-EF =弹性力常数,用于保留蛋白质二级和三级结构。应使用它来测试正常的所有原子构象,以保持所有原子和粗粒结构之间的相似性。应该测试几个值,并且必须使用研究信息来为您的系统选择更好的值。-EL =弹性下键切断。作为-ef标志,必须与晶体学结构进行测试或比较。-EU =弹性上键切断。作为-ef标志,必须与晶体学结构进行测试或比较。-pf =位置约束。用于避免原子运动以平衡系统。应与-p标志一起使用,以选择要约束哪种珠子。骨干是最常见的选择。- 突变=突变一个残基到另一个残基。一般而言,马提尼岛在识别他的HSD:HSD时始终构成始终突变的马提尼岛有一些问题。
1分子微生物学和结构生物化学(MMSB,UMR 5086),CNRS&Lyon大学,法国里昂,里昂; 2法国斯特拉斯堡·塞德克斯大学(UMR 7177 CNRS,umr 7177 CNRS) 3 Pharmcadd,商,商,韩国; 4计算生物医学,高级模拟研究所(IAS-5)和神经科学与医学研究所(INM-9),德国尤利希的ForschungszentrumJülichGmbh; 5德国亚兴的亚历大学数学,计算机科学与自然科学学院生物学系; 6 Zymvol Biomodeling,西班牙巴塞罗那; 7JülichSuperComputing Center(JSC),ForschungszentrumJülichGmbH,Jülich,德国; 8德国亚兴大学rWth亚兴大学医学院神经病学系和韩国灌木丛大学的Pukyong国立大学物理学系91分子微生物学和结构生物化学(MMSB,UMR 5086),CNRS&Lyon大学,法国里昂,里昂; 2法国斯特拉斯堡·塞德克斯大学(UMR 7177 CNRS,umr 7177 CNRS) 3 Pharmcadd,商,商,韩国; 4计算生物医学,高级模拟研究所(IAS-5)和神经科学与医学研究所(INM-9),德国尤利希的ForschungszentrumJülichGmbh; 5德国亚兴的亚历大学数学,计算机科学与自然科学学院生物学系; 6 Zymvol Biomodeling,西班牙巴塞罗那; 7JülichSuperComputing Center(JSC),ForschungszentrumJülichGmbH,Jülich,德国; 8德国亚兴大学rWth亚兴大学医学院神经病学系和韩国灌木丛大学的Pukyong国立大学物理学系9
Martini 粗粒度力场 Martini 3 的最新重新参数化提高了该模型在预测分子动力学模拟中的分子堆积和相互作用方面的准确性。在这里,我们描述了如何在 Martini 3 框架内精确参数化小分子,并提供了一个经过验证的小分子模型数据库。我们特别关注脂肪族和芳香族环状结构的描述,这些结构在溶剂和药物等小分子或蛋白质和合成聚合物等大分子的构成块中普遍存在。在 Martini 3 中,环状结构由使用更高分辨率粗粒度颗粒(小颗粒和微小颗粒)的模型描述。因此,本数据库构成了校准新 Martini 3 小颗粒和微小颗粒尺寸的基石之一。这些模型表现出出色的分配行为和溶剂性能。还捕获了不同本体相之间的可混溶性趋势,从而完成了参数化过程中考虑的一组热力学性质。我们还展示了新的珠子尺寸如何能够很好地表示分子体积,从而转化为更好的结构特性,例如堆叠距离。我们进一步介绍了设计策略,以构建复杂度更高的小分子的 Martini 3 模型。
马提尼克岛的红树林占该岛1.85公顷(占总面积的0.1%),非常容易受到当地城市,农业和工业污染物的影响。与温带生态系统不同,有限的指标可用于评估红树林的人为压力。这项研究调查了马提尼克岛上的四个站点,每个站点都承受着不同的人为压力。对大约18厘米深度的红树林沉积物核心的分析显示,马提尼克山脉上的两种主要压力类型:(i)在高度墨西哥山脉湾湾和(ii)在四个研究的红树林站中观察到的农业压力。这种压力的特征是污染,超过调节阈值,在植物检测产物中发现了dieldrin,Total DDT和金属(AS,Cu和Ni)。马提尼克菌的红树林受到不同程度的人为压力,但所有人都会受到有机氯农药的污染。的红树林经历的压力要高得多。在这些情况下,微生物群落表现出不同的反应。在两个不受影响的站点中,微生物生物量和细菌和古细菌的丰度更高,而在fort-de-france的红树林中,通常与受污染环境相关的各种门是更普遍的。微生物群组成中的这些差异导致了65个分类单元的鉴定,包括
基于废水的流行病学已成为一种新的分析策略,通过测量废水中的生物标志物水平来监测人群中合法和非法药物的使用情况。这种方法的主要概念是,人群摄入的化学物质将通过尿液和粪便排出,这些物质将被丢弃到污水网络中,并可能在污水处理厂积聚。世界各地的废水中已调查并报告了乙醇、尼古丁、可卡因、苯丙胺、甲基苯丙胺和吗啡等多种合法和非法物质。近年来,这种方法也被用于新型精神活性物质 (NPS) 的环境监测,因为废水分析是一种快速且经济有效的方法,可以评估污水网络服务的特定人群的集体药物摄入量。本文对废水中“传统”滥用药物和 NPS 分析的法医、毒理学、化学和微生物学方面进行了全面和跨学科的回顾,并提供了最近发表的论文中报告的应用示例。废水分析是在法医化学和毒理学背景下监测药物使用的一种非常有前景的策略,并且已被许多研究人员在滥用药物的分析中实施,正如许多最近的文献报告所支持的那样。
本文件由国家可再生能源实验室在加勒比可再生能源和能源效率中心的支持下编写。本文件中包含的信息仅供一般参考。虽然我们已尽合理努力提供准确的数据,但本文件是使用来自多个来源(包括公共来源)的数据编写的。