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World File Search SystemNanobore
使用瓷砖扩增子（Heptile）和基于探针的富集在Illumina和Nanobore平台上的整个基因组测序
乙型肝炎病毒（HBV）全基因组测序（WGS）目前受到限制，因为许多临床样品的DNA病毒载荷（VL）低于使用当前测序方法产生完整基因组所需的阈值。我们使用基于探针的捕获和瓷砖放大器PCR（Hep-tile）开发了两种泛基因型病毒富集方法，用于HBV WGS。我们使用模拟样品证明了这两种富集方法都是泛基因型（基因型A-J）。使用临床样品，我们证明了HEP-TILE放大成功地放大了最低的HBV VL测试（30 IU/ mL）的完整基因组，并且可以使用纳米孔和Illumina平台对PCR产物进行测序。基于探针的捕获，具有Illumina测序需要VL> 300,000 IU/mL，以生成全长HBV基因组。捕获 - 紫罗兰和Hep-tile-nanopore管道在具有已知DNA序列的模拟样品中具有100％的共识测序精度。一起，这些方案将促进HBV序列数据的产生，从而使HBV分子流行病学的更准确，更具有代表性的描述，对持久性和发病机理进行启示，并增强对感染及其治疗结果的理解。
zhuofeng yu
传统的环境实验，包括PH，EC，TN，TOC，BOD 5和COD和腐殖质分析，IR，GC，HPLC，LC-MS和ICP-MS，以及使用斑马鱼模型等水生毒性实验等。传统的微生物学实验，包括使用Omnilog TM，AST，MIC测试和表型外源性质粒隔离的培养，电镀，生长曲线，使用滤波器交配测定流式细胞仪知识和用户经验；细胞染色，计数和排序等。分子微生物学实验，包括底漆设计，PCR，QPCR，多重PCR，质粒键入，质粒固化，CRISPR和TRADIS动手经验，克隆；基因组和质粒DNA分离和纯化（通过机器人和手动），Illumina和Nanobore测序文库的准备和装置上的负载；序列分析和数据库搜索个人技能
使用单链圆形DNA
非编码重复膨胀会导致几种神经退行性疾病，例如脆弱的X综合征，肌萎缩性侧面硬化症/额颞痴呆和脊椎没收（SCA31）。必须研究这种重复的序列，以了解疾病机制并使用新颖的方法来防止它们。然而，合成寡核苷酸的合成重复序列由于不稳定，缺乏独特的序列而表现出二级结构的倾向。综合重复序列通常很难。在这里，我们采用了滚动圆扩增技术，使用微小的合成单链圆形DNA作为模板获得无缝的长重复序列。我们获得了2.5 - 3 KBP不间断的TGGAA重复序列，在SCA31中观察到，并使用限制消化，Sanger和Nanobore测序对其进行了确认。这种无细胞的体外克隆方法可能适用于其他重复膨胀疾病，并用于产生动物和细胞培养模型，以研究体内和体外的重复扩张疾病。
纳米孔的从头设计用于单分子检测...
（1）Clarke，J。; Wu，H。C。; Jayasinghe，L。；帕特尔（Patel）里德（S。）； Bayley，H。单分子纳米孔DNA测序的连续碱基识别。自然纳米技术2009，4（4），265-270。doi：10.1038/nnano.2009.12。（2）Kasianowicz，J.J。; Brandin，E。; Branton，d。; Deamer，D。W.使用膜通道对单个多核苷酸分子的表征。美国国家科学院的会议录1996年，第93（24）期，13770-13773。doi：10.1073/pnas.93.24.13770。（3）Wang，K。F。;张，S.Y。；周，X。; Yang，X。;李，X. Y。； Wang，Y。Q。; Fan，P。P。; Xiao，Y。Q。;太阳，W。;张，P。K。；等。明确歧视所有20种蛋白质氨基酸及其修饰。自然方法2023。doi：10.1038/s41592-023-02021-8。（4）Ying，Y。L。; Hu，Z。L。;张，S。L。； Qing，Y。J。; fragasso，a。; Maglia，G。；梅勒（Meller） H. Bayley； Dekker，C。； Long，Y。T. Nanobore基于DNA测序的技术。自然纳米技术2022，17（11），1136-1146。doi：10.1038/s41565-022-01193-2。
生物中细菌的分类学分析...
水果废物据报道是食物废物生产的主要贡献者之一。它们对环境有影响，因此需要对其进行处理。为了减少负面影响，必须在释放到环境之前对水果废物进行处理。同时，据报道了有关其功能特性和作为生物酶的营养性的水果废物。这项初步研究旨在提供有关在厌氧发酵中用不同浓度的益生菌处理的橙色水果废物中生物酶的元基因组细菌的信息。生物酶是一种由15 g红糖的混合物制成的发酵溶液：5 kg橙色水果废物：和12升水。发酵过程进行了1个月，然后将生物酶样品进行1升进行元基因组分析。使用Nanobore测序的Amplicon全长测序对细菌16S rRNA基因的下一代测序（NGS）方法进行了元基因组分析。在这项研究中，假单胞菌（Proteobacteria），类Betaproteobacteria，Burkholderiales和commomonadaceae的阶层是生物酶的主要细菌群，这些细菌是由橙色水果废物产生的。在下一项研究中对细菌物种的鉴定对于了解细菌物种在橙色水果废物中生物酶产物的生化代谢中的作用很重要。
绿山DNA会议
7:30 – 8:30 am Continental Breakfast Promenade Moderator: George Duncan Emerald III Ballroom 8:30 – 9:15 am A Magic Gene-CCR5-∆32- From Discovery to Clinical Benefit in a Generation Stephen O'Brien 9:15 – 10:00 am Forensic Investigative Genetic Genealogy (FIGG): Practical Guidance for Implementation and Workflow Claire Glynn, University of New Haven 10:00 - 10:30 AM休息前长廊10：30 - 11:00 AM更新有关案例工作的微观型号的更新，耶鲁大学肯尼斯·基德（Kenneth Kidd），11：00 - 11:30 AM最新关于人类识别的Nanobore测序Roxanne Zascavage Roxanne Zascavage，北德克萨斯大学健康科学中心11:30 - 12:00 PM Rapidific Sciential in Thermo Sciential forthe Secorial，Thermo Sciential iD Thermo Scientie，Thermo Scientie，Thermo Scientie，Thermo Scientie，Thermo fisher fistrific Fisherific Fisherific fillific Fisher， 1:00 pm Lunch The Atrium Moderator: Brian Young Emerald III Ballroom 1:00 – 1:30 pm Developmental Validation of a Novel Approach for Determining Time- Since-Deposition of Trace DNA Evidence Christopher Ehrhardt, Virginia Commonwealth University 1:30 – 2:00 pm Sex-Based Targeted Recovery of Cells in a Heterogeneous Mixture: Separating Male- and Female-Like Cells Michael Marciano, Syracuse University 2:00 – 2:30 pm Locus Allele Count: a Tool to Estimate the Number of Contributors in a DNA Mixture Marie-Pier Thibault, Laboratoire de sciences judiciaires et de médecine légale 2:30 – 3:00 pm Break Promenade Moderator: Bruce McCord Emerald III Ballroom 3:00 – 3:30 pm The Expanding Scope of Standards and Best Practice Recommendations for Forensic Testing Laboratories Using Human血清学和DNA测试方法夏洛特字