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肠道菌群和 RNA 在代谢疾病中的协同作用：机制和治疗见解
肠道微生物群通过影响免疫反应、消化和代谢稳态，在人类代谢健康中发挥着关键作用。最近的研究强调了肠道微生物群和 RNA（尤其是非编码 RNA）在调节代谢过程中的复杂相互作用。肠道微生物群失调与代谢紊乱有关，例如 2 型糖尿病、肥胖症、代谢相关脂肪肝病 (MAFLD) 和代谢性心脏病。微生物代谢物，包括短链脂肪酸 (SCFA)，会调节 RNA 表达，影响脂质代谢、葡萄糖调节和炎症反应。此外，微小 RNA (miRNA) 和长链非编码 RNA (lncRNA) 是这些过程中的关键调节因子，新兴证据表明肠道衍生的代谢物会影响转录后基因调控。本综述综合了目前对肠道微生物群-RNA 轴及其在代谢疾病中的作用的理解。通过探索分子机制，特别是肠道微生物群信号如何调节 RNA 通路，该综述强调了针对该轴进行治疗干预的潜力。此外，它还研究了菌群失调如何导致表观遗传变化（如 m6A RNA 甲基化），从而导致疾病的发病机制。这些见解为预防和治疗代谢疾病提供了新的视角，并可能应用于个性化医疗。
我的九月二十三日
• Jia Li、Lei Cao、Yaqian Zhao、Jinghan Shen、Lei Wang、Mingfeng Feng、Min Zhu、Yonghao、Richard Kormelink、Xiaorong Tao、Xiangxi Wang：正孢子病毒复制机制激活及其利巴韦林双重靶向抑制的结构基础 • Kikyo Watanabe、Kazuhiro Ishibashi：宿主 ESCRT 成分是酵母复制子系统中 TSWV 核糖核蛋白复合物形成所必需的。 • 冯明峰、郭荣、袁玉龙、刘琴海、高玉廷、张天一、左文宇、李佳、朱敏、张仲凯、陶晓荣：m6A RNA 甲基化正向调节番茄斑萎病毒的感染。 • Victor Sanchez-Camargo、Gertjan Kramer、Harrold van den Burg：植物部署病毒特异性 RNA 结合蛋白质组反应来对抗病毒感染 • Kaili Xie、Zhongtian Xu、Qingling Qi、Yanjun Li、Xiaodi Hu、Wenkai Yan、Jianping Chen、Zongtao Sun：多种 RNA 病毒效应物共同促进植物 AGO4 降解以促进感染。 • Michel Yvon、Thomas German、Diane Ullman、Yannis Michalakis、Stéphane Blanc：番茄斑萎病毒遗传信息的包装正在分离三个基因组片段
内含子编辑揭示了人类细胞中小核仁RNA宿主基因5的SNORD依赖性成熟
摘要：GAS5基因编码长的非编码RNA（lncRNA）和内含子内部的小核仁RNA（SNORNA）。已经彻底研究了其在哺乳动物细胞中的结构，剪接变体和各种功能。但是，仍然没有关于人类细胞中汽油5成功敲除的数据，大多数功能丧失实验利用标准技术产生敲低。通过使用CRISPR/CAS9在末端内含子盒C/D SNORNA基因（SNORD S）中引入双链断裂，我们创建了在其中一个GAS5等位基因中带有连续缺失的单克隆细胞系。评估了GAS5编码的Box C/D SNORNAS和LNCRNA GAS5的水平，并分析了新型剪接变体的形成。为了全面评估特异性SNORD突变的影响，获得了SNORD74和SNORD81中各个突变的人类细胞系。SNORD74中的特定突变导致所有GAS5编码的SNORD和GAS5 lncRNA的下调。进一步的分析表明，SNORD74包含一个特定的调节元件，该元件调节了GAS5前体转录物的成熟。结果表明，气体的成熟以SNORD依赖性方式通过M6A相关的途径发生，这是一种非常有趣的表面转录机制。
DNA-M6A用光纤呼叫和整合长阅读的表观遗传和遗传分析
长阅读的DNA测序最近已成为一种强大的工具，用于研究单分子和单核苷酸分辨率下的遗传和表观遗传体系结构。长阅读的表观遗传学研究涵盖了天然胞嘧啶甲基化的直接鉴定以及鉴定外源放置的DNA N 6-甲基二氨酸（DNA-M6A）。但是，使用单分子测序检测DNA-M6A修饰，以及对单分子遗传和表观遗传体系结构的协调，受到计算需求和缺乏支持工具的限制。在这里，我们介绍了Fibertools，这是一种最先进的工具包，它具有半监视的卷积神经网络，可快速准确地使用PACBIO单分子长读测序对M6A标记的碱基进行快速识别，并使用长期遗传和探测平台或Oxefore n NANEORE生产的长期读取和测试数据的共同处理。我们沿着> 20千个酶长的DNA分子表现出准确的DNA-M6A识别（> 90％精度和回忆），速度提高了约1,000倍。此外，我们证明了纤维可以在单分子分辨率下容易地整合遗传和表观遗传数据，包括分子和参考坐标系统之间的无缝转化，从而可以在结构和体面可变的基因组区域内进行精确的遗传和表观分析。
JUW WON PARK 博士
目标：通过检查 N6-甲基腺苷 (m6A) 表观转录组来确定 BC 患者内分泌抵抗的进展和转移风险的增加，以便进行有针对性的干预。角色：CO-I 2R01AT008617-06A1 NIH/NCCIH（PI：Huang-ge Zhang），3,228,120 美元 2022 年 7 月 20 日 – 2027 年 5 月 31 日 可食用外泌体样纳米颗粒预防脑炎症的潜在机制 目标：这项资助的目的是提供细胞和分子见解，了解 ELN（外泌体样纳米颗粒）如何通过靶向有益于大脑的小胶质细胞通过肠脑轴调节神经免疫功能。角色：CO-I 1P30ES030283-01A1 NIH/NIEHS（PI：Chris States），6,473,751 美元 2020 年 8 月 1 日 – 2025 年 3 月 31 日 路易斯维尔大学综合环境健康科学中心 目标：路易斯维尔大学 (UofL) 综合环境健康科学中心 (CIEHS) 汇集了一群多学科研究人员，共同制定一个框架，以了解环境毒物、生活方式因素、生命阶段、遗传和性别之间的复杂性并整合它们在人类健康和疾病中的作用。凭借其成员的多学科专业知识和地理位置，CIEHS 在建立跨学科团队来解决这些问题方面具有独特的优势。角色：生物统计学和信息学设施核心主任 R15GM140427（PI：Juw Won Park）NIH/NIGMS，460,156 美元 2021 年 9 月 21 日至 2023 年 7 月 31 日使用高通量测序数据识别和表征环状 RNA 的翻译目标：该项目的主要目标是开发一种计算方法，使用非 polyA RNA-seq 数据以及 Ribo-seq 数据检测和表征翻译的环状 RNA，并开发一个新的 Web 服务器，用于聚合、分类和可视化来自 GEO 等公共存储库的翻译环状 RNA。角色：唯一 PI KY INBRE 博士后研究员奖（来自 NIH/NIGMS）（PI：Juw Won Park），142,760 美元 2021 年 9 月 21 日至 2023 年 7 月 31 日 目标：该资金为 NIH-R15 资助研究人员的博士后研究员提供部分支持（50%）。角色：唯一 PI P20GM103436（PI：Juw Won Park）NIH/NIGMS 2021 年 5 月 1 日至 2022 年 4 月 30 日 KY INBRE 桥梁资助奖目标：该计划旨在使 NIH 资助的教师能够在初始资助到期和新的或续签的 NIH 资助奖开始之间的短时间内维持他们的研究计划。