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在英国持久的医院爆发期间检测到的稀有ESBL ST628肺炎肺炎的遗传分析
摘要：对英国遍布医院的爆发的肺炎（K.肺炎）培养，持续了12个月以上。我们试图对爆发菌株进行序列和遗传表征。抗生素敏感性测试（AST）是在从暴发中保存的65 k肺炎分离株上进行的。使用牛津纳米孔技术（ONT）奴才流循环对所有分离株进行了测序：10个分离株，包括2017年最早收集日期的分离株，在Novaseq 6000平台上还测序，以构建高准确性纳米孔 - 小颗粒组件。在测序菌株中，60个键入ST628。96.6％（n = 58/60）ST628菌株具有大约247-kb fib（k）质粒，含有多达11种抗微生物抗性基因，包括扩展的谱β-内酰胺氨基氨基氨基氨基氨基酶（ESBL）基因，BLA CTX-M-15。使用单核苷酸多态性（SNP）键入爆发分离株之间的克隆性。暴发菌株在爆发前6年的2012年与临床ST628菌株有关。在持久的医学医学医学爆发期间，在多个独立的病房中检测到了具有多药抗药性（MDR）质粒的稀有ESBL K.肺炎K2 ST628菌株。建议对这种菌株进行监视，以防止未来的医院暴发。
算法，专家还是两者？评估特征选择方法对用户偏好和Reliance
sof umer洞穴是一个未开发的极端环境，可容纳新型微生物和潜在的遗传资源。来自洞穴的微生物组已被遗传适应以产生各种生物活性代谢产物，使它们能够生存并耐受苛刻的结合。然而，尚未探索Sof umer Cave微生物中与生物合成相关的基因簇标志。因此，使用高通量shot弹枪测序来探索sof umer Cave的微生物组中与生物合成相关的基因簇（BGC）。Geneall DNA土壤迷你试剂盒用于从均质样品中提取高分子量DNA，并使用Novaseq PE150对纯化的DNA进行测序。根据微-RN数据库，乌默洞穴中最常见的微生物属是原细菌，静脉细菌，verrucomicrobobiota和蓝细菌。对与生物合成相关的基因簇进行了注释并分类，并使用抗石和NAPDOS1预先对BGC进行预令。确定了编码广泛的二级代谢物的BGC的460个推定区域，包括RIPP（47.82％），萜烯（19.57％），NRPS（13.04％），杂种（2.18％）和其他新的注释（10.87％）com punds。此外，NAPDOS管道还从链霉菌素的链霉菌素（链霉菌素基因肌链霉菌素）中鉴定出钙依赖性的抗生素基因簇，来自链霉菌Chrysomallus的放线菌素基因簇和来自链霉菌链霉菌的博霉素基因簇。这些发现突出了Sof Umer Cave微生物组的未开发的生物合成潜力，以及其发现天然产物的潜力。
各种微生物组的综合宏基因组分析
犬类肠道微生物组是兽医和人类健康研究的关键模型，但由于方法上的变化而出现了不一致的发现。本研究提出了一个三部分的数据集，以阐明DNA提取，底漆选择和测序平台如何影响微生物分析。首先，我们使用五个DNA隔离试剂盒，多个库协议和四个测序平台（Illumina Miseq/Novaseq，Ont Minion，Pacbio Sequel IIE），启用16S RRNA和Shotgun测序技术的直接比较。第二，我们使用Zymo高分子量（ZHMW）和Zymo Magbead（ZMB）提取试剂盒分析了八只共同犬的40个粪便样品，以评估纵向提取效果。第三，我们使用合成模拟群落和人/犬粪便样品评估了三个16S引物系统（标准ONT，PACBIO，并用退化碱基修饰）来量化底漆偏见。通过整合合成和生物学重复，该数据集提供了标准化资源，用于基准生物信息学管道并改善跨研究可比性。该研究生成了75.3FGB的新测序数据：ZHMW- ZMB比较的43.45FGB，22.61FGB用于引物评估，而单样本分析中的9.19FGB。与先验数据的31.5FGB结合在一起，总数据集超过106FGB，包括所有分析输出。这些资源提高了不同实验室工作流程的犬类肠道微生物组研究的方法论透明度和准确性。
血斑卡上动物粪便物质的 DNA 提取方案
159 图 2. 实验设置以确定适用于 DBS 的 DNA 提取和纯化方案 160。测试的不同方法是 DNA_P1) QIAsymphony® PowerFecal® Pro DNA 161 试剂盒（目录号 938036，Qiagen），包括在 FastPrep-24™ Classic 162 上以 6 m/s 的速度进行 6 轮均质化 162 60 秒，中间休息 5 分钟，然后用 163 蛋白酶 K 600 mAU/ml（Qiagen）消化，然后在 QIAsymphony® SP 164 机器人（Qiagen）上进行自动纯化。DNA_P2) 执行与 DNA_P1 相同，但不进行蛋白酶 K 处理。 DNA_P3) ZymoBIOMICS™ DNA Miniprep Kit (Zymo Research Corp., Irvine, CA, USA) 经 FastPrep-24™ Classic 匀浆化后，以 6m/s 的速度匀浆 60 秒，共 6 轮，中间间隔 5 分钟。DNA_P4) MagNA Pure 96 DNA 和 Viral NA 小容量试剂盒在 MagNA Pure 96 仪器 (Roche, Basel, Switzerland) 上进行，采用蛋白酶 K 预处理步骤和标准缓冲液，使用针对双链 DNA 和下一代测序优化的 DNA Blood ds SV 方案。其中，DNA_P1、DNA_P2、DNA_P3 和 DNA_P4 用于从模拟物、空白和猪粪便中提取 DNA，DNA_P1 在所有研究动物的粪便上进行性能测试，此外还对阳性和空白对照进行了三份重复测试。使用 DNA_P1 从牛、马、犬、羊和猪的粪便中提取 DNA，并在 Illumina NovaSeq 上进行测序，从每个样本中生成 >2000 万个 PE 读数。这些数据集用于告知所需的测序工作量。
研究项目提供 Azrieli 研究中心 CHU Sainte-Justine
成功的申请者将加入 CHU Sainte-Justine 研究中心的 Marín-Juez 实验室，在这里申请者将可以使用最先进的设施和技术平台，包括先进的成像平台（光片、旋转盘共聚焦、多光子、STED 超分辨率等）、基因组学（DropSeq、10x、Illumina Novaseq、Visium）、IPSC 细胞重编程和生物信息学平台。CHU Sainte-Justine 研究中心提供了一个蓬勃发展的科学环境，成功的申请者将有机会与多学科科学团队合作并与才华横溢的临床医生和研究人员合作。研究项目描述我们之前已经确定冠状动脉网络再生是心脏再生的关键决定因素（Marín-Juez 等人，PNAS 2016；Wang 等人，Development 2024）。我们的工作揭示了冠状动脉网络补充的控制机制，包括支持心肌细胞再生和介导冠状动脉-心外膜相互作用的血管支架的形成（Marín-Juez 等人，Dev Cell 2019；El-Sammak 等人，Circ Res 2022）。基于这些发现，我们现在旨在阐明心脏内皮、心外膜和免疫系统成分如何协同调节组织补充，以及它们在心肌细胞再生中发挥作用的具体机制。所需培训和个人资料我们正在寻找具有生物科学博士学位和组织修复/再生、细胞、分子生物学或遗传学实验室经验的候选人。以前与斑马鱼、成像和组织学打交道的经验非常有价值，但并非必不可少。强烈鼓励具有共聚焦/光片成像和/或基因组工程经验的候选人申请。具有出色协作和沟通技巧的申请人将获得优先考虑。
ExpressPlex™ 2.0 文库制备试剂盒 – 384 孔
正在申请专利的 ExpressPlex 2.0 文库制备试剂盒采用方便的 384 孔 PCR 板配置，可用于高通量多重文库制备。此升级版 ExpressPlex 使用 seqWell 的高性能 TnX ™ 转座酶，该转座酶专为 NGS 文库制备而设计。扩增子 (>350 bp) 和质粒 DNA 是适合该试剂盒的标准输入。附录 E 重点介绍了可以针对小型微生物全基因组测序进行的修改。ExpressPlex 文库与 Illumina MiSeq ™ 、NextSeq ™ 、iSeq ™ 和 NovaSeq ™ 测序平台兼容。每个 ExpressPlex 2.0 - 384 孔试剂盒都包含足够的试剂，可从 384 或 1,536 个单独的 DNA 样本制备与 Illumina 兼容的文库。每个库的标准制备量为 384 个样本，每个试剂盒最多 1,536 个样本。有四种不同的试剂盒可用于从 1,536 个样本中制备文库，在一次测序运行中可加载总共 6,144 种条形码组合。这种多重文库制备程序针对每 8 µl 反应 0.5 - 20 ng 质粒或扩增子 DNA 的输入进行了优化，通常可生成 400 – 1,200 bp 的文库片段长度。文库片段长度取决于 DNA 的质量和所用的磁珠清理率。使用 ExpressPlex 文库制备试剂盒的主要优势和好处是简化的一步式多重文库制备工作流程，可在 40 倍的 DNA 输入浓度范围内自动标准化每个样本的读取输出，同时最大限度地减少人工和耗材成本。使用 ExpressPlex 2.0 – 384 孔试剂盒，可在 120 分钟内制备 384 重文库以进行文库 QC 和测序，手动操作时间不到 30 分钟。
16S rRNA测序分析伊朗人口中结直肠癌阳性与大肠癌否定性的口服和粪便菌群
抽象背景结直肠癌（CRC）构成了重大的医疗挑战，占全球癌症病例的近6.1％。通过使用创新生物标志物进行的人口筛查促进的早期检测对于MITIGAT的CRC发病率是关键的。与CRC阴性对应物（CNS）相比，这项研究旨在仔细检查CRC阳性个体（CP）的粪便和唾液微生物组，以通过微生物生物标记物来增强CRC诊断。材料和方法总共从伊朗德黑兰的Shahid Beheshti医学科学大学Taleghani医院收集了80个口头和粪便样品，其中包括接受筛查的CPS和CNS。使用16S rRNA测序测定法进行了微生物介绍，并在Illumina novaseq平台上采用Nextera XT Index套件。结果在CP的唾液和粪便样品中观察到了不同的微生物谱，与各种分类水平的CNS（包括门，家庭和种类）的粪便显着不同。CPS的唾液样品表现出大量的Calothrix Parietina，颗粒状Adiacens，Rothia dentocariosa和Rothia Mucilaginosa，在CNS中没有。此外，在CPS的粪便中，Lachnospileceae和Prevotellaceae明显更高，而CPS唾液中的fusobacteria phylum显着升高。相反，与CNS相比，非致病细菌akkermansia粘蛋白iphila的CPS粪便样品显着降低。关键字结直肠癌，口腔微生物群，粪便菌群，早期检测，16S rRNA测序通过一致选择唾液和粪便微生物的结论，基于平均值降低的Gini值，并采用唾液的逻辑回归，并支持粪便模型，我们成功地开发了一种微生物群检测，具有提高的敏感性和提高crc检测的敏感性和特异性。
不同高危人乳头瘤病毒载量女性宫颈菌群变化
摘要：宫颈微生物群对女性性健康至关重要，其改变状态似乎在高危型乳头瘤病毒 (hrHPV) 感染的动态中起着核心作用。本研究旨在评估根据 hrHPV 的细菌群落组成的变化。我们为每个女性采集了两个样本，两个样本之间的间隔为 12 ± 1 个月，并对其中 66 名女性进行了随访。通过定量 PCR (qPCR) 估计 hrHPV 的病毒载量 (VL)，然后对其进行标准化（使用 HMBS 基因作为参考）并转换为 Log 10 尺度以便于解释。VL 分为阴性，无 hrHPV 拷贝；低，少于 10 0 hrHPV 拷贝；中等，介于 10 0 至 10 2 hrHPV 拷贝之间；高，>10 2 hrHPV 拷贝。通过 Illumina Novaseq PE250 平台描述微生物群组成。多样性分析揭示了 hrHPV VL 的变化，其中低 VL（<10 0 hrHPV 拷贝数）的女性表现出高多样性。群落状态类型 (CST) IV 是最常见的。然而，在高 VL 的女性中，发现与乳酸杆菌耗竭的关联较低。鸡乳杆菌和惰性乳杆菌是高 VL 女性中最丰富的物种，而低 VL 女性表现出乳酸杆菌优势的概率高出 6.06 倍。我们发现 78 种细菌属在低 VL 和高 VL 女性之间的丰度存在显著差异，其中 26 种被耗竭（例如，加德纳菌），52 种增加（例如，支原体）。多级混合效应线性回归显示，由于测量时间和 VL 之间的相互作用，多样性发生了变化，在第二次随访中，低 VL 的女性多样性下降（系数 = 0.47），而中等 VL 的女性多样性增加（系数 = 0.58）。在这里，我们首次报告宫颈微生物群受 hrHPV 拷贝数的影响，其中乳酸杆菌丰度下降、多样性增加和细菌类群丰富与低 VL 女性有关。
从小麦叶围中分离的 Saccharibacillus sp. 菌株 WB 17 的基因组序列草图
叶际代表一个独特的生态位，其中微生物获得了降解木质纤维素 (1) 的能力，以便在贫营养条件下生存。从叶际回收的微生物中，存在属于类芽孢杆菌科和糖芽孢杆菌属的细菌 (2)。糖芽孢杆菌属菌株 WB 17 是从 2018 年 1 月从法国香槟-阿登地区采集的小麦麸皮叶际培养物中回收的。培养在 30°C 的 1 M3 培养基 (3) 上进行，培养基中添加了小麦麸皮，有氧培养。糖芽孢杆菌属 WB 17 是根据其 16S rRNA 基因序列进行鉴定的，与糖芽孢杆菌属有关。为了进一步表征糖芽孢杆菌属的代谢潜力。 WB 17 及其分离木质纤维素的能力，对其整个基因组进行了测序。Saccharibacillus sp. WB 17 在 Luria-Bertani 培养基中在 30°C 下生长 48 小时，并使用 PureLink 基因组 DNA 迷你试剂盒（赛默飞世尔科技）提取其基因组 DNA。使用 Nextera DNA 样品制备试剂盒（Illumina，美国加利福尼亚州圣地亚哥）按照制造商的用户指南进行全基因组散弹枪测序（2 150 bp），并在 NovaSeq 系统（MR DNA [Molecular Research]，美国德克萨斯州 Shallowater）上进行测序。总共获得了 30,007,734 个读数。使用 FastQC (4) 对序列数据文件进行质量过滤，然后通过 SOAPdenovo（版本 2.04）（5）进行从头组装；所有软件均使用默认参数。共检测到47个contig，测序覆盖度为409倍。N 50 值为205,341 bp。组装基因组大小为5,391,836 bp。该菌株的基因组大小介于两个最接近的Saccharibacillus亲属之间（Saccharibacillus sacchari GR21 T 为6.08 Mbp，Saccharibacillus kuerlensis HR1 T 为4.69 Mbp）。Saccharibacillus sp. WB 17的GC含量为58.82％。该值在Saccharibacillus基因组已知值范围内。事实上，之前测序的基因组记录的 GC 含量值如下：58.4 mol% ( Saccharibacillus qingshengii H6 T ) (6)、57.8 mol% ( S. sacchari GR21 T ) (7)、50.5 mol% ( S. kuerlensis HR1 T ) (8) 和 55.5 mol% ( Saccharibacillus deserti WLJ055 T ) (9)。Saccharibacillus sp. WB 17 的基因组草图由 NCBI 原核生物基因组注释流程 (PGAP) ( https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/annotation_prok ) 注释；它包含 73 个 tRNA、4,826 个基因和 4,730 个编码序列 (CDS)。仅注释了 1,139 个 CDS，占基因组内容的 22%。根据碳水化合物活性酶数据库 (CAZy) 数据库 (10)，基因组共编码 236 个碳水化合物活性酶，分为五类，即糖苷水解酶 (145 个 CDS)、糖基转移酶 (31 个 CDS)、多糖裂解酶 (3 个 CDS)、碳水化合物酯酶 (31 个 CDS) 和碳水化合物结合模块 (21 个 CDS)；然而，
2024 年 CBER 科学研讨会海报摘要
评估 RNA 提取和 Illumina NGS 文库制备方法以从不同样本基质中检测病毒 RNA Sayma Afroj 1、Aaron Scholl 1、Binsheng Gong 2、Bingjie Li 1、Joshua Xu 2 和 Sandip De 1 * 1 美国食品药品管理局治疗产品办公室细胞治疗和人体组织办公室细胞治疗部 2 司肿瘤疫苗和生物技术处，10903 New Hampshire Avenue，Silver Spring，MD，20993；2 美国食品药品管理局国家毒理学研究中心生物信息学和生物统计学部 3900 NCTR Rd Jefferson，AR 72079。目标：当前的病原体和外来因子检测试验面临局限性，例如对某些病原体的特异性和灵敏度降低，这对 HCT/Ps 的安全使用提出了挑战。该项目旨在评估各种 RNA 提取和 NGS 文库制备方法，以实现对病原体和外来因子的快速、广泛、灵敏和特异性检测。方法：我们使用三种研究设计来评估 RNA 提取方法：将寨卡病毒 (ZIKV) 注入幼稚细胞、使用持续感染 ZIKV 的细胞系以及将持续感染的 ZIKV 细胞注入白膜样本。使用五种方法提取 RNA，并使用 qRT-PCR 对 ZIKV 进行定量分析。为了评估 RNA 文库制备方法，我们将病毒组 HEV RR.1 和 BEI-NR-59622（包含 PCV1、Reo、FeLV、RSV、EBV）注入 U937 细胞，提取总 RNA，并使用各种商业试剂盒和组合构建文库。这些文库在 Illumina NovaSeq 6000 平台上进行测序。正在分析 NGS 数据以确定病毒基因组图谱、基因组覆盖率和映射读取的百分比。结果与结论：总体而言，硅胶柱纯化的 TRIzol 提取被证明是提取病毒 RNA 的最佳方法。正如预期的那样，我们观察到不同的 NGS 文库制备方法之间存在显著差异。rRNA 耗竭有效减少了 NGS 文库中的人类 rRNA。正在进行进一步的数据分析，以研究各种文库制备方法对参考病毒 RNA 产生的 NGS 读数总数的影响。简明语言摘要：有效的病毒核酸提取和文库制备方法对于使用 NGS 技术从细胞和组织中检测不定病毒以及确保细胞和组织治疗的安全性至关重要。我们的研究评估了几种 RNA 提取方法，并观察到测试方法中病毒 RNA 提取效率的差异。总体而言，硅胶柱纯化的 TRIzol 是跨测试样本基质检测病毒最灵敏的方法。正如预期的那样，我们观察到不同的 NGS 文库制备方法之间存在显著差异。正在进行进一步的数据分析，以研究各种文库制备方法对参考病毒 RNA 产生的 NGS 读数总数的影响。