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手稿 - MacBeath
要制定有效的 COVID-19 检测、治疗或预防策略，需要深入了解针对 SARS-CoV-2 的自然免疫反应，包括 T 细胞介导的细胞反应。我们使用了一种无偏倚的全基因组筛选技术（称为 T-Scan），以识别 25 名 COVID-19 康复患者的记忆 CD8+ T 细胞识别的 SARS-CoV-2 中的特定表位，重点关注六种最常见的 HLA 类型所呈现的表位：A*02:01、A*01:01、A*03:01、A*11:01、A*24:02 和 B*07:02。对于每种 HLA 类型，患者的 T 细胞识别 3-8 个在患者中广泛共享的免疫显性表位。值得注意的是，94% 的筛查患者的 T 细胞能够识别特定 HLA 的三个最主要表位中的至少一个，53% 的患者的 T 细胞能够识别所有三个表位。随后对另外 18 名 A*02:01 患者进行的验证研究证实了对前六个 A*02:01 表位有特异性的记忆性 CD8+ T 细胞的存在，单细胞测序表明患者通常具有针对每个表位的许多不同 T 细胞克隆，但相同的 T 细胞受体 V a 区域主要用于识别这些表位，即使在患者之间也是如此。总的来说，我们在所研究的六种 HLA 类型中确定了 29 个共享表位。针对大多数这些表位（29 个中的 27 个）的 T 细胞不会与导致普通感冒的地方性冠状病毒发生交叉反应，并且表位不会出现在突变变异较高的区域。值得注意的是，29 个表位中只有 3 个位于刺突蛋白中，这凸显了设计新类疫苗以重现对 SARS-CoV-2 的天然 CD8 + T 细胞反应的必要性。
手稿1..13
图4。常规的2D TEM成像和AS合成CGO和HF-CGO的光谱。HF-CGO（D）结构的AS合成CGO（A）和HAADF图像的 HRTEM图像。 获取鳗鱼光谱图像的区域在（a）和（d）中以绿色标记。 在（b）中显示了AS合成的CGO和HF处理的CGO的（b）中显示了频谱图像区域的分段颜色图及其相应的参考光谱。 共同获得的ADF图像，顶部覆盖线扫描分析的路径，并且沿着这些线的鳗鱼信号量化的阳离子比在（c）中显示了HF处理的CGO的（c）中的cGO和（f）。 在ADF图像和阳离子比例定量的散点图中都标记了线扫描所用的晶界。 散点图内的红色数字是沿着与x轴距离（NM）相对应的线路路径的像素位置。HRTEM图像。获取鳗鱼光谱图像的区域在（a）和（d）中以绿色标记。在（b）中显示了AS合成的CGO和HF处理的CGO的（b）中显示了频谱图像区域的分段颜色图及其相应的参考光谱。共同获得的ADF图像，顶部覆盖线扫描分析的路径，并且沿着这些线的鳗鱼信号量化的阳离子比在（c）中显示了HF处理的CGO的（c）中的cGO和（f）。在ADF图像和阳离子比例定量的散点图中都标记了线扫描所用的晶界。散点图内的红色数字是沿着与x轴距离（NM）相对应的线路路径的像素位置。
接受的手稿
肥厚性心肌病（HCM）是最常见的心脏病，其特征是原发性左心室肥大通常是由肌节基因突变引起的。HCM中心脏重塑的基础机制仍然不完全理解。通过在多词水平上通过综合分析对HCM进行研究将有助于治疗HCM。使用HCM患者的心脏组织分别评估了分别通过核小体占用率和甲基甲基测序（NOME-SEQ）和RNA-SEQ评估 DNA甲基化和染色质访问性以及基因表达。与对照组相比，HCM心肌的转录组，DNA甲基甲基机和染色质可及性显示出多方面的差异。在转录组水平上，HCM心脏通过降低肉瘤和代谢基因表达并增加细胞外基质基因表达来返回胎儿基因程序。。在染色质可及性水平上，HCM心脏显示出不同基因组元素的变化。包括SP1和EGR1在内的几个转录因子（TF）在HCM中表现出胎儿样结合基序（NDRS）的胎儿样模式。尤其是，携带肌节突变的HCM小鼠模型中SP1或EGR1的抑制明显缓解了突变小鼠的HCM表型并逆转了胎儿基因重编程。总体而言，这项研究不仅提供了HCM心脏组织的高精度多摩学图，而且还通过介入HCM中的胎儿基因重编程来阐明治疗策略。
