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猪农场环境微生物组
1兽医学院，生物医学研究所，大学枢机主教Herrera-ceu，CEU大学，CEU大学，瓦伦西亚，西班牙，西班牙，2 IRTA，Sanitat Animal计划，CRESA，CRESA，CRESA，CRERORLOTRORLOTRORTORMORTROTRATION for for for REESARCH和REESARCH和RE-IS D'ESTHABINGINAL和RE-US D'ESTHABINAMER ANIMALIT ANIMAL ANIMATIT ANTIMAT ANIMALITIAL INSAITA，SANITA INSTERAINATIA in SANITA，DE）巴塞罗那自动瘤大学，巴塞罗那，西班牙，巴尔米斯大学综合医院4个微生物学系，微生物学部，微生物学部，米格尔·埃尔南德斯大学，西班牙艾里坎特，伊斯兰特，艾里坎特，5个微生物学领域，微生物学领域和动物技术，西班牙瓦伦西亚大学大学大学大学 div>
探索癌症中的肠道微生物组
摘要已确定肠道菌群具有可以操纵的特性，并有助于预防和减少恶性肿瘤。实现这一目标的一种主要方法是工程细菌运输可以有效针对癌症微环境的治疗有效载荷。这可以通过各种技术来完成，例如靶向肿瘤益生菌，基因工程和表面修饰。本章探讨了可用于通过合成生物学，微生物疗法和个性化治疗方法修饰肠道微生物群来改善癌症治疗的创新技术和方法。通过利用肠道菌群的潜力，我们可能能够改变癌症治疗，并为更成功的治疗和结果铺平道路。
社会微生物组的生态和演变
具有紧密社会关系的动物通常具有相似的微生物组。这些社会结构化的微生物组可以通过多种机械性来产生，这些机制通常很难解散，包括在社会伙伴之间或通过社会结构化的共享环境传播。在这里，我们回顾了社会结构化的微生物组的证据，并提出了分化产生它们的机制的方法。我们讨论了这些机制对宿主及其微生物组的进化含义，包括社交传播选择宿主特有的微生物组的可能性。我们通过确定与社会微生物组有关的杰出问题及其对社会进化的影响来得出结论。我们确定了新的或未被充分利用的方法，例如纵向研究设计，应变分析和基于文化的表征，以解决这些杰出的问题。
生物信息学和微生物组中的硕士论文
项目背景：微生物组在人类健康和疾病中起重要作用。下一代16S rRNA基因测序是一种强大的技术，用于表征粪便，诸如感染，癌症，糖尿病，神经退行性疾病和肥胖等疾病的样品中的细菌组成。微生物组分析有望有望诊断和整合常规临床微生物学。但是，16S测序数据所需的生物信息学分析的复杂性仍然是一个主要障碍。开发简化的管道来简化此分析对于常规诊断使用至关重要。目标：该项目的目的是通过一般微生物组组成输出来构建和验证16S rRNA基因测序分析的标准化生物信息学管道和工作流程。方法：Qiime2将与NextFlow结合使用，以创建标准化的16S rRNA测序工作流，用于微生物组分析。微生物组测序和常规诊断的分析数据将用于测试和验证工作流程。
用于宿主微生物群相互作用研究的体外模型系统
Wang等11建立了脾脏缺乏和食物积累的小鼠模型，并将其用于测试MMF对胃排空速率，肠道推进率，血清胃胃中核心和胆碱酯酶活性的影响。微生物16S rRNA检测在不同的小鼠粪便中进行。MMF改善了胃排空速率，肠道推进率和血清胃蛋白浓度。对照和MMF处理的小鼠之间的胆碱酯酶活性没有显着差异。16S rRNA测序表明，MMF增加了细菌植物的丰度，并减少了模型小鼠肠道中ver ver肉眼的丰度。fan等人12利用了通过在腹膜内注射将来的RESERPINE成立大鼠的FD大鼠模型。MMF每天经过经胃。在治疗后，用病理染色和免疫组织化学的表达评估了胃胃，脾和十二指肠大鼠的标本。血清胃肠道激素水平。MMF改善了FD大鼠的组织学结构，并提高了胃胃肠道，脾和十二指肠中Motilin，Gas-trin和Ghrelin的血清水平，同时降低物质P（SP），VA- SOACTIVE Intestive Intestinal多肽（VIP）（VIP）和Cholecystokystokystokinin（ccck）。使用16S rDNA测序甲基元素用于评估实验大鼠的肠道菌群。多样性分析表明，MMF组比正常组比FD组更相似，这表明MMF可以恢复肠道微生物群。QZWT处理未能恢复f/b比的变化。在门水平上，小组之间的微生物群体主要物种没有显着差异。与对照组相比，FD组的丰度显着增加，MMF减轻了这一变化。恢复了振荡螺旋藻和ruminococcus。Bai等人13使用了使用碘乙酰胺和水位平台创建的FD大鼠模型，以进行睡眠剥夺。在评估了MMF处理后，评估了评估蔗糖偏好，胃排空率，十二指肠的组织学变化以及促炎性细胞因子的血清水平。该研究表明，MMF降低了TNF-α和IFN-γ的血清水平，改善了十二指肠肠绒毛的形态，并改善FD大鼠中肠粘膜粘膜层状层损伤，以及无散性的偏好增加，并且胃排空率降低了FD Rats的胃清空率。MMF并未显着改变FD大鼠肠菌群的类型。与对照组相比，杆菌的液体降低，而FD组的企业水平则升高。与FD组相比，MMF组的富公司和蛋白细菌的丰度增加，而细菌群的水平降低。与对照组相比，FD组的菌群/杆菌群的比率显着降低，并且与FD组相比，MMF组的Firmicutes/Bacteroides的比率显着增加。有趣的是，响应MMF的杀菌剂的行为与Wang等11报道的相反。Chen等人14检查了Qii-Zhi-wei-wei-tong颗粒（QZWT）对使用慢性约束应力和碘乙酰胺诱导的慢性非慢性耐乳清胶质性胃炎模型模型的胃，结肠组织和血液中的促炎胆汁表现的影响。使用16S rDNA测序方法用于分析粪便中的肠道菌群群体。行为测试表明，QZWT减轻了小鼠慢性约束应激引起的焦虑和抑郁样行为。QZWT减轻了模型小鼠的胃粘膜炎症细胞浸润，并抑制了包括IL-1β和TNF-α在内的胃组织中促炎细胞因子的mRNA上调。与对照组相比，模型小鼠组的增强型公司/细菌群（f/ b）比率增加。QZWT增加了葡萄球菌，同种菌，曲霉杆菌，Akkermansia和Bifidobacterium的丰度，而它降低了Ruminococcus，de-Sulfovibrio，trindridium和adlercreutzia。炎症反应也减少了。观察到增加了Akkermansia属的水平和DeSulfovibrio属种群的降低。肠道菌群的改变与肠道细菌胆汁酸代谢有关。在胆汁酸组成方面，QZWT处理的小鼠与胃炎模型小鼠不同，支持QZWT通过肠道菌群调节代谢的可能性。Ammar等人15证明了使用Shime®系统在体外生产STW 5-II对pH，气体产生和短链脂肪酸（SCFA）的影响。还进行了16S rDNA测序和基于UH-PLC-HRMS的代谢物分析。STW 5-II是六种药用植物的多根本制剂：伊比利斯·阿玛拉（Iberis Amara），米塔（Menthae Piperitae），洋甘菊（Camomilla Recutita），格里西亚·格拉（Glycyrrhiza glabra），卡鲁姆·卡维（Carum Carvi）和梅利莎（Melissa officinalis）。stw 5-II已显示在涉及FD患者的几项临床试验中有效。stw 5-II导致pH和气体产生的持续变化，并增加了SCFA的产生。stw 5-ii促进了双歧杆菌科的富集，
可持续农业的微生物组工程
摘要微生物组工程代表了可持续农业的一个有希望的边界，利用植物相关的微生物来增强作物的生长，营养摄取和对环境压力源的韧性。本文探讨了微生物在农业系统中的定义，意义和多样化的应用，并强调了它们在改善土壤健康，促进植物生长以及降低对化学输入的依赖方面的作用。诸如宏基因组学和元文字组学之类的技术被讨论为理解和操纵微生物群落以实现可持续成果的工具。微生物组工程解决全球农业挑战的潜力是巨大的，但是它面临着与微生物社区建立和监管有关的障碍。研究和现场应用中的未来方向将突出显示，以利用微生物组工程的全部农业可持续性潜力。关键字：微生物组工程，可持续农业，植物微生物组，宏基因组学，元文字组学。
在营养，微生物组和技术的界面上
摘要背景：美国和全球与饮食相关或驱动的全球经验疾病的很大一部分。随着围绕用户以用户为中心的设计和微型生物群落的研究，转化科学范围从长凳到床边的运动频谱通过营养改善了人类健康。在这项文献调查中，我们研究了最近的文献研究了营养和微生物组界面上的信息学研究。目的：这项调查的目的是综合最近的文献，描述了在营养的界面和关注消费者观点的微生物组中如何应用技术的技术。方法：使用PubMed数据库进行了对2021年1月1日至2022年10月10日之间发表的文献的调查，并根据包含和排除标准对结果进行了评估。结果：根据包含和排除标准，总共检索了139篇论文和评估。在评估后，深入审查了45篇论文，揭示了四个主要主题：（1）微生物组和饮食，（2）可用性，（3）可重复性和严格性，以及（4）精确医学和精度营养。
Biome-Preserve微生物组收集套件
将来自单个捐赠者的粪便均匀化，在露天环境中添加到含氧气并存储在各种时间点的露天环境中。在存储后，将管子的一个子集冷冻在-80ºC下7天。所有条件均以一式三份设置。新鲜的同质凳子，存放在生物群式装置中的凳子，并存放在生物蛋白蛋白酶装置中的凳子，然后在各种固体琼脂培养基上厌氧培养，以比较物种恢复。收集细菌生长并处理浅基因组shot弹枪测序（平均每个样品读数为400万）。分析了在过滤方案后在物种水平上确定的操作分类单元（OTU）。在收获的细菌材料中相对丰度> 0.01％的物种被认为已成功恢复。
非洲微生物学院（AMI）
AMI雇用了一名计算生物学家，可帮助SU研究人员与微生物组相关的研究协议开发和分析/技术支持和/或与AMI有关的国际研究人员网络的合作者联系。对于这样的服务是最佳的，重要的是要遵守本文档中概述的程序。这将确保遵循最佳实践，并对所有有关方面都是有益的。在寻求计算生物学家的帮助之前先确定以下检查：