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微生物学年度回顾 抗真菌药物靶标识别和验证的基因组方法
过去几十年来，耐药性真菌感染激增，对人类健康构成了严重威胁。虽然可用于治疗全身性感染的药物有限，但科学的进步为发现新型抗真菌药物带来了新的希望。利用酿酒酵母进行化学基因组检测的开发为识别活细胞中分子的作用机制提供了强有力的方法。分子生物学技术的进步使得人们能够在真菌病原体（包括白色念珠菌和新型隐球菌）中开发互补检测方法。这些方法能够识别候选药物的靶基因以及参与缓冲药物靶向途径的基因。在这里，我们研究酵母化学基因组分析，并强调如何利用这些资源来预测化合物的作用机制，研究不同真菌病原体的毒力属性，并加强抗真菌管道。
Rebecca Lyn Seipelt-Thiemann 博士
• Eden Anderson – “通过工程酵母测定 Stones River 流域的雌激素污染”（2023 年 9 月至今）。 • Karmina Ghobrial – “探索咖啡银皮提取物在紫外线诱导的氧化应激期间对年龄相关基因 DVE-1/SATB1 的影响”（2023 年 9 月 - 2024 年 4 月）。 • Lacon Parton – “Stones River 流域的抗生素耐药性 eDNA”（2022 年 1 月 - 2023 年 10 月） • Alaa Mohammed -“对病原体新型隐球菌中涉及黑色素生成的基因的循证注释修订。”（2019 年 9 月 - 2021 年 4 月）。 • Chase Burton “提高真菌病原体新型隐球菌荚膜形成基因的基因模型准确性。” （2019 年 9 月 - 2020 年 11 月）。 • Niah Frantzen - “新型隐球菌感染小鼠巨噬细胞的差异表达基因分析。”（2019 年 1 月 - 2020 年 11 月）。 • Russell Walden - “玉米氮效率基因的循证管理。”（2020 年 1 月 - 2020 年 11 月 20 日）。
项目列表PPU 2024
PPU Pasteur – classic ( apply ) #1 PhD Project Title: Microbiota-additives interaction mapping and mechanisms for personalized nutrition in the healthy and diseased populations PhD Supervisor: Benoit Chassaing Laboratory Team name: Microbiome-Host Interactions #2 PhD Project Title: Exploring the dual role of CD98 in human erythropoiesis and Plasmodium vivax infection PhD Supervisor: Sylvie Garcia Laboratory Team name: Biology of Plasmodium Infection and Transmission #3 PhD Project Title: Coordination of nuclear and cytoplasmic RNA quality control mechanisms in Cryptococcus neoformans PhD Supervisor: Cosmin Saveanu Laboratory Team name: RNA Biology of Fungal Pathogens #4 PhD Project Title: Characterization of streamlined envelope stress response mechanisms in non-model DIDERM细菌博士学位主管：Christophe Beloin实验室团队名称：Génétiquedes Biofifms＃5博士学位项目标题：基因 - 环境对共同人类疾病的贡献锥虫博士主管：露西·格洛弗实验室团队名称：TMB
瞄准公牛的眼睛：靶向抗真菌的抗真菌，用dectin装饰的脂质体
在全球范围内，有数百万人患有威胁生命的浸润性真菌疾病，例如念珠菌病，曲霉菌病，隐球菌病，肺类肺炎肺炎肺炎（PCP）和粘膜菌病。这些疾病的死亡率通常超过40％。每年治疗这些侵入性真菌疾病的年度费用超过数十亿美元。除了AIDS患者外，在免疫受损的个体或干细胞或器官移植或医疗设备的植入后，侵入性真菌的风险越来越多地发现。当前的抗真菌药物疗法无法应对挑战，因为（1）在安全剂量下，它们没有提供足够的真菌清除以防止感染再次出现； （2）大多数人通过扩展使用而变得有毒； （3）耐药的真菌分离株正在出现； （4）在过去的20年中，仅批准了一类新的抗真菌药物用于临床用途。dectisomes代表了药物递送的新设计，可大大提高药物疗效。抗真菌剂专门针对病原体所在的位置。相对于未靶向的脂质体药物，dectisomes显示出与白色念珠菌，新近加密型新近群体的结合和杀死的数量级增加，并且在体外和烟曲霉在体外和烟曲霉的效果上也增加了。dectisomes有可能引入新的抗真菌药物治疗范式。
Zymobiomics®微生物社区标准
产品描述Zymobiomics®微生物社区标准是一个模拟微生物群落，由八个细菌和两种真菌菌株组成。它包括三种易于溶解的革兰氏阴性细菌（例如大肠杆菌），五种很难透明的革兰氏阳性细菌（例如单核细胞增生李斯特菌）和两种难以散热的酵母（例如Neoformans的加密环球）（表1）。这些菌株中的七个是已知的人类病原体，并已用DNA/RNA Shield™（R1100-50）完全灭活。包含的基因组的GC含量1覆盖范围从15％到85％。该标准是通过汇总十种微生物菌株的纯培养物来构建的。在合并之前对每个纯培养物的细胞和DNA含量进行了定量。根据预定的组成混合培养物（表1）。微生物标准是准确表征的，并保证包含<0.01％的杂质。这使其可以用于暴露微生物学或宏基因组工作流中的人工制品，错误和偏见。从一开始就用作定义的输入，该标准可用于指导整个工作流程的构建和优化，或作为LAB研究间研究的质量控制工具。使用该标准进行基准测试，我们发现该领域中当前使用的大多数引用的DNA提取方法，包括人类微生物组项目粪便DNA提取方案，都是巨大的偏见（图1）。可以在表2中找到有关十种微生物菌株（包括物种名称，基因组大小，平均GC含量，16S/18S拷贝数，系统发育）的详细信息。这些菌株2的16S/18S rRNA序列（FASTA格式）和基因组（FASTA格式）可从下面的链接中获得。，如果我们可以帮助分析此标准生成的测序数据，请随时与我们联系。参考基因组下载：https：//zymo-files.s3.amazonaws.com/biopool/zymobiomics.std.refseq.v3.zip。1 GC内容可能会导致基于PCR的库中shot弹枪测序工作流程中测序覆盖范围的偏差。2标准内的几种菌株被从ZRC190633开始的类似菌株取代。此更新不会影响标准的物种组成。请参阅附录C以检查您的产品是否来自较旧的批次，并在需要时找到正确使用的参考数据库。
CRISPR Prime编辑的自动设计，用于56,000人的病原变体 使用优化的CAS9在病原体中使用的简短同源指导修复，Neoformans可以实现快速的基因缺失和标记 BBB捆绑包 - 与父母交谈 b'' 小胶质细胞：神经回路的活动依赖性调节剂 微型无线神经界面：教程 认知大脑的两个观点 孕产妇虐待：与后代大脑体积和白质连接性的关联 新生儿皮质表面的功能性分割 2025年脑蜂脑科学活动知识大纲 心脏研究所的2025年年度超声心动图和... rwmpc+2025+call+for+prograted+Talks.pdf Levidian的循环技术将在世界上的一个... 中播放 spar3d：来自单个图像的3D对象的稳定点感知重建 1。来自一个月TB006治疗方案的TOPLINE数据... 遗传综合征的基因治疗 七个原始问题 探索Go Gryptography
摘要Prime Editor（PES）是定期间隔的短篇小说重复序列（CRISPR）基于基于基于）的基因组工程工具，可以引入精确的基本配置编辑。我们开发了一条自动管道，以纠正（治疗性编辑）或引入（疾病建模）人类的致病变异，该变异能够阐明主要编辑所需的几种RNA构建体的设计，并避免了人类基因组中预测的非目标。但是，使用最佳的PE设计标准，我们发现只有一小部分这些致病性变体才能得到焦油。通过使用替代CAS9酶和扩展模板，我们将可靶向的病原变体的数量从32,000增加到56,000个变体，并使这些预先设计的PE构建体可通过基于Web的门户（http://primeedit.nygenome.org）访问。鉴于具有治疗基因编辑的巨大潜力，我们还评估了开发通用PE构建体的可能性，发现常见遗传变异仅影响少数少数设计的PE。