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dendrobium moschatum（银行）SW的DNA条形码。标本
自然界分布稀疏的树突属是最大的兰花科之一。DNA条形码可能是快速，准确鉴定树突物种的最佳选择。本研究的目的是使用DNA条形码技术来描述树突物种。在这里，我们使用了dendrobium sp的标本。从Makawanpur的Brindaban植物园（540 m ASL）收集为测试对象。我们从标本中放大并测序了三个叶绿体基因座，RBCL（Rorose-1,5-双磷酸羧化酶），MATK（成熟酶K）和PSBA-TRNH（基因间间隔）。我们从NCBI中检索了十二个质体序列，代表了六种树枝状物种（D. Candidum，D。Crepidatum，D。Chrysanthum，D。Denneanum，D。Fimbriatum和D. Moschatum）在尼泊尔报道。同样，还检索了一个质子质体的质体胶质体，以用作组外。从每个登录中提取RBCL，MATK和PSBA-TRNH的各个对齐序列。使用Mega X的最大似然方法进行进化分析。结果表明，与用单个基因座序列生成的序列相比，与所有三个基因座（RBCL，MATK和PSBA-TRNH）的组合序列产生的进化树更好。但是，需要其他标记才能提高准确性。
用...
本研究提出了一个利用检索增强产生（RAG）来增强大肠杆菌（E.COLI）基因组学中复杂生物信息学数据的解释和分析的框架。通过整合包括成对对准的生物信息学工具，NCBI注释，多序列对准（MSA）与大语言模型（LLM）（例如GPT O3-MINI），GEMINI 2.0 Advanced Flash Thinky Thinking Thinking Thinking Trusive trining实验模型以及Grok 3，我们的方法将实时数据的试验与动态数据的自然语言生成结合。这种集成使原始计算输出转换为连贯且可访问的叙述，从而有助于对基因组组织和基因功能的更深入了解。通过检索特定于域的知识来增强llm功能的RAG框架，然后将其用于完善和上下文化生成的见解。通过自定义提示工程，我们的系统合成了不同的数据集，以突出多个大肠杆菌菌株的基因组变异，保守同义和注释一致性的关键方面。通常，我们的工作表明，将抹布与传统的生物信息学方法整合在一起，为在微生物研究中为更有效，更准确的基因组分析铺平了强大，可扩展的解决方案，以将复杂的基因组数据集转化为具有动作能力的生物学见解。
小米和小小米基因组序列在加强子孙后代粮食和营养安全中的作用
摘要：小米是禾本科的一种小粒谷物。它们被认为是气候适应性强、未来人类营养丰富的谷物。与其他主要谷物相比，小米对生物和非生物胁迫具有抗性，在低质量、维护较少、降雨较少的土壤中生长良好。由于小米在亚洲和非洲半干旱热带地区不太流行和不常种植，许多人仍然不太了解小米的重要性。联合国已宣布 2023 年为国际小米年 (IYM 2023)，以促进小米种植并在全球范围内推广其健康益处。几年前，由于缺乏基因组序列，分子生物学在小米中的应用还处于起步阶段。大多数小米的基因组序列都可以在 NCBI 和 Phytozome 数据库中找到。在这篇综述中，我们讨论了小米基因组序列的细节，以及从小米原生基因组中识别出的候选基因。本文还讨论了小米数量性状基因座和全基因组关联研究的现状。利用小米基因组序列进行功能基因组学研究并将信息转化为作物改良将有助于小米和非小米谷物在未来的恶劣环境中生存。这些努力将有助于加强粮食安全并减少 2050 年全球营养不良。
非洲弯曲杆菌
弯曲杆菌感染和与弯曲杆菌相关后感染后的后遗症是一种重要的全球健康负担，需要从特定的非洲观点来解决。我们对NCBI PubMed进行了全面的文献搜索，以汇编有关非洲弯曲杆菌感染的全面叙事评论文章，重点关注人类和兽医医学的关键方面以及食品卫生。我们特别关注肠病弯曲杆菌属的流行病学。在撒哈拉以南和北非考虑抗菌敏感性。由分子模仿到弯曲杆菌表面结构产生的最显着的后遗症是Guillain-Barré综合征，主要在非洲人群进行的有限研究的背景下进行了检查。专门的小节分配给了对兽医学重要物种弯曲杆菌胎儿的有限研究。肠道微生物组的组成存在显着差异，尤其是在农村地区，这会影响弯曲杆菌属的定殖。和弯曲杆菌病的表现。由于无症状的定植可能存在过度诊断的问题，特别是在使用分子生物学技术检测弯曲杆菌时。为了降低弯曲杆菌的定殖和感染率，我们提出实施多种控制措施，并敦促进一步的研究以提高对非洲弯曲杆菌病的特殊性的当前理解。
鱼类病原体 Edwardsiella ictaluri 93-146 和 Edwardsiella piscicida C07-087 的比较基因组学
收到日期：2018 年 10 月 7 日；接受日期：2019 年 12 月 9 日；发布日期：2020 年 2 月 14 日 作者隶属关系：1 美国密西西比州密西西比州立大学兽医学院；2 德国黑森州吉森 35392 尤斯图斯-李比希大学生物信息学和系统生物学；3 美国阿肯色州杰斐逊市国家毒理学研究中心/FDA 微生物学部。 *通讯作者：马克·L·劳伦斯，lawrence@cvm.msstate.edu 关键词：Edwardsiella ictaluri；Edwardsiella piscicida；比较基因组学；IV 型分泌系统；直系同源性；移动组学。缩写：ANI，平均核苷酸同一性；NCBI，国家生物技术信息中心；SRV，得分比值；T1SS，I 型分泌系统； T2SS，II 型分泌系统；T3SS，III 型分泌系统；T4SS，IV 型分泌系统；T5SS，V 型分泌系统；T6SS，VI 型分泌系统。数据声明：所有支持数据、代码和协议均已在文章中或通过补充数据文件提供。补充材料可在本文的在线版本中找到：https://doi.org/10.6084/m9.figshare.8956550.v1 . 000322 © 2020 作者
对CMC纤维素酶活性的不同染色技术的比较研究
本实验是在纳瓦萨里农业大学农业学院植物病理学系进行的。所有分离株通过不同的染色染料和细菌分离株CD35均赋予菌落周围的透明区域均显示出所有染料中最高的纤维素分解指数。接下来，革兰氏碘（3.34）的CD35的纤维素分解指数在Coomassie Brillial Blue（2.96），Safranin（2.55）和刚果红（2.15）下接下来是最高的。显着地，接种后24小时记录了CD35（0.169 U ML -1）的较高的纤维素酶活性，随后是CD17（0.124 U ML -1），CD19（0.101 U ML -1）和CD11（0.081 U ML -1）（0.081 U ML -1），而在CD222222222222222222222221）。最大纤维素酶活性，接种后最大96小时。CD35在72小时时给出了显着最大的纤维素酶活性（0.822 U mL -1）。为了使纤维素酶活性为CD17（0.477 U ML -1），与CD19（0.471 U ML -1）相当，然后是CD11（0.292 U ML -1），而CD22中的最低（0.199 U ML -1）。通过形态学，生化和分子方法将纤维素分解细菌CD35鉴定为枯草芽孢杆菌，并提交给具有MW715021的NCBI GenBank数据库。
如何引用这篇文章：Badakhshan Y，Roudbari Z，Barazandeh A.肉鸡心肌单胺能受体对慢性热
抽象的慢性热应激会影响众多的生理和行为机制。延长循环热应激后的表观遗传变化，为分子生物学研究创造了新的机会。这些变化之一涉及单胺，例如5-羟色胺，肾上腺素，去甲肾上腺素，多巴胺及其传播。肉鸡高度容易受到热应激，其心脏在生长阶段变得不足，导致左心肥大。RNA-SEQ数据是从登录号SRP082125的NCBI获得的。 用DESEQ2包装确定基因的表达水平。 基因本体学资格，包括生物学过程，细胞成分和分子角色（MF），是从基因本体论资源中进行的。 肉鸡中的循环热应激显着改变了单胺受体的表达。 单胺途径的29个基因改变了它们在左心中的表达。 表达的显着下调在统计上与ADRB1，HTR2A和PNMT基因以及MAOA基因的上调相关（P <0.01）。 字符串数据库用于构建蛋白质 - 蛋白质相互作用网络；基于网络分析，将HTR2C，HTR2A和HTR5A基因鉴定为网络中的主要淋巴结基因，其次是MAOA，DRD2，DRD5，HTR1B，DRD1，DRD1，DRD3和HTR2B基因，在网络模块中占据了第二重要位置。 总而言之，热应激治疗预防心脏肥大并改变了单胺基因的表达。 关键字：肉鸡，基因表达，心脏，热应激，肥大，单胺RNA-SEQ数据是从登录号SRP082125的NCBI获得的。用DESEQ2包装确定基因的表达水平。基因本体学资格，包括生物学过程，细胞成分和分子角色（MF），是从基因本体论资源中进行的。循环热应激显着改变了单胺受体的表达。单胺途径的29个基因改变了它们在左心中的表达。表达的显着下调在统计上与ADRB1，HTR2A和PNMT基因以及MAOA基因的上调相关（P <0.01）。字符串数据库用于构建蛋白质 - 蛋白质相互作用网络；基于网络分析，将HTR2C，HTR2A和HTR5A基因鉴定为网络中的主要淋巴结基因，其次是MAOA，DRD2，DRD5，HTR1B，DRD1，DRD1，DRD3和HTR2B基因，在网络模块中占据了第二重要位置。总而言之，热应激治疗预防心脏肥大并改变了单胺基因的表达。关键字：肉鸡，基因表达，心脏，热应激，肥大，单胺这意味着单胺传播在心脏肥大的发展中起着重要作用，并且环状智热处理调节心脏单胺能系统。这些分子生物标志物可能有助于筛查，诊断和心脏肥大的治疗。
phi29 样 Microbacterium foliorum podovirus 噬菌体的完整基因组序列 PineapplePizza
使用氯化锌沉淀法（7）从高滴度裂解物中提取 DNA，使用 NEBNext Ultra II 试剂盒（New England Biolabs，马萨诸塞州伊普斯威奇）制备用于测序，并使用匹兹堡噬菌体研究所（宾夕法尼亚州匹兹堡）的 Illumina MiSeq 仪器（v3 试剂）进行测序。对总共 1,056,847 个单端 150 bp 读数进行 9,214 倍覆盖度的测序。分别使用 Newbler v2.9 和 Consed v29.0 进行组装和质量控制检查（8, 9）。PineapplePizza 的基因组有 16,662 个碱基对，G + C 含量为 53.6%。没有测序读数超出基因组末端，基因组末端的 101 bp 反向重复与共价结合的末端蛋白一致，如 phi29（10）。使用 NCBI BLASTn (11) 进行全基因组比对，结果显示与其他 Microbacterium 噬菌体无显著的核苷酸序列相似性，PineapplePizza 被归类为单一基因。使用 Glimmer v3.02 (12) 和 GeneMark v2.5 (13) 自动注释 PineapplePizza 的基因组，然后使用 Phamerator (14)、DNA Master v5.23.6 ( http://phagesdb.org/DNAMaster/ )、PECAAN、BLAST (11) 和 HHPred (15) 手动细化。Aragorn v1.2.38 (16) 或 tRNAscan-SE v2.0 (17) 未鉴定出 tRNA 基因。所有分析均使用默认设置进行。
SALSA® 参考选择和分类 DNA SD084-S02
131 参考 00797-L25925 A1 2 136 参考 18457-L23634 A1 2 143 SMN1 / 内含子 7 S0938-L26163 A1 nag27134T>G 148 SMN1 / 外显子 8 S0961-L25586 A1 nag27706-27707delAT 154 SMN1 / 外显子 8 S0960-L25957 A1 2 163 参考 02291-L17086 A1 2 172 参考 02978-L17087 A1 2 183 SMN1 / 外显子 7 14919-L17081 A1 2 191 参考 00559-L17088 A1 2 200 参考 00976-L17298 A1 2 208 参考 12490-L17096 A1 2 228 参考 14498-L17101 A1 2 237 参考 02334-L17301 A1 2 245 参考 14293-L17100 A1 2 255 参考 13128-L17099 A1 2 264 参考 07630-L17091 A1 2 272 参考 14361-L17098 A1 2 282 SMN2 / 外显子 7 14921-L17083 A1 2 292 参考 18491-L23716 A1 2 301 参考 12783-L13918 A1 2 311 参考 06425-L17092 A1 2 321 参考 01042-L17093 A1 2 331 参考 01043-L17094 A1 2 注意：此处使用的突变命名法可能与文献不同！此 SD084-S02 参考选择和分箱 DNA 产品说明中使用的外显子编号是传统的外显子编号（外显子 1、2a、2b 和 3-8）。此外显子编号与 SMN1 和 SMN2 的 NCBI 参考序列不同。有关所用外显子编号和基因转录本的更多信息，请查阅相应的探针混合物产品说明。
发现新型Merbecovirus DNA克隆污染农业水稻测序数据集
HKU4相关的冠状病毒属于与中东呼吸道综合征冠状病毒（MERS-COV）的同一Merbecovirus子属，该疾病导致死亡率超过30％的人类的严重呼吸道疾病。与HKU4相关的冠状病毒和MERS-COV之间的高遗传相似性使它们成为建模潜在的人畜共患溢出场景的有吸引力的研究主题。在这项研究中，我们确定了一种新型的冠状病毒污染农业水稻RNA测序数据集。2020年初，惠宗农业大学将数据集存放在NCBI中。我们能够组装出新型HKU4相关Merbecovirus的完整病毒基因组。组装的基因组为98.38％，与最接近已知的完整基因组序列tylonycteris pachypus bat bat孤立BTTP-GX2012相同。在使用计算机建模中，我们表明，新型HKU4相关的冠状病毒尖峰蛋白可能与MERS-COV使用的受体（DPP4）结合。我们进一步表明，新型HKU4相关的冠状病毒基因组已插入与先前发表的冠状病毒感染性克隆一致的形式中的细菌人造染色体。此外，我们发现了MERS-COV参考菌株的尖峰基因的几乎完整的读取覆盖率，并确定数据集中可能存在HKU4相关的嵌合体。