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954042.pdf -rwth Publications
刺激响应性聚合物网络（如微凝胶和水凝胶）具有多种特性，需要分析其合理设计和成功应用于目标领域。纳米级表征可以通过高度选择性和敏感的技术（包括高分辨率NMR光谱，弛豫测定法和降解量）来实现。本综述着重于使用1小时和13 C 1D和2D NMR技术的最新结果，这些技术提供了有关聚合物网络的化学现场选择信息，从而揭示了纳米级级别的聚合物网络的结构与动力学之间的相互作用。，NMR可以允许获取有关i）内部结构的信息。如果重要的聚合物网络性能可以与交联密度，交联相互作用的类型，电荷电荷，水生电纳米构建和分配浓度相关联，则可以制作响应式微凝胶和水凝胶的合理设计，并在药物输送，细胞载体系统，催化器，执行器和作为抗菌剂中的合理设计。
利用基于结构的方法通过片段支架生长来靶向主要蛋白酶 (Mpro、nsp5)
摘要：SARS-CoV-2 (SCoV2) 的主要蛋白酶 M pro ，nsp5，是其最具吸引力的药物靶点之一。在这里，我们报告了使用核磁共振波谱 (NMR) 对四个不同文库进行的初步筛选数据，以及对从这些文库中获得的有希望的含尿嘧啶片段 Z604 的详细后续合成。Z604 显示出时间依赖性的结合。其抑制作用对还原条件敏感。从 Z604 开始，我们合成并表征了 13 种通过片段增长策略设计的化合物。每种化合物都通过 NMR 和/或活性测定进行表征，以研究它们与 M pro 的相互作用。这些研究产生了四臂化合物 35b，它可直接与 M pro 结合。35b 可以与 M pro 共结晶，揭示其非共价结合模式，从而填充所有四个活性位点亚口袋。在此，我们描述了 NMR 衍生的片段到命中管道及其在开发 SCoV2 主要蛋白酶抑制剂的有希望的起点中的应用。■ 简介
用于生命研究的 CryoEM 和透射电子显微镜......
- 风洞 - 高分辨率粉末衍射仪（HRPD） - 残余应力衍射仪（RSD） - 小角度中子谱仪（SANS） - 核磁共振（NMR） - 电磁兼容性（EMC） - 等等。
GlyConmr：碳水化合物特异性的数据集和基准...
分子表示学习（MRL）是机器学习对化学的有力贡献，因为它将分子转换为数值表示，这对于多样化的下游应用（例如财产预测和药物设计）至关重要。MRL在蛋白质和一般生物分子方面取得了巨大的成功，但尚未探索它在糖离和糖材料的生长领域（碳水化合物的研究和设计）中的碳水化合物。这种不足的探索主要归因于全面且策划良好的碳水化合物特异性数据集的可用性有限，并且缺乏机器学习（ML）技术，以解决碳水化合物数据带来的独特问题。解释和注释碳水化合物数据通常比蛋白质数据更复杂，需要大量的领域知识。此外，现有的MRL方法主要针对蛋白质和小生物分子进行了优化，并且对于没有特殊修饰的碳水化合物应用可能不有效。为了应对这一挑战，加速了糖基础和糖原的进展，并丰富了ML社区的数据资源，我们介绍了GlyConmr。GlyConMR包含两个富有费用的数据集，这些数据集具有2,609个碳水化合物结构和211,543个注释的核磁共振（NMR）原子级化学移位，可用于训练ML模型以进行精确原子级预测。我们量身定制了一组碳水化合物特异性的功能，并适应了现有的基于3D的图形神经网络，以解决有效预测NMR变化的问题。为了进行插图，我们在甘康MR上基准了这些经过修改的MRL模型。NMR数据是开发ML技术以促进糖性和糖材料研究的最具吸引力的起点之一，因为NMR是碳水化合物结构研究中的杰出技术，而生物分子结构是功能和特性的预测因素。
教学大纲
(c) 1 H NMR, correlation of structure with spectra: Chemical environment and shielding, chemical shift and originof its concept, reference compound, local diamagnetic shielding and magnetic anisotropy, relation with chemical shift, chemical and magnetic non- equivalence, spin-spin splitting and its origin, Pascal's triangle, coupling constant, mechanism of coupling, integral, NMR solvents and their residual peaks,杂原子上的质子，四极扩大和去耦，构象的影响和立体化学对光谱，karplus关系，非对映异构体质子，异核耦合至19 F和31 p，虚拟偶联，长距离，长范围耦合 - EPI，bay效应。动作，自旋去耦和双共振的移动试剂机制。一些化合物和药物的光谱的解释。
2024 年夏季项目清单
人类糖蛋白 α-1-抗胰蛋白酶 (AAT) 是一种丝氨酸蛋白酶抑制剂，其病理变体会错误折叠并形成自缔合聚合物，与 AAT 缺乏症有关。生化分析表明，AAT 在核糖体翻译过程中自然停滞，并形成强制性压缩中间体，该中间体在翻译后完成折叠，但在存在 Z 突变时容易发生错误折叠 (1)。在本项目中，我们旨在使用 19F NMR 光谱法表征核糖体上 AAT 中间体的结构。目前，19F NMR 是唯一能够直接观察共翻译折叠中间体的实验技术 (2)，而位点特异性标记允许分别通过化学位移分析和顺磁弛豫增强测量获取短程和长程结构信息。
