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HAMILTON NGS STARlet 上的 Oxford Nanopore 连接测序试剂盒 XL V14 自动化为 Nanopore Sequen 生成高质量 DNA 文库
资格设置和结果 为了在 NGS STARlet 上对 Oxford Nanopore SQK-LSK114-XL V14 V1.0 方法进行生物学验证，对 8 个（4 个阳性样本 + 4 个阴性对照）或 24 个样本（22 个阳性样本 + 2 个阴性对照）进行了生物学运行。作为输入材料，1 μg 全长（48 kB）噬菌体 Lambda DNA 用于 8 个样本的运行。对于 24 个样本的运行，1 μg 剪切（9kB）人类基因组 DNA 作为输入材料。使用 Thermo Fisher Scientific Qubit 4 荧光计和 Quant-iT™ 1X dsDNA 高灵敏度检测试剂盒（Thermo Fisher Scientific，#Q33232）测定从 8 个和 24 个样本的生物学验证运行中获得的文库的 DNA 浓度。平均样品产量为 344.3 ng（+/- 51.5 ng）
Qiagen QiaSeq的自动化目标DNA Pro面板在汉密尔顿NGS STAR MOA上生成针对目标的下一代SEQ
生物学资格结果，以评估NGS星MOA上QIASEQ靶向DNA Pro面板方法的生物学性能，使用带有4110引物的自定义面板执行了96个人类基因组DNA样品的库制备。作为输入DNA，使用了五个不同的基因型，每个基因型都使用了两个不同的输入量（10 ng和40 ng）（请参阅应用注释末尾的方法要求）。使用8个PCR循环进行了运行，以实现靶富集，并为25个PCR循环进行通用PCR。DNA浓度和总产率，该运行具有Quant-IT 1X DSDNA HS HS分析套件。使用具有高敏感性D5000试剂的高敏性D5000屏幕截图，用Agilent Tapestation 4150对图书馆DNA的尺寸分布进行了MEA（表1）。
使用基于标记扩增子的 NGS 检测方法通过液体活检基因组分析确定具有可操作突变的致癌成瘾晚期 NSCLC 患者的预后
基于循环肿瘤 DNA (ctDNA) 的分子分析正在通过多基因下一代测序 (NGS) 面板在晚期癌症患者的临床实践中迅速获得关注。然而，临床结果仍然描述不详，需要通过对血浆 ctDNA 中检测到基因组改变的患者进行个性化治疗来进一步验证。在这里，我们描述了通过 ctDNA 液体活检检测 InVisionFirst ® -Lung 在血浆中发现可操作改变的致癌成瘾晚期 NSCLC 患者的结果、3 个月时的疾病控制率 (DCR) 和无进展生存期 (PFS)。对 81 名晚期 NSCLC 患者进行了汇总回顾性分析，这些患者具有预测对目前 FDA 批准药物有反应的所有类型的改变：致敏常见 EGFR 突变（78%，n = 63）和 T790M（73%，46/63）、ALK / ROS1 基因融合（17%，n = 14）和 BRAF V600E 突变（5%，n = 4）。所有患者均通过先前的组织基因组分析确认了液体活检中检测到的可操作驱动改变，并且所有患者都接受了个性化治疗。在接受匹配靶向治疗的 82 名患者中，10% 为一线患者，41% 为二线患者，49% 为二线以上患者。 73% (46/63) 的患者在 TKI 复发时被检测到获得性 T790M，所有潜在患者 (34/46) 均根据 ctDNA 结果开始奥希替尼治疗。81 名可评估患者的 3 个月 DCR 为 86%。中位 PFS 为 14.8 个月 (12.1-22.9 个月)。基线 ctDNA 等位基因驱动基因分数与个性化治疗的反应率无关 (p = 0.29)。ctDNA 分子分析是一种准确可靠的工具，可用于检测晚期 NSCLC 患者中临床相关的分子改变。靶向治疗的临床结果支持将基于扩增子的 NGS ctDNA 分析液体活检用于晚期 NSCLC 患者的一线和复发检测。
HAMILTON NGS STARlet 上的 Oxford Nanopore 连接测序试剂盒 XL V14 自动化为 Nanopore Sequen 生成高质量 DNA 文库
资格设置和结果 为了在 NGS STARlet 上对 Oxford Nanopore SQK-LSK114-XL V14 V1.0 方法进行生物学验证，对 8 个（4 个阳性样本 + 4 个阴性对照）或 24 个样本（22 个阳性样本 + 2 个阴性对照）进行了生物学运行。作为输入材料，1 μg 全长（48 kB）噬菌体 Lambda DNA 用于 8 个样本的运行。对于 24 个样本的运行，1 μg 剪切（9kB）人类基因组 DNA 作为输入材料。使用 Thermo Fisher Scientific Qubit 4 荧光计和 Quant-iT™ 1X dsDNA 高灵敏度检测试剂盒（Thermo Fisher Scientific，#Q33232）测定从 8 个和 24 个样本的生物学验证运行中获得的文库的 DNA 浓度。平均样品产量为 344.3 ng（+/- 51.5 ng）
下一代太空望远镜（NGST）遵循非常成功的哈勃太空望远镜（HST），并在本十年后期进行了预定的发布。 NGS
ngst将帮助我们确定宇宙的几何形状，并使我们能够确定宇宙是否会继续扩展。今天，我们看到迹象表明，扩张实际上是在加速，而不是在重力的影响下欺骗其组成物质。ngst将能够在遥远的过去观察超新星。通过使用这些已知亮度的“标准蜡烛”，天文学家将能够测量宇宙的大小和几何结构。ngst对于研究神秘的暗物质的影响也将是独特的。我们知道，这种奇怪的物质形式占宇宙质量的90％以上。尽管NGST与其他望远镜一样，只能观察到发光的物体，但它将能够检测到由中等质量引起的最遥远星系的形状中的细微扭曲，而间隔质量的重力偏转引起的，这是无法直接看到的。
IDT揭示了XGEN CFDNA和FFPE DNA库准备套件和杂交捕获解决方案的较高ngs库的复杂性和目标覆盖范围白皮书（RUO23-2238_001 08/23）
下一代测序（NGS）的数据高度取决于库的质量。XGEN CFDNA和FFPE DNA库准备套件与IDT XGEN NGS杂交捕获工作流程配对，为研究人员提供了一种行业领先的解决方案，以生成高质量的测序库。IDT与第三方研究组织合作，比较了XGEN CFDNA和FFPE DNA库Prep套件和自定义杂交捕获（HYB CAP）与两个竞争对手。IDT XGEN NGS工作流解决方案由于较高的样本转换效率和全面的XGEN自定义杂交捕获面板设计而优于竞争对手的工作流程。XGEN试剂被设计为一起使用，尽管它们在竞争对手HYB Cap Workfrows中使用时提高了库的复杂性和测序指标，但最高质量的数据来自使用完整的IDT XGEN NGS NGS Workflow解决方案。
如何解读下一代测序报告——肿瘤学家需要知道什么
新一代测序 (NGS) 用于筛查可靶向的肿瘤细胞 DNA/RNA 基因组变异，现已广泛应用，并已成为肿瘤学常规实践的一部分。NGS 检测策略取决于癌症类型、疾病阶段以及结果对治疗选择的影响。欧洲肿瘤医学会 (ESMO) 最近发布了针对晚期癌症患者使用 NGS 的建议。我们通过对肿瘤学家如何阅读和解释 NGS 报告的实用评论来补充 ESMO 建议。简洁明了的 NGS 报告包含肿瘤样本的详细信息、所用技术，不仅突出最重要的和可能可操作的结果，还突出检测到的其他致病变异。还应列出意义不明的变异。NGS 报告的解释应该是分子病理学家、肿瘤生物学家和临床医生的共同努力。肿瘤学家需要获得基本的理解水平来阅读和解释 NGS 结果，而不是依赖和根据 NGS 报告提供的信息采取行动。全面的注释数据库可供临床医生查看 NGS 报告中的详细信息。分子肿瘤委员会不仅可以促进辩论和交流，还可以帮助解释具有挑战性的报告并确保继续医学教育。关键词：下一代测序 (NGS)、NGS 报告、分子靶点、肿瘤基因组分析、ESMO 分子靶点临床可操作性量表 (ESCAT)、最低要求
引用本文：Castillo P、Marginet M、Jares P、García M、Gonzalvo E、Arance A 等。实施 NGS 面板用于临床实践
结果：共对 155 个样本进行了分子分析，但 40 个样本（25.8%）不适合进行测序。在 29 个样本中比较了 BRAF V600 实时聚合酶链反应和靶向 NGS 的临床实用性，观察到非常好的一致性（Kappa = 0.89，95% 置信区间 0.68 ± 1.05）。通过 NGS 在 75 个样本（65%）中发现了致癌突变，其中 53% 是需要个性化治疗的候选人。最常见的突变基因是 BRAF（39%）、TP53（23%）和 NRAS（14%）。其他发生率较低（< 5%）的基因是：PIK3CA、ERBB4、CTNNB1、STK11、FGFR1、SMAD4、KRAS、FGFR3、PTEN 和 AKT。 40% 的样本检测到致癌突变同时发生。在已识别的突变中，TP53 在男性中明显更普遍（男性 31.8% 对比女性 12.2%，P = 0.03），NRAS 在女性中明显更普遍（男性 9.1% 对比女性 24.4%，P = 0.03）。
在东南亚的下一代测序技术的应用：推进野生动植物保护的实用框架
摘要。下一代测序（NGS）已转化了基因组学，具有推进野生动植物保护的巨大潜力。ngs技术为解决野生动植物管理中的科学问题提供了机会和挑战。不幸的是，缺乏关于东南亚NGS实施的全面记录，尤其是关于野生动植物保护的记录。为了解决这一差距，我们分析了NGS研究的重点是东南亚的野生动植物监测，并引入了一个实用框架，用于在全球野生动植物保护中实施NGS技术，尤其是在东南亚。我们从Scopus数据库中系统地审查了野生动植物监测中的NGS研究。我们确定了来自11个国家的137个相关出版物，马来西亚贡献了36％的研究。纳入的研究分为五个主题：物种鉴定，饮食评估，健康监测，分类学分辨率和全基因组测序，大多数侧重于38个与野生动植物健康有关的出版物。本研究中开发的框架帮助研究人员和保护从业人员在保护方面具有对NGS技术应用的见解，同时还解决了与NGS使用相关的收益，局限性和道德考虑。本评论提供了简短的概述