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对转录因子剂量逐渐调制的非线性转录响应
与常见特征和疾病相关的基因组基因座通常是非编码的，并且可能影响基因表达，有时与目标基因中罕见的功能丧失变体相吻合。但是，我们对基因剂量逐渐变化如何影响分子，细胞和生物性状的理解是有限的。为了解决这一差距，我们使用CRISPR激活和失活引起了四个基因的基因表达的逐渐变化。使用靶向的单细胞多模式测序检查了三个与血细胞性状（GFI1B，NFE2和MYB）相关的三个主反式调节剂（GFI1B，NFE2和MYB）剂量调节的下游转录后果。我们表明，在TSS周围铺平的指导是调节各种倍数变化范围内CIS基因表达的最有效方法，其染色质可及性和组蛋白标记的进一步影响在抑制和激活系统之间有所不同。我们的单细胞数据使我们能够精确地检测到数十个反式基因的细微基因表达变化，这表明这三个TF的剂量变化的许多反应是非线性的，包括非单调的行为，即使在限制了主调节器对副本数量或损失的折叠时，也是非单调的。我们发现剂量特性与基因约束有关，其中一些非线性反应富含疾病和GWAS基因。总体而言，我们的研究提供了一种直接且可扩展的方法，可以精确调节基因表达并在高分辨率下对其下游后果进行见解。
广谱冠状病毒抗病毒药物和可用药宿主靶点
摘要 已获许可药物组成的药物库代表了调节人类生理过程的大量分子，为发现针对宿主的抗病毒药物提供了独特的机会。我们筛选了包含约 12,000 个分子的 Repurposing、Focused Rescue 和 Accelerated Medchem (ReFRAME) 药物库，以寻找广谱冠状病毒抗病毒药物，并发现了 134 种抑制 α 冠状病毒的化合物，并映射到 58 个分子靶标类别。主要靶标包括 5-羟色胺受体、多巴胺受体和细胞周期蛋白依赖性激酶。敲除这些药物的宿主靶标，包括组织蛋白酶 B 和 L（CTSB/L；VBY-825）、芳烃受体（AHR；Phortress）、法呢基二磷酸法呢基转移酶 1（FDFT1；P-3622）和 kelch 样 ECH 相关蛋白 1（KEAP1；Omaveloxolone），显著调节了 HCoV-229E 感染，证明这些化合物通过作用于各自的宿主靶标来抑制病毒。对所有 134 种主要化合物候选物与 SARS-CoV-2 进行反向筛选，并在原代细胞中进行验证，确定了 Phortress（一种 AHR 激活配体）、P-3622 靶向 FDFT1 和 Omaveloxolone（一种通过将 NFE2 样 bZIP 转录因子 2 (NFE2L2) 从其内源性抑制剂 KEAP1 中释放出来而激活 NFE2 样 bZIP 转录因子 2 (NFE2L2)）作为 Alpha 和 Betacor 病毒的抗病毒候选物。本研究概述了 HCoV-229E 重新利用候选物，并揭示了被各种冠状病毒劫持的新型潜在可用药病毒宿主依赖因子。
频谱冠状病毒抗病毒药和可药物宿主目标
由许可药物组成的摘要图书馆代表了调节人类生理过程的大量分子曲目，为发现宿主靶向抗病人提供了独特的机会。我们筛选了重新利用，集中救援和加速的Medchem（倒置），以大约12,000个分子重新使用库，用于宽光谱冠状病毒抗病毒药，发现了134种化合物，抑制了αOronavirus并映射到58个分子靶标。主要的靶标包括5-羟基氨基胺受体，多巴胺受体和细胞周期蛋白依赖性激酶。Gene knock-out of the drugs' host targets including cathepsin B and L (CTSB/L; VBY-825), the aryl hydrocarbon receptor (AHR; Phortress), the farnesyl-diphosphate farnesyltransferase 1 (FDFT1; P-3622), and the kelch-like ECH-associated protein 1 (KEAP1; Omaveloxolone), significantly调节HCOV-229E感染，提供了证据表明这些化合物通过对各自的宿主靶标的作用抑制了病毒。对所有134个主要的化合物进行SARS-COV-2和验证的对识别的原始细胞的验证，AHR激活配体，P-3622靶向FDFT1和OmavelOxolone，以及Omaveloxolone，该a和Omaveloxolone激活NFE2样的BZIP转录因子2（nFe2L2），该nfe 2（nFe2L2）的kap kap and and and and and and and and and and and and them keap kap keap，kap and and and and and and and and the trib kap， alpha-和betacor onavirus。 这项研究提供了HCOV-229E重新利用候选者的概述，并揭示了被不同冠状病毒劫持的新型潜在可吸毒的病毒宿主依赖性因素。对识别的原始细胞的验证，AHR激活配体，P-3622靶向FDFT1和OmavelOxolone，以及Omaveloxolone，该a和Omaveloxolone激活NFE2样的BZIP转录因子2（nFe2L2），该nfe 2（nFe2L2）的kap kap and and and and and and and and and and and and them keap kap keap，kap and and and and and and and and the trib kap， alpha-和betacor onavirus。这项研究提供了HCOV-229E重新利用候选者的概述，并揭示了被不同冠状病毒劫持的新型潜在可吸毒的病毒宿主依赖性因素。
aire依靠z-DNA来标记基因靶标的胸腺T细胞耐受
aire是一种非常规的转录因子，可增强髓质胸腺上皮细胞中数千个基因的表达，并促进自反应性T细胞的克隆缺失或表型转移1-4。AIRE目标特异性的生物学逻辑仍然在很大程度上不清楚，因为与许多转录因子相比，它与特定的DNA序列基序没有结合。在这里，我们实施了两种正交方法来研究AIRE的顺式调节机制：通过分析F1杂交小鼠5，构建卷积神经网络并利用自然遗传变异5。两种方法都提名为Z-DNA和NFE2-MAF，作为对AIRE目标选择的推定积极影响。全基因组映射研究表明，Z-DNA形成和NFE2L2结合图案与基因启动子产生DNA双链断裂的固有能力呈正相关，并且表现出强大的双链破裂产生的启动子可能更有可能与可及的镀铬蛋白和已经具有成熟的Machinery的稳固状态有关。因此，AIRE优先用固定的启动子靶向基因。我们提出了一个模型，其中z-DNA通过增强双链的断裂产生和启动子启动来锚定AIRE介导的转录程序。除了解决长期的机理难题外，这些发现表明了操纵T细胞耐受性的途径。