在人类诱导的多能干细胞(HIPSC)中,系统地对内源性蛋白进行了带有荧光标记的内源性蛋白,可以观察到不同细胞态中的活细胞动力学。然而,通过CRISPR/CAS9诱导的编辑将氟化蛋白的精确插入到活细胞中依赖于同源指导的修复(HDR)。非同源末端连接(NHEJ)DNA修复途径通常胜过HDR,导致不可逆的内部和缺失(Indels)和低敲门效率。识别成功的HDR介导的标记事件是当目标基因在干细胞中未表达并且成功的标记可能不会立即观察到的靶基因是一个额外的挑战。为了解决这些挑战,我们使用了:1)在优化的感染多重性(MOI)下,与腺相关的病毒血清型6(AAV6)介导的DNA供体以最大的效率提供标签有效载荷; 2)滴定的多重CAS9:GRNA核糖核蛋白(RNP)量确保条件之间的HDR/indel频率平衡; 3)长放大液滴数字PCR(DDPCR),以测量编辑池中HDR产生的等位基因的频率; 4)同时推断CRISPR编辑(ICE)以检测并避免与Indels明显饱和(> 50%)。这些方法使我们能够确定有效,准确的编辑条件并恢复带有标记的单元,包括在干细胞中未表达的位点标记的单元。这些步骤共同使我们能够开发出有效的方法和工作流程,直接从具有最佳HDR和最小化indel频率的理想细胞池的克隆分离。使用这种方法,我们同时实现了荧光标记物和双重插入到四个基因中的基因,这些基因在差异过程中被打开,但最初在HIPSC中未表达,在HIPSC中,基于荧光基于荧光的标记细胞的直接选择是不可能的:TBR2,TBR2,TBXT,CDH2,CDH2,CDH2,CDH2,CDH2,CDH2(PROFEFFEREDIATION和MEGREDIATION和MEGREGRIATION和MEGRGIAL egratiation and Moggratial Genes and Cdhees and Cdhh5)and Cdhh5(cdh5)和CDH5(cdh)5(cdh)5(cdh)5(cdh5)。通过对各种GRNA序列和RNP浓度的系统评估,我们确定了达到高HDR频率的每个基因的条件,以38.6%的峰值达到峰值,同时还避免了与Inderels相关的条件,在这种情况下,很难在带有统一的等位基因中具有标记等位基因的克隆的隔离。过度,该方法提高了在hipscs中未表达的基因的荧光敲击的效率,对细胞过程的基于可靠的基于图像的观察,并可以恢复精确编辑的单声道和双重标记的克隆。我们将这些方法标准化,以产生有效且一般的工作流程,以将大型HDR介导的敲入引入HIPSC中。
我首先要由衷感谢我的论文指导老师克莱尔·帕吉蒂 (Claire Pagetti) 讲师,没有她,这项工作就不可能完成。您在技术上和道义上的坚定支持使我度过了这次考验。这篇论文确实既是一项令人难以置信的技术工作,也是一项道德挑战。我会长久地记得我们之间的交流,我总是告诉你“你又一次说对了”,而你只是回答“这是经验”。谢谢你,克莱尔。我还要由衷感谢我的联合论文指导老师、讲师马克·博耶 (Marc Boyer)。您在工业嵌入式网络方面的经验以及您对该领域本地和国际社会的了解对我的工作相关性和成功起着重要作用。感谢您向空中客车公司提出初始主题,才使得这篇论文得以面世。我会特别记得我们周一下午的长时间讨论,有时有些哲学性,有时更具技术性,以更普遍地理解 TSN 标准或网络。我很高兴与您合作,并期待在论文完成后继续我们的合作。谢谢你,马克。最后,我要热烈感谢我的工业界联合总监 Franck Wartel。我们是在2018年春夏我的最后一次实习期间认识的。实习结束后,我们决定继续一起工作,而你同意指导我的工作。您一直是我的导师,与我分享您的技术知识和商业世界的知识。我们在工作中、在商务旅行中的默契合作让我感动不已。谢谢你,弗兰克。
最重要的是,我要感谢 Laurent Bougrain,我的主管、我的同事、我近六年来的异国跋涉伙伴,首先是他给了我机会从事我所关心的课题,但高于一切。这一切都归功于在日常工作中为我提供了极大的主动性自由。感谢您招募我参加辅导项目,感谢您为我提供自愿实习机会,没有它整个论文就不会完成!感谢您为我提供研究实习机会,让我继续冒险!感谢你们对我如此珍视的这个论文项目的信任和支持,我们对此进行了热烈的辩护,甚至还设立了实验室助理们至今还记得的“开箱即用”的资助。我不会忘记您在教我研究的所有方面时表现出的耐心,包括与科学方面有关的方面以及与实验室的政治和管理有关的方面!花了多少时间讨论新协议、新假设、简单想法,而今天,对于大多数人来说,这些想法已经实现了!感谢您对我的信任,每次我到您的办公室见您时都会说“劳伦特,我有一个新想法!”。你本可以约束我,叫我停下来(尤其是在写作期前几个月),但不,你总是知道如何保持正确的措施来引导我溢出的能量!这个
关键词:轨道式振荡生物反应器 (OSB)、禽类 AGE1.CR.pIX 悬浮细胞、流感病毒、动物疱疹病毒、腺相关病毒 (AAV)、人胚胎肾 (HEK) 293 细胞、一次性灌注至高细胞密度、制造。悬浮细胞的预培养在摇瓶中成功完成。特别是新开发的设计细胞在高摇动频率下在摇瓶中传代多达 100 次,然后完美适应在具有 pH 控制和最大氧气供应(通常高于 80% pO 2 )的 CO 2 培养箱中生长。当它们随后被转移到搅拌槽生物反应器进行扩大时,特定细胞生长率通常较低,并且细胞对通过酸/碱添加和由于潜水器放气(气泡)而产生的剪切应力的 pH 控制变得敏感。禽类 AGE1.CR.pIX 和人类 HEK 293 细胞也出现了这种情况。为了避免这些问题,评估了在振荡模式下的扩大规模。这里我们介绍了 SB10-X OSB 生物反应器在袋子设计和控制单元改进方面的最新进展。引入了一种新的控制策略,从而可以更快、更精确地控制 pH 和 DO。此外,还优化了灌注袋,以便可以轻松连接一个或两个 TFF ATF 系统。这两项发展都带来了更强大的 SB10-X 系统,可以轻松执行批量、补料分批或灌注运行。在 10 L 一次性标准袋中,在化学定义的培养基 CD-U3(Biochrom-Merck,德国)中以 70 rpm 的摇动频率培养 Avian AGE1.CR.pIX 细胞(ProBioGen AG,德国)。对于灌注,使用了交替切向流系统(ATF2,Repligen,500 kDa 截止值)。感染流感病毒 A/PR/8/34 (H1N1) 后,MOI 为 0.001,工作体积从 5 升增加到 9 升,同时保持灌注。使用不同的填充体积评估 25 和 50 x 10 6 细胞/毫升的细胞浓度,以了解顶部空间通气的影响。总体而言,可以获得 3500 个病毒体/细胞的非常高的细胞特异性病毒产量,导致 HA 滴度高达 3.7 log 10(HA 单位/100 µL),感染滴度高达 8.8 x 10 9 TCID 50 /毫升。基于重组 AAV 的载体不仅是基因治疗目的的合适载体,而且还能够诱导针对各种抗原的强烈、主要是细胞的免疫反应。到目前为止,AAV 生产主要使用瞬时转染的贴壁人类 HEK 293 细胞(例如在细胞堆栈中),这对大规模 AAV 生产来说是一个重大挑战。在这里,我们测试了内部适应悬浮生长的 HEK 293 细胞,以通过一种允许简单扩大规模的过程生产 AAV9 的能力。因此,HEK 293 悬浮细胞在 5 L 化学定义的无血清培养基中培养,细胞密度为 1 x 10 6 个细胞/毫升,使用 SB10-X OSB 生物反应器,摇动频率为 65 rpm。24 小时后以 70 rpm 的振荡频率进行聚乙烯亚胺 (PEI) 介导的三重转染(包括 GFP 报告基因)。最后,转染后 48 小时,收获细胞和上清液进行 AAV 分离,并测定裂解物中 DNase I 抗性载体颗粒 (DRP) 的数量。由于转染效率高(基于 GFP 报告基因的转染率 >90%)且 SB10-X 系统中整个批处理过程性能良好,因此达到了 1.4 x 10 12 DRP/ml 或 7 x 10 15 DRP/批(5 L)范围内的制造相关 AAV 滴度。总之,在轨道上生产病毒可能是创新疫苗制造的一种有吸引力的替代方案。
尽管经过证实的合成能力1,但我不能在一页上感谢这些,因为似乎重要的是要提及为这次冒险做出贡献的每个人。在所有帮助我进入本文结尾的人中,我要感谢我的导演RomualdBoné。我永远不会希望能够从如此多的关注,同理心和这种相关的科学建议中受益。感谢您的可用性,尽管董事在INSA中涉及工作量。我感谢我的主管Tedjani Mesbahi和Ahmed Samet在四年前为我提供了这一论文主题来信任我。有起伏,但他们的支持不可避免地在那里。感谢Hubert Cardot和Jean-Michel Vinassa同意带回我的论文。自从我第一个随访委员会以来,休伯特·卡多特(Hubert Cardot)和瓦阿法(Ouafae El Ganaoui-Mourlan)通过聆听,他们的问题和建设性的言论参与了我的作品的持续改进。感谢Ouafae现在与Pascal Venet和Djamila Aouada一起成为考官。我还要感谢Charlotte Alloudi和Asmae El Mejdoubi接受了这一邀请。于2019年9月开始他的论文,与同事远离同事的押韵,但这并没有阻止我建立非凡的联系。感谢所有与我共享的人(如此令人垂涎的..!)局C219:豪尔赫,Yasser,Paul,然后显然是Théo和传奇办公室的佛朗哥。没有能够详尽的命名,还要感谢INSA的文档,以提供仁慈和日常分享。我必须感谢所有的学生,我从中学到了很多东西。向所有同事致以宝贵的建议和鼓励,非常感谢。我也想到了我每天在INSA遇到的所有人,礼貌地欢迎他们,并在内部感谢他们的工作,接待,秘书处,会计,计算机维修,但也清洁,工作,调整恒温器,然后笑和幽默。如果我坚持到最后,这也要归功于我在七年前在INSA室内和INSA内部在Stras-Bourg举行的会议。我无法描述我所归功于斯特拉斯堡大学乐团的一切,因为我在音乐和人文上所采取的一切,因为我在那里遇到的所有人,现在是第二个家庭。感谢Viel Mols对Lionel和他的家人,
2007 年——在泰雷兹研究与技术公司实习期间发现 AltaRica 语言。 2008 年——与 AltaRica 语言的创始人之一 Antoine Rauzy 会面。 2011 年 – 在 Antoine Rauzy 的指导下开始撰写有关 AltaRica 语言新版本的论文。在完成巴黎综合理工学院的学习后,我并不想撰写论文。但我有机会参与一个具有实际工业应用的创新研究项目。我要感谢我的论文指导老师 Antoine Rauzy,感谢他让我在这三年里获得了独特的经历。非常感谢您允许我在高质量的科学环境中工作,感谢您对我的信任,首先聘请我加入达索系统,然后为我提供在巴黎综合理工学院撰写论文的机会。我还要感谢在论文撰写期间与我合作的 Leïla Kloul。您让我发现了新的研究领域,以及在凡尔赛大学的教学。非常感谢Jean-Marc Roussel的教导。您的建议非常中肯,对我的论文答辩非常有用。也非常感谢 Michel Batteux。您对我的论文答辩和手稿的帮助以及这三年来的支持对我来说非常宝贵。我还要感谢我的报告员 Mohamed Kaˆaniche 和 Olivier Roux,以及我的评审团的所有其他成员 Le¨ıla Kloul、Michel Batteux、Frank Ortmeier 和 Christel Seguin。你们同意参加我的答辩并花时间仔细阅读我的手稿,这对我来说是一种莫大的荣幸。您的问题和评论对我改进工作和进一步深化该领域的知识非常有价值。我还要感谢 AltaRica 3.0 团队的所有成员,我自 2011 年 9 月以来就一直与他们相识。你们每个人都以自己的方式为今天的成果做出了贡献。感谢我们的博士生 Pierre-Antoine Brameret、Thomas Friedlhuber、Abraham Cherfi、Melissa Is-sad 和 Huixing Meng 的帮助、建议以及我们在会议、研讨会和小型聚会上共度的美好时光。感谢我们的实习生 Renaud Lancelot、Kseni¨ıa Isaeva、Hala Mortada 和 Nawaal Mamadou 的努力、他们的幽默感以及我与他们分享的美好时光。但该实验室并不局限于AltaRica 3.0小组。我还要感谢我们的秘书 Evelyne Rayssac 和 IT 专家 James Regis,如果没有他们,实验室就无法正常运转。关于这个问题,感谢博士学院(EDX)在这三年中通过 Gaspard Monge 国际论文资助提供的经济支持。更要感谢 Fabrice 和 Audrey 的耐心聆听。最后,我要感谢 Frank Ortmeier 教授以及他的博士生 Michael Lipaczewski 和 Simon Struck,他们在我 2012 年和 2013 年两次访德期间热情接待了我并向我介绍了他们的文化。我要感谢我的导师 Stéphane Mallat,他向我介绍了模型驱动工程和操作安全领域。感谢 Marc Bouissou 分享他在运营安全方面的专业知识。我还要感谢我在达索系统的所有前同事,特别是
2007 年 – 在泰雷兹研究与技术公司实习期间发现了阿尔塔里加语言。2008 – 会见 Antoine Rauzy,AltaRica 语言的创造者之一。2011 – 在 Antoine Rauzy 的指导下开始撰写有关 AltaRica 语言新版本的论文。在巴黎综合理工学院学习结束时,我并不一定想继续写论文。但我有机会参与具有实际工业应用的创新研究项目。我要感谢我的论文导师Antoine Rauzy,让我在这三年里获得了这段独特的经历。非常感谢您允许我在高质量的科学环境中工作,感谢您首先信任我,在达索系统雇用我,然后为我提供在巴黎综合理工学院完成论文的机会。我还要感谢在我的论文期间与我合作的 Leıla Kloul。您让我发现了新的研究领域以及在凡尔赛大学的教学。非常感谢 Jean-Marc Roussel 的教学。您非常相关的建议对我的论文答辩非常有用。也非常感谢 Michel Batteux。你们对我的论文答辩和手稿的帮助,以及你们这三年来的支持,对我来说非常宝贵。我还要感谢我的报告员 Mohamed Kaˆaniche 和 Olivier Roux 以及评审团的所有其他成员 Leıla Kloul、Michel Batteux、Frank Ortmeier 和 Christel Seguin。你们同意出席我的答辩并花时间仔细阅读我的手稿,这让我感到非常荣幸。您的问题和评论对于我改进我的工作并进一步加深我在该领域的知识非常有价值。我还要感谢 AltaRica 3.0 团队的所有成员,我自 2011 年 9 月以来一直与他们见面。你们每个人都以自己的方式为今天看到的结果做出了贡献。感谢我们的博士生 Pierre-Antoine Brameret、Thomas Friedlhuber、Abraham Cherfi、Melissa Issad 和 Huixin Men 的帮助、建议以及我们在会议、研讨会和小型聚会期间共同分享的时刻。感谢我们的实习生 Renaud Lancelot、Kseniěa Isaeva、Hala Mortada 和 Nawaal Mamadou 的工作、他们的幽默以及我与他们分享的时刻。但该实验室不仅仅涉及 AltaRica 3.0 小组。我还要感谢我们的秘书 Evelyne Rayssac 和我们的计算机科学家 James Regis,没有他们,实验室就无法正常运转。在此,感谢博士生学院(EDX)在这三年中通过 Gaspard Monge 国际论文资助提供的财政支持。更具体地说,感谢 Fabrice 和 Audrey 的及时帮助和细心。最后,我要向 Frank Ortmeier 教授和他的博士生 Michael Lipaczewski 和 Simon Struck 表示感谢,他们在 2012 年和 2013 年两次访问德国期间接待了我并向我介绍了他们的文化。我要感谢我的实习导师 St´ephane Mallat,他向我介绍了模型驱动的工程领域和操作安全。感谢 Marc Bouissou 分享他的运营安全专业知识。我还要感谢我在达索系统的所有前同事,特别是
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