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遗传对DNA甲基化的影响有助于阐明调节基因组过程
4方法20 4.1研究队列。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。20 4.2基因分型和插补。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。21 4.3 DNA甲基化分析和数据处理。。。。。。。。。。。。。。。21 4.4 DNA甲基化数据调整。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。22 4.5遗传力估计。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。22 4.6全基因组甲基化的关联。。。。。。。。。。。。。。。。23 4.7特定于细胞类型的MEQTL。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。24 4.8连锁不平衡（LD）基于MEQTL的结块。。。。。。。。。。24 4.9 MEDIP-SEQ数据。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。24 4.10功能注释。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。25 4.11富集分析。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。26 4.12基于基因表达数据的基于摘要的孟德尔随机化。。。27 4.13带有GWAS数据的基于摘要的Mendelian随机化。。。。。。。。28
遗传性 - 植物相互作用（MEQTL）在口腔裂口病因学马卡多 - 毛拉（Machado-Paula），la 1，Romanowska，j 2;撒谎，RT 2； Hovey，L 1，Doolittle，B 1
目标：非综合性口面裂（OFCS）病因涉及多个遗传和环境因素，具有超过60个识别的风险基因座；但是，他们仅占估计风险的少数。表观遗传因子（例如差异DNA甲基化（DNAM））也与OFCS风险有关，并且可以改变不同裂缝类型的风险并改变OFCS渗透率。dnam是将甲基（CH3）组的共价添加到核苷酸胞嘧啶中，可能导致靶基因表达变化。DNAM可能会受到环境影响和通过甲基化定量基因座（MEQTL）的影响。我们假设异常DNAN和基因表达的改变在OFC的病因中起着关键作用，并且某些影响OFCS风险的常见遗传变异是通过影响DNAM的。方法：我们使用了来自10个裂口相关的SNP和全基因组DNA甲基化数据（Illumina 450K阵列）的基因型，用于409例OFC和456个对照，并鉴定出23个与裂口相关的MEQTL。然后，我们使用362 cleft-不一致的SIB对的独立队列进行复制。我们使用甲基化特异性QPCR来测量每个CpG位点的甲基化水平，并结合基因型和甲基化数据，用于使用线性模型中的R package Matrixeqtl进行每个SNP-CPG对的相互作用分析。我们还进行了一个配对的t检验，以分析兄弟姐妹对的每个成员之间的DNA甲基化差异。配对t检验显示CG06873343（TTYH3）（p = 0.04）的显着差异； CG17103269（LPIN3）（P = 0.002）和CG19191560（LGR4）（p = 0.05）。结果：我们复制了9个MEQTL，显示了RS13041247（MAFB）-CG18347630（PLCG1）（P = 0.04）之间的相互作用； RS227731（NOG）-CG08592707（PPM1E）（p = 0.01）; RS227731（NOG）-CG10303698（CUEDC1）（p = 0.001）; RS3758249（FOXE1）-CG20308679（FRZB）（p = 0.04）; RS8001641（SPRY2）-CG19191560（LGR4）（p = 0.04）; RS987525（8Q24）-CG16561172（MYC）（P = 0.00000963）; RS7590268（THADA）-CG06873343（TTYH3）（p = 0.04）; RS7078160（VAX1）-CG09487139（p = 0.05）; RS560426（ABCA4/ARHGAP29）-CG25196715（ABCA4/ARHGAP29）（p = 0,03）。结论：我们的结果证实了以前的证据，即通过GWAS研究检测到的某些常见的非编码变体可以通过表观遗传机制（例如DNAM）影响OFC的风险，例如DNAM最终会影响和调节基因表达。鉴于在大多数OFC基因组广泛的关联研究中，非编码SNP的流行率很高，我们的发现可能会解决主要的知识差距，例如缺少遗传力，降低的渗透率和与OFCS表型相关的可变表达性。
TXNIP DNA甲基化与1型糖尿病的28年中的血糖控制有关：匹兹堡糖尿病并发症流行病学（EDC）研究的结果
摘要简介DNA甲基化（DNAME）在一般人群中与2型糖尿病和血红蛋白A1C（HBA1C）的横截面相关。但是，目前在1型糖尿病中的纵向数据和数据非常有限。因此，我们在观察性1型糖尿病队列中进行了一项表观基因组范围的关联研究（EWA），以识别与与并发和未来的HBA1CS以及其他临床风险因素相关的DNAME的基因座，并在28年内。在683 597 CPG中的研究设计和方法在匹兹堡的糖尿病并发症的流行病学研究（<17年）1型糖尿病（n = 411）中分析了683 597 CpGs的全血液DNAME。使用针对糖尿病持续时间，性别，吸烟的包装，估计的细胞类型组成变量和技术/批处理协变量调整的线性模型以及技术/批处理协变量，对dname beta值和并发HBA1C进行了ewas。使用混合模型进行了随后重复的HBA1C测量的纵向EWA。我们进一步鉴定出对重要CPG的甲基化定量性状基因座（MEQTL），并进行了孟德尔随机化。CG19693031（CHR 1，硫氧还蛋白相互作用蛋白（TXNIP））和CG21534330（ChR 17，酪蛋白激酶1同工型Delta）的结果均与同时相关HBA1C显着相关。在纵向分析中，CG19693031的低甲基化在28年内与HBA1C持续更高的HBA1C相关，并且甘油三酸酯，脉搏率和白蛋白：肌酐比率（ACR）与HBA1C无关。我们在SLC2A1/SLC2A1-AS1中进一步确定了34个MEQTL，与CG19693031 DNAME显着相关。结论我们的结果扩展了先前的发现，即通过证明长期持续的关联持续存在，TXNIP低甲基化与1型糖尿病中的血糖控制有关。此外，与甘油三酸酯，脉搏率和ACR的关联表明TXNIP DNAME可以在血管损伤中发挥作用，而与HBA1C无关。这些发现通过其在SLC2A1 /葡萄糖转运蛋白1介导的葡萄糖调节中的作用来增强针对TXNIP的干预措施，以改善1型糖尿病的血糖控制。