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摘要 研究亮点 项目 出版物
Anuradha 博士于 2011 年以 DBT JRF/SRF 奖学金获得泰米尔纳德邦农业大学哥印拜陀分校生物技术博士学位，并于 2005 年以 JNU 奖学金获得泰米尔纳德邦农业大学生物技术硕士学位。博士研究期间的专业领域包括木薯再生和遗传转化协议的标准化。她还从泰米尔纳德邦的不同地区克隆和鉴定了印度和斯里兰卡木薯花叶病毒的复制酶基因，并将这些基因提交到 NCBI 核苷酸数据库中。博士研究期间的主要重点是通过 RNA 干扰获得木薯植物的病毒抗性。她构建了专门针对印度和斯里兰卡木薯花叶病毒复制酶基因的 RNAi 载体，并生成了抗木薯花叶病毒的假定转基因木薯系。加入 KAU 之前，她曾在纳格浦尔中央柑橘研究所担任农业研究科学家。在此期间，她通过 RAPD 标记和柑橘根茎抗病差异基因表达研究，从事柑橘种质鉴定工作。目前的研究兴趣领域是植物基因组编辑以改善性状、植物表观遗传基因调控以及基因克隆和表达。
使用CRISPR系统在外周血单核细胞中使用CFTR基因的ΔF508突变囊性纤维化的遗传修饰
文章类型：原始文章目标：囊性纤维化（CF）是一种遗传常染色体隐性疾病，是由囊性纤维化跨膜电导调节剂（CFTR）基因突变引起的。本研究旨在研究外周血单核细胞（PBMC）中CRISPR使用CRISPR对CFTR基因进行CF的遗传修饰。材料和方法：设计了两个单个引导RNA，以靶向CFTR基因中的序列。通过使用荧光显微镜评估绿色荧光蛋白（GFP）表达，检查了PBMC细胞的转染效率。此外，测试了SGRNA-CAS9质粒以靶向CFTR基因。通过PCR和Sanger测序方法评估并确认ΔF508基因修饰。结果：我们的结果表明使用CRISPR/CAS9系统靶向位点特异性基因的可行性。在突变基因座中使用CRISPR校正了33％的样品，并通过NCBI数据库的序列BLAST和手臂基因座外的底漆确认。crispr/cas9方法代表了修复PBMC细胞中CFTR基因突变的有效工具。结论：因此，CRISPR系统可以高效且具有特定的特异性，并为细胞和模型动物的基因工程提供了强大的方法。通常，提出的方法对人类疾病的治疗开辟了新的见解。
引用：Jang A, Song CE。物联网平台技术在本科护理学生教育中的应用：范围审查协议。BMJ Open
摘要 引言 未来的护理教育需要构建一个基于尖端技术的教育环境，以提供各种面向消费者的教育。因此，需要考虑护理教育中的信息共享，特别是考虑到物联网 (IoT) 技术的进步。在开发横向平台之前，了解以前开发的物联网平台对于在不同服务领域建立相互兼容的服务和设备是必要的。本范围界定审查旨在探索用于本科护理课程护理学生教育的物联网平台技术。 方法与分析 完成初步搜索以找到初始搜索词，并在此基础上制定了全搜索策略。对 PubMed (NCBI) 的搜索结果进行筛选，以确保文章经过同行评审、于 1999 年 1 月至 2021 年 8 月以英文发表，并且与在教育机构为本科护理课程的学生开发、应用和评估物联网平台相关。将对相关文章进行全文审查，并使用开发的提取工具提取数据。提取的定性数据将使用改进的扎根理论方法进行分析，从而为物联网平台和相关术语提供实际定义。 伦理与传播 本研究已获得韩国南部大学机构审查委员会的伦理审查豁免。 研究结果将通过同行评审期刊进行传播。
BDNUB对于维持肠道免疫和微生物组稳态至关重要。
简单的摘要：昆虫的先天免疫系统可以识别出侵入昆虫并产生快速免疫反应的各种病原体。然而，过度的免疫激活对昆虫的存活有害。OCT/POU家族的NUB基因在调节肠道IMD途径中起着重要作用。在这项研究中，采用了重要的园艺害虫，bactrocera boctrocera boctolocera boctrocera tosalis在复杂的栖息地中研究了其高适应能力。通过NCBI数据库分析，我们发现背链球菌的BDNUB基因产生了两种转录同工型BDNUBX1和BDNUBX2。在带有系统感染的革兰氏阴性细菌大肠杆菌后，IMD信号通路的免疫原子基因，抗微生物肽diptcin（dpt），cecropin（Cec），attcina（attcina），attcina（atta），attcinb（attb）和attcinc（attb）和attcinc（attcinc）（attcinc（ATTB）（attcinc）（attcinc（ATTC））在用革兰氏阴性细菌rettgeri肠道感染后6小时和9小时，在6小时和9小时内，抗菌肽基因DPT，CEC，ATTB和ATTC的表达水平显着上调。rNAi表明，BDNUBX1和BDNUBX2基因的沉默可以使肠道对肠道的感染更加敏感，显着降低生存率，并导致肠道微生物群结构的变化。这些结果表明，维持免疫平衡在反背主的高侵入性中起着重要作用。
抗肿瘤坏死因子新型候选药物……
抗肿瘤坏死因子 (TNF) 等生物制剂治疗克罗恩病 (CD) 安全有效，但患者中原发性和继发性无反应率很高。在本研究中，我们应用计算方法通过计算机模拟发现抗 TNF 难治性 CD 的新型药物疗法。我们使用来自 NCBI GEO 的抗 TNF 难治性 CD 患者的转录组数据集 (GSE100833)。共表达分析后，我们基于蛋白质-蛋白质相互作用数据库 STRING 专门研究了簇中基因间蛋白质-蛋白质相互作用的程度。使用基于 KEGG 基因集的 clEnrich 函数进行通路分析。簇 1、2、3、4 中的共表达基因、上调或下调基因以及所有差异表达基因都高度相关。其中，趋化因子信号传导高度富集的簇 1 也显示出细胞因子-细胞因子受体相互作用的富集，并确定了几种已知对 CD 有效的药物，包括环孢菌素。还确定了伏立诺他、组蛋白去乙酰化酶抑制剂和已知对 NF-κB 活性有抑制作用的荜茇酰胺。一些生物碱也被选为潜在的治疗药物。这些发现表明它们可能成为抗 TNF 难治性 CD 的新型治疗选择，并支持使用公共分子数据和计算方法来发现 CD 的新型治疗选择。
生物信息学分析L-天冬酰胺酶结构（枯草芽孢杆菌），中嗜（Kibdelosporangium）和嗜热（Thermoco
抽象背景：L-天冬酰胺酶在治疗急性淋巴细胞白血病（ALL）方面用作抗癌药。此外，它在医学，食品和制药行业中广泛应用。方法：源自枯草芽孢杆菌的L-天冬酰胺酶的核苷酸和氨基酸序列最佳7613，kibdelosporangium sp。MJ126-NF4和kodakarensis kod1是从GenBank和NCBI数据库中获得的。使用Clustalw 1.83进行了浮雕水的成对序列比对。使用瑞士模型软件进行了研究的不同L-天冬酰胺酶分子的二级和三级蛋白质结构的预测。此外，使用Prosite软件分析了源自三种细菌的L-天冬酰胺酶的蛋白质结构域。使用蛋白质PI计算器（http：// isoelectric.ovh.org/）预测理论等电点（PI），分子量和氨基酸组成。结果：尽管三种细菌菌株中L-天冬酰胺酶的结构差异，但其功能特征没有差异，包括分子量，PI和功能域。结论：分析结构差异并找到功能相似性可用于设计具有较高稳定性和生物半衰期的药物。我们的分析表明，具有不同结构的蛋白质可能具有相似的功能特征，这证明了密码子使用假设。关键字：天冬酰胺酶，淋巴细胞白血病，生物信息学
链球菌突变体调节细菌 - 真菌相互作用中白色念珠菌的泛素修饰
植物病毒对全球农业构成了重大威胁，并需要有效的工具才能及时检测。我们提出了AutoPvprimer，这是一种创新的管道，该管道整合人工智能（AI）和机器学习以加速植物病毒引物的发展。管道使用Biopython从NCBI数据库自动检索不同的基因组序列，以增加后续引物设计的鲁棒性。design_-primers_with_tuning模块使用随机森林分类器，可优化参数并为不同的实验条件提供灵活性。质量控制措施，包括评估Poly-X含量和熔化温度，提高了引物的可靠性。AUTOPVPRIMER独有的是Visualize_primer_dimer模块，它支持引物二聚体的可视化评估，这是其他工具中缺少的功能。引物特异性通过引物爆炸验证，这有助于管道的整体效率。AutoPvprimer已成功地应用于番茄镶嵌病毒，证明其适应性和效率。模块化设计允许用户自定义，并将适用性扩展到不同的植物病毒和实验场景。管道代表了引物设计的重大进展，并为研究人员提供了加速分子生物学实验的有效工具。未来的发展旨在扩展兼容性并纳入用户反馈，以巩固AutoPvprimer，作为对生物信息学工具箱的创新贡献，也是提高植物病毒学研究的有希望的资源。
以基质金属蛋白酶-9蛋白为靶点的多表位肽通用癌症疫苗的免疫信息学设计
背景：尽管多年来对癌症诊断和治疗进行了广泛的研究，但癌症仍然是一个主要的公共卫生危害，这主要是由于癌症复杂的病理生理学和基因组成。治疗癌症的一种新方法是使用癌症疫苗，但癌症的不同分子基础降低了这种方法的有效性。在这项工作中，我们旨在使用基质金属蛋白酶 9 蛋白 (MMP9) 作为通用癌症疫苗设计的靶点，它是所有类型癌症存活和转移的必需分子。方法：从 NCBI 数据库获取基质金属蛋白酶 9 蛋白的参考序列以及相关序列，然后使用 BioEdit 检查其是否保守，此外，使用 IEDB 网站分析 B 细胞和 T 细胞相关肽。然后使用 chimera 软件可视化最佳候选肽。结果：发现三种肽是与 B 细胞（SLPE、RLYT 和 PALPR）相互作用的良好候选者，而十种肽是与 MHC1 相互作用的良好靶标（YRYGYTRVA、YGYTRVAEM、YLYRYGYTR、WRFDVKAQM、ALWSAVTPL、LLLQKQLSL、LIADKWPAL、KLFGFCPTR、MYPMYRFTE、FLIADKWPA），全球综合覆盖率为 94.77%。此外，还发现 10 个肽段是与 MHC2 相互作用的良好候选肽段（KMLLFSGRRLWRFDV、GRGKMLLFSGRRLWR、RGKMLLFSGRRLWRF、GKMLLFSGRRLWRFD、TFTRVYSRDADIVIQ、AVIDDAFARAFALWS、FARAFALWSAVTPLT、MLLFSGRRLWRFDVK、GNQLYLFKDGKYWRF、NQLYLFKDGKYWRFS），全球综合覆盖率为 90.67%。结论：23
在注释中使用mRNA和EST证据
识别潜在有趣的基因或类似基因的特征的一种方法是使用cDNA数据库。CDNA对于基因鉴定很有用，因为它们是由mRNA制成的，并反映了基因组的表达区域。为了在时间和财务上进行大规模的cDNA测序，随机采用cDNA克隆，并测序cDNA的一端或两端。每个cDNA克隆仅在一个通过中进行测序，就像单个基因组读数一样。这些序列通常称为表达的序列标签（ESTS）。因此，EST是低质量的核酸序列，所有与单读相同的问题。大多数EST仅代表cDNA的一部分（一端或另一端）。但是，它们可以用作构建更完全注释的mRNA的构建块，例如RefSeq mRNA数据库中发现的一些序列。除了相对较低的EST读取质量（大约2％的误差）外，EST还具有其他局限性。通常，归一化程序用于允许对稀有的转录本进行采样。但是，仍然存在偶然的可能性，可能完全因为它们的表现较低或不在给定的库中而完全丢失了稀有的成绩单。转录本也可能遗漏，因为它们未在用于构建各种cDNA文库的组织，细胞类型或发育阶段表达。（有关更多信息，请参见NCBI手册。）在本练习中，我们将使用mRNA和EST序列指导和验证我们的注释工作。
使用微生物
摘要生产天然生物食品的生物技术途径比合成创建的产品更优选。这样的途径是生物转化，它需要使用用作生物催化剂的微生物将一种物质转化为另一种物质。绿色化学中的一个关键过程是生物转化，这导致了许多有价值的化学物质的生物产生。由于其独特的香气，香草素是世界上使用最广泛的口味之一。它用于冰淇淋，蛋糕，饼干，巧克力和化妆品。与化学合成的香草蛋白相比，生物产生的香草蛋白很少或没有自由基，这就是为什么它对人类的负面影响很小或没有负面影响。生物学前体，例如丁香酚和异烯醇以及阿魏酸，可用于香草蛋白的生产中。从土壤中分离出纯细菌培养物（分离株编码为DSH1001至DSH1004），并通过各种生化反应鉴定为革兰氏阴性棒。通过16S核糖体测序带有登录号OR140859鉴定的微生物可以将异烯醇转换为香草素。还研究了其生物转化的同烯醇的能力。使用HPLC，在37°C，pH 7.2，搅拌速率150 rpm的温度下进行最终筛选所选细菌分离株，初始isoeugenol浓度为0.01％。食品行业可以通过生物学手段从香草素的商业生产中获利。关键字：Aeromonas Veronii，生物转化，HPLC，Isoeugenol，登录号OR140859，Vanillin，NCBI。