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多量子化学交换饱和转移核磁共振来量化对称交换：应用于胍基 i 的旋转动力学
摘要：化学交换饱和转移 (CEST) NMR 实验已成为表征蛋白质动力学的有力工具。我们在此表明，CEST 方法可以扩展到具有对称交换的系统，其中所有交换物种的 NMR 信号都会严重加宽。为了实现这一点，引入了多量子 CEST (MQ-CEST)，其中将 CEST 脉冲施加到纵向多自旋序密度元素上，并将 CEST 配置文件编码到未加宽的核上。MQ-CEST 方法在蛋白质内精氨酸残基中胍基的受限旋转上得到证明。这些基团及其动力学对于许多酶以及通过形成氢键、盐桥和 π 堆积相互作用进行的非共价相互作用至关重要，并且它们的旋转速率高度表明了形成的相互作用的程度。 MQ-CEST 方法成功应用于 T4 溶菌酶 19 kDa L99A 突变体中的胍基。
“基于NMR的定量研究，对其
用紫外线（= 254 nm）可视化，并用5％的乙醇溶液显示。熔点是在Yanagimoto微熔点设备（日本京都）的Yanagimoto微熔点设备上确定的。1 H NMR光谱在Agilent DD2 600-MHz NMR光谱仪（Agilent Technologies，美国加利福尼亚州）上记录。肽浓度在CD 3 CN中约为5.0 mm。相对于内部三甲基硅烷在0.00 ppm的情况下测量化学位移。使用二维相关光谱（2D-COSY）和旋转框架过度大冲突效应光谱（Roesy;混合时间= 500 ms）分配质子。高分辨率质谱（HR-MS）。
机器学习辅助术中利用 HRMAS NMR 光谱评估脑肿瘤边缘
摘要。完全切除肿瘤对于胶质瘤患者的生存至关重要。即使实现了完全切除，切除腔内残留的微尺度组织也有复发的风险。高分辨率魔角旋转核磁共振 (HRMAS NMR) 技术可以利用生物标志物代谢物的峰值强度有效区分健康和恶性组织。该方法快速、灵敏，可以处理小样本和未处理的样本，非常适合在手术期间进行实时分析。然而，只能对已知肿瘤生物标志物的存在进行有针对性的分析，这需要具有化学背景的技术人员和了解肿瘤代谢的病理学家在手术期间在场。在这里，我们展示了我们可以准确地实时执行此分析，并且可以使用机器学习以非目标方式分析全光谱。我们研究了一个新的大型胶质瘤和对照样本 (n = 568) 的 HRMAS NMR 数据集，这些样本也标有定量病理分析。我们的结果表明，基于随机森林的方法可以准确有效地区分肿瘤细胞和对照样本，平均 AUC 为 85.6%，AUPR 为 93.4%。我们还表明，我们可以进一步区分良性和恶性样本，平均 AUC 为 87.1%，AUPR 为 96.1%。我们分析特征（峰值）对分类的重要性，以解释分类器的结果。我们验证了已知的恶性肿瘤生物标志物（如肌酸和 2-羟基戊二酸）在区分肿瘤和正常细胞方面发挥重要作用，并提出了新的生物标志物区域。代码发布在 http://github.com/ciceklab/HRMAS_NC。
DP4-AI 自动 NMR 数据分析
我们开发了一种用于自动处理和分配原始 13C 和 1H NMR 数据的强大系统 DP4-AI，并将其集成到我们的计算有机分子结构解析工作流程中。从具有未定义立体化学或其他结构不确定性的分子结构开始，该系统可实现完全自动化的结构解析。开发了使用客观模型选择进行 NMR 峰值拾取的方法以及用于将计算出的 13C 和 1H NMR 位移与嘈杂实验 NMR 数据中的峰值进行匹配的算法。当使用一组具有挑战性的分子测试进行严格评估时，DP4-AI 的处理速度提高了 60 倍，并且几乎不需要科学家的时间。DP4-AI 代表了 NMR 结构解析的一次飞跃，也是 DP4 功能的一次重大变化。它可以对数据库和大量分子进行高通量分析，这在以前是不可能的，并为通过机器学习发现新的结构信息铺平了道路。此新功能与直观的 GUI 相结合，可作为开源软件在 https://github.com/KristapsE/DP4-AI 上使用。
使用 Quantum-Espresso 进行基本 DFT 和 NMR
k 点的数量 = 13 购物车坐标。单位为 2pi/alat K-POINTS k( 1) = ( 0.0000000 0.0000000 0.0000000), wk = 0.0312500 k( 2) = ( -0.2500000 0.2500000 -0.2500000), wk = 0.2500000 k( 3) = ( 0.5000000 -0.5000000 0.5000000), wk = 0.1250000 k( 4) = ( 0.0000000 0.5000000 0.0000000), wk = 0.1250000 k( 5) = ( 0.7500000 -0.2500000 0.7500000), wk = 0.5000000 k( 6) = ( 0.5000000 0.0000000 0.5000000), wk = 0.2500000 k( 7) = ( 0.0000000 -1.0000000 0.0000000), wk = 0.0625000 k( 8) = ( -0.5000000 -1.0000000 0.0000000), wk = 0.1250000 k( 9) = ( 0.0000000 0.0000000 0.5000000), wk = 0.0625000 k( 10) = ( -0.7500000 0.7500000 -0.2500000)，wk = 0.2500000 k( 11) = ( -0.5000000 0.5000000 0.0000000)，wk = 0.1250000 k( 12) = ( 0.0000000 0.0000000 -1.0000000)，wk = 0.0312500 k( 13) = ( 0.0000000 1.0000000 -0.5000000)，wk = 0.0625000
人类 Bcl-xL（一种抑制剂）的 X 射线和 NMR 结构...
Bc1-x l 的 NMR 和 X 射线结构的坐标已存放在 Brookhaven 蛋白质数据库中，登录号分别为 1LXL 和 1MAZ。Bcl-2 蛋白家族通过未知机制 1 调节程序性细胞死亡。这里我们描述了 Bcl-2 家族成员 Bcl- (参考文献 2) 的晶体和溶液结构。该结构由两个主要为疏水的中央 -螺旋组成，它们被两亲性螺旋包围。发现连接螺旋 l 和 2 的 60 个残基的环具有灵活性，并且对于抗凋亡活性而言不是必需的。三个功能上重要的 Bcl-2 同源区 (BHl、BH2 和 BH3) 3-5 在空间上非常接近，形成一个细长的疏水裂缝，可能代表其他 Bcl-2 家族成员的结合位点。 Bcl-x L 中 α-螺旋的排列让人联想到细菌毒素（特别是白喉毒素和大肠杆菌素 6 ）的膜转位结构域。结构相似性可能为 Bcl-2 蛋白家族的作用机制提供线索。
由vivo1h NMR光谱在14.1T和复发性麻醉作用
哺乳动物的大脑以高度区域的特定方式逐渐成熟。在特定的发育阶段，脑细胞分化并集成在复杂的功能网络中。细胞分化的程度（例如den- dritic and axonal aborization and myelination) at any given developmental time point is reflected in regional alterations of the neurochemical profile as reported in the rat brain (Tka´cˇ et al.2003）。 因此，随着时间的流逝，代谢产物组成和浓度变化使我们可以推断区域发展程度。 共享共识，包括精神分裂症在内的精神疾病（Tsuang 2000），自闭症（Keller and Persico 2003）和注意力/多动障碍（有关评论，请参见Curatolo等人。 2009）由于神经发育过程中遗传和环境风险因素之间的相互作用而产生。 为了更好地理解这些疾病，表征是至关重要的2003）。因此，随着时间的流逝，代谢产物组成和浓度变化使我们可以推断区域发展程度。共享共识，包括精神分裂症在内的精神疾病（Tsuang 2000），自闭症（Keller and Persico 2003）和注意力/多动障碍（有关评论，请参见Curatolo等人。2009）由于神经发育过程中遗传和环境风险因素之间的相互作用而产生。为了更好地理解这些疾病，表征
SR 2 RUO 4
我们提出了非常规超导体SR 2 RUO 4中核磁共振NMR和旋转轨道效应的第一个原理研究。我们已经计算了均匀的磁化率，该磁化率与振幅中的实验非常吻合，但是，与较早的模型结果一样，我们发现计算出的硬轴是Z，与实验相反。我们还计算了所有原子的骑士移位和NMR弛豫率，并再次找到了整体良好的一致性，但是与实验相同特定特征（例如骑士移动各向异性）的重要偏差。我们的结果表明，在基于密度功能的计算中，SR 2 RUO 4中的相关性导致轨道效应低估。我们还认为，轨道极化在易感性中的相对贡献（10-15％）也是一个低估的“实验”值。我们讨论了O和Ru骑士在施加域的所有方向上跨过超导转变的令人困惑的不变性。我们表明，这一事实无法通过意外取消或旋转的散射来解释，因为它发生在某些元素超导体中。我们还指出，偶极子和轨道高铁对SR 2 RUO 4中的骑士移动的贡献很大，再加上轨道依赖性超导性的可能性，要求修改超电导状态中骑士骑士偏移的标准理论。
NMR 量子计算：严格评估
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