补充图5。低温促进混合DS/HT121- 6中的IM折叠。在(a)IC缓冲液和(b)从HELA细胞中获得的杂种-DS/HT121-6的1d 1 H NMR光谱的 Imino区域作为温度的函数(指示)。红色和灰色框分别突出显示针对Im-和dsDNA分析的Imino信号。Note that while the signal intensity pertinent to iM (highlighted in the red box) observed at 4 °C was essentially reduced to zero when the temperature was increased to 37 °C, the alterations in the NMR signal intensities (integral intensities – considering temperature- dependent line broadening and the inherently low signal-to-noise ratio in the in-cell NMR spectra) corresponding to the dsDNA segment (gray box) were最小。
摘要:国际癌症研究机构(IARC)(IARC),最近已将isoeugenol(2-甲氧基-4-(1-丙基)苯酚)归类为人类(第2B组)。这项研究使用1 h核磁共振(NMR)光谱法对普通草药和香料(包括罗勒,肉桂,姜和肉豆蔻)进行了共同的香料和香料进行了分析。此外,通过1 H-NMR分析了1300多个咖啡样品的等词,但在任何分析的样品中均未检测到。检查了各种精油,包括肉豆蔻,罗勒,丁香,甜旗和Ylang-ylang油,以了解异烯醇含量。在测试的十二种肉豆蔻油中,其中四种含有异烯醇,浓度范围从3.68±0.09 g/kg到11.2±0.10 g/kg。然而,使用NMR光谱法在鱿鱼,罗勒,Ylang-ylang的精油中未检测到异烯醇。这些发现值得对先前文献进行批判性评估,鉴于其中一些矩阵中的同类水平高。毒理学评估已经确定,通过肉豆蔻精油暴露于同烯醇的情况下,人类健康没有风险。
摘要:人类唾液 - 酸性结合免疫球蛋白样凝集素-9(SIGLEC-9)是在几个免疫细胞上表达的糖免疫检查点受体。SIGLEC-9与含糖酸(唾液聚糖)的唾液酸的结合已充分记录,以调节其作为抑制受体的功能。在这里,我们首先使用良好的三维核磁共振(NMR)方法分配了SIGLEC-9 V-SET结构域(Siglec-9 D1)的氨基酸骨架。然后,我们将溶液NMR和分子动力学模拟方法结合在一起,以解释Siglec-9与天然配体α2,3和α2,62,6 siAllyl乳糖胺(SLN)(SLN)(SAIALYL LEWIS X(SALEX)(SALEX)和6-O硫的分子细节,并与两个固定型结合,并将其与两个固定型结合。正如预期的那样,在规范的唾液酸结合位点的F和Gβ链之间容纳了neu5ac。在NEU5AC的C9位置添加杂型支架9 N -5-(2-甲基噻唑-4-基)噻吩磺酰胺(MTTS)会产生与位于Siglec-9的N-末端区域的疏水性残基的新相互作用。同样,在neu5ac的C5位置添加芳族取代基(5- n-(1-二苯基 - 1 H-1 H- 1,2,3-三唑-4-基)甲基(BTC))稳定在SigleC-9中存在长长的B'-c loop的构象。这些结果暴露了负责SIGLEC-9对这两个改良的唾液聚糖的增强的亲和力和特异性的基本机制,并阐明了针对Siglec-9的下一代修改后的Sialoglycans的合理设计。■简介
摘要:人类唾液 - 酸性结合免疫球蛋白样凝集素-9(SIGLEC-9)是在几个免疫细胞上表达的糖免疫检查点受体。SIGLEC-9与含糖酸(唾液聚糖)的唾液酸的结合已充分记录,以调节其作为抑制受体的功能。在这里,我们首先使用良好的三维核磁共振(NMR)方法分配了SIGLEC-9 V-SET结构域(Siglec-9 D1)的氨基酸骨架。然后,我们将溶液NMR和分子动力学模拟方法结合在一起,以解释Siglec-9与天然配体α2,3和α2,62,6 siAllyl乳糖胺(SLN)(SLN)(SAIALYL LEWIS X(SALEX)(SALEX)和6-O硫的分子细节,并与两个固定型结合,并将其与两个固定型结合。正如预期的那样,在规范的唾液酸结合位点的F和Gβ链之间容纳了neu5ac。在NEU5AC的C9位置添加杂型支架9 N -5-(2-甲基噻唑-4-基)噻吩磺酰胺(MTTS)会产生与位于Siglec-9的N-末端区域的疏水性残基的新相互作用。同样,在neu5ac的C5位置添加芳族取代基(5- n-(1-二苯基 - 1 H-1 H- 1,2,3-三唑-4-基)甲基(BTC))稳定在SigleC-9中存在长长的B'-c loop的构象。这些结果暴露了负责SIGLEC-9对这两个改良的唾液聚糖的增强的亲和力和特异性的基本机制,并阐明了针对Siglec-9的下一代修改后的Sialoglycans的合理设计。■简介
核磁共振 (NMR) 实验的模拟可以成为提取分子结构信息和优化实验方案的重要工具,但在传统计算机上对于大分子(如蛋白质)和零场 NMR 等方案通常难以处理。我们展示了 NMR 光谱的第一个量子模拟,使用捕获离子量子计算机的四个量子比特计算乙腈甲基的零场光谱。我们使用压缩感知技术将量子模拟的采样成本降低了一个数量级。我们展示了 NMR 系统的固有退相干如何在相对近期的量子硬件上实现经典硬分子的零场模拟,并讨论了如何使用实验证明的量子算法在更成熟的设备上有效地模拟科学和技术相关的固态 NMR 实验。我们的工作为量子计算开辟了一个实际应用。
几乎我们所有的活动都留下碳足迹,而NMR也不例外。某些活动与燃烧化石燃料直接相关。这些包括运输(海洋,空气,道路,并在一定程度上是铁路)和加热(不包括热泵)。但是,大多数与NMR相关的活动取决于电力,在这里,碳足迹与特定国家 /地区使用的发电厂类型紧密相关。拥有许多水电,核和可再生能源发电厂的国家,每单位电力都会产生较小的碳足迹。另一方面,拥有煤炭或天然气植物的国家将留下更大的碳足迹。在考虑欧盟成员国时,差异可以是一百倍的顺序(图1)。在所有计算中,EU-27的平均值为275 g CO 2 E等效物。
疫苗中通常含有佐剂,有助于增强抗原刺激免疫反应的有效性。分析佐剂疫苗的稳定性至关重要,但出于多种原因,它却极具挑战性。佐剂疫苗是不透明的悬浮液,而一些佐剂(如铝)会凝结在一起并沉淀在药瓶底部,从而干扰分析。疫苗悬浮液通常必须在测试前稀释,这会在打开药瓶时带来污染风险。一些疫苗必须进一步处理才能进行分析,因此疫苗不再处于“天然”状态。对于含有多种抗原的疫苗,这些问题甚至更加复杂。需要新的非侵入性方法,可以在不篡改或改变疫苗的情况下分析佐剂疫苗,并且可以实时进行。
核磁共振光谱(NMR)是一种非破坏性分析技术,除其他应用外,用于研究溶液和固态中分子的结构和化学组成。该技术基于原子核与磁场和射频场的相互作用。
许多生物学过程和机制取决于DNA中碱基配对和氢键的细节。氢键由于难以可视化氢原子位置而通过X射线晶体学和冷冻EM进行量化,但可以通过溶液中的NMR光谱探测到位点特异性,而固态的固态,后者特别适合大型,缓慢滚动的DNA复合物。最近,我们表明低温动态核极化(DNP)增强的固态NMR是在本机样条件下在各种DNA系统中区分Hoogsteen碱基对(BPS)与规范的Watson-Crick BPS的有价值工具。在此使用12型摩尔DNA双工,在Watson-Crick或Hoogsteen确认中含有两个中央腺嘌呤 - 胸腺氨酸(A-T)BPS,我们证明了DNP固态NMR测量值,这些NMR的测量值是胸腺胺N3-H3键的长度,这些长度与N-H-H-H的详细信息敏感,并允许NH-H·n-H·的n-H·n-H·的水性键合敏感。相同的DNA序列上下文。对于此DNA双链体,对于Watson-Crick A-T和HOOGSTEEN A-T和HOOGSTEEN A(SYN)-T碱基对的有效相同的TN3-H3键长的长度为1.055±0.011Å和1.060±0.011Å,相对于参考磁键长度为1.015±0.010Å,分别为N-Acety-ny-acetyl ny-acetyl ny-acetyl ny-acetyl,分别为watson-Crick a-t和hoogsteen a(syn)a(syn)-t碱基对。非常明显的是,在模型DNA双链体的背景下,这些结果表明,watson-Crick和Hoogsteen BP构型构象异构体之间N-H··N-t a-t氢键没有显着差异。考虑到零点运动的先前量子化学计算预测有效较长的肽n-h键长度为1.041Å,与溶液和环境温度下的肽和蛋白质的固态NMR研究一致,以促进这些早期的研究tn3-h3键长度的直接比较。 Watson-Crick A-T和Hoogsteen A(Syn)-t BPS相对于1.041Å参考肽N-H键长。更一般地,基于低温DNP固态NMR的方法对N-H键长度进行高精度测量有望促进对一系列DNA复合物和基本配对环境的氢键的详细比较分析。