材料和方法:我们进行了基于张量的形态测量,以分析与创伤性脑损伤相关的脑形状变化,并得出用于统计组比较的成像特征。此外,机器学习还用于识别与脑损伤相关的结构异常。自动生成的脑损伤图用于识别脑区,其中损伤负荷可能表明创伤后癫痫发病率增加。我们使用 138 名非创伤后癫痫患者来训练机器学习方法。对 15 名受试者进行了病变轮廓的验证。对 74 名受试者(37 名患有癫痫的受试者和 37 名随机选择的非癫痫受试者)的独立组进行了创伤性脑损伤与创伤后癫痫之间关系的组分析。
材料和方法:我们进行了基于张量的形态测量,以分析与创伤性脑损伤相关的脑形状变化,并得出用于统计组比较的成像特征。此外,机器学习还用于识别与脑损伤相关的结构异常。自动生成的脑损伤图用于识别脑区,其中损伤负荷可能表明创伤后癫痫发病率增加。我们使用 138 名非创伤后癫痫患者来训练机器学习方法。对 15 名受试者进行了病变轮廓的验证。对 74 名受试者(37 名患有癫痫的受试者和 37 名随机选择的非癫痫受试者)的独立组进行了创伤性脑损伤与创伤后癫痫之间关系的组分析。
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摘要:为了将转化的细胞与非转化细胞分离,抗生素可选标记基因通常用于遗传转化。获得转基因植物后,通常有必要从植物基因组中去除标记基因,以避免调节问题。但是,许多无标记的系统耗时且劳动力密集。同源性修复(HDR)是使用同源臂进行同源重组的过程,以实现DNA双链断裂(DSB)的精确修复。定期间隔间隔的短质体重复序列(CRISPR)/CRISPR相关蛋白9(CAS9)系统是一种强大的基因组编辑工具,可以有效地引起DSBS。在这里,我们分离了一个在茎,射击尖端和渗透性中高度表达的基因的水稻启动子(P SSI),并通过使用此P SSI驱动CRISPR/CAS9介导的HDR用于MarkerFree(PSSICHMF),从而确立了高耐高率序列 - 切除策略。在我们的研究中,在73.3%的T 0植物和T 1植物的83.2%中检测到PSSICHMF诱导的标记基因缺失。在T 1后代获得了高比例(55.6%)的纯合标记植物。重组GUS报告者ADAD分析及其对重组产物的测序显示由PSSICHMF方法介导的精确缺失和修复。总而言之,我们的CRISPR/CAS9介导的HDR自动拆卸方法提供了一种节省时间和有效的策略,用于从转基因植物中去除标记基因。
目标:宫颈癌的预后生物标志物被广泛研究,包括癌症干细胞(CSC)标记。但是,它们的意义仍然不确定。这项研究旨在确定宫颈癌干细胞(CCSC)标记在生存中的作用。材料和方法:我们进行了系统的综述和荟萃分析(Prospero CRD42021237072),该研究报告了CCSC标记作为基于PRISMA指南的预后预测指标。我们纳入了研究组织肿瘤中CCSC表达的关联与PubMed,EBSCO和Cochrane库数据库的总生存期(OS)或无病生存期(DFS)的关联的英文文章。根据纽卡斯尔 - 奥塔瓦质量评估量表分析了研究质量。结果:从413个出版物中,在包含和排除标准的研究选择后,包括22项研究。CCSC标记的高表达与差的OS和DF相关(HR = 1.05,95%CI:1.03 - 1.07,P <0.0001; HR = 1.31,95%CI:1.09 - 1.17,P <0.00001;分别分别)。Sub-analysis of individual CCSC markers indicated significant correlations between CD44 (HR= 1.14, 95% CI: 1.07 – 1.22, P 0.0001), SOX2 (HR= 1.58, 95% CI: 1.17 – 2.14, P 0.003), OCT4 (HR= 1.03, 95% CI: 1.01 – 1.06, P 0.008), ALDH1 (HR = 1.36,95%CI:1.13 - 1.64,P 0.001)和CD49F(HR = 3.02,95%CI:1.37 - 6.64,P 0.006),OS较差; OCT4(HR = 1.14,95%CI 1.06 - 1.22,p 0.0003),SOX2(HR = 1.11,95%CI:1.06 - 1.16,P <0.0001)和AldH1(HR = 1.22,95%CI:1.10 - 1.35,P 0.0002),较差DFS)。我们没有为MSI-1和CK17进行荟萃分析,因为只有一项研究研究了这些标记。结论:OCT4,SOX2和ALDH1的表达与宫颈癌组织中的OS和DFS差有关。这些标记可能具有预测生物标志物来预测不利生存的潜在作用。
使用 dpy-10 Co-CRISPR 筛选标记和组装的核糖核蛋白复合物对 C. elegans rbm-3.2 基因进行 CRISPR/Cas9 编辑。
摘要 耳念珠菌是一种近期在世界范围内出现的耐多药人类真菌病原体。它可导致人类危及生命的播散性感染,死亡率高达 50%。其耐多药性和致病特性背后的分子机制尚不清楚。目前用于耳念珠菌基因组编辑的方法很少,所有这些方法都依赖于限制可进行的修改数量的选择标记。在这里,我们介绍了一种无标记的 CRISPR/Cas9 介导的耳念珠菌基因组编辑系统。利用该系统,我们成功删除了感兴趣的基因,然后在所有五个耳念珠菌进化枝的分离株中的天然位置重建它们。该系统还使我们能够引入精确的基因组编辑来创建翻译融合和单点突变。使用 Cas5 作为此系统的测试案例,我们发现 Cas5 在白色念珠菌和耳念珠菌之间的卡泊芬净反应中起着保守作用。总体而言,开发一种可在耳念珠菌中精确且简便地进行基因组编辑的系统,该系统可以以高通量的方式进行编辑,这是提高我们对这种重要的人类真菌病原体的了解的重要一步。
摘要:林木育种工作主要集中在改善具有经济价值的性状、选择适合新环境的树木或培育对生物和非生物胁迫更具抵抗力的树木。本综述介绍了基因组学辅助的林木选择的各种方法以及基因组水平研究的主要技术挑战和成就。由于人工林的轮伐期长,因此完成育种周期所需的世代时间长,因此有必要将先进技术与传统育种相结合,从而允许使用更精确的方法来确定感兴趣性状的遗传结构,例如全基因组关联研究 (GWAS) 和基因组选择 (GS)。从这个意义上讲,还解决了决定基因组预测模型准确性的主要因素。反过来,基因组编辑的引入为林木打开了新的可能性之门,尤其是成簇的规律间隔的短回文重复序列和 CRISPR 相关蛋白 9 (CRISPR/Cas9)。它是一种高效且有效的基因组编辑技术,已用于有效地在林木基因组的特定位置实施可靶向的改变。从这个意义上讲,林木仍然缺乏转化方法,并且 CRISPR/Cas9 的基因型数量不足。这一挑战可以通过使用新开发的 GRF-GIF 技术进行快速育种来解决。
1 天津医科大学肿瘤医院、国家肿瘤临床研究中心乳腺癌二科,天津 300600 2 天津市肿瘤防治重点实验室,天津 300600 3 天津市肿瘤临床研究中心,天津 300600 4 天津医科大学乳腺癌防治教育部重点实验室,天津 300060 5 福建医科大学肿瘤医院乳腺外科,福建福州 350014 6 福建医科大学肿瘤医院头颈外科,福建福州 350014 7 福建医科大学肿瘤医院外科实验室,福建福州 350014
美国加利福尼亚州萨利纳斯的农业农业研究服务部,农作业改善与保护研究部门; B美国宾夕法尼亚州公园宾夕法尼亚州立大学植物科学系; c农业,林业和生物学系,农业与生命科学研究所,植物基因组育种研究所,农业与生命科学学院,韩国首尔汉城汉城国立大学; d美国威斯康星大学 - 美国威斯康星州麦迪逊大学园艺系植物作物研究部,美国农业研究部,植物作物研究部; E育种基因组学实验室,农艺食品自然资源和环境(Dafnae),意大利莱格纳罗市Agripolis校园的帕多瓦大学; f意大利都灵都灵大学植物遗传学和育种部门农业,森林和食品科学系(DISAFA); A园艺系,阿肯色大学,美国阿肯色州费耶特维尔