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双歧杆菌中CRISPR-Cas9系统的建立...
自2002年报道长双歧杆菌全基因组序列以来，越来越多的双歧杆菌基因组信息被报道，大大提高了人们对其生理、遗传和进化的认识，具有医学和商业意义，双歧杆菌的研究也从最初的形态学走向了分子水平。全基因组研究有利于充分揭示双歧杆菌的生理代谢特征，加速重要功能基因的进一步挖掘，为双歧杆菌的筛选和应用奠定基础。截至2022年，已有98株双歧杆菌菌株完成全基因组测序并提交给美国国家生物技术信息中心（NCBI，National Center for Biotechnology Information）。然而，要利用
服务指南PACBIO REVIO 16S
所有样本中都包含分析，并且提供了RAW HIFI读取数据，以供客户更喜欢进行自己的分析。PACBIO HIFI全长16S数据使用QIIME2和DADA2进行质量过滤，并“将”“变形”到高质量扩增子单个变体（ASV）。ASV分类采用两种方法：针对基因组分类学数据库（GTDB R207）的共识一致性分类（使用VSEARZERCH）高一致性，以及使用三个数据库的基于贝叶斯的基于机器学习的分类（DADA2），使用三个数据库：GTDB R207，SILVA R207，SILVA RRNA DATABASE（v138）由核糖体数据库项目（RDP）补充，以更好地分类低充足的ASV。
SciENcv for NSF 通用表格 当前和待定支持生成 K-State 副总裁办公室研究办公室赞助项目指南
对于 2024 年 5 月 20 日或之后提交或到期的 NSF 提案，必须使用 SciENcv 生成当前和待处理（其他）支持文件和个人简介的通用表格版本。设置帐户并委托访问权限 - 如果您还没有 SciENcv 帐户，则需要按照几个简单的步骤创建一个。 - 按照此视频中的说明创建帐户：https://www.nlm.nih.gov/ncbi/workshops/2023-02_SciENcv/workshop-video.html - 设置帐户的链接：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sciencv/ - 拥有帐户后，请将访问权限委托给与您一起处理提案的所有工作人员（例如，赞助项目办公室 (OSP) 工作人员、部门工作人员、学院工作人员）。 - 有关如何添加代表的说明：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK53595/#mybibliography.Adding_Delegates_in_My_Bi
人类呼吸道合胞病毒 (RSV) 介绍
• Cohen, J. (2020) 为什么数十种疾病会随着季节变化而变化——并且......——科学，Science.org。网址：https://www.science.org/content/article/why-do-dozens-diseases-wax-and-wane-seasons-and-will-covid-19（访问时间：2023 年 9 月 26 日）。（仅限照片） • 关于成人 RSV 疫苗的常见问题 (2023) 美国疾病控制和预防中心。网址：https://www.cdc.gov/vaccines/vpd/rsv/hcp/older-adults-faqs.html（访问时间：2023 年 9 月 26 日）。 • Hanish, J.、Schweitzer, JW 和 Justice, NA (2023) 呼吸道合胞病毒感染 - NCBI 书架，美国国家医学图书馆。网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK459215/（访问时间：2023 年 9 月 25 日）。• 呼吸道合胞病毒 (RSV) (2023) Mayo Clinic。网址：https://www.mayoclinic.org/diseases-conditions/respiratory-syncytial-virus/symptoms-causes/syc-20353098（访问时间：2023 年 9 月 25 日）。
新的转录组组装数据的海洋发光鞭毛鞭毛颗粒
lunula是一种单细胞生物化的恐龙。尽管在许多双重化的进化枝中都可以理解生物新蛋白质和荧光素酶合成的机理和基因，但在恐龙粉中，它仍然未知。我们利用了长时间和简短的读数，在这里介绍了P. Lunula转录组的从头大会。总共获得了9.75亿个过滤的配对读数，并将其组装成155,716个重叠群，该重叠群与功能上有功能上注释的普通成绩单相对应。该数据集对于提高我们对原生物学的理解并可以通过NCBI Bioproject（PRJNA727555）获得有价值。©2021作者。由Elsevier Inc.出版这是CC BY-NC-ND许可证（http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/）下的开放访问文章
sangerflow，一种基于桑格测序的生物信息学管道，用于害虫和病原体识别
为了在此处演示Sangerflow性能，我们使用了两个测试数据集，这些数据集由PCR Sanger测序前进和反向读取。首先，我们使用Geneious 6手动从前序列和反向序列中删除了模棱两可的核苷酸（表5），对它们排列，提取了共识序列，并最终使用Geneeious 6使用Web BlastN 16在NCBI数据库中搜索它们。然后，我们在同一数据集的FASTA文件上运行了Sangerflow管道，该数据集自动为每个示例提供了BLASTN输出（表6）。但是，由于sangerflow的输入和输出文件是FastA格式，因此对修剪序列没有可视化。最后，我们比较了sangerflow衍生的BLASTN输出与手动处理的输出（表7）。结果的比较证明了手动分析和桑格洛之间的一致性（表7）。
北北的核和线粒体基因组测序
2020年3月5日收到； 2020年9月13日接受；于2020年9月25日发布作者分支：1巴斯德研究所，Boinformatics and Biostatistic Hub，28 Rue du Roux Roux Roux Roux，75015法国巴黎； 2 Inserm U1201研究所，分子寄生虫学单元和信号传导，寄生虫和矢量昆虫部，25 Rue du Roux Dr Roux，75015，法国巴黎75015； 3研究实验室，LR 16IPT09，生物信息学，生物护理学和生物统计学，突尼斯的巴斯德研究所，突尼斯El-Manar University，突尼斯突尼斯的Place place El-Manar University，突尼斯，突尼斯； 4法国马赛蒂姆医院的寄生学实验室； 5法国南特的乔·德南特斯（Chu de Nantes）的寄生学和医学真菌学实验室； 6研究实验室，LR 16IPT06，医疗寄生虫，生物技术和生物分子，突尼斯突尼斯的巴斯德研究所，突尼斯El-Manar University，突尼斯突尼斯的Place Plate 13 Place Place。*信函：aida，bouratbine@pasteur。整个基因组测序；线粒体DNA;比较基因组学；内脏利什曼病；突尼斯;重新锑的抗性。缩写：MLMT，多焦微卫星分类； NGS，下一代测序； PCA，主要组件分析； SNV，单核苷酸变化； VL，内脏利什曼病； VRF，变化的读取频率。恢复：测序数据被提交给NCBI Bioproject，并在登录代码下进行简短的阅读档案（SRA）数据库：PRJNA607007，Maxi-and Minicircles可从NCBI GenBank和Http：// http：// http：// http：// http：// http：// tn/tn/tn/tn/tn/tn/tn/pasteur。数据敏锐地：所有支持数据，代码和协议均已提供文章或过度数据文件。本文的在线版本可以使用两个补充表和五个补充数据。000444©2020作者
将环糊精作为人造伴侣来通过超分子
在基于序列的元基因组生物透镜中鉴定出了芽孢杆菌属的水解酶（NCBI登录号：WP_034624255.1）。简要地，我们筛选了海洋宏基因组MARREF数据库，其中1个包含约470万个蛋白质编码序列。通过使用Diamond BlastP查询输入序列，以默认参数（身份百分比> 60％；对准长度> 70; e-e-value <1×10 −5）对215个氨基酸脂肪酶的bacillus pumilus pumilus pumilus（NCBI辅助编号：wp_1066666668777777777777777777777; morecrect da） Point，9.77），一种具有工业潜力的多功能脂肪酶。与来自B. pumilus的脂肪酶相比，总共检索了33个序列（从2,821×10 -105到3.24×10 -12）。证实，分配给芽孢杆菌细菌的一个这样的序列（GenBank登录号，WP_034624255.1）被证实，可以编码预测的全长长度215氨基酸长脂肪酶（E-vorue 2,821×10 -136和92.1％相似的cat catue catue catsy cate cate cate catsy cate catsy cate catsy cate cate cate catemanty） D167，H189），被选为进一步研究的目标。在MARREF数据库中，序列WP_034624255.1起源于从韩国Seongsan-Ri前面的海水海绵中分离出的微生物组（ENA BioSame samn06016472; Ena Bioprodroprodrodryprodeion prjna3555555554555455543535554353555435355543535554353555435355555543555555543535535355353553535553535535355353553535535355353553535535355.一旦确定，编码野生型酶的215个氨基酸序列（GenBank登录号WP_075743487; Molecular Mose，23,102.65 Da;等电点，9.77）用作基因合成的A模板。s1）在与Ni-Nta His-Bind树脂结合后。合成后，获得了215个氨基酸序列，编码分子质量为21,974.60 DA的酶，以及8.0的等电点。生产并纯化了可溶性N末端六位苯二胺（His6） - 使用SDS-PAGE分析> 98％；图。该酶称为LIP MRD9（唇部指脂肪酶； MRD指的是MARREF数据库）。
诊断Xanthomonads感染胡椒和番茄植物的特定遗传标记
摘要，我们通过使用整个基因组序列分析和细菌基因组中的重复区域来改进标记系统，以检查黄褐色质体物种的遗传多样性。具体而言，我们使用PCR扩增了微卫星区域，并用特定的酶消化所得的片段。这些碎片曲线用作分子标记。因此，通过将微卫星和RFLP方法组合以区分黄thomonads物种来开发细菌鉴定的更精确的标记。此外，我们分析了使用渐进式淡紫色比对在NCBI中可用的各种Xanthomonas物种的祖先顺序。数据揭示了Xanthomonas物种的独特共线区域。这些区域也与用作标记的切割基因组片段有关，从而使Xanthomonas物种感染了番茄和胡椒。我们建议这些发现有助于理解黄虫的遗传多样性和快速诊断。
生物学课程大纲
1。描述了当前的分子生物学技术，例如PCR，QPCR，RT-PCR，CRISPR-CAS9基因组编辑，核酸测序，免疫印迹和沉淀，凝胶电泳，植物，细菌和酵母的转化，克隆，克隆，限制性挖掘，结扎，结合。2。解释了分子生物学技术的应用背后的理论3。应用基于Web的和其他生物信息学工具来分析DNA和蛋白质序列（即ncbi爆炸）4。设计用于退火/杂交的寡核苷酸5。对初级科学文献进行批判性评论6。演示了如何安全执行实验室实验7。在实验室中探讨的实验室技术的实践能力和理论知识8。生产实验室报告，这些报告清楚地总结了实验室中收集的数据，并包括对发现的批判性分析9。展示解决问题的团队合作技能10。评估生物技术工具的应用如何帮助解决当前的全球