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鉴定G3BP驱动应激颗粒形成的小分子抑制剂
casuarina equisetifolia（C。equisetifolia）是一种经济上重要的森林树种，通常在连续的单一养殖中作为沿海保护森林种植。持续种植逐渐影响了增长，并严重限制了C. eetetifolia行业的可持续发展。在这项研究中，我们分析了连续种植对埃母叶梭菌生长的影响，并从元基因组的角度探索了根际土壤微生态机制。结果表明，连续种植导致矮小，较短的根长度和降低的Equisetifolia幼苗根系。宏基因组学分析表明，有10种关键特征微生物，主要是actinoallomurus，actinomadura和分枝杆菌，负责连续种植的Equisetetifolia树木。定量分析表明，随着连续种植的增加，这三个属中的微生物数量显着减少。基因功能分析表明，连续种植导致环境信息处理 - 特征性微生物的信号转导能力减弱，并减少了雌雄同体的雌树叶面。降低了代谢，遗传信息加工恢复和修复的能力，导致微生物的传播减少并减少了雌树梭状芽孢杆菌的根际土壤中的微生物量。这些降低的能力进一步导致土壤微生物量减少，微生物碳和氮，微生物呼吸强度，土壤酶养分循环减少和其次，氨基酸代谢，碳水化合物代谢，聚糖生物合成和代谢，脂质代谢，辅助因子和维生素的代谢均大大降低，从而降低了土壤和代理碳和奈特罗的能力的降低。
宏基因组学-Toolkit
对具有数千个数据集的复杂环境的元基因组分析，例如序列读取存档中可用的数据集，需要巨大的计算资源才能在可接受的时间范围内完成计算工作。这样的大规模分析要求有效地使用基础基础结构。此外，任何分析都应完全可复制，并且必须公开使用工作流程，以允许其他研究人员了解计算结果背后的推理。在这里，我们介绍了可扩展的数据不可吻合的工作流程的宏基因组学-Toolkit，该工作流程分别自动化了从Illumina或Oxford Nanopore技术设备获得的简短和长元基因组读取。宏基因组学-ToolKit不仅提供元基因组工作流程中预期的标准功能，例如质量控制，组装，套件和注释，还提供独特的特征，例如基于各种工具的质粒识别，恢复无组成的微生物社区成员的恢复以及通过互联网模型的相互依赖模型的恢复，并发现了一个元素，并依赖于基本模型，并进行互联网组合。此外，元基因组学 - 库尔基特包括一个机器学习优化的组装步骤，该步骤量身定制元素组装程序要求的峰值RAM值以符合实际要求，从而最大程度地减少对专用高音硬件的依赖性。虽然可以在用户工作站上执行Metagenomics-Toolkit，但它还为有效的基于云的集群执行提供了多种优化。Metagenomics-Toolkit是开源的，可在https://github.com/metagenomics/metagenomics-tk上获得。我们将宏基因组学 - toolkit与五个常用的宏基因组工作流进行了比较，并通过在757 Metagenome数据集中从污水处理样本中执行元基因组学 - 静电库来证明其能力，以研究可能的污水核心微生物组。
微生物基因组学和宏基因组学研讨会乐器
研讨会针对生物学，生物医学研究，健康科学和相关领域的学生和专业人员，他们有兴趣学习和共享基因组学，宏基因组学和人类微生物组的概念，工具和研究结果。研讨会将通过理论讲座和研讨会以及生物信息学和生物统计学中的实践动手会议来培训该领域最先进的分析方法的参与者。几次会议将用于培训用于使用集成微生物基因组系统（IMG）的培训，这是美国DOE联合基因组研究所（加利福尼亚州伯克利）开发的数据库和分析平台，以综合研究基因组和Metagenomes。IMG系统将由JGI的Microbial Genomics＆Metagenomics Scientific Program（负责IMG开发的小组）的Natalia Ivanova博士和Rheka Seshadri博士提出。
amplicon宏基因组学
Amplicon宏基因组学是基于微生物RRNA基因的NGS测序。由于ngs读取长度受到限制，因此只能放大和测序rRNA基因的一部分。对于原核生物，该分析靶向16S rRNA基因的高变量区域（V1-9），而对于真菌，内部转录的间隔区域（ITS）用于分类分析（见图1）。理想的底漆系统应该足够通用，以涵盖广泛的分类群体，而随之而来的扩增子必须提供足够的分类信息来进行可靠的分类学分类。根据我们的经验和16S/ITS分析管道的验证，我们建议表1中显示的引物系统。我们的服务不仅限于显示的标记基因和底漆系统，还限于其他系统发育标记基因（例如，细胞色素C氧化酶I）和底漆系统可以使用。试点研究对于为您的特定研究问题找到最佳的底漆系统非常有帮助。
估计折叠的变化，其中部分观察到的结果与微生物宏基因组中的应用
我们考虑了在多变量结果的预期值中估算倍数变化的问题，该结果被观察到，这些结果受到未知样品特异性和类别特异性扰动的约束。我们是由对微生物分类单元的丰度进行高通量测序研究的动机，其中微生物相对于它们的真实丰度是系统地过度检测和未检测到的。我们的日志线性模型允许部分可识别的估计，我们通过施加可解释的参数约束来建立完整的可识别性。为了减少偏见并保证存在稀疏观测的参数估计值，我们将渐近可忽略不计和约束的惩罚应用于我们的估计功能。我们开发了一种快速坐标下降算法进行估计，并在零假设下进行估计的增强Lagrangian算法。我们构建模型得分测试，即使对于小样本量和违反分布构成的量，也证明了有效的推断。通过微生物关联与结直肠癌的荟萃分析来说明了方法和相关方法的比较。
整个基因组宏基因组学作为益生菌分析的工具
许多可用于消费者的饮食产品，例如饮食补充剂，含有据称赋予人类健康益处的活微生物。有关于商业益生菌标签差异的报道，其中物种经常被错误分类或不存在，以及标签上未列出的微生物污染。这项研究的目的是更好地了解益生菌产品的质量，其标签的准确性以及使用整个基因组测序（WGS）宏基因组学鉴定潜在污染物和低水平成分的能力。在这项研究中，DNA从123种益生菌产物中纯化，并使用Illumina Miseq平台进行了元基因组测序。生成的序列用于鉴定具有基于新型内部K-MER数据库的独特物种特异性特异性特异性特异性特异性特异性标志的微生物成分。并行，使用培养依赖性方法，将产物的微生物含量生长用于单个集菌分离，然后使用WGS创建有益微生物的基因组序列数据库。此外，使用抗性基因识别剂和毒力发现者生物信息学工具来识别抗生素耐药性和毒力因子基因的存在。宏基因组方法中的一个挑战是在存在大量有意添加的物种（如乳杆菌和双叶杆菌）的情况下，以较少的数量（成分，污染物和病原体）来检测微生物。这些研究将使消费者可用的实时微生物补充剂的内容有更好的了解，并提供一种分析途径来检测低量的有害病原体。避免了这两种方法：使用特定的噬菌体和/或纯化的噬菌体赖氨酸来减少产品的本地微生物，以改善对低水平微生物成分的检测并使用靶标的物质测序。
植物农业植物系统橡胶树（Hevea brasiliensis）中土壤微生物群落的宏基因组学分析 - 甘尼（Canna sp。）
摘要。橡胶树（Hevea Brasiliensis）是印度尼西亚重要的工业工厂之一。它在印度尼西亚的某些省份被广泛种植，其中一个在西爪哇省，在Subang Regency的PTPN VIII种植园管理下。使用未充分利用的农作物Canna sp。（甘尼）是在橡胶种植园上引入的。这项研究的目的是使用16S rRNA基因的橡皮植物分析在橡皮植物农林系统下分析根际土壤微生物的多样性，丰度和丰富性。这项研究是通过从2种不同土壤条件（Canna（G）的土壤和没有CANCANA（TG）的土壤中收集土壤样品来进行的。2也研究了不同的土壤深度条件（20和40厘米）。结果表明，发现G土壤中的微生物数量比TG土壤中更多的丰度，而基于土壤深度，对土壤微生物的丰度没有显着影响。发现了84个类。在G和TG中大多发现了3个类别，即ktedonobacteria，酸性杆菌和planctromycetia。家庭水平的微生物多样性主要在G和TG中发现，即Koribacteraceae，Gemmataceae，Synobtacteraceae，Hyphomicrobiaceae。
宏基因组学的方法来理解……
土壤负责为地球不同的生态系统提供重要服务，包括是植物的养分和水的最大沉积物之一，调节气体排放以及循环和回收元素和分子对生命至关重要（Haygarth and Ritz，Ritz，2009年）。然而，随着气候变化的影响（例如，干旱的长时间，强烈的洪水）和人为活动（例如，牲畜放牧，采矿，农业），土壤碎片和多功能性具有良好的影响（Schloter等人（Schloter等人，2018年），使其具有不同的策略影响，并构成了这些策略的影响，并影响了这些策略的影响，并构成了这些影响的影响。One of these strategies that have proven impactful in re- cent decades is the employment of bioindicators to characterize variations in soil health, which provides additional information to the physicochemical indicators that often are not able to fully reflect how soil health is affected, for example, exhibit the indi- rect biotic effects of pollutants (Alarcón Gutiérrez et al., 2021; Zaghloul et al., 2020）。在环境研究中使用了多种生物指导者。earth由于对人为aLtera-aLtera-
评估shot弹枪igagenomics方法用于检测ESBL和/或碳酸苯甲酸酯酶产生的肠杆菌在培养的阴性患者中从急性白血病中恢复过来
1转化微生物学小组，阿斯图里亚公国卫生研究研究所（ISPA），33011 Oviedo，西班牙2，西班牙2临床微生物学系，阿斯图里亚斯中央医院（HUCA），33011 Oviedo，西班牙Oviedo，西班牙Oviedo，西班牙33011年，西班牙3级奶牛研究所，Spurias of Asturias（ipla），西班牙国家研究所（IPLA），西班牙国家，33333333333333333333333333333333333333333333333333333 33 33 33 333 33011，ipla）。 Microhealth Group，Asturias公国卫生研究所（ISPA），33011 OVIEDO，西班牙5 5号，阿斯特里亚斯中央大学医院血液学系（HUCA）血液学系（HUCA），Asturias卫生研究所（ISPA）（ISPA）（ISPA）的研究所，Oncología（ISPA），Oncología（IUOPA），SPAIRINALION，33011 OVIIDO，33011 OVIIDO，33011 OVIIDO，oviedo， Oviedo，33006 Oviedo，西班牙7研究与创新，人工智能和统计部，Pragmatech AI解决方案，33001 Oviedo，西班牙8Biomédica在红色呼吸疾病中，Madrid，28029 Madrid，28029，Spain *通信： div>