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使用血清学标记评估质子泵抑制剂处方的适当性
摘要：已广泛报道了质子泵抑制剂（PPI）的不适当处方，通常缺乏最初排除幽门螺杆菌（HP）感染和胃功能状态的评估。本研究的目的是评估胃功能测试的实用性，以确定酸输出以及HP状态，以便更好地直接直接直接PPI治疗处方。评估了来自初级保健人群的没有警报症状的脱发患者。确定了每位患者的血清胃蛋白原I（PGI）和II（PGII），胃蛋白酶17（G17）和抗HP IgG抗体（Biohit，Oyj，Finland）。对于每个受试者，收集了有关症状，过去的HP感染病史和PPI使用的数据。根据PGI和G17值确定对PPI的治疗反应，其中G17> 7在存在升高的PGI和不存在慢性萎缩性胃炎（CAG）的情况下被认为是足够的反应。在2583例消化不良患者中，1015/2583（39.3％）在血清采样前至少3个月接受PPI治疗，因此包括在研究中。在206（20.2％）和37例（3.6％）的患者中诊断出活跃的HP感染和CAG。总体而言，在34.9％的34.9％中观察到对PPI的足够治疗反应，在最高剂量下达到66.7％。然而，无论使用的剂量如何，41.1％和20.4％的患者对PPI的反应较低（G17 1-7）或不存在（G17 <1）。最后，所有患者都必须消除HP，并且胃功能测试可确保在开始长期PPI治疗之前寻求并进行了充分的治疗。根据胃功能反应，目前正在使用PPI维护治疗的大多数患者缺乏继续这种药物的适当指示，因为没有酸输出（如CAG）（如CAG），或者是因为胃酸水平未能升高，表明缺乏胃酸负反馈。
用于飞行测试的高速标记跟踪
摘要 — 飞行测试是确保正常运行期间安全并在认证阶段评估飞机的强制性过程。由于试飞可能是一种高风险活动，可能导致飞机损失甚至生命损失，因此模拟模型和实时监控系统对于评估风险和提高态势感知和安全性至关重要。我们提出了一种基于 CNN 的新型检测和跟踪模型，该模型使用基准标记，称为 HSMT4FT。它是光学弹道系统 (SisTrO) 的主要组件之一，负责在飞行测试期间检测和跟踪飞机外部存储、吊架和机翼中的基准标记。HSMT4FT 是一种实时处理模型，用于测量存储分离测试中的轨迹，甚至评估振动和机翼偏转。尽管有多个库提供基于规则的方法来检测预定义标记，但这项工作通过开发和评估三个用于检测和定位基准标记的卷积神经网络 (CNN) 模型做出了贡献。我们还比较了在 OpenCV 库中实现的角点检测的经典方法和在 OpenVINO 环境中执行的神经网络模型。评估了这些方法的执行时间和精度/准确度。在测试和基准模型中，其中一个 CNN 模型实现了最高的吞吐量、较小的 RMSE 和最高的 F1 分数。最好的模型足够快，可以在嵌入式系统中实现实时应用，并将在未来的实际飞行测试中用于实际检测和跟踪。
用于飞行测试的高速标记跟踪
摘要 — 飞行测试是确保正常运行期间安全以及在认证阶段评估飞机的强制性过程。由于试飞可能是一种高风险活动，可能会导致飞机损失甚至人员伤亡，因此模拟模型和实时监控系统对于评估风险、提高态势感知和安全性至关重要。我们提出了一种基于 CNN 的新型检测和跟踪模型，该模型使用基准标记，称为 HSMT4FT。它是光学弹道系统 (SisTrO) 的主要组件之一，负责在飞行测试期间检测和跟踪飞机外部存储、吊架和机翼中的基准标记。HSMT4FT 是一种实时处理模型，用于测量存储分离测试中的轨迹，甚至用于评估振动和机翼偏转。尽管有多个库提供基于规则的方法来检测预定义标记，但这项工作通过开发和评估三个用于检测和定位基准标记的卷积神经网络 (CNN) 模型做出了贡献。我们还比较了在 OpenCV 库中实现的经典角点检测方法和在 OpenVINO 环境中执行的神经网络模型。评估了这些方法的执行时间和精度/准确度。在测试和基准模型中，其中一个 CNN 模型实现了最高的吞吐量、较小的 RMSE 和最高的 F1 分数。最佳模型足够快，可以在嵌入式系统中实现实时应用，并将在未来的实际飞行测试中用于实际检测和跟踪。
硝酸盐还原菌 Rhodanobacter denitrificans 中无标记缺失诱变系统的开发
摘要 在美国田纳西州橡树岭，Rhodanobacter 是受高浓度硝酸盐和铀污染的蓄水层中的优势菌属。原位刺激反硝化已被提出作为修复硝酸盐和铀污染的潜在方法。在 Rhodanobacter 种中，据报道 Rhodanobacter denitri filcans 菌株具有反硝化能力并含有丰富的金属抗性基因。然而，由于这些菌株缺乏诱变系统，我们对低 pH 抗性和在污染环境中占主导地位的能力的潜在机制的理解仍然有限。在这里，我们在两株 R. denitri filcans 菌株中开发了一种无标记缺失系统。首先，我们优化了 10 株 Rhodanobacter 菌株的生长条件，测试了抗生素抗性，并确定了合适的转化参数。然后，我们在 R. denitri filans 菌株 FW104-R3 和 FW104-R5 中删除了编码尿嘧啶磷酸核糖基转移酶的 upp 基因。所得菌株被命名为 R3_ D upp 和 R5_ D upp，并用作宿主菌株，以 5-氟尿嘧啶 (5- FU) 抗性作为反选择标记进行诱变，以产生无标记缺失突变体。为了测试开发的方案，在 R3_ D upp 和 R5_ D upp 宿主菌株中敲除了编码硝酸盐还原酶的 narG 基因。正如预期的那样，narG 突变体无法在以硝酸盐为电子受体的缺氧培养基中生长。总体而言，这些结果表明，同框无标记删除系统在两种 R. denitri ficans 菌株中有效，这将有助于未来对这些菌株进行功能基因组研究，进一步了解 Rhodanobacter 种中存在的代谢和抗性机制。
硝酸盐还原菌 Rhodanobacter denitrificans 中无标记缺失诱变系统的开发
摘要 在美国田纳西州橡树岭，Rhodanobacter 是受高浓度硝酸盐和铀污染的蓄水层中的优势菌属。原位刺激反硝化已被提出作为修复硝酸盐和铀污染的潜在方法。在 Rhodanobacter 种中，据报道 Rhodanobacter denitri filcans 菌株具有反硝化能力并含有丰富的金属抗性基因。然而，由于这些菌株缺乏诱变系统，我们对低 pH 抗性和在污染环境中占主导地位的能力的潜在机制的理解仍然有限。在这里，我们在两株 R. denitri filcans 菌株中开发了一种无标记缺失系统。首先，我们优化了 10 株 Rhodanobacter 菌株的生长条件，测试了抗生素抗性，并确定了合适的转化参数。然后，我们在 R. denitri filans 菌株 FW104-R3 和 FW104-R5 中删除了编码尿嘧啶磷酸核糖基转移酶的 upp 基因。所得菌株被命名为 R3_ D upp 和 R5_ D upp，并用作宿主菌株，以 5-氟尿嘧啶 (5- FU) 抗性作为反选择标记进行诱变，以产生无标记缺失突变体。为了测试开发的方案，在 R3_ D upp 和 R5_ D upp 宿主菌株中敲除了编码硝酸盐还原酶的 narG 基因。正如预期的那样，narG 突变体无法在以硝酸盐为电子受体的缺氧培养基中生长。总体而言，这些结果表明，同框无标记删除系统在两种 R. denitri ficans 菌株中有效，这将有助于未来对这些菌株进行功能基因组研究，进一步了解 Rhodanobacter 种中存在的代谢和抗性机制。
通过无标记富集和重组基因工程位点 (MERGE) 实现快速、可扩展的组合基因组工程
‡ 通信地址：aashiq.kachroo@concordia.ca 关键词：基因组工程、CRISPR-Cas9、人源化酵母、蛋白酶体 缩写：CFU、菌落形成单位；DSB、双链断裂；HDR、同源定向 DNA 修复；HR、同源重组；CELECT、基于 CRISPR-Cas9 的选择以丰富基因型；MERGE、无标记富集和重组基因工程位点；SGA、合成遗传阵列
通过无标记富集和重组基因工程位点 (MERGE) 实现快速、可扩展的组合基因组工程
‡ 通信地址：aashiq.kachroo@concordia.ca 关键词：基因组工程、CRISPR-Cas9、人源化酵母、蛋白酶体 缩写：CFU、菌落形成单位；DSB、双链断裂；HDR、同源定向 DNA 修复；HR、同源重组；CELECT、基于 CRISPR-Cas9 的选择以丰富基因型；MERGE、无标记富集和重组基因工程位点；SGA、合成遗传阵列
用于手指小米的新型基于GBS的SNP标记及其在遗传多样性分析中的使用
eleusine coracana（L。）Gaertn。（通常称为纤维小米）是一种用于食物和饲料的多功能作物。基因组工具对于作物基因库的表征及其基因组主导的繁殖需要。基于高通量测序的表征代表多种农业生态学的纤维细胞种质，被认为是确定其遗传多样性的有效方法，从而提出了潜在的繁殖候选者。在这项研究中，使用基因分型（GBS）方法同时鉴定新型的单核苷酸多态性（SNP）标记和基因型288纤维小米辅助量，从埃塞俄比亚和津巴布韦收集。使用5,226个BI-Callelic SNP在个人和组水平上进行表征，最小等位基因频率（MAF）高于0.05，分布在2,500个纤维小米参考基因组的2,500支支架上。SNP的多态性信息含量（PIC）平均为0.23，其中四分之一的PIC值超过0.32，这使得它们非常有用。基于地理位置的288个加入分为七个种群和种质交换的潜力显示，观察到的杂合性范围狭窄（HO; 0.09 - 0.11）和预期的杂合性（HE），其范围超过了Twofold，从0.11到0.26。等位基因在不同群体中独有的等位基因也得到了识别，这值得进一步研究其与理想性状的潜在关联。在AMOVA，群集，主要坐标和人口结构分析中，埃塞俄比亚和津巴布韦附属之间的高遗传分化很明显。分子方差的分析（AMOVA）揭示了基于地理区域，原产国，流动式，泛质类型和易耐受性的种类群之间的高度显着遗传分化（p <0.01）。菲格尔小米附属的遗传多样性水平在埃塞俄比亚内部的位置中适度变化，北部地区的加入水平最低。在邻居加入聚类分析中，这项研究中包括的大多数改进的品种都非常紧密，这可能是因为它们是使用遗传学上不同的种质和/或以类似性状（例如谷物产量）选择的。通过来自两国不同地区的跨植物上不同的遗传学加入来重组等位基因，可能会导致出色品种的发展。
靶向扩增子深度测序用于监测肯尼亚西部的抗疟药耐药性标志物
摘要 恶性疟原虫的分子监测对于追踪新出现的突变和已发现突变的趋势非常重要，应作为抗疟药耐药性的早期预警系统。2019 年，在肯尼亚西部八个县对学童进行了恶性疟原虫疟疾调查，从调查中获取了干血斑。实时 PCR 鉴定出 500 个恶性疟原虫阳性样本，这些样本在五个耐药位点进行了扩增，以进行靶向扩增子深度测序 (TADS)。重要的 kelch 13 突变的缺失与 2019 年前肯尼亚的发现相似，在密码子 569 和 578 中观察到低频突变。氯喹抗性转运蛋白基因密码子 76 和 145 为野生型，表明寄生虫分别对氯喹和哌喹敏感。基于密码子 86、184 和 199 的多药耐药基因 1 单倍型主要存在于单倍型 NYT 和 NFT 的混合感染中，分别由缺乏氯喹压力和使用苯芴醇驱动。磺胺多辛-乙胺嘧啶耐药性谱是 Pfdhfr（51I 59R 108N）和 Pfdhps（436H 437G 540E）三重突变的“超级耐药”组合，导致磺胺多辛-乙胺嘧啶无效。TADS 突出显示了低频变异，从而可以尽早识别新的突变、Pfmdr1 密码子 199S 和 Pfdhfr 密码子 85I 以及新出现的 164L 突变。TADS 的附加价值在于它能够准确地识别混合基因型感染并进行抗疟药耐药性标志物的高通量监测。
Gb3/cd77 是头颈癌的预测标记和有希望的治疗靶点
1 西班牙桑坦德 39011 Valdecilla-IDIVAL 研究所纳米医学组； dmunoz@idival.org (DM-G.)； casafonti@unican.es（电子邮件保护）; vovejerohcas@msn.com （VJO）; dlobo28@gmail.com （DL）； fanarrag@unican.es (MLF) 2 西班牙坎塔布里亚大学医学院分子生物学系，39011 桑坦德 3 西班牙坎塔布里亚大学医学院解剖学与细胞生物学系，39011 桑坦德 4 西班牙桑坦德大学马尔奎斯德瓦尔德西利亚医院耳鼻喉科服务； carmelo.morales@unican.es 5 西班牙桑坦德 39011 Marqués de Valdecilla 大学医院普通外科及消化外科 6 西班牙桑坦德 39011 Marqués de Valdecilla 大学医院耳鼻喉科 * 通讯地址：lgarcia@idival.org