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20653医疗单
Next Generation Sequencing: Manual Process Eppendorf Concentrator Plus ABI 7500 Fast Real-Time PCR System Thermal cycler Qubit Tapestation 2200 Tapestation 4200 Fluoroskan microplate fluorometer Illumina NextSeq 500 NGS platform Illumina NextSeq 550Dx NGS platform Illumina NovaSeq 6000 NGS platform GEN-SOP-212 GEN-SOP-213 GEN-SOP-214 Gen-SOP-169 Gen-SOP-144 Gen-SOP-164基因组DNA，CTDNA和RNA从列出的样本类型中提取的房屋中提取，并从外部来源收到的样品作为主要样品
实现基于基因组的诊断
MiSeqDx、1 NextSeq 550Dx 2 和 NovaSeq 6000Dx 3 仪器具有易于遵循的工作流程和集成软件，可以进行准确、可靠的筛查和诊断测试。它们都基于我们成熟的NGS技术和合成测序（SBS）化学（图1、表1）。使用这些仪器，临床实验室可以开发、验证和执行自己的 NGS 测试，运行 Illumina 或第三方检测，并在办公室外研究 (RUO) 模式下开展各种临床研究应用（图 2）。
2024 年 Illumina 供应商日
Mark Wang 是 Illumina 副总裁兼测序平台主管，负责管理全球工程和系统集成部门，开发用于研究和临床用途的下一代 DNA 测序系统。过去十年来，Mark 一直参与 Illumina 测序仪器平台的开发，包括 HiSeq、MiSeq、NextSeq、NovaSeq 和 iSeq，以及 Illumina 的微阵列产品（包括 iScan）。加入 Illumina 之前，Mark 曾在 Genoptix 和 Ziva 领导新型光子和微流体技术的研究。他拥有加州大学圣地亚哥分校电气工程博士学位和斯坦福大学物理学学士学位，并拥有 20 项美国专利。
RNA测序中基因表达模式的比较分析
使用Ampure XP珠和Magflo ngs珠的方法在整个Illumina Truseq RNA库制备工作流程（图1）中处理RNA样品（图1），然后在Illumina Novaseq（2 x 100 bp）上进行测序。随后，使用FASTQC工具进行了测序质量评估。使用火山图（图4）可视化差异基因表达分析，该图描绘了显着性与倍数变化值，从而可以鉴定2个条件之间基因表达的统计学意义变化。此外，代表前30个上调基因和下调基因的热图通过不同的基于珠子的纯化方法对整体表达模式提供了见解（图5）。通过Microsynth进行了实验程序和随后的生物信息学分析。
Illumina DNA准备外显子组2.5富集
Illumina DNA Prep和Exome 2.5富集提供经济的人类全外观测序（WES）结果，具有出色的性能和数据质量。易于使用的库的准备和富集解决方案是从样本到报告的端到端工作流程的一部分（图1）。Illumina合格的方法可通过我们的合作伙伴提供一系列自动化平台。Illumina DNA与Exome 2.5富集的PrEP始于提取的基因组DNA（GDNA）或直接血液或唾液输入，并结合了快速的珠宝上标记文库制备化学化学，然后进行混合捕获外部体富集（图2）。1具有富集化学的Illumina DNA准备支持高质量输入DNA（≥50ng）的综合归一化，这可以实现简单的基于体积的合并进行杂交，并提供来自每个富集外来图书馆的测序输出。库在Novaseq
映射病毒景观：印度中部的埃德斯蚊子的基因组监视
方法：使用CDC批准的BG-Sentinel版本2陷阱（Biogents AG，德国雷根斯堡）和来自印度博帕尔地区不同地点的电池经营的吸尘器收集蚊子。他们是根据属，性别，位置和收集日期进行分类的。从均质的蚊子池中提取RNA并进行反转录。互补的DNA（cDNA）使用独立于序列的单次放大（SISPA）扩增。此外，使用Illumina Novaseq 6000平台（Illumina，Inc.，CA，San Diego，CA）对聚合酶链反应（PCR）产物进行了测序。使用Trimmomatic进行读取的生物信息学分析（Bolger AM，Lohse M，Usadel B（2014）。 trimmomatic：用于光明序列数据（生物信息学，BTU170）的灵活修剪器，用于修剪低质量的原始读取。 后来，Kraken2和Bracken（马里兰州巴尔的摩的Johns Hopkins University）用于识别病毒序列。使用Trimmomatic进行读取的生物信息学分析（Bolger AM，Lohse M，Usadel B（2014）。trimmomatic：用于光明序列数据（生物信息学，BTU170）的灵活修剪器，用于修剪低质量的原始读取。后来，Kraken2和Bracken（马里兰州巴尔的摩的Johns Hopkins University）用于识别病毒序列。
制表师DNA图书馆准备套件与...
图3。有效的转换可提供高库的产量，而不会放大。使用多种市售解决方案构建了无PCR WGS库：KAPA HyperPrep（超声控制），WatchMaker DNA库准备碎片，Kapa Exprus，Kapa Evoplus，Kapa Evoplus，Nebnext Ultra Ultra II FS DNA库Prep和Illumina DNA Prep。Na12878人类基因组DNA的300 ng（所有评估套件）或75 ng（仅钟表者）被用作输入。工作流程进行了优化，通过调整碎片和结合后清理参数来提供类似尺寸的最终库。（a）使用Novaseq 6000输出数据绘制插入大小分布。（b）最终无PCR库的产量，如qPCR所测量。制表剂解决方案提供适用于WGS的插入大小，而无需锯齿状图案，并且产量超过了其他准备，包括超声处理。
的欧洲女主角格式
技能在基因组和功能基因组领域的经验大约25年，在各种类型的肿瘤病理学中占据了“多霍米克”分析的发展和执行。在织物和液体活检（血浆，CSF，尿液等）的NGS分析方面具有深入的知识，其平台的平台为：i）第二代人（NextSeq，Novaseq XPlus）对整个ESOM，RNASEQ，miRNaseq，miRNaseq，甲基化，甲基化，CNV，Metagenomica和Metagenomica和Metatrastrascittomica; ii）第三代作为甲基化/CNV的纳米孔。在“多霍姆”数据的管理和处理方面具有悠久的经验，包括使用工具的能力：i）在R环境中分析统计计算和图形的R环境中的数据； ii）识别由大学课程认证的途径（GSEA，Ingenuitity途径分析，Cytoscape）（“生物信息学”和“生物信息学方法”； Valentini教授。米兰的生物分子和生物信息学生物技术学位）。
Roseinatronobacter sp。完整的基因组序列。菌株S2，一种从pH 12蛇形化系统中分离出的化学硫代表营养
s2是从山的Ney Springs中分离出来的Shasta，加利福尼亚州，在最小培养基板上，其中包含20 mM多硫化物和10毫米乙酸盐（6）。S2在含有20 mm硫代硫酸盐和10 mm乙酸盐的液体最小培养基中进行有氧培养。详细的媒体说明可在此处找到：dx.doi.org/10.17504/protocols.io.bqjgmujw。S2在室温下孵育5天，以实现由先前的生长曲线确定的近似最大浊度（6）。DNA，并使用量子荧光计（美国Thermofisher Scientific，USA）进行定量。所有测序均由单个DNA准备。纳米孔库在高智能模式（280 bp/s）下使用R10.4.4的流动池（FLO-MIN114）用天然条形码24 V14试剂盒（牛津纳米孔技术，英国牛津，英国）进行测序。用孔雀鱼V.6.4.6进行，删除了质量分数<7的读数（7）。 在Seqcenter LLC（美国匹兹堡，美国）进行了 Illumina库准备和测序。 简要地，使用Illumina DNA准备套件制备库，并用10 bp独特的双指数进行条形码，并在Illumina Novaseq（2×150个测序）上进行测序。 使用BCL-Convert（v.4.0.3）进行反复式，质量控制和适配器修剪。 纳米孔序列> 2,000 bp用菲尔隆（V.0.2.1）（8）过滤质量，并去除了最差的10％的读取碱基。 过滤的长读数与Flye组装（v.2.9.1）（9）。 进行了四轮抛光。 质量评估和基因组统计数据，删除了质量分数<7的读数（7）。Illumina库准备和测序。简要地，使用Illumina DNA准备套件制备库，并用10 bp独特的双指数进行条形码，并在Illumina Novaseq（2×150个测序）上进行测序。使用BCL-Convert（v.4.0.3）进行反复式，质量控制和适配器修剪。纳米孔序列> 2,000 bp用菲尔隆（V.0.2.1）（8）过滤质量，并去除了最差的10％的读取碱基。过滤的长读数与Flye组装（v.2.9.1）（9）。进行了四轮抛光。质量评估和基因组统计数据Illumina读取的质量是用FastQC（v.0.12.1）（10）过滤的，所有读取的质量得分> Q30。简短的读数与Burrows -wheeler对准器（V.0.7.17）（11）对齐，并用Pilon（V.1.24，-fix all）（12）抛光组件。
全基因组测序的多路复用简短DNA库的成本意识生成
大规模平行的第二代短阅读DNA测序已成为基因组研究生物学的积分工具。以最有竞争力的价格提供高度准确的基础配对分辨率，该技术已广泛。然而，多路复用DNA文库的高通量构成可能是昂贵且繁琐的。在这里，我们提供了一种具有成本意识的协议，用于使用来自Illumina的珠子链接的转座体生成多路复用的短阅读DNA库。，我们准备在高通量的图书馆中，与Illumina DNA准备标记协议相比，使用小反应量的小反应量使用1/50。通过减少转座体的使用并将协议优化为基于磁珠的基于磁珠的清理，我们降低了成本，劳动时间和DNA输入要求。开发我们自己的双重指数引物进一步降低了成本，并使96孔微孔板组合可实现。这有助于有效地使用大型测序平台，例如Illumina Novaseq 6000，该平台可提供每个S4流动池的三个测序的三个terabase。与传统的Illumina方法相比，提供的协议大大降低了每个库的成本约1/20。