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结核分枝杆菌复合物的估算的祖先参考基因组更好地捕获了基于参考的ALI
收到2023年8月31日； 2023年12月7日接受；于2024年1月4日出版了作者分支：1麦吉尔大学医学系，蒙特利尔，魁北克H4A 3J1，加拿大； 2个细菌共生体进化，加拿大魁北克H7V 1B7，Inrs-Centre-Centre Armand-FrappierSantéBiotechnologie； 3宾夕法尼亚州立大学宾夕法尼亚州立大学动物科学系16802-3500； 4 McGill International TB Center，McGill University，蒙特利尔，魁北克H4A 3S5，加拿大。*信件：路加·哈里森（Luke B.基于参考的对齐；参考基因组。缩写：AIC，Akaike的信息标准； ATCC，美国类型文化收藏；床，浏览器可扩展数据； GATK，基因组分析工具包； Hal，分层对齐； IGV，综合基因组观众； MRCA，最终的共同祖先； MTBC，结核分枝杆菌复合物； NCBI，国家生物技术信息中心； NGS，下一代测序； PGAP，原核基因组注释管道； PHAST，具有空间/时间模型的系统发育分析； Rd，差异区域； RVD，[H37] RV-DETEATION; SNP，单核苷酸多态性； SRA，序列阅读档案； TBD1，结核分枝杆菌 - 特异性缺失1。数据语句：文章或通过补充数据文件中提供了所有支持数据，代码和协议。本文的在线版本可以使用五个补充表和三个补充数据。001165©2024作者
霉菌酸对宿主免疫和脂质代谢的影响
摘要：霉菌酸构成结核分枝杆菌细胞壁结构内的关键成分。由于其结构多样性，霉菌酸的组成在不同菌株之间表现出很大的变化，从而赋予了它们是分枝杆菌物种的“特征”特征的独特标签。在结核分枝杆菌中，霉菌酸的主要类别包括α-，酮 - 和甲氧基麦芽酸。虽然这些霉菌酸主要是将结核分枝杆菌的细胞壁成分（例如阿拉伯乳半于阿拉伯分氏菌，藻酸盐或葡萄糖）酯化成的，但在细菌体外生长过程中，自由霉菌酸的一小部分是分泌的。值得注意的是，不同类型的霉菌酸具有不同的能力来诱导泡沫状宏观噬菌体和触发免疫反应。此外，霉菌酸在宿主细胞的脂质代谢中起调节作用，从而对结核病的进展产生影响。conse-霉菌酸的多方面特性塑造了结核分枝杆菌采用的免疫逃避策略。对霉菌酸的全面理解对于追求结核病治疗并揭示其致病机制的复杂性至关重要。
评估支原体支原体的六种主要免疫原性蛋白的保护作用
支原体Synoviae（MS）是全球普遍存在的主要鸟类病原体，可引起鸟类的空气炎和滑膜炎。疫苗接种是控制MS感染中最具成本效益的策略。需要新颖的替代疫苗来消除和控制羊群中的MS感染。dnak，烯醇酶，伸长因子TU（EF-TU），MSPB，NADH氧化酶和LP78是MS的主要免疫原性抗原，是亚基疫苗候选物的有希望的靶标。在本研究中，将编码DNAK，烯醇酶，EF-TU，MSPB，LP78和NADH氧化酶的基因克隆并在大肠杆菌中表达。酶联免疫吸附测定法显示，六种重组蛋白是通过康复血清识别的，表明它们在感染过程中表达。两次注射六种亚基疫苗诱导了稳健的抗体反应，并增加了IFN-γ和IL-4的浓度，尤其是肾酶和Ref-TU。在所有免疫组中，外周血淋巴细胞的增殖都得到了增强。用培养酶，Ref-TU，RLP78和RMSPB免疫的鸡对MS感染进行了明显的保护，这表明在气管中的DNA拷贝明显较低，空气囊病变的得分较低，而气管粘膜的得分较低。尤其是肾化酶提供了最佳的保护功效，其次是参考，RMSPB和RLP78。我们的发现表明，亚基疫苗和细菌只能减少MS感染引起的病变，但不能防止生物体定植。我们的发现可能有助于针对MS感染的新型疫苗剂的开发。
医学真菌培养基
前言是第一版的前言，这些准则反映了渴望促进澳大利亚医学真菌学的一致，高质量的培养基产品，并认识到这组媒体的质量保证和质量控制是一个复杂的问题。澳大利亚微生物学会的培养媒体特别兴趣小组和真菌学特殊兴趣小组已合作制作该文档。内部完成的许多工作都是由真菌学SIG的维多利亚时代分支机构制作的，必须特别感谢Sue Coloe的领导。这一过程开始认识到，在1996年的确保医学微生物培养基质量的指南中，尚未在《真菌学媒体的质量保证和质量控制问题》中提出问题，并留下了本文档旨在填补的差距。最初，制定了2001年对1996年指南的修订草案，目的是将真菌学元素纳入其中。在进一步讨论和咨询得出的结论之后，这被放弃了，一组单独的指南更适合真菌学媒体。不幸的是，由于一系列因素，该单独文档的释放延迟的时间比最初计划或预期的要长。但是，这也允许对文档进行进一步的修改和改进，以便在发布前进行细微调整。本文档特别旨在帮助最终用户定义其接受和测试真菌学媒体的责任。希望它还将协助生产商和评估者实现一种优质的产品，该产品将反映在真菌学实验室的最佳实践程序中，在微生物实验室实践中提供最高标准，并提供最佳的患者结果。Weiland Meyer，Peter Traynor，国家召集人，全国召集人，真菌学特殊兴趣小组，培养媒体特别兴趣小组，澳大利亚微生物学会，Inc。
红薯（番薯）上的菌根接种剂
简介。有效使用菌根接种剂对古巴农业构成了挑战。红薯是一种重要的人类和动物营养作物，是一种具有成功育种计划的菌根作物。目的。确定所有红薯品种是否对接种有反应，以及接种剂的有效性是否因品种和种植季节而异。材料和方法。2010 年至 2012 年期间，在古巴 Villa Clara 的纯土壤中进行了两次实验，每个种植季节一次，重复两次。评估了 17 个品种对三种接种剂的应用反应，其中施肥剂量为一半，以及三种未接种处理，施肥水平分别为氮、磷和钾剂量的 0%、50% 和 100%（100% NPK）。使用裂区设计。根产量、定植频率和菌根孢子产量被评估为响应变量。结果。不同品种对接种和施肥反应良好，产量存在差异。然而，接种 Rhizoglomus irregulare/ INCAM-11 可获得最高产量，超过（p≤0.05）仅使用 50% NPK 剂量的产量。在产量较高的雨季，接种剂之间的差异更为明显，在 13 个和 9 个品种中，使用 INCAM-11 获得的产量分别高于（p≤0.05）使用 Glomus cubense/ INCAM-4 和 100% NPK 获得的产量。在旱季，接种 INCAM-11 或 INCAM-4 或施用 100% NPK 获得的产量之间没有显著差异。在两个季节，接种 Funneliformis mosseae/ INCAM-2 的产量始终较低。接种 INCAM-11 时，定植频率和孢子产量始终较高 (p≤0.05)。结论。在评估的这些土壤条件下，接种 INCAM-11 对所有品种和种植季节均表现出更高的效果，从而获得更高的产量和菌根性能指标。
识别和控制结核分枝杆菌 -
疫苗接种对于控制结核病（TB）至关重要，安全，更有效和可及的疫苗针对结核分枝杆菌（MTB）感染至关重要，以实现最终TB策略中设想的TB控制里程碑。TB疫苗的研发面临许多挑战，包括但不限于对最有用的抗原的不良知识，可以优先考虑作为潜在的候选疫苗，缺乏保护的定义相关性，以及对MTB感染的细胞在Vivo中的解剖学和细胞位置的不完全了解。与国立过敏和感染性疾病研究所（NIAID）合作，将新结核病疫苗（WGNV）的Stop TB TB合作伙伴工作组（NIAID）合作，汇总了TB疫苗R＆D的进度，挑战和机遇。在本报告中，我们总结了会议的关键主题和讨论，强调了结核病疫苗研究的进度和差距。
靶向纳米孔测序技术检测支气管肺泡灌洗液标本中结核分枝杆菌的初步评估
结核病（TB）是由结核分枝杆菌（M.tb）引起的传染病，对人类健康构成重大威胁。根据世界卫生组织（WHO）2021年全球结核病年度报告，中国估计有结核病病例约78万，估计结核病发病率约为每10万人55例，在30个结核病高负担国家中，中国估计结核病发病率位居第三位，低于印度尼西亚和印度。中国结核病病原体阳性率仅为58%（World Health O，2022）。因此，快速、准确的临床诊断方法对提高结核病诊断水平、治疗结核病患者、防止结核病传播至关重要。目前，在结核分枝杆菌（M.tb）的通用检测临床诊断方法中，AFB涂片具有检测方法快捷、简便、费用低廉的优势，但病原体阳性率低，M.tb.结核分枝杆菌培养时间长，无法满足临床快速诊断的要求。基于结核分枝杆菌培养的表型药敏试验（DST）受到生物安全、培养时间长及使用抗结核药物后培养率下降的影响。结核分枝杆菌生长缓慢的特点使得该方法耗时长、且由于培养不良或微生物污染等原因导致结果不确定，不能满足临床快速诊断的要求。快速准确地检测结核分枝杆菌样本和快速诊断耐药结核病是有效控制耐药结核病流行的关键。结核分枝杆菌的耐药表型主要通过多个基因的染色体突变来确认（Gygli et al.，2017）。例如，编码RNA聚合酶b亚基的rpoB基因突变导致的利福平耐药是结核分枝杆菌中最常见的基因突变。Xpert MTB/RIF检测采用半嵌套PCR直接从痰中检测结核分枝杆菌和rpoB基因突变。Xpert MTB/RIF最初于2010年被WHO推荐用于结核病诊断，但对于细菌载量较低的样本，Xpert MTB/RIF的检测结果灵敏度较低。此外，该检测只能检测利福平耐药突变，而不能报告突变类型。随着近年来新一代测序（NGS）的快速发展，WHO推荐使用NGS检测结核分枝杆菌复合群（MTBC）的耐药相关突变，并有针对性地采用高通量测序
选择的β-葡聚糖通过改善人类巨噬细胞中的抗菌群活性来充当免疫训练剂：一项初步研究
在称为受过训练的免疫的过程中，通过β-葡聚糖对先天免疫细胞进行抽象的表观遗传重编程，从而增强了宿主对继发感染的反应。β-葡聚糖是植物，藻类，真菌和细菌的结构成分，因此被人类巨噬细胞识别为非自我。我们从Alcaligenes faecalis中选择了从酿酒酵母分散的β-葡聚糖Curdlan，WGP和efternaria的富含β-葡聚糖培养的上网和β-葡聚糖的培养物和投资是否能够产生训练有素的免疫性效应，从而导致毒物较高的Mycobactium tlyberissis的对照。我们观察到了用curdlan和替代IA训练的巨噬细胞中结核分枝杆菌生长的显着性生长，这也与IL-6和IL-1β释放的增加有关。WGP可分散训练的巨噬细胞分层为“无反应者”和“反应者”，根据他们控制结核分枝杆菌的能力，“反应者”产生较高的IL-6水平。向感染的巨噬细胞培养中添加中性粒细胞进一步增强了对结核分枝杆菌的宏观控制，但在刺激中却没有
使用有针对性的纳米孔测序快速诊断出海洋分枝杆菌感染：病例报告
海藻分枝杆菌（M. Marinum）是一种无结核分枝杆菌（NTM），可以在水生动物和人类中引起感染性疾病。基于培养的病原体检测是诊断NTM感染的金标准。但是，这种方法是耗时的，对于挑剔的生物来说，阳性率低。牛津纳米孔奴才测序是一种新兴的第三代测序技术，可以直接以培养的方式序列DNA或RNA，并提供快速的微生物识别。进一步的好处包括低成本，短时间的时间，读取长度和小设备尺寸。纳米孔测序在评估耐药性，微生物的临床鉴定和监测感染性疾病方面起着至关重要的作用。使用纳米孔测序的一些关于结核分枝杆菌（MTB）的报告已发表，但是，关于NTM的报告很少，例如M. Marinum。在这里，我们报告了使用纳米孔测序诊断纳米孔测序。
将受分枝杆菌感染的参与者排除在...
在2019年冠状病毒疾病（Covid-19）的背景下，已经研究了结核病（TB）疫苗的芽孢杆菌Calmette-guérin（BCG），以防止与矛盾的结果相互矛盾的可能性。目前，已经进行了50多次临床试验，以评估BCG在预防COVID-19中的有效性，但结果显示出很大的差异。仔细检查数据后，发现一些试验已招募了患有活跃的结核病，潜在结核病感染或结核病病史的人。这一发现引起了人们对试验结果的可靠性和有效性的担忧。在这项研究中，我们探讨了将这些参与者纳入临床试验的潜在后果，包括受损的宿主免疫力，免疫疲劳以及通过持续的分枝杆菌感染对COVID-19的BCG疫苗保护效果的潜在掩盖。我们还为将来的临床试验提出了一些建议。我们的研究强调了从临床试验中排除具有活性或潜在结核病的个体的关键，评估BCG在预防COVID-19中的疗效。