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NucleoMag® DNA FFPE
收集和储存福尔马林固定石蜡包埋 (FFPE) 临床样本是世界各地医院的标准程序，是回顾性分析的宝贵资源。为了分解和识别致癌作用、患者治疗和疾病结果之间的分子相关性，纯化大量高质量 DNA 至关重要。然而，在使用 FFPE 材料进行后续下游分子应用时存在几个问题。固定过程会导致核酸交联，从而导致严重碎片化。此外，FFPE 提取方案通常涉及繁琐的手动步骤和二甲苯等危险化学品。
NucleoMag 质粒 DNA 纯化用户手册
NucleoMag ® 质粒程序利用改良的碱性裂解方案，并在适当的缓冲条件下将核酸可逆地吸附到顺磁珠上。沉淀的细菌在缓冲液 A1 中重新悬浮。通过裂解缓冲液 A2 从细胞中释放质粒 DNA，随后使用缓冲液 S3 中和并沉淀裂解物。粗裂解物可以通过离心或使用 NucleoMag ® 清除珠（专门用于裂解物清除的顺磁珠）来清除。为了将核酸与顺磁珠结合，将结合缓冲液 PAB 和 NucleoMag ® M-Beads 添加到清除的裂解物中。磁分离后，通过专利解毒缓冲液 ERB 去除内毒素和蛋白质。使用洗涤缓冲液 AQ 和风干去除其他污染物（如盐或残留乙醇）。纯质粒 DNA 用低盐洗脱缓冲液或水洗脱，可用于任何常见的下游应用，包括转染（仅供研究使用）。NucleoMag ® 质粒试剂盒专为在自动磁棒系统上使用而设计。
Magnetapure et Kit d'eftraction nucleomag
réf。désignationchf/ carton 041-872154核纳姆病原体（4x96）NC-041-872155核纳姆核法DX病原体（4X96）NC-041-872157核量DNA/ RNA/ RNA/ RNA/ RNA水（4x96）NC-0441-441-8721591591591591591591599696核NC -041-872160 NucleOmag 96组织（4x96）NC -041-872162核量DNA细菌（4x96）NC -041-872164核量 041-872168 NucleoMag RNA (4x96) NC - 041-872172 NucleoMag Plant (24x96) NC - 041-872173 NucleoMag Plant (4x96) NC - 041-872175 NucleoMag 384 Plant (4x384) NC - 041-872177 NucleoMag Blood 200 µl（4x96）NC -041-872178核纳族血液3ML（1x96）NC -041-872180核量CFDNA（4x48）NC -041-872182核量（24x96）NC -041-041-87721-96核 - 4 041-872185核量DNA拭子（24x96）NC-041-872186 Nucleomag DNA签名（4x96）NC-041-872188 NucleoMag Forensic（4x96） Nucleomag病毒（4x96）NC -041-872210 Nucleomag DNA食物（4x96）NC-
nucleomag HMW DNA纯化用户手册
NucleOmag®HMWDNA试剂盒设计用于从细胞，组织和植物材料中分离出高分子量DNA。此外，还显示了全血（EDTA），唾液，颊拭子以及细菌和酵母样品的兼容性。该程序基于在适当的缓冲液条件下核酸对顺磁珠的可逆吸附。样品裂解是使用裂解缓冲液HM1或HMB和蛋白酶K进行酶促的。用于将核酸与顺磁珠，结合缓冲液HM2和核瘤®B-珠的结合添加到转移和清除的裂解物中。磁分离后，使用洗涤缓冲液HM3，HM4和70％乙醇洗涤顺磁珠以去除污染物和盐分。使用冲洗缓冲液HM5去除以前的洗涤步骤的残留乙醇。接下来，高度纯化的DNA用洗脱缓冲液HM6洗脱，可直接用于下游应用。可以手动使用NucleOmag®HMWDNA试剂盒，也可以在标准的液体处理仪器和自动磁分离器上自动化。
核纳质质粒DNA纯化用户手册
NucleOmag®质粒程序利用了修饰的碱性裂解方案，并结合了适当的缓冲条件下核酸对顺磁珠的可逆吸附。颗粒细菌被重悬于缓冲液A1中。质粒DNA通过裂解缓冲液A2从细胞中解放出来，然后使用缓冲液S3进行中和和沉淀。粗裂解物可以通过离心或使用NucleOmag®清除珠（用于裂解液清除的专门的顺磁珠）清除。用于将核酸与顺磁珠，结合缓冲液和核瘤®M珠结合的结合添加到清除的裂解物中。磁分离后，通过获得专利的排毒缓冲液ERB去除内毒素和蛋白质。用洗涤缓冲液和空气干燥除去盐或残留乙醇等进一步的污染物。纯质粒DNA用低盐洗脱缓冲液或水洗脱，并准备好用于任何常见的下游应用（包括转染）（仅研究）。核对®质粒试剂盒已设计用于自动磁杆系统。
nucleomag HMW DNA纯化用户手册
NucleOmag®HMWDNA试剂盒设计用于从细胞，组织和植物材料中分离出高分子量DNA。此外，还显示了全血（EDTA），唾液，颊拭子以及细菌和酵母样品的兼容性。该程序基于在适当的缓冲液条件下核酸对顺磁珠的可逆吸附。样品裂解是使用裂解缓冲液HM1或HMB和蛋白酶K进行酶促的。用于将核酸与顺磁珠，结合缓冲液HM2和核瘤®B-珠的结合添加到转移和清除的裂解物中。磁分离后，使用洗涤缓冲液HM3，HM4和70％乙醇洗涤顺磁珠以去除污染物和盐分。使用冲洗缓冲液HM5去除以前的洗涤步骤的残留乙醇。接下来，高度纯化的DNA用洗脱缓冲液HM6洗脱，可直接用于下游应用。可以手动使用NucleOmag®HMWDNA试剂盒，也可以在标准的液体处理仪器和自动磁分离器上自动化。
从通过selivex滤波器单元（核瘤DNA/RNA水试剂盒-Macherey Nagel）过滤的水样品中提取EDNA。
-1000 µl带过滤器的1000 µl尖端-100 µl带过滤器的尖端-50毫升管：准备等分试样-5 ml管：每8个样品1个样品制备核量b -b-珠和MWA2混合物 - 2 ml管-2 ml管：1个样品以每样品 + 2转移裂解液以每样样品来制备Elyquots -1.5 ml lock local lock local lock lock locke loce loce luu dna -forse lu dna -forse lu dna -forse luer dna -frus luer dna -luer luer luer luer luer luer luer luer luer luer 96孔板，带2毫升深孔，u底（Macherey Nagel -746032.Deep）：每16个样品1-磁杆盖磁盘32（Macherey Nagel 32
开发用于从遥远个体获得基因检测的生物样品的方案
Omega Bio Tek E.Z.N.A. 组织DNA KIT D3396-01 OMEGA BIO TEK MAG-BIND®血液和组织DNA HDQ 96 KIT M6399-00 OMAMGA BIO TEK E.Z.N.A. Kit CMG-196 Promega Wizard Genomic DNA Purification Kit A1120 Promega Wizard SV Genomic DNA Purification System A2360 Promega MagaZorb DNA Mini-Prep Kit MB1004 Promega ReliaPrep gDNA Tissue Miniprep System A2051 Promega Wizard HMW DNA Extraction Kit A2920 Promega ReliaPrep™ Blood gDNA Miniprep System A5081 Qiagen DNEasy Blood and Tissue Kit 69504 Qiagen QIAamp Fast DNA Tissue Kit 51404 Qiagen Puregene Tissue Kit 158063 Qiagen QIAGEN Genomic-tips 20/G 10223 Qiagen MagAttract HMW DNA Kit 67563 Qiagen QIAamp DNA Blood Mini Kit 51104 Qiagen Blood & Cell Culture DNA Mini Kit (25) 13323 Sigma-Aldrich Extract-N-AMP Tissue PCR Kit XNAT2-1KT Sigma-Aldrich GenElute Blood Genomic DNA Kit NA2010-1KT Takara NucleoSpin Tissue 740952.5 Takara NucleoMag Tissue 744300.1 Takara NucleoSpin® 96 DNA RapidLyse 740110.1 Takara NucleoBond HMW DNA 740160.2 Takara NucleoMag DNA Swab 744601.1 Takara NucleoSpin® Blood 740951.5 Takara NucleoMag® Blood 200 µL 744501.1 Thermo DNA Extract All Reagents Kit 4403319 Thermo MagMax DNA Multi-Sample Kit 4413020 Thermo JetFlex Genomic DNA Purification Kit A30700 Thermo GeneJet Genomic DNA Purification Kit K0721 Thermo GeneJet Genomic DNA Purification Kit K0721 Thermo PureLink Genomic DNA Mini Kit K182001 Thermo PureLink Genomic DNA Mini Kit K182001 Thermo ChargeSwitch gDNA Mini Tissue Kit CS11204 Zymo Quick-DNA MiniPrep D3024 Zymo Quick-DNA Miniprep Plus D4068 Zymo Quick-DNA magbead Plus Kit D4081 Zymo Quick-DNA HMW HMW Magbead d6060Omega Bio Tek E.Z.N.A.组织DNA KIT D3396-01 OMEGA BIO TEK MAG-BIND®血液和组织DNA HDQ 96 KIT M6399-00 OMAMGA BIO TEK E.Z.N.A. Kit CMG-196 Promega Wizard Genomic DNA Purification Kit A1120 Promega Wizard SV Genomic DNA Purification System A2360 Promega MagaZorb DNA Mini-Prep Kit MB1004 Promega ReliaPrep gDNA Tissue Miniprep System A2051 Promega Wizard HMW DNA Extraction Kit A2920 Promega ReliaPrep™ Blood gDNA Miniprep System A5081 Qiagen DNEasy Blood and Tissue Kit 69504 Qiagen QIAamp Fast DNA Tissue Kit 51404 Qiagen Puregene Tissue Kit 158063 Qiagen QIAGEN Genomic-tips 20/G 10223 Qiagen MagAttract HMW DNA Kit 67563 Qiagen QIAamp DNA Blood Mini Kit 51104 Qiagen Blood & Cell Culture DNA Mini Kit (25) 13323 Sigma-Aldrich Extract-N-AMP Tissue PCR Kit XNAT2-1KT Sigma-Aldrich GenElute Blood Genomic DNA Kit NA2010-1KT Takara NucleoSpin Tissue 740952.5 Takara NucleoMag Tissue 744300.1 Takara NucleoSpin® 96 DNA RapidLyse 740110.1 Takara NucleoBond HMW DNA 740160.2 Takara NucleoMag DNA Swab 744601.1 Takara NucleoSpin® Blood 740951.5 Takara NucleoMag® Blood 200 µL 744501.1 Thermo DNA Extract All Reagents Kit 4403319 Thermo MagMax DNA Multi-Sample Kit 4413020 Thermo JetFlex Genomic DNA Purification Kit A30700 Thermo GeneJet Genomic DNA Purification Kit K0721 Thermo GeneJet Genomic DNA Purification Kit K0721 Thermo PureLink Genomic DNA Mini Kit K182001 Thermo PureLink Genomic DNA Mini Kit K182001 Thermo ChargeSwitch gDNA Mini Tissue Kit CS11204 Zymo Quick-DNA MiniPrep D3024 Zymo Quick-DNA Miniprep Plus D4068 Zymo Quick-DNA magbead Plus Kit D4081 Zymo Quick-DNA HMW HMW Magbead d6060
补充材料
补充材料。材料与方法文库制备和 Miseq (Illumina®) 测序使用文库制备指南 (LPG) ( https://support.illumina.com/downloads/16s_metagenomic_sequencing_library_preparation.html ) 中报告的 Illumina 接头序列和引物悬垂部分（正向和反向）扩增 16S rRNA 基因的 460 bp V3-V4 高变区。使用以下 PCR 反应扩增每个 DNA 样本：2.5 µl 5 ng/ µl DNA、5 µl 引物正向悬垂部分、5 µl 引物反向悬垂部分、12.5 µl 2x KAPA HiFi HotStart ReadyMix (KAPA Biosystems)。使用 LPG 中报告的循环程序。 PCR 产物在 2% 琼脂糖凝胶（GellyPhor LE，Euroclone SPA，意大利米兰）上电泳分离，并用 GelRed™ 核酸凝胶染料（Biotium，美国加利福尼亚州海沃德）染色。通过紫外光透射仪观察预期长度的 PCR 产物的存在。然后，用 NucleoMag 试剂盒纯化 DNA 扩增子以清理和选择 NGS 文库制备反应的大小（Macherey-Nagel），并按照制造商的说明使用 Illumina® DNA/RNA UD Indexes Tagmentation 试剂盒对每个样本进行索引。在验证和定量之前，对文库进行进一步纯化。在 Agilent 4150 TapeStation D1000 ScreenTape 检测仪（安捷伦科技公司）上对文库进行验证，以验证大小，而定量则使用 Qubit 4 荧光计（赛默飞世尔科技，美国）。根据 DNA 扩增子的大小，应用 Illumina LPG 中报告的公式，以 nM 为单位计算最终的 DNA 浓度。最后，将每个文库中的 5 µl 稀释 DNA 等分试样混合，以合并具有唯一索引的文库。在 Miseq 加载之前，根据 Illumina LPG 说明对合并的文库进行变性和稀释。使用 MiSeq Reagent Micro Kit v2（500 个循环）加载合并的文库，运行包括 20% PhiX 作为内部对照。生物信息学分析测序数据包含在包含带有原始读取的 FASTQ 文件的文件夹中（R1 文件包含每个样本的正向读取，R2 文件包含每个样本的反向读取），使用 FastQC（英国剑桥 Babraham Institute）进行质量检查。然后，使用 DADA2 R 包（Callahan 等人，2016 年）处理 R1 和 R2 文件以生成扩增子序列变体 (ASV)（图 1）。最终生成了 ASV 表，总结了每个样本的不同 ASV 的数量。
16S rRNA ngs粪便细菌菌群的测序...
目标。这项研究的目的是使用16S rRNA基因的下一代测序（NGS）来表征并可能区分健康和肥胖马的下肠道（粪便）细菌。方法。这项研究涉及7匹马（4匹马和3匹母马），年龄8-17岁：乌克兰鞍品种1-4匹马（马1运动马匹rebus，10 Y.O.，马匹2马匹2种马santes，15 Y.O.，15 Y.O.，15 Y.O.），重量吃水的5匹马（种马Tsyhan，8 Y.O.）和非透明马6和7（Mare Sne-Zhynka，10 Y.O.，Mare Rumba 12 Y.O.）马匹2、4、5和7是肥胖，马1、3和6是健康的。所有马匹都保留在州生物技术大学的马术中心，乌克兰教育与科学部（乌克兰哈尔基夫）。根据制造商的说明，使用Purelink微生物组DNAPuriÞ阳离子试剂盒（Invitrogen，USA）提取直肠粪便样品的总DNA。准备了细菌16S rRNA的库，我们使用了16S rRNA条形码试剂盒1-24（美国牛津纳米波尔）。为了净化所获得的库，磁性颗粒核元素清理和尺寸选择（Macherey-Nagel，德国根据推荐的快速测序放大器的建议协议 - 16S条形码（SQK-16SS024）（测序套件的手册）。这些条件基于Fujiyoshi等人（2020）中所述的16S rRNA基因扩增阳离子的标准方案，并确保细菌DNA跨各种群分类群的稳健扩增。结果。结论。细菌门的代表（Syn.肌动杆菌），纤维杆菌，小叶虫 - 螺旋杆菌（Syn.螺旋体），杆菌，富公司（Syn.芽孢杆菌），planctomycetota，verrucomicrobiota（Syn.verrucomicrobia），念珠菌Melainabacteria，kiritimatiellota和proteeobacteria（Syn.假单胞菌）。占主导地位的门是坚硬的，其份额是所有检测到的门的50％至82％。与杆菌的数量相比，健康马匹和肥胖马之间的数量差异很大。在健康马1,3和6中，这是企业和肥胖的马2,4,5和7的2.5、3.4和2.9倍，它是8.6、8.2、7.6和5.7倍。与杆菌相比，坚硬的人数在健康马匹和肥胖马之间发生了显着变化。在健康的马1、3和6中，牢固的数量分别为2.5、3.4和2.9倍，而在肥胖的马2、4、5和7中，牢固的数量分别为8.6、8.2、7.6、7.6和5.7倍。在肥胖的马匹2、4、5和7中观察到蛋白杆菌的数量增加，范围为25％至37％，而在健康运动马1、3和6中，蛋白质的水平在1.07至3.43％之间，这对于健康动物的微生物组典型。在研究的马匹粪便中检测到低水平的放线菌（分杆菌）：健康运动马3分别为0.09％，健康运动马3分别为0.09％，健康马匹6分别为0.15％。相比之下，肥胖的马2、4、5和7的水平分别从0.21％到0.48％。重要的是要注意，放线菌的门还包括BiÞ多杆菌属，在所研究的任何动物中均未检测到。在乌克兰第一次，我们对七个不同年龄，性别和品种的七匹马的下肠道（粪便材料）的细菌菌群进行了测序。在肥胖马的粪便中，细菌的细菌占主导地位（天细菌粉，粉状，裂缝），尤其是来自振荡性螺丝素和lachnospileceae的家族，并伴随着细菌的降低细菌（fcylumberimteroidota）（FC-fcbe）（FC-fc-