五个A. thaliana染色体。centromeres被描述为灰色盒子。c umap投影，由m6a/a含量的ecogii处理的gDNA，含量和含量。MCG，MCHG和MCHH水平的GDNA和SAM-SEQ的ONT测序之间的密度图和相关分析。e。链特异性的SAM-SEQ M6A水平M6A-MTases偏好归一化和之后。f。拟南芥基因的元数据显示ATAC-SEQ可及性（Lu等人2017）（右Y轴）和SAM-SEQ染色质可及性（M6A/A），使用独立的实验使用不同的M6A-MTases（ECOGII或HIA5）以及不同的ONT化学（R9.4.1或R10）（左Y轴）（左Y轴）。
2025; 21（5）：2048-2066。 doi：10.7150/ijbs.103522研究论文IGF2BP3通过Enhan
基于顺铂的化学疗法是膀胱癌的主要治疗方法，但化学耐药的发展构成了重大的治疗挑战。胰岛素样生长因子II mRNA结合蛋白3（IGF2BP3）是一种RNA结合蛋白，是通过M6A依赖性机制调节各种癌症的关键M6A读取器。然而，其在膀胱癌中抗化疗中的作用尚不清楚。我们的体内和体外实验确定IGF2BP3是膀胱癌中顺铂耐药性的关键调节剂。我们证明IGF2BP3以M6A依赖性方式增强了CDK6 mRNA的稳定性，从而导致CDK6表达增加。这反过来促进了肿瘤细胞的增殖和对顺铂化疗的耐药性。此外，我们表明CDK6抑制剂palbociclib有效地抑制了IGF2BP3过表达引起的促增长和化学抗性作用。这些结果表明，IGF2BP3/M6A/CDK6轴在膀胱癌的进展和化学上起着关键作用，并且使用CDK6抑制剂（如palbociclib）将这种途径靶向这种途径，例如Palbociclib可能会提供一种有前途的治疗策略，以克服叶铂抗药性在Bladder cancer中。
病毒RNA的功能
病毒 RNA 分子含有多层调控信息。这包括一级序列以外的特征，例如 RNA 结构和 RNA 修饰，包括 N6-甲基腺苷 (m 6 A)。许多近期研究已确定病毒 RNA 中 m 6 A 的存在和位置，并发现这种修饰在病毒感染过程中具有多种调控作用。然而，迄今为止，病毒 m 6 A 映射策略存在局限性，阻碍了对 m 6 A 对单个病毒 RNA 分子功能的全面了解。虽然已在许多病毒的大量 RNA 上分析了 m 6 A 位点，但迄今为止描述的病毒 RNA 的 m 6 A 图谱呈现了受感染细胞中病毒 RNA 分子中 m 6 A 的综合图像。因此，对于大多数病毒而言，尚不清楚在整个感染过程中是否存在独特的病毒 m6A 谱，也不清楚它们是否调节特定的病毒生命周期阶段。在这里，我们描述了定义 m6A 在病毒 RNA 分子中的功能的几个挑战，并为未来的研究提供了一个框架，以帮助理解 m6A 如何调节病毒感染。
序列建模和设计从分子到基因组量表，
纳米孔信号分析能够检测天然DNA和RNA测序的核苷酸修饰，从而在没有其他文库准备的情况下提供了准确的遗传/转录组和表观遗传信息。目前，只能直接对一组有限的修改（例如5-甲基胞霉素），而大多数其他则需要探索方法，这些方法通常以纳米孔信号与核苷酸参考的比对开始。我们提出了Uncalled4，这是一种用于纳米孔信号对准，分析和可视化的工具包。uncalled4具有有效的带信号对准算法，BAM信号对准文件格式，用于比较信号对准方法的统计数据以及基于K-MER的孔模型的可重复的DE NROVE训练方法，揭示了ONT尚未访问的途径的可能错误。我们在七个人类细胞系中的RNA 6-甲基趋化（M6A）检测应用于RNA 6-甲基丹宁（M6A），使用M6ANET鉴定的修饰比Nanopolish多26％，其中包括M6A已知在癌症中具有含义的几种基因。uncalled4可在github.com/skovaka/uncalled4上开放源4。
阐明脂肪质量与肥胖相关（FTO）基因，生活方式和癌症之间的复杂相互作用
致癌过程是一个复杂的过程，起源于遗传，表观遗传和环境因素。最近的研究报道了通过不同的信号传导途径（例如mRNA N6-甲基腺苷（M6A）脱甲基化）通过不同的信号传导途径在癌变中具有潜在的关键作用。哺乳动物mRNA中最常见的内部修饰是M6A RNA甲基化，通过调节癌症相关的细胞过程具有显着的生物学功能。某些环境因素，例如体育活动和饮食摄入，可能会通过调节FTO基因表达来影响从事癌变的信号传导途径。此外，患有FTO基因多态性的人可能会受到癌症危险因素的影响，例如，FTO风险等位基因携带者可能需要更高的营养摄入量来预防癌症。为了获得FTO，生活方式和与癌症相关的途径相互作用的更深层次的观点，本综述旨在讨论与FTO基因和癌症相关的上游和下游途径。本研究讨论了FTO基因与各种癌症的相互作用的可能机制，并提供了影响FTO基因影响的生活方式因素，以及可能导致FTO基因对癌症的影响的下游途径。Adv Nutr 2022; 13：2406–2419。