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yds-ternoplex：超过分子胶介导的三元复合物预测的Alphafold 3型模型
分子胶代表了一种创新的药物类别，可实现以前不可能的蛋白质蛋白质相互作用，但是它们的理性设计仍然具有挑战性，这一问题准确的三元复合物建模可以显着解决。在这里，我们提出了YDS-Ternoplex，这是一种新型的计算方法，可以通过在推断过程中纳入增强的采样电感偏置来准确预测分子胶水介导的三元复合物结构，从而增强AlphaFold 3型模型。我们在五种不同的测试用例中展示了YDS-andOplex的功能，包括基于E3连接酶的系统（VHL：CDO1和CRBN复合物，具有MTOR-FRB，NEK7和VAV1-SH3C）和非E3连接酶复合物（FKBP12：MTOR-FRB）。与实验结构相比，该模型的RMSD值低至1.303Å，可实现出色的准确性，并成功预测了训练数据中不存在的新型蛋白质蛋白接口。值得注意的是，在FKBP12：MTOR-FRB情况下，YDS-Ternoplex正确预测了一种新颖的接口配置，而不是默认为训练数据中存在的已知相互作用，表明了强大的概括能力。我们的结果表明，通过电感偏差对推理过程的战略增强可以显着提高三元复合物预测的准确性，从而有可能加速以前不可用靶标的分子胶治疗剂的发展。