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div a-to a-t-i rna编辑发现
简单的摘要：长期非编码RNA在转录和翻译水平上都是基因表达的关键调节剂，它们的改变（在表达或序列中）与肿瘤发生和肿瘤进展有关。RNA编辑具有独特的能力，可以改变RNA序列而不改变基因组DNA的完整性或序列，而腺苷对插入（A-TO-I）RNA编辑是人类最常见的事件。具有转录后改变遗传信息的能力，RNA编辑是转录组和蛋白质组富集的重要参与者。但是，如果放松管制，它可能有助于细胞转化。在本文中，我们在lncrna进行了第一个从头编辑调查，表明RNA编辑是一种普遍存在的现象，涉及lncrnas对脑和脑癌很重要。我们的研究将打开一项新的研究领域，其中lncRNA和RNA编辑之间的相互作用可以增加对癌症的新见解。
抗病毒逆转录酶的从头基因合成
摘要：细菌使用多种免疫系统来抵御病毒感染，其中许多免疫系统可以感知和靶向外来核酸。防御相关逆转录酶 (DRT) 系统通过利用 DNA 合成为这种免疫策略提供了一个有趣的对照点，但其 DNA 产物的身份和功能仍然很大程度上未知。我们在此展示了 DRT2 系统执行一种前所未有的免疫机制，该机制涉及通过非编码 RNA (ncRNA) 的滚环逆转录进行从头基因合成。对 DRT2 表达细胞中 RT 相关 RNA 和 DNA 配体的无偏分析表明，逆转录通过程序化模板跳跃到 ncRNA 上产生串联的 cDNA 重复序列。然后噬菌体的存在会触发第二链 cDNA 合成，从而产生长双链 DNA。值得注意的是，这种 DNA 产物被高效转录，生成信使 RNA，该 RNA 编码无终止密码子的、永无止境的 ORF（neo），其翻译会导致强大的生长停滞。系统发育分析和对各种 DRT2 同源物的筛选进一步揭示了滚环逆转录和 Neo 蛋白功能的广泛保守性。我们的工作突出了通过 RNA 模板基因创建优雅地扩展了基因组编码潜力，并挑战了沿基因组 DNA 一维轴编码遗传信息的传统范式。
两种隐龟的从头基因组组装
了解物种间染色质构象的进化对于阐明基因组的结构和可塑性至关重要。线性远距离基因座的非随机相互作用以物种特异性模式调节基因功能，影响基因组功能、进化，并最终影响物种形成。然而，来自非模式生物的数据很少。为了捕捉脊椎动物染色质构象的宏观进化多样性，我们通过 Illumina 测序、染色体构象捕获和 RNA 测序为两种隐颈龟 (cryptodiran，藏颈龟) 生成从头基因组组装：Apalone spinifera (ZZ/ZW，2 n = 66) 和 Staurotypus triporcatus (XX/XY，2 n = 54)。除了在线性基因组中检测到的融合/裂变事件外，我们还检测到龟类的三维 (3D) 染色质结构与其他羊膜动物存在差异。也就是说，全基因组比较揭示了龟类染色体重排的不同趋势：（1）鳖科（Trionychidae）的基因组改组率较低，而鸡（可能是龟类的祖先）与核型高度保守；（2）动胸龟科（Kinosternidae）和翠龟科（Emydidae）的融合/裂变率中等。此外，我们还发现了一种染色体折叠模式，这种模式使以前在龟类中未检测到的“着丝粒 - 端粒相互作用”成为可能。“着丝粒 - 端粒相互作用”（本文发现）加上“着丝粒聚集”（之前在蜥蜴类中报道过）的组合龟类模式对于羊膜动物来说是新颖的，它反驳了以前关于羊膜动物 3D 染色质结构的假设。我们假设，在龟类中发现的不同模式起源于羊膜动物祖先状态，该状态由核结构定义，微染色体之间存在广泛的关联，这些关联在线性基因组改组后得以保留。
igflow：从头抗体设计的流匹配
在这项工作中，我们提出了IGFlow，这是抗体结构从头设计的SE（3）流量匹配模型。我们专注于生成抗体的新型可变结构域区域，并评估模型在1）无条件重链和轻链生成以及2）互补性确定区域（CDRS）的框架条件循环设计。我们的结果表明，IgFlow生成的抗体在结构上与自然观察到的抗体相似。我们将我们的方法与IGDIFF进行了比较，IGDIFF是一种无条件变量域生成的SE（3） - 扩散模型，在可设计性上。此外，我们在抗体设计中通常遇到的两个有条件的CDR介入任务上对IGFLOW和IGDIFF进行了基准测试。我们发现，Igdiff和Igflow在无条件设计抗体时都表现出色，并且IGFlow有条件地设计具有比IGDIFF更高自符合性的完整CDR循环。总体而言，我们的方法为抗体生成提供了另一种方法，具有其他计算益处，包括样本数据效率和推理速度。
从头设计的蛋白质结构和功能
‡等同的贡献 *应向谁处理1.华盛顿大学西雅图大学生物化学系，美国华盛顿州98105，美国2。 蛋白质设计学院，华盛顿大学华盛顿州西雅图市98105，美国3。 分子工程研究生课程，华盛顿大学西雅图，华盛顿州98105，美国4。 哥伦比亚大学，纽约统计系，纽约，纽约10027，美国5。 欧文癌症设计学院，哥伦比亚大学，纽约，纽约，10027，美国6。 马萨诸塞州理工学院，剑桥，马萨诸塞州02139，美国7。 Paul G.艾伦计算机科学与工程学院，华盛顿大学，西雅图，华盛顿州98105，美国8。 生物物理学，结构和设计研究生课程，华盛顿大学西雅图，华盛顿州98105，美国9。 中心国家de la recherche Scientifique，écolenormalesupérieured'ulm，巴黎75005，法国10。 剑桥大学工程系，剑桥CB2 CB2 1PZ，英国11。 霍华德·休斯医学院，华盛顿大学，西雅图，华盛顿州98105，美国12。 汉城国立大学生物科学学院，韩国共和国13. 应用科学学院，哈佛大学，剑桥，马萨诸塞州01451，美国14。 约翰·哈佛大学（John Harvard）杰出科学奖学金，哈佛大学，剑桥，马萨诸塞州01451，美国最近在使用深度学习方法1 - 9的新蛋白质设计新蛋白质方面取得了很大进展。 在这里我们表明，通过微调蛋白质结构的rosettafold结构预测网络，我们获得了的蛋白质骨架的生成模型华盛顿大学西雅图大学生物化学系，美国华盛顿州98105，美国2。蛋白质设计学院，华盛顿大学华盛顿州西雅图市98105，美国3。分子工程研究生课程，华盛顿大学西雅图，华盛顿州98105，美国4。哥伦比亚大学，纽约统计系，纽约，纽约10027，美国5。欧文癌症设计学院，哥伦比亚大学，纽约，纽约，10027，美国6。马萨诸塞州理工学院，剑桥，马萨诸塞州02139，美国7。Paul G.艾伦计算机科学与工程学院，华盛顿大学，西雅图，华盛顿州98105，美国8。 生物物理学，结构和设计研究生课程，华盛顿大学西雅图，华盛顿州98105，美国9。 中心国家de la recherche Scientifique，écolenormalesupérieured'ulm，巴黎75005，法国10。 剑桥大学工程系，剑桥CB2 CB2 1PZ，英国11。 霍华德·休斯医学院，华盛顿大学，西雅图，华盛顿州98105，美国12。 汉城国立大学生物科学学院，韩国共和国13. 应用科学学院，哈佛大学，剑桥，马萨诸塞州01451，美国14。 约翰·哈佛大学（John Harvard）杰出科学奖学金，哈佛大学，剑桥，马萨诸塞州01451，美国最近在使用深度学习方法1 - 9的新蛋白质设计新蛋白质方面取得了很大进展。 在这里我们表明，通过微调蛋白质结构的rosettafold结构预测网络，我们获得了的蛋白质骨架的生成模型Paul G.艾伦计算机科学与工程学院，华盛顿大学，西雅图，华盛顿州98105，美国8。生物物理学，结构和设计研究生课程，华盛顿大学西雅图，华盛顿州98105，美国9。中心国家de la recherche Scientifique，écolenormalesupérieured'ulm，巴黎75005，法国10。剑桥大学工程系，剑桥CB2 CB2 1PZ，英国11。霍华德·休斯医学院，华盛顿大学，西雅图，华盛顿州98105，美国12。汉城国立大学生物科学学院，韩国共和国13.应用科学学院，哈佛大学，剑桥，马萨诸塞州01451，美国14。约翰·哈佛大学（John Harvard）杰出科学奖学金，哈佛大学，剑桥，马萨诸塞州01451，美国最近在使用深度学习方法1 - 9的新蛋白质设计新蛋白质方面取得了很大进展。在这里我们表明，通过微调蛋白质结构的rosettafold结构预测网络，我们获得了尽管取得了这种进步，但蛋白质设计的一般深度学习框架可以解决各种设计挑战，包括从头粘合剂设计和高阶对称体系结构的设计，尚未描述。扩散模型10,11在图像和语言生成建模方面取得了很大的成功，但是应用于蛋白质建模时的成功有限，这可能是由于蛋白质主链几何形状和序列结构关系的复杂性。
Novo Nordisk Canadian Modern Slavery声明2023
在2022年，Novo Nordisk进一步加强了其劳工行为守则，该劳动守则为所有员工提供了一组最低劳动标准，包括以下内容：所有员工在没有罚款或制裁的威胁下自愿为公司工作。不接受童工，18岁以下的人受到任何危险工作和夜班的保护。加拿大报告实体的所有雇员在标准工作周中的生活工资高20％，以满足其基本需求（及其家庭）。此外，Novo Nordisk的全球最低标准是非班子父母的8周带薪假。此外，为了继续成为可持续的雇主，Novo Nordisk致力于多样性和包容性，以确保建立包容性的工作文化，并在所有管理层层面上实现平衡的性别代表。
牛皮癣从头或PD-1检查点抑制剂加重
1。Ainsworth C.免疫学：许多分层的东西。自然。2012; 492：S52 --- 4。 2。 Fife Bt，Pauken Ke。 PD-1途径在自身免疫性和外围耐受性中的作用。 Ann n y Acad Sci。 2011; 1217：45 --- 59。 3。 Francisco LM，Sage PT，Sharpe AH。 在耐受性和自身免疫性中的PD-1途径。 Immunol Rev. 2010; 236：219 --- 42。 4。 张X，黄Y，杨X。 PD-L1在抗肿瘤免疫中的复杂作用：最近的更新。 细胞分子免疫。 2021; 18：2067 --- 98。 5。 Brahmer JR，Drake CG，Wollner I，Powderly JD，Picus J，Sharfman WH等。 第一阶段的反编程死亡1（MDX-11106）在难治性实体瘤中的研究：安全性，临床活性，药效学和免疫学相关性。 J Clin Oncol。 2010; 28：3167 --- 75。 6。 Sunshine J，Taube JM。 PD-1/PD-L1抑制剂。 Curr Opin Phar-Macol。 2015; 23：32 --- 8。 7。 Nagai H，MutoM。通过免疫检查抑制剂治疗而导致的免疫相关不良事件的最佳管理：审查和更新。 int J Clin Oncol。 2018; 23：410 --- 20。 8。 Buchbinder EI，Desai A. CTLA-4和PD-1途径：相似的抑制作用，差异和含义。 Am J Clin Oncol。 2016; 39：98 --- 106。 9。 Hawkes EA，Grigg A，Chong G.淋巴瘤中编程的细胞死亡-1抑制作用。 lancet oncol。 10。2012; 492：S52 --- 4。2。Fife Bt，Pauken Ke。 PD-1途径在自身免疫性和外围耐受性中的作用。 Ann n y Acad Sci。 2011; 1217：45 --- 59。 3。 Francisco LM，Sage PT，Sharpe AH。 在耐受性和自身免疫性中的PD-1途径。 Immunol Rev. 2010; 236：219 --- 42。 4。 张X，黄Y，杨X。 PD-L1在抗肿瘤免疫中的复杂作用：最近的更新。 细胞分子免疫。 2021; 18：2067 --- 98。 5。 Brahmer JR，Drake CG，Wollner I，Powderly JD，Picus J，Sharfman WH等。 第一阶段的反编程死亡1（MDX-11106）在难治性实体瘤中的研究：安全性，临床活性，药效学和免疫学相关性。 J Clin Oncol。 2010; 28：3167 --- 75。 6。 Sunshine J，Taube JM。 PD-1/PD-L1抑制剂。 Curr Opin Phar-Macol。 2015; 23：32 --- 8。 7。 Nagai H，MutoM。通过免疫检查抑制剂治疗而导致的免疫相关不良事件的最佳管理：审查和更新。 int J Clin Oncol。 2018; 23：410 --- 20。 8。 Buchbinder EI，Desai A. CTLA-4和PD-1途径：相似的抑制作用，差异和含义。 Am J Clin Oncol。 2016; 39：98 --- 106。 9。 Hawkes EA，Grigg A，Chong G.淋巴瘤中编程的细胞死亡-1抑制作用。 lancet oncol。 10。Fife Bt，Pauken Ke。PD-1途径在自身免疫性和外围耐受性中的作用。Ann n y Acad Sci。2011; 1217：45 --- 59。3。Francisco LM，Sage PT，Sharpe AH。在耐受性和自身免疫性中的PD-1途径。Immunol Rev.2010; 236：219 --- 42。4。张X，黄Y，杨X。PD-L1在抗肿瘤免疫中的复杂作用：最近的更新。细胞分子免疫。 2021; 18：2067 --- 98。 5。 Brahmer JR，Drake CG，Wollner I，Powderly JD，Picus J，Sharfman WH等。 第一阶段的反编程死亡1（MDX-11106）在难治性实体瘤中的研究：安全性，临床活性，药效学和免疫学相关性。 J Clin Oncol。 2010; 28：3167 --- 75。 6。 Sunshine J，Taube JM。 PD-1/PD-L1抑制剂。 Curr Opin Phar-Macol。 2015; 23：32 --- 8。 7。 Nagai H，MutoM。通过免疫检查抑制剂治疗而导致的免疫相关不良事件的最佳管理：审查和更新。 int J Clin Oncol。 2018; 23：410 --- 20。 8。 Buchbinder EI，Desai A. CTLA-4和PD-1途径：相似的抑制作用，差异和含义。 Am J Clin Oncol。 2016; 39：98 --- 106。 9。 Hawkes EA，Grigg A，Chong G.淋巴瘤中编程的细胞死亡-1抑制作用。 lancet oncol。 10。细胞分子免疫。2021; 18：2067 --- 98。5。Brahmer JR，Drake CG，Wollner I，Powderly JD，Picus J，Sharfman WH等。 第一阶段的反编程死亡1（MDX-11106）在难治性实体瘤中的研究：安全性，临床活性，药效学和免疫学相关性。 J Clin Oncol。 2010; 28：3167 --- 75。 6。 Sunshine J，Taube JM。 PD-1/PD-L1抑制剂。 Curr Opin Phar-Macol。 2015; 23：32 --- 8。 7。 Nagai H，MutoM。通过免疫检查抑制剂治疗而导致的免疫相关不良事件的最佳管理：审查和更新。 int J Clin Oncol。 2018; 23：410 --- 20。 8。 Buchbinder EI，Desai A. CTLA-4和PD-1途径：相似的抑制作用，差异和含义。 Am J Clin Oncol。 2016; 39：98 --- 106。 9。 Hawkes EA，Grigg A，Chong G.淋巴瘤中编程的细胞死亡-1抑制作用。 lancet oncol。 10。Brahmer JR，Drake CG，Wollner I，Powderly JD，Picus J，Sharfman WH等。第一阶段的反编程死亡1（MDX-11106）在难治性实体瘤中的研究：安全性，临床活性，药效学和免疫学相关性。J Clin Oncol。2010; 28：3167 --- 75。 6。 Sunshine J，Taube JM。 PD-1/PD-L1抑制剂。 Curr Opin Phar-Macol。 2015; 23：32 --- 8。 7。 Nagai H，MutoM。通过免疫检查抑制剂治疗而导致的免疫相关不良事件的最佳管理：审查和更新。 int J Clin Oncol。 2018; 23：410 --- 20。 8。 Buchbinder EI，Desai A. CTLA-4和PD-1途径：相似的抑制作用，差异和含义。 Am J Clin Oncol。 2016; 39：98 --- 106。 9。 Hawkes EA，Grigg A，Chong G.淋巴瘤中编程的细胞死亡-1抑制作用。 lancet oncol。 10。2010; 28：3167 --- 75。6。Sunshine J，Taube JM。PD-1/PD-L1抑制剂。 Curr Opin Phar-Macol。 2015; 23：32 --- 8。 7。 Nagai H，MutoM。通过免疫检查抑制剂治疗而导致的免疫相关不良事件的最佳管理：审查和更新。 int J Clin Oncol。 2018; 23：410 --- 20。 8。 Buchbinder EI，Desai A. CTLA-4和PD-1途径：相似的抑制作用，差异和含义。 Am J Clin Oncol。 2016; 39：98 --- 106。 9。 Hawkes EA，Grigg A，Chong G.淋巴瘤中编程的细胞死亡-1抑制作用。 lancet oncol。 10。PD-1/PD-L1抑制剂。Curr Opin Phar-Macol。2015; 23：32 --- 8。 7。 Nagai H，MutoM。通过免疫检查抑制剂治疗而导致的免疫相关不良事件的最佳管理：审查和更新。 int J Clin Oncol。 2018; 23：410 --- 20。 8。 Buchbinder EI，Desai A. CTLA-4和PD-1途径：相似的抑制作用，差异和含义。 Am J Clin Oncol。 2016; 39：98 --- 106。 9。 Hawkes EA，Grigg A，Chong G.淋巴瘤中编程的细胞死亡-1抑制作用。 lancet oncol。 10。2015; 23：32 --- 8。7。Nagai H，MutoM。通过免疫检查抑制剂治疗而导致的免疫相关不良事件的最佳管理：审查和更新。int J Clin Oncol。2018; 23：410 --- 20。 8。 Buchbinder EI，Desai A. CTLA-4和PD-1途径：相似的抑制作用，差异和含义。 Am J Clin Oncol。 2016; 39：98 --- 106。 9。 Hawkes EA，Grigg A，Chong G.淋巴瘤中编程的细胞死亡-1抑制作用。 lancet oncol。 10。2018; 23：410 --- 20。8。Buchbinder EI，Desai A. CTLA-4和PD-1途径：相似的抑制作用，差异和含义。Am J Clin Oncol。2016; 39：98 --- 106。 9。 Hawkes EA，Grigg A，Chong G.淋巴瘤中编程的细胞死亡-1抑制作用。 lancet oncol。 10。2016; 39：98 --- 106。9。Hawkes EA，Grigg A，Chong G.淋巴瘤中编程的细胞死亡-1抑制作用。lancet oncol。10。2015; 16：e234 --- 45。Weber JS，Postow M，Lao CD，Schadendorf D.用反编程的Death-1代理处理后不良事件的管理。肿瘤学家。2016; 21：1230 --- 40。11。Delaunay M，Cadranel J，Lusque A，Meyer N，Gunant V，Moro-Sibilot D等。与癌症患者中与间质性肺部疾病有关的免疫检查抑制剂。EUR RESSIR J.2017; 10：50。 12。 Soularue E，Lepage P，Colombel JF，Coutzac C，Faleck D，Marthey L，2017; 10：50。12。Soularue E，Lepage P，Colombel JF，Coutzac C，Faleck D，Marthey L，
用于准确有效的从头基因组的新算法...
由于长期阅读的DNA测序技术，可以进行复杂基因组的从头基因组组件。但是，基于长阅读的组件质量最大化是一项具有挑战性的任务，需要开发专门的数据分析技术。我们提出了用于组装单倍体和二倍体生物的长DNA测序读数的新算法。组件算法构建了一个无方向的图，每个读取两个顶点是根据由k-mer分布得出的哈希函数所指出的最小化器所读取的。在图形构造过程中收集的统计信息被用作通过选择边缘来构建布局路径的功能，该边缘通过似然函数排名。对于二倍体样品，我们整合了对RefHAP算法进行分子相分化的重新配置。我们在PACBIO HIFI和纳米孔测序数据上运行了从不同物种的单倍体和二倍体样品中采集的纳米孔测序数据。与当前使用的其他软件相比，我们的算法表现出竞争精度和计算效率。我们希望这种新的发展对于为不同物种建立基因组组件的研究人员将很有用。
REINVENT 2.0 – 用于从头药物设计的 AI 工具
（2）Zhavoronkov，A.；伊万年科夫，Y.A.； Aliper，A.；维谢洛夫，M.S.；弗吉尼亚州阿拉丁斯基；阿拉丁斯卡娅，A.V.；弗吉尼亚州 Terentiev；波利科夫斯基，D.A.；库兹涅佐夫医学博士；阿萨杜拉耶夫，A.；沃尔科夫，Y.； Zholus，A.；沙亚赫梅托夫，R.R.；热布拉克，A.；米娜耶娃，L. I.；扎格里别尔尼，文学士；李，L. H.；索尔，R.；玛奇，D.；幸，L.；郭，T.； Aspuru-Guzik，A.深度学习能够快速识别有效的 DDR1 激酶抑制剂。纳特。生物技术。 2019，37（9），1038–1040。 https://doi.org/10.1038/s41587-019-0224-x。