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用生成人工智能解锁从头抗体设计
作者：Furong Liu 1,2†，Zhenlin Yang 3,4†， *，Chao Wang 1，Raoul Martin 2，Wenjie Qiao 5，Jan E. Carette 5，Jan E. Carette 5，Sheng Luan 1，Sheng Nogales 1，Eva Nogales 3,4,6,7,7,7,8，Brian Staskawicz 1,2 *工厂：1,2 *工厂：1,CRIAL KICIALIA;伯克利，94720，美国加利福尼亚州2创新基因组学院，加利福尼亚大学伯克利分校；美国加利福尼亚州加利福尼亚州94720，94720，加利福尼亚大学伯克利分子和细胞生物学系，美国加利福尼亚州伯克利分校4霍华德·休斯医学研究所，加利福尼亚大学伯克利分校，加利福尼亚大学伯克利分子，美国分子生物物理学和综合生物成像级5号小学生和综合生物学系。美国加利福尼亚州伯克利的QB3-Berkeley，加利福尼亚大学伯克利分校，加利福尼亚州伯克利分校，美国加利福尼亚州伯克利分校8劳伦斯·伯克利国家实验室，加利福尼亚州伯克利，美国加利福尼亚州†这些作者为这项工作做出了同样的贡献。*相应的作者：zhenlinyang@berkeley.edu（Z.Y.），stask@berkeley.edu（B.J.S.）摘要：植物和动物中对微生物病原体的先天免疫反应受到细胞内受体的调节，称为核苷酸结合亮氨酸重复蛋白（NLR）蛋白。在植物中，这些NLR在识别病原体效应子中起着至关重要的作用，从而启动了免疫防御机制的激活。值得注意的是，某些NLR用作“助手” NLR免疫受体（HNLR），与“传感器” NLR免疫受体（SNLR）同步串联工作，以协调下游信号事件以表达疾病的抵抗力。此外，我们发现了NRC4的十二体状态，其中嵌入了线圈螺旋（CC）域在这项研究中，我们重组并确定了细胞死亡4（NRC4）抗性所需的HNLR的冷冻结构。自动活跃的NRC4形成了先前意外的六聚体构型，触发与Ca 2+涌入相关的免疫反应到细胞质中。
不同植物中常见的免疫反应节点
二核苷酸糖基水解酶 (NADase) 可产生多种核苷酸衍生的信号分子 ( 5 , 6 )。这些衍生物被进一步加工成短寿命产物，根据其结构，这些产物可作为选择性配体，驱动由脂肪酶样蛋白 EDS1 (增强疾病易感性 1) 和 SAG101 (衰老相关基因 101) 或 PAD4 (植物抗毒素缺乏 4) ( 5 , 6 ) 组成的预先形成的蛋白质异二聚体发生特定重排。然后，两种类型的 EDS1 异二聚体会选择性地募集所谓的“辅助 NLR”，在 EDS1-PAD4 的情况下称为 ADR1（激活抗病性 1），在 EDS1-SAG101 的情况下称为 NRG1（氮必需基因 1）。然后 NRG1 和 ADR1 寡聚化并形成膜定位钙通道，从而激活下游免疫反应，特别是对于 NRG1 而言，导致受感染植物细胞死亡（7,8）。
SGLT2抑制剂减弱内皮到间充质转变和心脏成纤维细胞激活
摘要：核苷酸结合结构域和富含亮氨酸的重复（NLR）蛋白可以参与25种复杂的相互作用，以检测病原体并通过下游辅助助手NLR执行强大的免疫反应。然而，上游传感器NLR激活辅助NLR的生化机制仍然鲜为人知。在这里，我们表明，盘绕的螺旋辅助辅助辅助NLR NRC2在体内积聚，作为一种同型二聚体，其在其上游病毒抗病蛋白RX激活后将其转化为高级低聚物。NRC2在其静止30个状态下的冷冻EM结构揭示了介导同二聚体形成的分子间相互作用。这些二聚化接口在寄生虫NRC蛋白之间有所不同，以使关键网络节点隔离并实现冗余免疫途径。我们的结果扩大了NLR激活指向从同二聚体到高阶寡聚抗性体的过渡的分子机制。
在男性生殖免疫中对NLRP3炎症体的研究进度
男性生殖免疫系统在保护精子免疫攻击并防止外来病原体的入侵方面起着关键作用。核苷酸结合和寡聚结构域样受体（NOD样受体，NLR）含有3（NLRP3）的家族蛋白结构域是一种胞质传感器与炎症体结合，并严格涉及测试中诱导先天性免疫的细胞质传感器。它对男性生殖免疫也具有重大影响，这与与男性生殖免疫系统有关的疾病的男性不育症密切相关。本综述介绍了NLR家族的独特特征，阐明了NLRP3炎性症的激活途径和因素，并讨论了它们如何参与男性生殖免疫疾病，例如细菌界炎，自身免疫性界限，自身免疫性，静脉曲张，静脉曲张和杂质炎。在细菌性提供的NLRP3炎性症的水平升高会加剧睾丸炎症性损伤并导致睾丸激素降低，从而导致男性不育。在自身免疫性提供的NLRP3炎症中，通过降低细胞色素P450的表达来抑制睾丸激素的合成，从而影响男性生殖功能。因此，靶向NLRP3可以为男性不育症的临床治疗提供新颖的免疫学策略。
IRAK 蛋白对先天免疫信号的调节
模式识别受体 (PRR)，例如 Toll 样受体 (TLR) 和核苷酸寡聚化结构域样受体 (NLR)，在宿主对微生物感染的先天抵抗力中至关重要。这些受体识别病原体相关分子模式 (PAMP) 和危险相关分子模式 (DAMP)，并将这些信号转化为生物反应。TLR 通过募集信号转导接头髓系分化初级反应蛋白 88 (MyD88) 和/或含有 TIR 结构域的接头蛋白诱导 IFN- β (TRIF) 及其各自的辅助接头 MyD88 接头样 (Mal) 和 TRIF 相关接头分子 (TRAM) ( 1 – 8 ) 来实现这一点。大多数 TLR 使用 MyD88 作为信号转导接头，但 TLR3 除外，它仅通过 TRIF 发出信号，而 TLR4 同时使用 TRIF 和 MyD88 ( 2 )。除 PRR 外，许多早期炎症反应还受白细胞介素 (IL)-1 细胞因子家族调节，包括 IL-1a、IL-1b、IL-18 和 IL-33 (9)。对这些细胞因子的反应由 IL-1 受体 (IL-1R) 以及密切相关的 IL-18R 和 IL-33R 介导，所有这些细胞因子都使用 MyD88 作为信号转导接头，类似于 TLR (9-11)。IL-1R 或大多数 TLR 的参与会导致 MyD88、IL-1 受体相关激酶 (IRAK) 4 和 IRAK2 或 IRAK1 的层级募集，随后是 E3 泛素连接酶 TNF 受体相关因子 6 (TRAF6) (10-18)，形成
大麦 MLA 免疫受体被真菌非核糖体肽效应物激活，从而增加疾病易感性
大麦 Mla 基因座含有功能多样化的基因，这些基因编码细胞内核苷酸结合的富含亮氨酸重复受体 (NLR)，并赋予针对活体营养和半活体营养真菌病原体的菌株特异性免疫力。在本研究中，我们分离了一个大麦基因 Scs6 ，它是 Mla 基因的等位基因变体，但赋予对死体营养真菌 Bipolaris sorokiniana 分离株 ND90Pr (Bs ND90Pr) 的敏感性。我们生成了 Scs6 转基因大麦品系，并表明 Scs6 足以赋予天然缺乏受体的大麦基因型对 Bs ND90Pr 的敏感性。 Scs6 编码的 NLR（SCS6）被 Bs ND90Pr 产生的非核糖体肽（NRP）效应物激活，从而诱导大麦和本氏烟细胞死亡。MLA 和 SCS6 之间的域交换表明，SCS6 亮氨酸富集重复域是 NRP 效应物激活受体的特异性决定因素。Scs6 在野生和驯化大麦种群中均有保留。我们的系统发育分析表明 Scs6 是大麦特有的创新。我们推断 SCS6 是一种真正的免疫受体，很可能被 Bs ND90Pr 的非核糖体肽效应物直接激活，从而导致大麦易患疾病。我们的研究为未来开发不易受死体营养病原体修饰的作物合成 NLR 受体奠定了基础。
社论：抗病毒先天免疫传感，调节和病毒免疫逃避的社区系列：II卷
先天免疫是细胞宿主对病毒感染的前线防御。它采用模式识别受体（PRR）来检测被公认为“病原体相关的分子模式”的病毒核苷酸（PAMPS）（1，2）。关键的RNA感应PRR包括Toll样受体（TLR），视黄酸诱导型基因I（RIG-I）样受体（RLR），点头样受体（NLRS），C-Type型乳糖素受体（CLR），蛋白酶R（Protinase r（pkr）蛋白酶R（pkr）和2级 - 5-5-5许多其他（3，4）。此外，DNA感应PRR包括环状GMP-AMP合酶（CGAS），干扰素γ-诱导蛋白16（IFI16），DDX41等（5，6）。Following the detection of speci fi c viral PAMPs, PRRs trigger the activation of intracellular signaling cascades, ultimately leading to the induction of type I interferons (IFNs), pro-in fl ammatory cytokines, and antiviral genes through the activation of interferon regulatory factor 3 (IRF3) and nuclear factor kappa B (NF- k B) ( 2 ).这些过程不仅抑制病毒传播，还可以激活适应性免疫系统（2）。然而，病毒已经制定了许多策略来规避宿主先天的免疫防御，从而使其能够坚持并建立持续的感染。因此，了解抗病毒先天免疫和病毒免疫逃避策略的机制仍然是先天免疫领域内研究的焦点。先天免疫系统通过检测病毒PAMP并激活各种抗病毒信号通路，在防御病毒和其他病原体中起着至关重要的作用。该研究主题“抗病毒先天免疫传感，调节和病毒免疫逃避：第二卷”重点介绍了14项最近的研究，这些研究研究了宿主中抗病毒先天免疫感应和调节的机制，并总结了病毒式使用的先天免疫逃避策略。这些途径必须精确调节以实现有效的抗病毒反应，而
nmiotc 2022 年年度会议 – 协调信 - NATO
HNGS 主管 B΄ 分支 COMHELFLEET 副主管 COMHELFLEET 主管 A΄ 分支 COMHELFLEET HELFRIG 指挥官 NAMFI 指挥官 SOUDA 海军基地 指挥官 雅典多国海运协调中心 (AMSCC) 指挥官 NATO HQ/IMS 中央登记处 NATO HQ 希腊 MILREP（请传递给 NATO HQ MILREP） MPSOTC ACT D/SACT COS DCOS JFT DCOS CAPDEV DCOS SPP MCD SENF DIRECTOR HQ SACT /GREEK NLR（请传递给 HQ SACT NLR 和 PNLR） SHAPE COS SHAPE J2 SHAPE J3 SHAPE J5 SHAPE J7 SHAPE 希腊 NMR（请传递给其他国家的 NMR 和 PNMR） SHAPE MPD JFC BRUNSSUM COS JFC BRUNSSUM DCOS OPS JFC 布伦萨姆 MPD JFC 那不勒斯 COS JFC 那不勒斯 -3- JFC 那不勒斯 DCOS OPS JFC 那不勒斯 MPD/J9 JFC 诺福克 COS JSEC（联合支援与赋能司令部） HQ MARCOM COM HQ MARCOM DCOM HQ MARCOM COS HQ MARCOM DCOS OPS NS HQ（北约特种作战部队总部） HQ COM ITA MARFOR HQ COM ESP MARFOR HQ COM UK MARFOR HQ COM FRA MARFOR HQ STRIKEFOR NATO SFN DCOS OPS
跨国免疫：免疫受体和下游信号在动物和植物细胞死亡中的作用
植物和动物都具有精致的先天免疫系统，以打击微生物攻击。在这些多细胞真核生物中，先天免疫意味着存在细胞表面受体和能够检测危险信号的细胞内受体，称为危险信号，称为损伤相关的分子模式（DAMP）和与病原体相关的分子模式（PAMP）。膜相关的模式识别受体（PRR），例如收费受体（TLR），C型凝集素受体（CLR），受体样激酶（RLKS）（RLKS）和受体样蛋白（RLP），这些蛋白质（RLP）由这些有局部的细胞造成的构造与触发式抗衡的抗态性形式相关性，以使其具有触发性的抗衡作用。 死亡。细胞内，动物核苷酸结合和寡聚结构域（NOD）样受体或植物核苷酸结合结构域（NBD） - 含有亮氨酸富集重复剂（NLRS）免疫受体可能检测到host的效果细胞的病原体被疫苗的病原体被劫持免疫信号壳体。有趣的是，在宿主与入侵者之间的共同进化过程中，已经选择了关键的跨国细胞死亡信号大分子NLR-复合物，例如哺乳动物中的炎症和最近在植物中发现的抗抗性。在这两种情况下，位于感染部位的调节细胞死亡构成了阻断病原体扩散并保护整个生物免受入侵的非常有效的均值。本综述旨在描述动物和植物的免疫机制，主要集中于细胞死亡信号通路，以突出显示最新的进展，这些进步可以在一侧或另一侧使用，以识别免疫受体对入侵模式的缺失信号元素，诱导抗辩或危险信号传播到其他细胞之间的信号元素。尽管对植物免疫的了解较低，但这些生物具有某些优势，可以更容易地识别信号事件，调节器和细胞死亡的执行者，然后可以直接利用这些信号事件，用于作物保护目的，也可以通过医学研究类比。
通过宿主RNA-
抽象背景：自然界中的植物或田间的农作物与包括细菌，真菌和病毒在内的多种有益或寄生生物相互作用。病毒非常专业，可以感染有限的宿主植物，在极端情况下导致宿主的全部入侵和患病的表型。对病毒的耐药性可以通过各种被动或主动机制介导，包括RNA - 沉默机制和先天免疫系统。主要文本：RNA沉淀机制可能会抑制病毒复制，而病毒成分可以引起先天免疫系统。成功进入植物细胞的病毒可以引起模式触发的免疫力（PTI），尽管尚未通过未知的机制。作为反辩护，病毒抑制了PTI。此外，可以通过细胞内免疫受体（耐药蛋白）检测病毒活力蛋白（AVR），以引起效应触发的免疫（ETI）。eti通常最终在局部编程的细胞死亡反应，高敏反应（HR）中，并伴随着有效的全身防御反应。在二分法中，RNA沉默和先天免疫被视为两种抗性机制。在这里，我们回顾了这两个调节系统之间的复杂联系和相似之处，这些系统统称为确保植物的健身和弹性。结论：转录水平上对免疫调节的详细理解为通过基于RNA的技术增强植物对病毒的抗性提供了新的机会。我们描述了宿主RNA介导的病毒抗性调节的主要例子。然而，大量使用RNA技术需要对RNA基因调节的分子机制进行透彻的了解。关键字：电阻，DSRNA，VAMP，PRRS，NLR，宽光谱抗性，RNA沉默